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Récompense

Alexandre Papin - 23/08/2012

Matthias Gallé remporte l'accessit du prix de thèse

Matthias Gallé, ancien doctorant du centre Inria de Rennes au sein de l'équipe-projet Symbiose, remporte l'accessit du prix de thèse pour ses travaux dans le domaine de la bioinformatique.

Comment en êtes-vous arrivé à choisir le domaine de la bioinformatique pour votre thèse ?



Ce qui m’attire le plus dans le domaine de l’informatique, c’est sans doute la possibilité de faire de la recherche interdisciplinaire. 
De plus en plus de secteurs sont submergés par une quantité croissante de données, et l’informatique devient essentielle pour en extraire l’information (sans parler de le faire de façon efficace).
Cela s’avère particulièrement vrai pour la biologie, et plus précisément pour la génétique moléculaire. De plus, il faut compter que les informations essentielles qui sont transmises se présentent sous forme de chaîne séquentielle. C’est cette possibilité de mesurer le contenu en informations de ces séquences qui m’attire (comme c’était le cas au début de ma thèse). Même si depuis Türing la biologie a fortement attiré les informaticiens, je pense qu’à l’heure actuelle nous ne faisons que toucher du doigt ce qui peut être réalisé grâce aux méthodes computationnelles. 

- Vous venez d'obtenir l'accessit du prix de thèse pour vos travaux réalisés au sein de l'équipe Symbiose chez Inria.

Pouvez-vous nous raconter comment s'est déroulé votre doctorat ?



Comme je l’ai dit plus tôt, je m’intéressais à l’étude d’autres sciences à travers le prisme de l’informatique. Pendant mon master (en informatique théorique, effectué à l’université de Cordoba, en Argentine), j’ai passé un semestre à l’université de Campinas (au Brésil) où j’ai suivi un cours de bioinformatique. Ce cours a éveillé mon intérêt, qui a été par la suite renforcé par un stage effectué au sein de l’équipe-projet Symbiose auprès de François Coste (qui est devenu par la suite mon directeur de thèse). À cette époque, je savais que je voulais poursuivre une thèse de doctorat, et la combinaison bioinformatique + France + bons rapports avec François m’a conforté dans ma décision.

Ma thèse a été financée grâce à une bourse CORDI-Inria. 
L’idée générale de cette thèse était de modéliser des séquences génétiques avec des grammaires sans contexte, à l’instar de ce qui avait été fait en traitement automatique des langues naturelles. Après le début de ma thèse, nous avons obtenu un financement pour une collaboration Inria/CNRS et MINCyT (le ministère argentin de la Science). Grâce à ce financement, nous avons pu nous rendre mutuellement visite et échanger des idées avec Gabriel-Infante López (qui est ensuite devenu mon co-directeur de thèse) et son équipe, qui travaillent, entre autres, sur le développement de méthodes d’analyse syntaxique de textes en langues naturelles. 
Ma thèse s’est porté sur un problème combinatoire appelé « Problème de la plus petite grammaire », qui consiste à trouver la plus petite grammaire sans contexte générant exactement une séquence. C’est cette méthode qui a été utilisée pour compresser des séquences d’ADN, pour se approximer la complexité de Kolmogorov (une fonction non calculable du caractère aléatoire d’une séquence donnée) et pour découvrir la structure de l’ADN.




À la suite de cette récompense comment voyez-vous la suite de votre carrière ?



Ayant vécu dans plusieurs pays, j’ai connu plusieurs chocs culturels au cours de ma vie. Mais aucun ne m’a autant étonné que celui qui m’attendait lorsque j’ai rejoint le Xerox Research Centre Europe. De l’application de théories computationnelles à la bioinformatique, j’ai commencé à utiliser des méthodes statistiques sur les langues naturelles et d’autres types de données (Xerox est présent dans de larges domaines tels que les transports, la santé et les services clients, pour n’en citer que quelques-uns) avec à l’esprit un objectif plus orienté vers les applications. Les différences au sein des communautés de recherche en langues et des motivations de celles-ci sont subtiles, mais néanmoins importantes.


Et en même temps, de nombreux éléments peuvent être transférés d’un domaine d’application (comme la génétique moléculaire) à un autre (comme le traitement des langues naturelles). La même chose s’applique au sein d’un domaine (tel que l’apprentissage automatique) où il existe des approches très différentes pour exécuter une même tâche. J’aime trouver des opportunités de recherche au cours de ce processus et ainsi adapter les théories, les structures de données et les algorithmes d’un domaine à l’autre.
Comme je l’ai expliqué plus tôt, j'aime que l'informatique ouvre la voie vers plusieurs disciplines. Mais pour pouvoir les explorer, il faut accepter d’être à la frontière de ces disciplines, avec un pied dans chaque domaine.

Mots-clés : Matthias Gallé AFIA Bioinformatique Symbiose Inria Rennes Bretagne Atlantique

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