Action Exploratoire

SLIMMEST

Apprentissage statistique guidé par le génome pour la modélisation spatio-temporelle du microbiote intestinal
Apprentissage statistique guidé par le génome pour la modélisation spatio-temporelle du microbiote intestinal

Les communautés microbiennes sont des ensembles hétérogènes d'organismes interagissant dans un environnment spatial lui-même hétérogène. Comprendre leur fonctionnement est crucial pour de nombreuses applications en santé, écologie et biotechnologies. SLIMMEST construit des modèles spatio-temporels de communautés microbiennes en combinant deux approches de modélisation du métabolisme : une approche qualitative à l'échelle de la communauté reposant sur une abstraction logique, et une modélisation quantitative à base de méta-modèles et d'optimisation numérique. En associant ces deux stratégies intialement orthogonales, SLIMMEST vise à modéliser avec précision les comportements complexes de ces communautés tout en s'abstrayant des difficultés numériques inhérentes aux modèles spatialisés. Cette méthodologie sera appliquée à la construction d'une version numérique d'un modèle expérimental du microbiote intestinal murin. Le projet s'articule dans une perspective à plus long terme d'exploration in silico en amont des expérimentations, afin d'optimiser la planification expérimentale, réduire les coûts et limiter l'expérimentation animale.

Équipe(s) impliquée(s)
PLEIADE
En partenariat avec
INRAE

Membres

Clemence Frioux

Responsable scientifique

Simon Labarthe

Co-responsable scientifique