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Equipe de recherche SERPICO

Publications de l'équipe SERPICO

2019

Thèse

titre
New strategies for the identification and enumeration of macromolecules in 3D images of cryo electron tomography
auteur
Emmanuel Moebel
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2019. English
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https://hal.inria.fr/tel-02153877/file/phd_manuscript_emoebel.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Unsupervised motion saliency map estimation based on optical flow inpainting
auteur
Léo Maczyta, Patrick Bouthemy, Olivier Le Meur
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02065112/file/MotionSaliencyInpainting.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
ROAM: a Rich Object Appearance Model with Application to Rotoscoping
auteur
Ondrej Miksik, Juan-Manuel Pérez-Rúa, Tomas Crivelli, Patrick Bouthemy, Philip H. S. Torr, Patrick Pérez
article
IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Institute of Electrical and Electronics Engineers, In press
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BibTex
titre
A quantitative approach for analyzing the spatio-temporal distribution of 3D intracellular events in fluorescence microscopy
auteur
Thierry Pécot, Liu Zengzhen, Jérôme Boulanger, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2018, pp.1-34. ⟨10.7554/eLife.32311⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01966817/file/QuantEv-Elife-HAL2018.pdf BibTex
titre
Statistical analysis of particle trajectories in living cells
auteur
Vincent Briane, Charles Kervrann, Myriam Vimond
article
Physical Review E , American Physical Society (APS), 2018, 97 (6), pp.1-20. ⟨10.1103/PhysRevE.97.062121⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01961971/file/PhysRevE-HAL.pdf BibTex
titre
A variational method for dejittering large fluorescence line scanner images
auteur
Hoaï-Nam Nguyen, Vincent Paveau, Cyril Cauchois, Charles Kervrann
article
IEEE Transactions on Computational Imaging, IEEE, 2018, 4 (2), pp.16. ⟨https://ieeexplore.ieee.org/document/8320801⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01577139/file/HAL-dejittering.pdf BibTex
titre
ATMAD : robust image analysis for Automatic Tissue MicroArray De-arraying
auteur
Hoaï-Nam Nguyen, Vincent Paveau, Cyril Cauchois, Charles Kervrann
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2018, 19 (148), pp.23. ⟨https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2111-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01577238/file/HAL-ATMAD.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Computational methods for fluorescence microscopy and intracellular dynamics analysis
auteur
Charles Kervrann
article
2018 - Workshop on "Reverse Mathematical Methods for Reconstructing Molecular Dynamics in Single Cell", Oct 2018, Pisa, Italy
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BibTex
titre
A Monte Carlo framework for denoising and missing wedge reconstruction in cryo-electron tomography
auteur
Emmanuel Moebel, Charles Kervrann
article
Patch-MI 2018 - 4th International Workshop on Patch-based Techniques in Medical Imaging, Sep 2018, Grenade, Spain. pp.28-35, ⟨10.1007/978-3-030-00500-9_4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01961938/file/paper.pdf BibTex
titre
Détection temporelle de saillance dynamique dans des vidéos par apprentissage profond
auteur
Léo Maczyta, Patrick Bouthemy, Olivier Le Meur
article
RFIAP 2018 - Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception, Jun 2018, Marne-la-Vallée, France. pp.1-8
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01926351/file/D%C3%A9tection_Saillance.pdf BibTex
titre
Modelling oscillatory behavior in asymmetric division of C.elegans embryo
auteur
Anca Caranfil, Yann Le Cunff, Charles Kervrann, Jacques Pecreaux
article
² 2018 - 3rd Mathematical Biology Days, Jun 2018, Besancon, France
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BibTex
titre
GcoPS: a fast automatic colocalization method for 3D live cell imaging and super-resolution microscopy
auteur
Charles Kervrann
article
IS 2018 - SIAM Conference on Imaging Science, Jun 2018, Bologna, Italy
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BibTex
titre
A sparse-to-dense method for 3D optical flow estimation in 3D light microscopy image sequences
auteur
Sandeep Manandhar, Patrick Bouthemy, Erik Welf, Philippe Roudot, Charles Kervrann
article
ISBI 2018 - IEEE 15th International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2018, Washington DC, United States. pp.952-956, ⟨10.1109/ISBI.2018.8363728⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01960109/file/isbi2018_sm_vf.pdf BibTex
titre
Intensity-based matching and registration for 3D correlative microscopy with large discrepancies
auteur
Bertha Mayela Toledo Acosta, Xavier Heiligenstein, Grégoire Malandain, Patrick Bouthemy
article
ISBI 2018 - IEEE 15th International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2018, Washington, United States. pp.493-496, ⟨10.1109/ISBI.2018.8363623⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01930740/file/isbi2018vf.pdf BibTex
titre
Computational methods for fluorescence microscopy and quantitative bioimaging
auteur
Charles Kervrann
article
NEUBIAS 2018 - 2nd Annual Conference on Network of European Bioimage Analysts, Jan 2018, Szeged, Hungary
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BibTex
titre
GcoPS: a Geo-coPositionning System for live cell imaging and superresolution microscopy
auteur
Charles Kervrann
article
QBI 2018 - Conference on Quantitative BioImaging, Jan 2018, Gottingen, Germany
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BibTex

