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Equipe de recherche GENSCALE

Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics

  • Responsable : Dominique Lavenier
  • Type : Équipe-projet
  • Centre(s) de recherche : Rennes
  • Domaine : Santé, biologie et planète numériques
  • Thème : Biologie numérique
  • Partenaire(s) : CNRS,Université Rennes 1,École normale supérieure de Rennes
  • Collaborateur(s) : U. RENNES 1, CNRS, INRIA, INSA RENNES, CENTRALESUPELEC, ENS RENNES, INSTITUT MINES-TELECOM, UBS

Présentation de l'équipe

GenScale est une équipe de recherche en bio-informatique. Son principal objectif est de développer des méthodes, des outils et des logiciels performants pour le traitement des données génomiques. Notre recherche est motivée par le développement rapide des technologies de séquencage de deuxième et troisiìeme généneration qui procure d'imprtants défis tant en bioinformatique qu'en science de l'information.

Nous travaillons en étroite collaboration avec des équipes en sciences du vivant (agronomie, écologie, santé)

 

 

 

Axes de recherche

Au sein de GenScale, la recherche est organisée en 4 principaux axes :

Structure de données

  • Indexation des masses de données génomique
  • Travaux sur la structure de graphe de de-Bruijn
  • Developpement d'un bibliothèque logicielle optimisée

Algorithms

  • Logiciels optimisés en temps et en mémoire pour le traitement des données NGS
  • compression de données, assemblage de génome, détection de variants, metagenomique, GWAS

Parallélisme

  • Multithreading, Vectorisation (SSE, AVX, ...)
  • Accelertor matériel, Nouvelles technologies de memoire

Applications

  • Environnement
  • Santé
  • Agronomie

Relations industrielles et internationales

International

  • Los Alamos, NM, USA
  • Sofia University, Bulgaria
  • ITN European project

Industrie

  • UpMem, https://www.upmem.com/
  • Seenergi, http://www.seenergi.fr/
  • Enancio, https://www.enancio.fr/

Mots-clés : Bioinformatique genomique parallelisme scalabilité optimisation

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