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Equipe de recherche SISTM

Publications de l'équipe SISTM

2017

Article dans une revue

titre
CRTgeeDR: An R Package for Doubly Robust Generalized Estimating Equations Estimations in Cluster Randomized Trials with Missing Data
auteur
Mélanie Prague, Rui Wang, Victor De Gruttola
article
R journal, R foundation, 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01579080/file/Prague_2017_RJournal%28CRTgeeDR%29.pdf BibTex
titre
Random Forests for Big Data
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot, Nathalie Villa-Vialaneix
article
Big Data Research, Elsevier, 2017, 9, pp.28-46. 10.1016/j.bdr.2017.07.003
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01233923/file/genuer_etal_p2016-r1.pdf BibTex
titre
Modeling CD4 + T cells dynamics in HIV-infected patients receiving repeated cycles of exogenous Interleukin 7
auteur
Ana Jarne, Daniel Commenges, Mélanie Prague, Yves Levy, Rodolphe Thiébaut
article
Annals Of Applied Statistics, Institute Mathematical Statistics, 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01579008/file/Jarne_2017_AOAS%28IL7%20ODE%29.pdf BibTex
titre
Review of recent Methodological Developments in group-randomized trials: Part 2 - Analysis
auteur
Mélanie Prague, Elisabeth Turner, Gallis John, Li Fan, Murray David
article
American Journal of Public Health, American Public Health Association, 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01579075/file/Turner_2017_AJPH_PART2.pdf BibTex
titre
Review of recent Methodological Developments in group-randomized trials: Part 1 - Design
auteur
Mélanie Prague, Elizabeth Turner, Li Fan, Gallis John, Murray David
article
American Journal of Public Health, American Public Health Association, 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01579073/file/Turner_2017_AJPH_PART1.pdf BibTex
titre
Integrative Analysis of Immunological Data to Explore Chronic Immune T-Cell Activation in Successfully Treated HIV Patients
auteur
Marie-Quitterie Picat, Isabelle Pellegrin, Juliette Bitard, Linda Wittkop, Cécile Proust-Lima, Benoît Liquet, Jean-François Moreau, Fabrice Bonnet, Patrick Blanco, Rodolphe Thiébaut, Katalin Andrea Wilkinson
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), 10.1371/journal.pone.0169164
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titre
Systems Vaccinology Identifies an Early Innate Immune Signature as a Correlate of Antibody Responses to the Ebola Vaccine rVSV-ZEBOV
auteur
Anne Rechtien, Laura Richert, Hadrien Lorenzo, Gloria Martrus, Boris Hejblum, Christine Dahlke, Rahel Kasonta, Madeleine Zinser, Hans Stubbe, Urte Matschl, Ansgar Lohse, Verena Krähling, Markus Eickmann, Stephan Becker, Rodolphe Thiébaut, Marcus Altfeld, Marylyn Addo, Selidji Todagbe Agnandji, Sanjeev Krishna, Peter G. Kremsner, Jessica S. Brosnahan, Philip Bejon, Patricia Njuguna, Marylyn M. Addo, Claire-Anne Siegrist, Angela Huttner, Marie-Paule Kieny, Vasee Moorthy, Patricia Fast, Barbara Savarese, Olivier Lapujade
article
Cell Reports , Elsevier Inc, 2017, 20 (9), pp.2251 - 2261. 10.1016/j.celrep.2017.08.023
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titre
Variance component score test for time-course gene set analysis of longitudinal RNA-seq data
auteur
Denis Agniel, Boris P Hejblum
article
Biostatistics, Oxford University Press (OUP), 2017, Biostatistics, https://academic.oup.com/biostatistics/article-abstract/doi/10.1093/biostatistics/kxx005/3065599/Variance-component-score-test-for-time-course-gene. 10.1093/biostatistics/kxx005
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https://arxiv.org/pdf/1605.02351 BibTex
titre
Modelling of optimal training load patterns during the 11 weeks preceding major competition in elite swimmers
auteur
Philippe Hellard, Charlotte Scordia, Marta Avalos, Iñigo Mujika, Pyne David
article
Applied Physiology, Nutrition, and Metabolism, NRC Research Press (Canadian Science Publishing), 2017
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titre
Prescription medicine use by pedestrians and the risk of injurious road traffic crashes: A case-crossover study
auteur
Née Mélanie, Marta Avalos, Audrey Luxcey, Benjamin Contrand, L Rachid Salmi, Annie Fourrier-Reglat, B. Gadegbeku, Emmanuel Lagarde, Ludivine Orriols
article
PLoS Medicine, Public Library of Science, 2017
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Poster

titre
In Silico Evaluation of HIV Short-cycle Therapies with Dynamical Models
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Rodolphe Thiébaut
article
Keystone Symposium , Aug 2017, Este Park, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01579070/file/PRAGUE_Keystone_poster_Final.pdf BibTex

Document associé à des manifestations scientifiques

titre
Joint-state and parameters estimation using nudging and SEIK filters for HIV mechanistic models
auteur
Mélanie Prague, Rodolphe Thiébaut, Philippe Moireau, Annabelle Collin
article
Journée de la statistique francaise, Jun 2017, Avignon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01579068/file/Abstract_PRAGUE_JDS2017_v2.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Sequential Dirichlet Process Mixtures of Multivariate Skew t-distributions for Model-based Clustering of Flow Cytometry Data
auteur
Boris P. Hejblum, Chariff Alkhassim, Raphael Gottardo, François Caron, Rodolphe Thiébaut
article
39 pages, 11 figures. 2017
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https://arxiv.org/pdf/1702.04407 BibTex
titre
Arbres CART et Forêts aléatoires, Importance et sélection de variables
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01387654/file/genuer_poggi.chap_JES2016.pdf BibTex