Thèse

titre
Multimodal image registration in 2D and 3D correlative microscopy
auteur
Bertha Mayela Toledo Acosta
article
Signal and Image Processing. Rennes 1, 2018. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01868852/file/ThesisBMTA2018.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
3D ConvNet improves macromolecule localization in 3D cellular cryo-electron tomograms
auteur
Emmanuel Moebel, Antonio Martinez, Damien Larivière, Julio Ortiz, Wolfgang Baumeister, Charles Kervrann
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01966819/file/paper_dl.pdf BibTex
titre
A sequential algorithm to detect diffusion switching along intracellular particle trajectories
auteur
Vincent Briane, Myriam Vimond, Cesar Augusto Valades Cruz, Antoine Salomon, Christian Wunder, Charles Kervrann
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01966831/file/SeqAlgDiffSwitch_HAL.pdf BibTex
titre
A Monte Carlo framework for noise removal and missing wedge restoration in cryo-electron tomography
auteur
Emmanuel Moebel, Charles Kervrann
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01966821/file/paper_mw.pdf BibTex
titre
An overview of diffusion models for intracellular dynamics analysis
auteur
Vincent Briane, Myriam Vimond, Charles Kervrann
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01966825/file/OverviewDiffusion_PreprintHAL2018.pdf BibTex
titre
Learning how to be robust: Deep polynomial regression
auteur
Juan-Manuel Pérez-Rúa, Tomas Crivelli, Patrick Bouthemy, Patrick Pérez
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01923068/file/1804.06504.pdf BibTex
titre
Adaptive estimating function inference for non-stationary determinantal point processes
auteur
Frédéric Lavancier, Arnaud Poinas, Rasmus Waagepetersen
article
2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01816528/file/preprint_all_in_one.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

