Equipe-projet

ERABLE

Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale
Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale

Les cellules sont considérées comme les unités structurelles, fonctionnelles et biologiques de base de tous les systèmes vivants. Elles représentent les plus petites unités de vie qui peuvent se répliquer indépendamment, et sont souvent désignées comme les blocs de construction de la vie. Les organismes vivants sont ensuite classés en unicellulaires - ce qui est le cas de la plupart des bactéries et archées - ou pluricellulaires - ce qui est le cas des animaux et des plantes. En fait, les organismes multicellulaires, tels que par exemple les humains, peuvent être considérés comme composés de cellules natives (humaines), mais aussi de cellules étrangères représentées par les diverses bactéries vivant à l'intérieur de l'organisme. La proportion de celles-ci par rapport au nombre de cellules natives est considéré comme élevé : il est par exemple de 90% chez l'homme. Les organismes multicellulaires ont ainsi été décrits aussi comme des « superorganismes avec un écosystème interne commposé d’un microbiote diversifié et de parasites symbiotiques » (Nicholson et al, Nat Biotechnol, 22 (10): 1268-1274, 2004), où symbiotique signifie que les organismes unicellulaires étrangers (cellules) vivent une relation intime, et dans ce cas, à long terme à la fois avec les organismes multicellulaires qu'ils habitent et entre eux. D'autre part, les bactéries parfois se regroupent en colonies d'individus génétiquement identiques qui peuvent acquérir à la fois la capacité d'adhérer ensemble et à se spécialiser pour différentes tâches. Un exemple de cela est la cyanobactérie Anabaena sphaerica qui peut se regrouper pour former des filaments de cellules différenciées, certaines - les hétérocystes - spécialisées dans la fixation de l'azote, tandis que d’autres sont capables de photosynthèse. Ces filaments ont été considérés comme les premiers exemples de motifs multicellulaires.

À l'extrême, on pourrait alors voir la vie comme une collection, ou une collection de collections de cellules auto-réplicatives génétiquement identiques ou distinctes qui interagissent, parfois étroitement et pour de longues périodes de temps évolutif, avec des objectifs fonctionnels identiques ou distincts. L'interaction peut être à l'équilibre, ce qui signifie qu'elle est avantageuse ou neutre pour tous, ou elle peut être instable dans le sens où l'interaction peut être ou devenir bénéfique à un moment donné seulement à certains et nuire à d'autres cellules ou groupes de cellules. L'interaction peut impliquer d'autres systèmes vivants, ou des systèmes qui ont été décrits comme étant situés au bord de la vie tels que les virus, ou d’autres matériaux génétiques ou inorganiques tels que, respectivement, des éléments transposables et des composés chimiques.

Centre(s) inria
Grenoble - Rhône-Alpes
En partenariat avec
Université Claude Bernard (Lyon 1),Institut national des sciences appliquées de Lyon,Centrum Wiskunde & Informatica,Université de Rome la Sapienza

Membres

Responsable de l'équipe

Anouchka Ronceray

Assistant(e) de l'équipe