2016

Article dans une revue

titre
No Positive Association between Vitamin D Level and Immune Responses to Hepatitis B and Streptococcus pneumoniae Vaccination in HIV-Infected Adults
auteur
Jean-Paul Viard, Alex Assuied, Yves Lévy, Jean-Claude Souberbielle, Rodolphe Thiébaut, Fabrice Carrat, Geneviève Chêne, Odile Launay, Laura Richert
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (12), pp.e0168640. 10.1371/journal.pone.0168640
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http://hal.upmc.fr/hal-01449359/file/journal.pone.0168640.pdf BibTex
titre
Use of dynamical models for treatment optimization in HIV infected patients : a sequential Bayesian analysis approach.
auteur
Mélanie Prague
article
Journal de la Société Française de Statistique, Société Française de Statistique et Société Mathématique de France, 2016, 157 (2), pp.20
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https://hal.inria.fr/hal-01416102/file/jsfds_PRAGUE_FINAL.pdf BibTex
titre
Intrinsic Defect in Keratinocyte Function Leads to Inflammation in Hidradenitis Suppurativa
auteur
Claire Hotz, Michele Boniotto, Aurélie Guguin, Mathieu Surenaud, Francette Jean-Louis, Pascaline Tisserand, Nicolas Ortonne, Barbara Hersant, Romain Bosc, Florence Poli, Henri Bonnabau, Rodolphe Thiébaut, Véronique Godot, Pierre Wolkenstein, Hakim Hocini, Yves Lévy, Sophie Hüe
article
Journal of Investigative Dermatology, Nature Publishing Group: Open Access Hybrid Model Option A, 2016, 136 (9), pp.1768 - 1780
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titre
Reference curves for CD4 T-cell count response to combination antiretroviral therapy in HIV-1-infected treatment-naïve patients
auteur
R Bouteloup, R Sabin, R Mocroft, M Gras, M Pantazis, M Le Moing, M D'Arminio Monforte, R Mary-Krause, R Roca, C Miro, R Battegay, R Brockmeyer, M Berenguer, R Morlat, C Obel, L De Wit, R Fätkenheuer, R Zangerle, C Ghosn, R Pérez-Hoyos, R Campbell, C Prins, R Chêne, R Meyer, R Dorrucci, C Torti, R Thiébaut
article
HIV Medicine, Wiley, 2016, 18 (1), pp.33 - 44. 10.1111/hiv.12389
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titre
Changes in HIV-1 Capsid Stability Induced by Common Cytotoxic-T-Lymphocyte-Driven Viral Sequence Mutations
auteur
P. Schommers, G. Martrus, U. Matschl, M. Sirignano, M. Lütgehetmann, L. Richert, T. J. Hope, G. Fätkenheuer, M. Altfeld, F. Kirchhoff
article
Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2016, 90 (16), pp.7579 - 7586. 10.1128/JVI.00867-16
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titre
Dynamic models for estimating the effect of HAART on CD4 in observational studies: Application to the Aquitaine Cohort and the Swiss HIV Cohort Study
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Jon Michael Gran, Bruno Ledergerber, Jim Young, Hansjakob Furrer, Rodolphe Thiébaut
article
Biometrics, Wiley, 2016
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titre
Repeated Cycles of Recombinant Human Interleukin 7 in HIV-Infected Patients With Low CD4 T-Cell Reconstitution on Antiretroviral Therapy: Results of 2 Phase II Multicenter Studies
auteur
Rodolphe Thiébaut, Ana Jarne, Jean-Pierre Routy, Irini Sereti, Margaret Fischl, Prudence Ive, Roberto F. Speck, Gianpiero D'Offizi, Salvatore Casari, Daniel Commenges, Sharne Foulkes, Ven Natarajan, Thérèse Croughs, Jean-François Delfraissy, Guiseppe Tambussi, Yves Levy, Michael M. Lederman
article
Clinical Infectious Diseases, Oxford University Press (OUP), 2016, 62 (9), pp.1178 - 1185
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titre
Early CD4+ T Cell Responses Are Associated with Subsequent CD8+ T Cell Responses to an rAd5-Based Prophylactic Prime-Boost HIV Vaccine Strategy
auteur
Edouard Lhomme, Laura Richert, Zoe Moodie, Chloé Pasin, Spyros A. Kalams, Cecilia Morgan, Steve Self, Stephen C. De Rosa, Rodolphe Thiébaut
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (4)
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https://hal.inria.fr/hal-01406611/file/journal.pone.0152952.pdf BibTex
titre
Targeting HIV-1 Env gp140 to LOX-1 Elicits Immune Responses in Rhesus Macaques
auteur
Gerard Zurawski, Sandra Zurawski, Anne-Laure Flamar, Laura Richert, Ralf Wagner, Georgia D. Tomaras, David C. Montefiori, Mario Roederer, Guido Ferrari, Christine Lacabaratz, Henri Bonnabau, Peter Klucar, Zhiqing Wang, Kathryn E. Foulds, Shing-Fen Kao, Nicole L. Yates, Celia Labranche, Bertram L. Jacobs, Karen Kibler, Benedikt Asbach, Alexander Kliche, Andres Salazar, Steve Reed, Steve Self, Raphael Gottardo, Lindsey Galmin, Deborah Weiss, Anthony Cristillo, Rodolphe Thiebaut, Giuseppe Pantaleo, Yves Levy
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (4), 10.1371/journal.pone.0153484
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https://hal.inria.fr/hal-01389087/file/journal.pone.0153484.PDF BibTex
titre
Immunologic response in treatment-naïve HIV-2-infected patients: the IeDEA West Africa cohort
auteur
Eric Balestre, Didier Koumavi Ekouevi, Boris Tchounga, Serge Paul Eholie, Eugène Messou, Adrien Sawadogo, Rodolphe Thiébaut, Margaret T May, Jonathan Ac Sterne, François Dabis
article
Journal of the International AIDS Society, BioMed Central, 2016, 19 (1), 10.7448/IAS.19.1.20044
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BibTex
titre
Cohort Profile: Collaboration of Observational HIV Epidemiological Research Europe (COHERE) in EuroCoord
auteur
Chêne Geneviève, Phillips Andrew, Costagliola Dominique, Sterne Jonathan, Furrer Hansjakob, Del Amo Julia, Mocroft Amanda, Monforte Antonella d'Arminio, Dabis François, Miro José M., Barger Diana, Termote Monique, Schwimmer Christine, Salbøl Brandt Rikke, Friis-Moller Nina, Raben Dorthe, Haerry David, Egger Matthias, Weller Ian, De Wit Stéphane
article
International Journal of Epidemiology, Oxford University Press (OUP), 2016, 0, 10.1093/ije/dyw211
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01417305/file/Resubmission_IJE_23APR2016_v2.0.pdf BibTex
titre
Superior efficacy of an HIV vaccine combined with ARV prevention in SHIV challenged non-human primates
auteur
Roger Le Grand, Nathalie Bosquet, Stefania Dispinseri, Leslie Gosse, Delphine Desjardins, Xiaoying Shen, Monica Tolazzi, Christina Ochsenbauer, Hela Saidi, Georgia Tomaras, Melanie Prague, Susan Barnett, Rodolphe Thiebaut, Alethea Cope, Gabriella Scarlatti, Robin Shattock
article
Journal of Virology, ASM Journal, 2016, 10.1128/JVI.00230-16