titre
Non-local means and optimal weights for noise removal
auteur
Qiyu Jin, Ion Grama, Charles Kervrann, Quansheng Liu
article
SIAM Journal on Imaging Sciences, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01575918/file/HAL-OWF.pdf BibTex
titre
Tubelets: Unsupervised action proposals from spatiotemporal super-voxels
auteur
Mihir Jain, Jan van Gemert, Hervé Jégou, Patrick Bouthemy, Cees Snoek
article
International Journal of Computer Vision, Springer Verlag, 2017, pp.1-25. ⟨10.1007/s11263-017-1023-9⟩
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https://arxiv.org/pdf/1607.02003 BibTex
titre
Piecewise-stationary motion modeling and iterative smoothing to track heterogeneous particle motions in dense environments
auteur
Philippe Roudot, Liya Ding, Khuloud Jaqaman, Charles Kervrann, Gaudenz Danuser
article
IEEE Transactions on Image Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 26 (11), pp.5395 - 5410. ⟨10.1109/TIP.2017.2707803⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01575754/file/HAL_PPMS_2017_.pdf BibTex
titre
Detection and Localization of Anomalous Motion in Video Sequences from Local Histograms of Labeled Affine Flows
auteur
Juan-Manuel Pérez-Rúa, Antoine Basset, Patrick Bouthemy
article
Frontiers in information and communication technologies, Frontiers Media S.A., 2017, Computer Image Analysis, ⟨10.3389/fict.2017.00010⟩
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BibTex
titre
Parametric estimation of pairwise Gibbs point processes with infinite range interaction
auteur
Jean-François Coeurjolly, Frédéric Lavancier
article
Bernoulli, Bernoulli Society for Mathematical Statistics and Probability, 2017, 23 (2), pp.1299-1334. ⟨10.3150/15-BEJ779⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01092225/file/cltIR.pdf BibTex
titre
On a few statistical applications of determinantal point processes
auteur
Rémi Bardenet, Frédéric Lavancier, Xavier Mary, Aurélien Vasseur
article
ESAIM: Proceedings and Surveys, EDP Sciences, 2017, 60
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01580353/file/submitted.pdf BibTex
titre
An extended model of vesicle fusion at the plasma membrane to estimate protein lateral diffusion from TIRF microscopy images
auteur
Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Jérôme Boulanger, François Waharte, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.352. ⟨10.1186/s12859-017-1765-y⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01561310/file/12859_2017_Article_1765.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Spatially-variant kernel for optical flow under low signal-to-noise ratios: application to microscopy
auteur
Denis Fortun, Noemie Debroux, Charles Kervrann
article
ICCV Workshop - BioImage Computing (BIC), Oct 2017, Venice, Italy. pp.9
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https://hal.inria.fr/hal-01575720/file/AdaptiveKernelOpticalFlow_2017.pdf BibTex
titre
ROAM: a Rich Object Appearance Model with Application to Rotoscoping
auteur
Ondrej Miksik, Juan-Manuel Pérez-Rúa, Philip Torr, Patrick Pérez
article
2017 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR), Jul 2017, Honolulu, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01576017/file/roam.pdf BibTex
titre
An automatic image-based registration method for correlative light-electron microscopy
auteur
Patrick Bouthemy
article
15ème colloque de la Société Française des Microscopies, Jul 2017, Bordeaux, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Robust classification of particle tracks for characterization of diffusion and dynamics in fluorescence microscopy
auteur
Vincent Briane, Myriam Vimond, Charles Kervrann
article
FOM - Focus on Microscopy, Apr 2017, Bordeaux, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Multi-scale spot segmentation with selection of image scales
auteur
Bertha Mayela Toledo Acosta, Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
ICASSP 2017 - The 42nd IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing, Mar 2017, New Orleans, United States. pp.5, ⟨10.1109/ICASSP.2017.7952489⟩
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BibTex
titre
Classification of diffusion dynamics from particle trajectories
auteur
Vincent Briane, Myriam Vimond, Charles Kervrann
article
QBI - Quantitative BioImaging, Jan 2017, College-Station, United States
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BibTex

Thèse

titre
Statistical Tests for Analysing Particle Trajectories: Application to Intracellular Imaging
auteur
Vincent Briane
article
Methodology [stat.ME]. Université de Rennes 1, 2017. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01727777/file/these_VBriane.pdf BibTex
titre
Methods and algorithms of segmentation and deconvolution for quantitative analysis of Tissue Microarray images
auteur
Hoai Nam Nguyen
article
Image Processing [eess.IV]. Université Rennes 1, 2017. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01737764/file/NHN_Manuscrit_these_final.pdf BibTex
titre
Hierarchical motion-based video analysis with applications to video post-production.
auteur
Juan-Manuel Perez-Rua
article
Computer Science [cs]. Universite de Rennes 1, 2017. English
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https://hal.inria.fr/tel-01921234/file/PEREZ_RUA_Juan_Manuel.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Approximation intensity for pairwise interaction Gibbs point processes using determinantal point processes
auteur
Frédéric Lavancier, Jean-François Coeurjolly
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01659150/file/appIntDPP.pdf BibTex
titre
Generalized Sparse Variation Regularization for Large Fluorescence Image Deconvolution
auteur
Hoaï-Nam Nguyen, Vincent Paveau, Cyril Cauchois, Charles Kervrann
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01609810/file/HAL-SVDeconv.pdf BibTex
titre
A Fast Automatic Colocalization Method for 3D Live Cell and Super-Resolution Microscopy
auteur
Frédéric Lavancier, Thierry Pécot, Liu Zengzhen, Charles Kervrann
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01577118/file/HAL-GcoPS-fulltext.pdf BibTex
titre
QuantEv: quantifying the spatial distribution of intracellular events
auteur
Thierry Pécot, Liu Zengzhen, Jérôme Boulanger, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01575913/file/Preprint_QuantEv.pdf BibTex
titre
A Statistical Analysis of Particle Trajectories in Living Cells
auteur
Vincent Briane, Charles Kervrann, Myriam Vimond
article
2017
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https://hal.inria.fr/hal-01557705/file/main.pdf BibTex
titre
Mixing properties and central limit theorem for associated point processes
auteur
Arnaud Poinas, Bernard Delyon, Frédéric Lavancier
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01519096/file/CLTNAPP-V6.pdf BibTex
titre
A tutorial on estimator averaging in spatial point process models
auteur
Frédéric Lavancier, Paul Rochet
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01341125/file/averaging_spatial-4.pdf BibTex

