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Disparition

Isabelle Kling (*) - 20/09/2019

Décès de David Ritchie

C’est avec beaucoup de tristesse que nous vous faisons part du décès de David Ritchie, directeur de recherche Inria et responsable de l’équipe Capsid, commune à Inria et au Loria.

David Ritchie a succombé le dimanche 15 septembre à l’hôpital de Nancy, des suites d’un cancer contre lequel il s’est battu avec détermination pendant 2 ans. Sa gentillesse, son humour, de même que sa créativité et son expertise scientifique inestimables en avaient fait un des piliers du centre Inria Nancy-Grand Est. L’estime et l’affection de ses collègues l’ont accompagné tout au long de cette période difficile.

« Sans en faire état, Dave nous a donné une leçon de courage. Il est resté jusqu’à la fin fidèle à ses engagements, attentif à ses collègues et capable d’humour. Il a toujours été très lucide sur sa maladie, s’efforçant de tout connaître sur elle, refusant jusqu’au bout qu’elle lui prenne ce qui lui tenait le plus à cœur, son activité de chercheur », témoigne Marie-Dominique Devignes, coresponsable avec David Ritchie de l’équipe Capsid.

Un pionnier en bio-informatique

David Ritchie a intégré le centre Inria Nancy-Grand Est en 2008 au sein de l’équipe Orpailleur, commune à Inria et au Loria, avec un objectif : faire de la recherche !

Originaire d’Écosse, il était auparavant chargé de cours en informatique auprès de l’université d’Aberdeen, un emploi intéressant, mais qui ne lui laissait pas assez de temps pour sa passion : la modélisation des interactions entre les molécules du vivant. Afin de se consacrer pleinement à son projet de recherche, il obtient donc une chaire d’excellence de l’ANR (Agence Nationale de Recherche) en 2008, et s’installe dans la foulée à Nancy pour développer des algorithmes de haute performance pour la biologie structurale. Il est recruté en tant que directeur de recherche Inria en 2011, après avoir rédigé son mémoire d’Habilitation à Rédiger des Recherches en français : 150 pages dans la langue de Molière, un véritable défi qu’il avait à cœur de réussir !

À l’époque David Ritchie est un pionnier : au lieu de représenter les positions relatives de deux protéines en interaction dans un référentiel cartésien (selon les axes x, y et z généralement enseignés à l’école), il se base sur un référentiel sphérique. À partir d’un point « central » positionné au centre de l’une des molécules, il détermine la position des points de sa surface et de ceux de l’autre molécule par leur distance et leur angle à ce point central. Ce changement de paradigme, appelé par les experts « corrélations sphériques polaires de Fourier », le positionne comme une figure majeure dans son domaine.

Chercheur et entrepreneur

David Ritchie a également été parmi les premiers à adapter les calculs de simulation de l’amarrage de deux protéines entre elles (communément appelé le docking ) aux processeurs graphiques programmables (GPU) qui démultiplient la puissance de calcul des ordinateurs. Il a ainsi permis de multiplier par 50 la vitesse de calcul de son tout premier algorithme de docking (Hex ) ! Par la suite, il met au point une nouvelle technique de classement des protéines selon leur forme et construit une base de données de référence pour modéliser, par homologie, de nouvelles interactions protéiques.Toutes ces avancées ont contribué à mieux connaître les milliers de complexes protéiques dont la formation est essentielle à la vie de nos cellules.

En 2009, ces travaux le mènent également à la création de la startup Harmonic Pharma . Cette dernière identifie de potentielles nouvelles utilisations thérapeutiques pour des molécules déjà existantes, sur la base de leurs structures 3D et de leurs possibles interactions dans l’organisme.

David Ritchie fonde sa propre équipe-projet : Capsid, commune à Inria et au Loria, en 2015. Située à l’interface entre le développement informatique et la biologie des systèmes, elle a pour objectif de développer des logiciels innovants pour étudier les grosses structures biologiques composées de plusieurs sous-unités, plus compliquées à modéliser. Par l’intermédiaire de partenariats avec les hôpitaux de Nancy, David Ritchie et son équipe ont aussi contribué à l’interprétation des résultats d’études biomédicales et cliniques.

Le cancer le frappe en 2017. Il partage alors la responsabilité de Capsid avec Marie-Dominique Devignes tout en restant très impliqué dans la vie et les projets de l’équipe.

Il nous manquera beaucoup.

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