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https://hal.inria.fr/hal-01579552/file/Le%20Grand_2016_JVI%28Survival%20SHIV%20vaccine%29.pdf BibTex
titre
A method to estimate the size and characteristics of HIV-positive populations using an individual-based stochastic simulation model
auteur
Fumiyo Nakagawa, Ard Van Sighem, Rodolphe Thiebaut, Colette Smith, Oliver Ratmann, Valentina Cambiano, Jan Albert, Andrew Amato-Gauci, Daniela Bezemer, Colin Campbell, Daniel Commenges, Martin Donoghoe, Deborah Ford, Roger Kouyos, Rebecca Lodwick, Jens Lundgren, Nikos Pantazis, Anastasia Pharris, Chantal Quinten, Claire Thorne, Giota Touloumi, Valerie Delpech, Andrew Phillips
article
Epidemiology, Lippincott, Williams & Wilkins, 2016, 27 (2), pp.247-256. 10.1097/EDE.0000000000000423
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titre
Group and sparse group partial least square approaches applied in genomics context
auteur
Benoît Liquet, Pierre Lafaye de Micheaux, Boris P. Hejblum, Rodolphe Thiébaut
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (1), pp.35-42. 10.1093/bioinformatics/btv535
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BibTex
titre
Accounting for interactions and complex inter-subject dependency in estimating treatment effect in cluster-randomized trials with missing outcomes
auteur
Mélanie Prague, Wang Rui, Stephens Alisa, Tchetgen Eric, Victor De Gruttola
article
Biometrics, Wiley, 2016, 64, pp.707 - 1077. 10.1111/j.1541-0420.2007.00976.x
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https://hal.inria.fr/hal-01579083/file/Prague_Biometrics_2016%28DR%20GEE%20CRT%29.pdf BibTex
titre
Surveillance of T Cells Predicts Cytomegalovirus Infection Resolution in Kidney Transplants
auteur
Hannah Kaminski, Isabelle Garrigue, Lionel Couzi, Benjamin Taton, Thomas Bachelet, Jean-François Moreau, Julie Dechanet-Merville, Rodolphe Thiebaut, Pierre Merville
article
Journal of the American Society of Nephrology, American Society of Nephrology, 2016, 27 (2), pp.637-645. 10.1681/ASN.2014100985
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BibTex
titre
Point-of-Care Cepheid Xpert HIV-1 Viral Load Test in Rural African Communities Is Feasible and Reliable
auteur
Sikhulile Moyo, Terence Mohammed, Kathleen Wirth, Melanie Prague, Kara Bennett, Molly Holme, Lucy Mupfumi, Philemon Sebogodi, Natasha Moraka, Corretah Boleo, Comfort Maphorisa, Boitumelo Seraise, Simani Gaseitsiwe, Rosemary Musonda, Erik Van Widenfelt, Kathleen Powis, Tendani Gaolathe, Eric Tchetgen Tchetgen, Joseph Makhema, Max Essex, Shahin Lockman, Vladimir Novitsky
article
Journal of Clinical Microbiology, American Society for Microbiology, 2016, 54 (12), pp.3050 - 3055. 10.1128/JCM.01594-16
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https://hal.inria.fr/hal-01579540/file/Moyo_2017_JCM%28POC_Cepheid_Xpert_HIV-1_VL%29.pdf BibTex
titre
Comments on: "A Random Forest Guided Tour" by G. Biau and E. Scornet
auteur
Sylvain Arlot, Robin Genuer
article
Test, Spanish Society of Statistics and Operations Research/Springer, 2016, 25 (2), pp.228--238. http://dx.doi.org/10.1007/s11749-016-0484-4. 10.1007/s11749-016-0484-4
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297557/file/commentaire.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Evolution of Teaching Strategies in a French ODL University Course
auteur
Marta Avalos, Mélanie Le Goff, Pierre Joly, Marthe-Aline Jutand, Ahmadou Alioum
article
H. MacGillivray; M. Martin; B. Phillips. 9th Australian Conference on Teaching Statistics (OZCOTS), Dec 2016, Canberra, Australia. pp.183, 2016, Proceedings of the Ninth Australian Conference on Teaching Statistics, December 2016, Canberra, Australia. http://asc2016.com.au/ozcots/
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https://hal.inria.fr/hal-01396772/file/OZCOTS2016_AvalosM_Final-6.pdf BibTex
titre
Exploring variable selection in additive mixed effects models using group lasso
auteur
Marta Avalos, Perrine Soret, Cristian Meza, Karine Bertin, Hao Ren, Philippe Hellard
article
23rd Australian Statistical Conference, Dec 2016, Canberra, Australia. http://asc2016.com.au/
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BibTex
titre
Clustering of temporal sport training curves: a comparison of FDA and LDA approaches
auteur
Gaëlle Lefort, Marta Avalos, Perrine Soret, Pyne David, Jean François Toussaint, Philippe Hellard
article
23rd Australian Statistical Conference , Dec 2016, Canberra, Australia. http://asc2016.com.au/
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BibTex
titre
Adjustment for Unobserved Confounders in Health Administrative Databases
auteur
Bernard Silenou Chawo, Marta Avalos, Antoine Pariente, Hélène Jacqmin-Gadda
article
32nd International Conference on Pharmacoepidemiology & Therapeutic Risk Management, Aug 2016, Dublin, Ireland. 2016, https://www.pharmacoepi.org/meetings/32ICPE/
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BibTex
titre
Lasso-type estimators for non-parametric mixed-effects models: application to high-dimensional data from a vaccine clinical trial for HIV
auteur
Perrine Soret, Cristian Meza, Marta Avalos, Karine Bertin, Rodolphe Thiébaut
article
3rd conference of the International Society for Non-Parametric Statistics (ISNPS), Jun 2016, Avignon, France. http://www.isnpstat.org/
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BibTex
titre
A comparison of unsupervised curve classification methods for sport training data
auteur
Gaëlle Lefort, Marta Avalos, Perrine Soret, Pyne David, Jean François Toussaint, Philippe Hellard
article
3rd conference of the International Society for Non-Parametric Statistics (ISNPS), Jun 2016, Avignon, France. 2016, http://www.isnpstat.org/
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BibTex
titre
Estimateur de type Lasso pour modèle mixte non-paramétrique
auteur
Perrine Soret, Cristian Meza, Marta Avalos, Karine Bertin
article
48èmes Journées de Statistique, May 2016, Montpellier, France
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https://hal.inria.fr/hal-01396802/file/submission_189.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Combining clustering of variables and feature selection using random forests: the CoV/VSURF procedure
auteur
Marie Chavent, Robin Genuer, Jerome Saracco
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01345840/file/version_arxiv.pdf BibTex