2016

Article dans une revue

titre
Quantifying repulsiveness of determinantal point processes
auteur
Christophe Ange Napoléon Biscio, Frédéric Lavancier
article
Bernoulli, Bernoulli Society for Mathematical Statistics and Probability, 2016, 22 (4), pp.2001-2028. ⟨http://projecteuclid.org/euclid.bj/1462297673⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01003155/file/Repulsivenesse_DPP.pdf BibTex
titre
Brillinger mixing of determinantal point processes and statistical applications
auteur
Christophe Ange Napoléon Biscio, Frédéric Lavancier
article
Electronic journal of statistics , Shaker Heights, OH : Institute of Mathematical Statistics, 2016, Electronic Journal of Statististics, 10 (1), pp.582-607. ⟨http://projecteuclid.org/euclid.ejs/1457123507⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01179831/file/article_Brllinger.pdf BibTex
titre
Transcriptome regulation and chromatin occupancy by E2F3 and MYC in mice
auteur
Xing Tang, Huayang Liu, Arunima Srivastatva, Thierry Pécot, Z. Chen, Q. Wang, Kun Huang, Maria Teresa Sàenz-Robles, Paul Cantalupo, James Pipas, Gustave Leone
article
Scientific Data , Nature Publishing Group, 2016, 3 (160008), ⟨10.1038/sdata.2016.8⟩
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BibTex
titre
A Guided Tour of Selected Image Processing and Analysis Methods for Fluorescence and Electron Microscopy
auteur
Charles Kervrann, Carlos Oscar Sorzano, Scott Acton, Jean-Christophe Olivo-Marin, Michael Unser
article
IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, IEEE, 2016, 10 (2), pp.6-30. ⟨10.1109/JSTSP.2015.2505402⟩. ⟨10.1109/JSTSP.2015.2505402⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01246375/file/RP_R2_29032016_1colonne.pdf BibTex
titre
Aggregation of local parametric candidates with exemplar-based occlusion handling for optical flow
auteur
Denis Fortun, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
Computer Vision and Image Understanding, Elsevier, 2016, pp.17. ⟨10.1016/j.cviu.2015.11.020⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01001758/file/CVIU_aggreg_revision.pdf BibTex
titre
Improved Motion Description for Action Classification
auteur
Mihir Jain, Hervé Jégou, Patrick Bouthemy
article
Frontiers in information and communication technologies, Frontiers Media S.A., 2016, Computer Image Analysis, ⟨http://journal.frontiersin.org/journal/ict/section/computer-image-analysis#⟩. ⟨10.3389/fict.2015.00028⟩
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BibTex
titre
Introduction to the issue on Advanced Signal Processing in Microscopy and Cell Imaging
auteur
Charles Kervrann, Scott Acton, Jean-Christophe Olivo-Marin, Carlos Oscar Sorzano, Michael Unser
article
IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, IEEE, 2016, 10 (1), pp.3-5. ⟨10.1109/JSTSP.2015.2511299⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01251394/file/EditorialPaper-OneColumn.pdf BibTex
titre
A general procedure to combine estimators
auteur
Frédéric Lavancier, Paul Rochet
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2016, 94, pp.175-192
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00936024/file/A-general-procedure-to-combine-estimators.pdf BibTex
titre
Consistency of likelihood estimation for Gibbs point processes
auteur
David Dereudre, Frédéric Lavancier
article
Annals of Statistics, Institute of Mathematical Statistics, 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01144877/file/Gibbs_MLE_revised.pdf BibTex
titre
A Variational Aggregation Framework for Patch-Based Optical Flow Estimation
auteur
Denis Fortun, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
Journal of Mathematical Imaging and Vision, Springer Verlag, 2016, 56, pp.280 - 299. ⟨10.1007/s10851-016-0664-6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01408771/file/fortunJMIV.pdf BibTex
