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Il y a 52 Résultats avec le mot clé : "Rencontre Inria Industrie"

© INRIA Sophie Auvin - L comme Langage

Une plateforme pour le contrôle temps-réel de processus cellulaires (vidéo)

Equipe de recherche LIFEWARE (Inria Paris - Rocquencourt) -

Cette démonstration présentera une plateforme expérimentale intégrant un microscope à épifluorescence, des dispositifs microfluidiques et logiciels pour la commande temporelle précise de l'expression génique dans des cellules de levure.

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FluoBacTracker, un outil intégré pour l'analyse d'image automatique de bactéries en croissance (vidéo)

Equipe de recherche BEAGLE (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) -

FluoBacTracker est un outil intégré pour l’indentification et le suivi (tracking) automatique des bactéries en croissance et leur lignage dans des films de microscopie. D’autre part, les marqueurs fluorescents intracellulaires éventuels sont identifiés et leur dynamique spatiale est caractérisée.

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Structures et Intereactions des Protéines (vidéo)

Equipe de recherche ORPAILLEUR (Inria Nancy - Grand Est) -

Cette démonstration présente des algorithmes et des logiciels (notamment Hex, Kpax, Kbdock) développés par l'équipe Orpailleur pour l'amarrage rapide en 3D des protéines et l'alignement rapide des structures de protéines :
- Hex est un logiciel graphique et interactif en 3D pour l'amarrage rigide de pairs de protéines ;
- Kpax est un logiciel pour l'alignement des structures 3D de protéines et pour des recherches rapides des bases de données structurales.
- Kbdock est une approche fondée sur le raisonnement à partir de cas pour la modélisation des interactions protéine-protéine. Les solutions peuvent être affinées et classées en utilisant notre logiciel de docking "Hex".

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© INRIA Sophie Auvin - A comme Algorithme

Exploitation du contenu des sources données biologiques publiques

Equipe de recherche AMIB (Inria Saclay - Île-de-France) -

Cette démonstration mettra en jeu deux outils : BioGuide et GeneValorization. Avec BioGuide, nous interrogerons les sources de données publiques du web (e.g., "quels sont les gènes connus pour être associés au cancer du sein"?). Nous montrerons comment BioGuide est capable d'exploiter la très grande complémentarité de ces sources hétérogènes. Avec GeneValorization, nous montrerons comment très rapidement obtenir une vision synthétique des connaissances existantes (publications) sur un ensemble de gènes relativement à un contexte d'étude.

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Genetic Network Analyzer : modélisation et simulation qualitative de réseaux de régulation

Equipe de recherche IBIS (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) et société GENOSTAR -

Genetic Network Analyzer (GNA) est un outil informatique pour la modélisation et la simulation de réseaux de régulation génique. L'objectif de GNA est d'assister les biologistes et les bio-informaticiens dans la construction d'un modèle d'un réseau de régulation génique et d'analyser le comportement dynamique de ce réseau de façon qualitative. GNA a été intégré dans l'environnement d'analyse comparative de génomes, protéomes et métabolomes bactériens développé par Genostar SA.

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Bibliothèques et logiciels open-source pour le traitement d'image et la visualisation de données

Société KITWARE -

Le développement de logiciels de traitement d’images et de visualisation 3D est souvent complexe et couteux. Nous présentons ici des outils libres développés et supportés par Kitware pour le traitement d’images, la modélisation et la visualisation de données. Ces outils sont reconnus internationalement et utilisés par de grands groupes, des PME et des centres de recherche à travers le monde. Ces bibliothèques open source s’intègrent rapidement tout en apportant des algorithmes de pointe dans les applications logicielles, à moindre coût.

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Logiciels pour le séquençage haut débit et les peptides non-ribosomiques (PNR) (vidéo)

Equipe de recherche BONSAI (Lille - Nord Europe) -

L’équipe de bio-informatique Bonsai développe une offre logicielle complète pour l’analyse de données de séquençage à haut-débit : mapping, RNA-seq, DNA-seq, métagénomique, métatranscriptome, quantification de recombinaisons lymphocytaires. Bonsai propose également une ressource unique dédiée aux peptides non-ribosomiques : Norine.
Norine comprend une base de données et des outils d'analyse qui facilitent la découverte de nouveaux peptides et médicaments potentiels. La pénicilline et l'anti-cancéreux actinomycine sont des exemples connus de PNR déjà commercialisés avec succès.

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Outils pour la modélisation de données pharmacométriques et de signaux biomédicaux (vidéo)

Equipe de recherche POPIX (Inria Saclay - Île-de-France) et la start-up Lixoft -

Nous présenterons différents logiciels :

- Monolix, une plateforme de référence pour la modélisation en pharmacométrie de population,
- Mlxplore, un logiciel interactif de visualisation de modèles pharmacométriques complexes,
- Segsig, un outil de segmentation automatique de signaux.

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KLAST : une nouvelle technologie de comparaison de séquences à haute performance (vidéo)

Equipe de recherchde GENSCALE (Inria Rennes - Bretagne Atlantique) et Korilog Sarl -

Korilog et Genscale feront une présentation de KLAST, depuis les fondements algorithmiques, jusqu'à ses applications en analyse de données de séquençage de nouvelle génération.

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KisSplice : Assemblage local de transcriptomes (vidéo)

Equipe de recherche BAMBOO (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) -

KisSplice est un logiciel qui permet d'analyser des données RNAseq avec ou sans génome de référence. C'est un assembleur local de transcriptome. Il permet d'identifier des SNPs, des indels et des évènements d'épissage alternatif. Il permet de traiter plusieurs conditions expérimentales, et ainsi quantifier chaque variant dans chaque condition. Il a de très bonnes performances mémoire (5Go pour 100M lectures).

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