2015

Article dans une revue

titre
Optimization and evaluation of Luminex performance with supernatants of antigen-stimulated peripheral blood mononuclear cells
auteur
Mathieu Surenaud, Céline Manier, Laura Richert, Rodolphe Thiébaut, Yves Levy, Sophie Hue, Christine Lacabaratz
article
BMC Immunology, BioMed Central, 2015, 17 (1), pp.44. 10.1186/s12865-016-0182-8
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_Article_182.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM3_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM8_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM2_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM6_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM1_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM7_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM5_ESM.pdf http://www.hal.inserm.fr/inserm-01395760/file/12865_2016_182_MOESM4_ESM.pdf BibTex
titre
VSURF: An R Package for Variable Selection Using Random Forests
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot
article
The R Journal, R Foundation for Statistical Computing, 2015, 7 (2), pp.19-33
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BibTex
titre
Dose finding with longitudinal data: simpler models, richer outcomes
auteur
Xavier Paoletti, Adélaïde Doussau, Monia Ezzalfani, Elisa Rizzo, Rodolphe Thiébaut
article
Statistics in Medicine, Wiley-Blackwell, 2015, 34 (22), 10.1002/sim.6552
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BibTex
titre
Guidelines for reporting methodological challenges and evaluating potential bias in dementia research
auteur
Jennifer Weuve, Cécile Proust-Lima, Melinda C. Power, Alden L. Gross, Scott M. Hofer, Rodolphe Thiébaut, Geneviève Chêne, M. Maria Glymour, Carole Dufouil
article
Alzheimer's and Dementia, Elsevier, 2015, 11 (9), pp.1098-1109. 10.1016/j.jalz.2015.06.1885
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BibTex
titre
Decreased HIV-Specific T-Regulatory Responses Are Associated with Effective DC-Vaccine Induced Immunity
auteur
Vedran Brezar, Nicolas Ruffin, Laura Richert, Mathieu Surenaud, Christine Lacabaratz, Karolina Palucka, Rodolphe Thiébaut, Jacques Banchereau, Yves Levy, Nabila Seddiki, Daniel C. Douek
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2015, 11 (3), pp.e1004752. 10.1371/journal.ppat.1004752
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BibTex
titre
CD41 T cell recovery during suppression of HIV replication: an international comparison of the immunological efficacy of antiretroviral therapy in North America, Asia and Africa.
auteur
Elvin H Geng, Torsten B Neilands, Rodolphe Thièbaut, Mwebesa Bosco Bwana, Denis Nash, Richard D Moore, Robin Wood, Djimon Marcel Zannou, Keri N Althoff, Poh Lian Lim, Jean B Nachega, Philippa J Easterbrook, Andrew Kambugu, Francesca Little, Gertrude Nakigozi, Damalie Nakanjako, Valerian Kiggundu, Patrick Chung Ki Li, David R Bangsberg, Matthew P Fox, Hansw Prozesky, Peter W Hunt, Mary-Ann Davies, Steven J Reynolds, Matthias Egger, Constantin T Yiannoutsos, Eric V Vittinghoff, Steven G Deeks, Jeffrey N Martin
article
International Journal of Epidemiology, Oxford University Press (OUP), 2015, 44 (1), pp.251-63
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BibTex
titre
Parameters identification for a model of T cell homeostasis
auteur
Houssein Ayoub, Bedreddine Ainseba, Michel Langlais, Rodolphe Thiébaut
article
Mathematical Biosciences and Engineering, 2015, 12 (5), pp.917--936. 10.3934/mbe.2015.12.917
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BibTex
titre
Recent developments in clinical trial designs for HIV vaccine research.
auteur
Laura Richert, Edouard Lhomme, Catherine Fagard, Yves Levy, Geneviève Chêne, Rodolphe Thiébaut
article
Human vaccines & immunotherapeutics, 2015, 11 (4), pp.1022--9. 10.1080/21645515.2015.1011974
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BibTex
titre
Sparse conditional logistic regression for analyzing large-scale matched data from epidemiological studies: a simple algorithm
auteur
Marta Avalos, Hélène Pouyes, Yves Grandvalet, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 6), pp.S1. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S6/S1. 10.1186/1471-2105-16-S6-S1
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https://hal.inria.fr/hal-01217312/file/1471-2105-16-S6-S1-1.pdf BibTex
titre
Surveillance of γδ T Cells Predicts Cytomegalovirus Infection Resolution in Kidney Transplants.
auteur
Hannah Kaminski, Isabelle Garrigue, Lionel Couzi, Benjamin Taton, Thomas Bachelet, Jean-François Moreau, Julie Dechanet-Merville, Rodolphe Thiébaut, Pierre Merville
article
Journal of the American Society of Nephrology, American Society of Nephrology, 2015, pp.00. 10.1681/ASN.2014100985
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BibTex
titre
Diabetes and cognitive decline in a French cohort of patients infected with HIV-1
auteur
