Lire & Voir : Numérique et Sciences du vivant
Le vivant et l'ordinateur : le défi d'une science de l'organisation
Walter Fontana, leçon inaugurale au Collège de France (octobre 2019) [caption id="attachment_33686" align="alignright" width="300"]
Source : Collège de France.[/caption]
Accéder à la vidéo.
Devenu professeur à l'Université de Harvard après un parcours en chimie à l'Université de Vienne (retracer son début de carrière serait trop long), Walter Fontana se définit lui-même comme un théoricien et informaticien travaillant sur les systèmes biologiques. Le 24 octobre 2019, il a donné la leçon inaugurale intitulée « Le vivant et l'ordinateur : le défi d'une science de l'organisation », en ouverture de ses cours au Collège de France pour l'année 2019-2020.
Dans cette leçon, Walter Fontana établit le parallèle entre des réactions chimiques en sciences de la vie et certaines approches informatiques. Dans une première partie, il montre l'analogie entre le lambda-calcul et la « soupe de composants » qui interviennent dans des réactions chimiques. Dans une deuxième partie, il aborde certains types de réactions chimiques, en particulier les réactions auto-catalysantes. Enfin, il relie réactions chimiques et règles de réécriture, que ce soit au niveau « chimie moléculaire » ou « biologie moléculaire », en prenant l'exemple de l'action des protéines en sciences du vivant.
Pour une néophyte en chimie et biologie comme moi, cet exposé paraît plus orienté sur la chimie du vivant que sur l'informatique. Cependant, Walter Fontana émaille son exposé de considérations informatiques, par exemple sur la nécessité de « nettoyer » le graphe, décrivant une succession de réactions, de cycles inutiles, ou sur la difficulté, fréquemment rencontrée, de traiter les problèmes du fait de leur combinatoire explosive.
Comme le précise Walter Fontana à plusieurs reprises, cette leçon ne donne qu'un aperçu des différents points qui seront traités tout au long de l'année dans son cycle de cours : l'occasion sans aucun doute de définir plus précisément les concepts informatiques évoqués et leur traduction en chimie du vivant. En effet, dans cette leçon inaugurale, les moins informaticien·ne·s de l'auditoire seront probablement resté·e·s quelque peu sur leur faim car les notions et techniques informatiques sont mentionnées sans être détaillées : la diversité des points de vue donnés, côté chimie et sciences du vivant, laisse de fait peu de place à l'exposé de tous les sujets abordés.
Le vivant et l'ordinateur : le défi d'une science de l'organisation
Walter Fontana, leçon inaugurale au Collège de France (octobre 2019) [caption id="attachment_33686" align="alignright" width="300"] Source : Collège de France.[/caption]
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Devenu professeur à l'Université de Harvard après un parcours en chimie à l'Université de Vienne (retracer son début de carrière serait trop long), Walter Fontana se définit lui-même comme un théoricien et informaticien travaillant sur les systèmes biologiques. Le 24 octobre 2019, il a donné la leçon inaugurale intitulée « Le vivant et l'ordinateur : le défi d'une science de l'organisation », en ouverture de ses cours au Collège de France pour l'année 2019-2020.
Dans cette leçon, Walter Fontana établit le parallèle entre des réactions chimiques en sciences de la vie et certaines approches informatiques. Dans une première partie, il montre l'analogie entre le lambda-calcul et la « soupe de composants » qui interviennent dans des réactions chimiques. Dans une deuxième partie, il aborde certains types de réactions chimiques, en particulier les réactions auto-catalysantes. Enfin, il relie réactions chimiques et règles de réécriture, que ce soit au niveau « chimie moléculaire » ou « biologie moléculaire », en prenant l'exemple de l'action des protéines en sciences du vivant.
Pour une néophyte en chimie et biologie comme moi, cet exposé paraît plus orienté sur la chimie du vivant que sur l'informatique. Cependant, Walter Fontana émaille son exposé de considérations informatiques, par exemple sur la nécessité de « nettoyer » le graphe, décrivant une succession de réactions, de cycles inutiles, ou sur la difficulté, fréquemment rencontrée, de traiter les problèmes du fait de leur combinatoire explosive.
Comme le précise Walter Fontana à plusieurs reprises, cette leçon ne donne qu'un aperçu des différents points qui seront traités tout au long de l'année dans son cycle de cours : l'occasion sans aucun doute de définir plus précisément les concepts informatiques évoqués et leur traduction en chimie du vivant. En effet, dans cette leçon inaugurale, les moins informaticien·ne·s de l'auditoire seront probablement resté·e·s quelque peu sur leur faim car les notions et techniques informatiques sont mentionnées sans être détaillées : la diversité des points de vue donnés, côté chimie et sciences du vivant, laisse de fait peu de place à l'exposé de tous les sujets abordés.