Logiciel

Atelier sur les environnements logiciels reproductibles pour la recherche et le HPC

Date:
08 au 10 nov. 2023
Lieu :
Institut Agro Montpellier
,

2 place Pierre Viala , 34060 Montpellier

Mis à jour le 14/11/2023
Dans l'esprit de la session de recherche de l'événement "Dix ans de Guix" et de l'atelier francophone précédent sur les environnements logiciels reproductibles, cet événement rassemblera des scientifiques et des praticiennes et praticiens du calcul haute performance (HPC) - administrateurs/trices système, ingénieur(e)s et chercheurs et chercheuses - pour partager leur expérience de la construction d'expériences de calcul robuste avec Guix et les outils associés.
Titre

Programme

Jour
Nom du jour

Mercredi 08/11 - Reproductibilité des logiciels

horaire
horaire
13h30
Description

Prendre soin de son environnement 

Konrad Hinsen (Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS; Synchrotron SOLEIL; France)

horaire
14h15
Description

Bonnes pratiques pour la reproductibilité 

Miguel Colom-Barco (Centre Borelli, ENS Paris-Saclay, France)

horaire
15h00
Description

Environnements de calcul reproductibles avec Binder

Sarah Gibson (2i2c, Royaume-Uni)

horaire
16h15
Description

Qu'est-ce que le Guix ?

Josselin Poiret (équipe Gallinette ; Université de Nantes, Inria, France)

horaire
17h00
Description

Tout le monde peut apprendre à Guix

Nicolas Vallet (CHU de Tours, Service d'hématologie et de thérapie cellulaire, Inserm U1069, groupe LNOx, France)

Nom du jour

Jeudi 09/11 - Tutoriels d'introduction et rapports d'expérience

horaire
horaire
09h00
Description

Software Heritage : archiver son code source pour un référencement cohérent et durable

Benoît Chauvet (Software Heritage, France)

horaire
10h15
Description

Comment démarrer avec Gitlab, un outil essentiel pour la reproductibilité de la recherche ?

Alizia Tarayoun (Université Grenoble-Alpes, France)

Gitlab avancé - Comment mettre en place l'intégration continue dans vos projets Gitlab ? Un pas de plus vers la reproductibilité des logiciels

Franck Pérignon (Laboratoire Jean Kuntzmann, CNRS, France)

horaire
11h30
Description

Jupyter Notebook reproductible et BinderHub

Pierre-Antoine Bouttier (GRICAD, France)

Comment utiliser le mode Org et Guix pour construire une étude expérimentale reproductible ?

Marek Felšöci (Inria, France)

horaire
14h00
Description

Une décennie de Guix - une rétrospective subjective

Ricardo Wurmus (Centre Max Delbrück, Allemagne)

horaire
14h45
Description

Pourquoi nous déployons et développons en utilisant Guix et pourquoi vous devriez le faire aussi ? Un rapport d'expérience de GeneNetwork

Arun Isaac (Département de génétique, évolution et environnement, University College London, Royaume-Uni)

horaire
15h30
Description

PsychNotebook est conçu comme...

Lars-Dominik Braun

horaire
16h30
Description

Gestion reproductible des machines virtuelles avec Guix

Yann Dupont (GLiCID, France)

horaire
17h15
Description

Concilier le calcul haute performance et l'utilisation de bibliothèques tierces

Emmanuel Agullo (Inria, France)

Nom du jour

Vendredi 10/11 - Encore des tutoriels !

horaire
horaire
09h00
Description

Comment commencer à utiliser Guix ?

Ludovic Courtès (Inria, France)

How to make advanced packages

Simon Tournier (Université Paris-Cité, Institut de Recherche Saint Louis, Inserm US53, CNRS, France)

horaire
10h45
Description

Comment commencer à écrire des paquets Guix ?

Andreas Enge (Inria, France)

Comment installer et gérer Guix sur un cluster ?

Bruno Bzeznik (GRICAD, France)

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