Carole Dufouil, Laura Richert, Rodolphe Thiebaut, Mathias Bruyand, Hélène Amieva, Frédéric-Antoine Dauchy, Jean-François Dartigues, Didier Neau, Philippe Morlat, Patrick Dehail, François Dabis, Fabrice Bonnet, Geneviève Chene
article
Neurology, American Academy of Neurology, 2015, 85 (12), pp.1065-1073. 10.1212/WNL.0000000000001815
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BibTex
titre
The stochastic system approach for estimating dynamic treatments effect
auteur
Daniel Commenges, Anne Gégout-Petit
article
Lifetime Data Analysis, Springer Verlag, 2015, pp.18. 10.1007/s10985-015-9322-3
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BibTex
titre
Association of immune-activation and senescence markers with non-AIDS-defining comorbidities in HIV-suppressed patients
auteur
Pierre Duffau, Linda Wittkop, Estibaliz Lazaro, Fabien Le Marec, Céline Cognet, Patrick Blanco, Jean-François Moreau, Frédéric-Antoine Dauchy, Charles Cazanave, Marie-Anne Vandenhende, Fabrice Bonnet, Rodolphe Thiebaut, Isabelle Pellegrin
article
AIDS, Lippincott, Williams & Wilkins, 2015, 29 (16), 10.1097/QAD.0000000000000807
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titre
A new approach to integrate toxicity grade and repeated treatment cycles in the analysis and reporting of phase I dose-finding trials
auteur
Adélaide Doussau, Rodolphe Thiebaut, B. Geoerger, Patrick Schoffski, Anne Floquet, M. C. Le Deley, S. Mathoulin-Pelissier, E. Rizzo, Pierre Fumoleau, Christophe Le Tourneau, Xavier Paoletti
article
Annals of Oncology, Oxford University Press (OUP), 2015, 26 (2), pp. 422-428. 10.1093/annonc/mdu523
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titre
Time-Course Gene Set Analysis for Longitudinal Gene Expression Data
auteur
Boris P. Hejblum, Jason Skinner, Rodolphe Thiébaut
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (6), pp.e1004310. 10.1371/journal.pcbi.1004310
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https://hal.inria.fr/hal-01203446/file/Hejblum%2C%20Skinner%2C%20Thie%CC%81baut%20-%202015%20-%20PLOS%20Computational%20Biology.pdf BibTex
titre
Training-Related Risk of Common Illnesses in Elite Swimmers over a Four-Year Period
auteur
Philippe Hellard, Marta Avalos, Fanny Guimaraes, Jean François Toussaint, Pyne David
article
Medicine and Science in Sports and Exercise, American College of Sports Medicine (ACSM), 2015, 47 (4), pp.698-707. http://journals.lww.com/acsm-msse/pages/articleviewer.aspx?year=2015&issue=04000&article=00004&type=abstract. 10.1249/MSS.0000000000000461
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Communication dans un congrès

titre
Random forests and big data
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot, Nathalie Villa-Vialaneix
article
47ème Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2015, Lille, France. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01160643/file/genuer_etal_jds2015.pdf BibTex
titre
Compétitions d'apprentissage automatique avec le package R rchallenge
auteur
Adrien Todeschini, Robin Genuer
article
47èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2015, Lille, France. 2015, http://papersjds15.sfds.asso.fr/submission_211.pdf
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https://hal.inria.fr/hal-01157147/file/submission_211.pdf BibTex
titre
Evolution des stratégies pédagogiques d'un DU
auteur
Mélanie Le Goff, Marta Avalos, Pierre Joly, Marthe-Aline Jutand
article
Colloque Francophone International sur l'Enseignement de la Statistique – CFIES'2015, Jan 2015, Bordeaux, France. http://cfies2015.sfds.asso.fr/
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titre
Lasso pour données censurées à gauche : une comparaison par simulation d’algorithmes proposés dans la littérature
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos, Linda Wittkop, Rodolphe Thiebaut, Daniel Commenges
article
47èmes Journées de la Statistique, SFdS, 2015, Lille, France
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titre
Function selection in mixed models using L1-penalization
auteur
Perrine Soret, Cristian Meza, Karine Bertin, Marta Avalos, Philippe Hellard
article
XVth Spanish Biometric Conference and the Vth Ibéro-American Biometric Meeting 2015, 2015, Bilbao, Spain. 2015, http://www.ehu.eus/en/web/ceb-eib2015/aurkezpena
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titre
Impact of unmeasured covariates on bias and statistical power in health administrative databases: a simulation study
auteur
Mélanie Née, Marta Avalos, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
XVth Spanish Biometric Conference and the Vth Ibéro-American Biometric Meeting 2015, 2015, Bilbao, Spain. 2015, http://www.ehu.eus/en/web/ceb-eib2015/home
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Dynamical Biostatistical Models
auteur
Daniel Commenges, Helene Jacqmin-Gadda
article
Chapman and Hall/CRC, 2015, 9781498729673
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titre
Modèles biostatistiques pour l'épidémiologie
auteur
Daniel Commenges, Helene Jacqmin-Gadda
article
de Boeck, 2015, 9782807300262
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Poster

titre
High-dimensional longitudinal genomic data: a survey and evaluation of publicly available implementations of machine learning methods
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos, Rodolphe Thiébaut
article
Statistical Analysis of Massive Genomic Data, Nov 2015, Evry, France. 2015, http://www.genopole.fr/spip.php?page=rubrique_event&id_rubrique=969&event=969#.Vo_cJHktCpp
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Thèse

titre
Integrative analysis of high-dimensional data applied to vaccine research
auteur
Boris P. Hejblum
article
Santé publique et épidémiologie. Université de Bordeaux, 2015. English. NNT : 2015BORD0049
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https://hal.inria.fr/tel-01203547/file/hejblum_2015bord0049_oneside_light.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

titre
Temporal trends in prognostic markers of HIV-1 virulence and transmissibility: an observational cohort study
auteur
Nikos Pantazis, Kholoud Porter, Dominique Costagliola, Andrea De Luca, Jade Ghosn, Marguerite Guiguet, Anne M Johnson, Anthony D Kelleher, Charles Morrison, Rodolphe Thiebaut, Linda Wittkop, Giota Touloumi
article
The lancet. HIV - Lancet HIV, [Amsterdam] : Elsevier B.V., [2014]-, 2014, 1 (3), pp.e119 - e126. 10.1016/S2352-3018(14)00002-2
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titre
[Mathematical dynamical models for personalized medicine].
auteur
Rodolphe Thiébaut, Mélanie Prague, Daniel Commenges
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2014, 30 Spec No 2, pp.23-6
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titre
Dendritic cell-based therapeutic vaccine elicits polyfunctional HIV-specific T-cell immunity associated with control of viral load.
auteur
Yves Lévy, Rodolphe Thiébaut, Monica Montes, Christine Lacabaratz, Louis Sloan, Bryan King, Sophie Pérusat, Carson Harrod, Amanda Cobb, Lee K Roberts, Mathieu Surenaud, Céline Boucherie, Sandra Zurawski, Constance Delaugerre, Laura Richert, Geneviève Chêne, Jacques Banchereau, Karolina Palucka
article
European Journal of Immunology, Wiley-VCH Verlag, 2014, 44 (9), pp.2802-10
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titre
Quantifying and Predicting the Effect of Exogenous Interleukin-7 on CD4+T Cells in HIV-1 Infection
auteur
Rodolphe Thiébaut, Julia Drylewicz, Mélanie Prague, Christine Lacabaratz, Stéphanie Beq, Ana Jarne, Thérèse Croughs, Rafick-Pierre Sekaly, Michael M. Lederman, Irini Sereti, Daniel Commenges, Yves Lévy
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (5), pp.e1003630. 10.1371/journal.pcbi.1003630
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titre
Parameter identification for model of T cell proliferation in Lymphopenia conditions
auteur
H. Ayoub, B. Ainseba, M. Langlais, T. Hogan, R. Callard, B. Seddon, R. Thiébaut
article
Mathematical Biosciences, Elsevier, 2014, 251, pp.63 - 71. 10.1016/j.mbs.2014.03.002
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titre
Accelerating clinical development of HIV vaccine strategies: methodological challenges and considerations in constructing an optimised multi-arm phase I/II trial design.
auteur
Laura Richert, Adélaïde Doussau, Jean-Daniel Lelièvre, Vincent Arnold, Véronique Rieux, Amel Bouakane, Yves Lévy, Geneviève Chêne, Rodolphe Thiébaut
article
Trials, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.68. 10.1186/1745-6215-15-68
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00955157/file/1745-6215-15-68.pdf BibTex
titre
Body composition in 98 patients awaiting kidney transplantation.
auteur
Karine Moreau, Aurélie Desseix, Christine Germain, Nicole Barthe, Thomas Bachelet, Delphine Morel, Pierre Merville, Lionel Couzi, Rodolphe Thiebaut, Philippe Chauveau
article
Nutrition, Elsevier, 2014, 30 (2), pp.186-91
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titre
Systems analysis of sex differences reveals an immunosuppressive role for testosterone in the response to influenza vaccination.
auteur
David Furman, Boris P. Hejblum, Noah Simon, Vladimir Jojic, Cornelia L. Dekker, Rodolphe Thiébaut, Robert J. Tibshirani, Mark M. Davis
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2014, 111 (2), pp.869-74. 10.1073/pnas.1321060111
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titre
L’analyse des « Big Data » en recherche clinique
auteur
Rodolphe Thiébaut, Boris P. Hejblum, Laura Richert
article
Epidemiology and Public Health / Revue d'Epidémiologie et de Santé Publique, Elsevier Masson, 2014, 62 (1), pp.1-4. 10.1016/j.respe.2013.12.021
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titre
An Evaluation of HIV Elite Controller Definitions within a Large Seroconverter Cohort Collaboration
auteur
Ashley D. Olson, Laurence Meyer, Maria Prins, Rodolphe Thiebaut, Deepti Gurdasani, Marguerite Guiguet, Marie-Laure Chaix, Pauli Amornkul, Abdel Babiker, Manjinder S. Sandhu, Kholoud Porter, Jason F. Okulicz
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (1), pp.e86719. 10.1371/journal.pone.0086719
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titre
The Impact of the 2013 WHO Antiretroviral Therapy Guidelines on the Feasibility of HIV Population Prevention Trials
auteur
Eric Ross, Frank Tanser, Pamela Pei, Marie-Louise Newell, Elena Losina, Rodolphe Thiebaut, Milton Weinstein, Kenneth Freedberg, Xavier Anglaret, Callie Scott, Francois Dabis, Rochelle Walensky
article
HIV Clinical Trials, Thomas Land Publishers, 2014, 15 (5), pp.185-98. 10.1310/hct1505-185
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titre
T-cell activation discriminates subclasses of symptomatic primary humoral immunodeficiency diseases in adults.
auteur
Marie-Quitterie Picat, Rodolphe Thiébaut, François Lifermann, Xavier Delbrel, Daniel Adoue, Linda Wittkop, Anne-Laure Fauchais, Patrick Rispal, Jean-François Moreau, Jean-François Viallard
article
BMC Immunology, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.13. 10.1186/1471-2172-15-13
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00981320/file/1471-2172-15-13.pdf BibTex
titre
Variable selection on large case-crossover data: application to a registry-based study of prescription drugs and road traffic crashes.
auteur
Marta Avalos, Ludivine Orriols, Hélène Pouyes, Yves Grandvalet, Frantz Thiessard, E Lagarde
article
Pharmacoepidemiology and Drug Safety, Wiley, 2014, pp.140-51. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pds.3539/abstract;jsessionid=A487F741570EFFE4734C25EEEBE4ACDC.f03t04. 10.1002/pds.3539
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BibTex
titre
Long-term chronic diseases and crash responsibility: a record linkage study
auteur
Ludivine Orriols, Marta Avalos, Nicholas Moore, Pierre Philip, Bernard Delorme, Bernard Laumon, Blandine Gadegbeku, Louis Rachid Salmi, Emmanuel Lagarde
article
Accident Analysis and Prevention, Elsevier, 2014, 71, pp.137-43. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000145751400133X. 10.1016/j.aap.2014.05.001
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Communication dans un congrès

titre
Etude de l’association entre consommation médicamenteuse et risque d’accident de la route : exploration par simulation de schémas d’études épidémiologiques applicables à partir des données médico-administratives
auteur
Née Mélanie, Marta Avalos, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
Journée Nationale Biopharmacie et Santé 2014, Nov 2014, Paris, France
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titre
Méthodes d’apprentissage statistique pour des données longitudinales : une revue systématique
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos
article
GdR Statistique et Santé, Oct 2014, Toulouse, France
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BibTex
titre
Données longitudinales en grande dimension : état des lieux des packages R
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos
article
Troisièmes rencontres R, Jun 2014, Montpellier, France. http://r2014-mtp.sciencesconf.org/
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BibTex
titre
Prise en compte de la censure à gauche dans la modélisation de données de grande dimension
auteur
Nastasia Fouret, Marta Avalos, Linda Wittkop, Rodolphe Thiebaut, Daniel Commenges
article
46e Journées de Statistique, Jun 2014, Rennes, France. http://jds2014.sfds.asso.fr/
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BibTex
titre
Comparing methods for summarizing a training load in prediction models of swimming performance
auteur
Charlotte Scordia, Marta Avalos, Philippe Hellard
article
Bruce Mason. XIIth International Symposium on Biomechanics and Medicine in Swimming, Apr 2014, Canberra, Australia. Australian Institute of Sport, http://www.bms2014.com.au
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BibTex
titre
Ventilatory, metabolic and kinematic responses in sprint versus distance swimmers
auteur
Philippe Hellard, Pierre-Marie Lepretre, Marta Avalos, Ludovic Seifert, Jean François Toussaint, Christophe Hausswirth, Philo Saunders, Pyne David
article
XIIth International Symposium on Biomechanics and Medicine in Swimming, Apr 2014, Canberra, France. http://www.bms2014.com.au
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BibTex
titre
VSURF : un package R pour la sélection de variables à l'aide de forêts aléatoires
auteur
Robin Genuer, Jean-Michel Poggi, Christine Tuleau-Malot
article
46èmes Journées de Statistique, 2014, Rennes, France
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https://hal.inria.fr/hal-01096233/file/vsurf_jds2014_6p.pdf BibTex
titre
VSURF : un package R pour la sélection de variables à l'aide de forêts aléatoires
auteur
R Genuer, J.-M Poggi, C Tuleau-Malot
article
3èmes Rencontres R, 2014, Montpellier, France
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https://hal.inria.fr/hal-01096237/file/Genuer_VSURF_RR2014.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
High–Dimensional Sparse Matched Case–Control and Case–Crossover Data: A Review of Recent Works, Description of an R Tool and an Illustration of the Use in Epidemiological Studies
auteur
Marta Avalos, Yves Grandvalet, Hélène Pouyes, Ludivine Orriols, Emmanuel Lagarde
article
Enrico Formenti, Roberto Tagliaferri, Ernst Wit. Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 8452, Springer, pp.109-124, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-09041-2. http://link.springer.com/book/10.1007%2F978-3-319-09042-9
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Poster

titre
État de l’art des méthodes de pénalisation pour données répétées dans le temps
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos
article
Journées MAS de la SMAI, Aug 2014, Toulouse, France. http://www.math.univ-toulouse.fr/MAS2014/?q=node/7
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titre
État de l’art des méthodes de pénalisation pour données répétées dans le temps
auteur
Perrine Soret, Marta Avalos
article
Bordeaux Computational Biology and Bioinformatics, 2014, Bordeaux, France
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BibTex

Rapport

titre
Analysis of purely random forests bias
auteur
Sylvain Arlot, Robin Genuer
article
2014
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01023596/file/hal_v1_purfbias.pdf BibTex

2013

Article dans une revue

titre
Dose-finding design using mixed-effect proportional odds model for longitudinal graded toxicity data in phase I oncology clinical trials.
auteur
Adélaïde Doussau, Rodolphe Thiébaut, Xavier Paoletti
article
Statistics in Medicine, Wiley-Blackwell, 2013, 32 (30), pp.5430-47. 10.1002/sim.5960
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titre
NIMROD: a program for inference via a normal approximation of the posterior in models with random effects based on ordinary differential equations.
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Jérémie Guedj, Drylewicz Julia, Rodolphe Thiébaut
article
Comput Methods Programs Biomed., 2013, 111 (2), pp.447-458. 10.1016/j.cmpb.2013.04.014
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BibTex
titre
Cytokine and gene transcription profiles of immune responses elicited by HIV lipopeptide vaccine in HIV-negative volunteers.
auteur
Laura Richert, Sophie Hue, Hakim Hocini, Mathieu Raimbault, Christine Lacabaratz, Mathieu Surenaud, Aurélie Wiedemann, Pascaline Tisserand, Christine Durier, Dominique Salmon, Jean-Daniel Lelièvre, Geneviève Chêne, Rodolphe Thiébaut, Yves Lévy
article
AIDS, Lippincott, Williams & Wilkins, 2013, 27 (9), pp.1421-31. 10.1097/QAD.0b013e32835f5b60
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titre
Dynamical models of biomarkers and clinical progression for personalized medicine: the HIV context.
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Rodolphe Thiébaut
article
Advanced Drug Delivery Reviews, Elsevier, 2013, 65 (7), pp.954-965. 10.1016/j.addr.2013.04.004
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BibTex
titre
Is the current use of 'positivity' thresholds meaningful for evaluating HIV-vaccine immunogenicity endpoints?
auteur
Laura Richert, Rodolphe Thiébaut
article
AIDS, Lippincott, Williams & Wilkins, 2013, 27 (8), pp.1362-5. 10.1097/QAD.0b013e328360d52e
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BibTex
titre
Effect of cytomegalovirus-induced immune response, self antigen-induced immune response, and microbial translocation on chronic immune activation in successfully treated HIV type 1-infected patients: the ANRS CO3 Aquitaine Cohort.
auteur
Linda Wittkop, Juliette Bitard, Estibaliz Lazaro, Didier Neau, Fabrice Bonnet, Patrick Mercie, Michel Dupon, Mojgan Hessamfar, Michel Ventura, Denis Malvy, François Dabis, Jean-Luc Pellegrin, Jean-François Moreau, Rodolphe Thiébaut, Isabelle Pellegrin
article
The Internet Journal of Infectious Diseases, Internet Scientific Publications, LLC, 2013, 207, pp.622-7
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BibTex
titre
Identifying Optimal Overload and Taper in Elite Swimmers over Time
auteur
Philippe Hellard, Marta Avalos, Christophe Hausswirth, Pyne David, Jean-François Toussaint, Iñigo Mujika
article
Journal of Sports Science and Medicine, University of Uludag, 2013
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BibTex
titre
Dynamical models of biomarkers and clinical progression for personalized medicine: The HIV context
auteur
R Thiébaut, Mélanie Prague, D Commenges
article
Advanced Drug Delivery Reviews, Elsevier, 2013, 65, pp.954 - 965. 10.1016/j.addr.2013.04.004
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2012

Article dans une revue

titre
Dynamic and rapid changes in viral quasispecies by UDPS in chronic hepatitis C patients receiving telaprevir-based therapy.
auteur
Pascale Trimoulet, Patricia Pinson, Jennifer Papuchon, Juliette Foucher, Julien Vergniol, Faiza Chermak, Linda Wittkop, Nadège Castaing, Wassil Merrouche, Sandrine Reigadas, Mathieu Molimard, Michael Kann, Hervé Fleury, Victor De Lédinghen
article
Antiviral Therapy, International Medical Press, 2012, 18, pp.723-7
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BibTex
titre
Treatment Monitoring of HIV-Infected Patients based on Mechanistic Models
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Julia Drylewicz, Rodolphe Thiébaut
article
Biometrics, Wiley, 2012, 68 (3), pp.902-911. 10.1111/j.1541-0420.2012.01749.x
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BibTex
titre
Acute versus chronic partial sleep deprivation in middle-aged people: differential effect on performance and sleepiness.
auteur
Pierre Philip, Patricia Sagaspe, Mélanie Prague, Patricia Tassi, Aurore Capelli, Bernard Bioulac, Daniel Commenges, Jacques Taillard
article
SLEEP, American Academy of Sleep Medicine, 2012, 35 (7), pp.997-1002
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BibTex
titre
Variance reduction in purely random forests
auteur
Robin Genuer
article
Journal of Nonparametric Statistics, American Statistical Association, 2012, 2, pp.18 - 562. 10.1007/978-1-4899-0027-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01590513/file/genuer.var-reduc-prf-preprint.pdf BibTex
titre
Treatment Monitoring of HIV Infected Patients based on Mechanistic Models
auteur
Mélanie Prague, Daniel Commenges, Julia Drylewicz, Rodolphe Thiébaut
article
Biometrics, Wiley, 2012, 14, pp.171 - 911. 10.1191/0962280205sm390oa
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01579531/file/TreatMonitor_Prague-Commenges.pdf BibTex

2002

Article dans une revue

titre
Training Analysis and the Modelling of Relations between Training Volumes and Performance: Interpretation of Results in Light of the New Paradigms of Complexity
auteur
Philippe Hellard, Léo Gerville-Réache, C Fauquet, Marta Avalos, A Menaud
article
Journal of Human Movement Studies, Lepus Books, 2002, 42 (1), pp.53-90
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BibTex

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