titre
Contrast estimation for parametric stationary determinantal point processes
auteur
Christophe Ange Napoléon Biscio, Frédéric Lavancier
article
Scandinavian Journal of Statistics, Wiley, 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01215582/file/Contrast_method-V2.pdf BibTex
titre
Modelling aggregation on the large scale and regularity on the small scale in spatial point pattern datasets
auteur
Frédéric Lavancier, Jesper Møller
article
Scandinavian Journal of Statistics, Wiley, 2016, 43 (2), pp.587-609
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01155646/file/AggregatedRegular_V9.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Robust selection of parametric motion models in image sequences
auteur
Patrick Bouthemy, Bertha Mayela Toledo Acosta, Bernard Delyon
article
2016 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), Oct 2016, Phoenix, United States. pp.3743 - 3747, ⟨10.1109/ICIP.2016.7533059⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01400895/file/icip16_paper1240_final.pdf BibTex
titre
Hierarchical Motion Decomposition for Dynamic Scene Parsing
auteur
Juan-Manuel Pérez-Rúa, Tomas Crivelli, Patrick Pérez, Patrick Bouthemy
article
2016 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP) , IEEE, Sep 2016, Phoenix, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01314095/file/icip16.pdf BibTex
titre
Discovering motion hierarchies via tree-structured coding of trajectories
auteur
Juan-Manuel Pérez-Rúa, Tomas Crivelli, Patrick Pérez, Patrick Bouthemy
article
Proceedings of the British Machine Vision Conference 2016, BMVA, Sep 2016, York, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01358454/file/final319.pdf BibTex
titre
Denoising and compensation of the missing wedge in cryo electron tomography
auteur
Emmanuel Moebel, Charles Kervrann
article
16th European Microscopy Congress, European Microscopy Society, Aug 2016, Lyon, France
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BibTex
titre
Modélisation et estimation de la diffusion de protéines à l’exocytose dans des séquences d’images de microscopie TIRF
auteur
Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Jérôme Boulanger, François Waharte, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
Reconnaissance des Formes et l'Intelligence Artificielle (RFIA'16), Association Française de Reconnaissance et d'Interprétation des Formes (AFRIF), Association Française d'Intelligence Artificielle (AFIA), Jun 2016, Clermont-Ferrand, France. pp.1-8
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01416868/file/IBM03.pdf BibTex
titre
Determining occlusions from space and time image reconstructions
auteur
Juan-Manuel Pérez-Rúa, Tomas Crivelli, Patrick Bouthemy, Patrick Pérez
article
2016 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR) , Jun 2016, Las Vegas, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01307703/file/occlusions_cvpr2016.pdf BibTex
titre
Test statistique pour détecter les diffusions non browniennes
auteur
Vincent Briane, Charles Kervrann, Myriam Vimond
article
48e Journées de Statistique, SFdS, May 2016, Montpellier, France. pp.1-6
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01416862/file/SFdS_Briane2016.pdf BibTex
titre
A non-parametric procedure for co-localization studies in fluorescence microscopy
auteur
Thierry Pécot, Frédéric Lavancier, Charles Kervrann
article
Workshop SSIAB - Spatial Statistics and Image Analysis in Biology, May 2016, Rennes, France
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BibTex
titre
An adaptive statistical test to detect non Brownian diffusion from particle trajectories
auteur
Vincent Briane, Myriam Vimond, Charles Kervrann
article
Workshop SSIAB - Spatial Statistics and Image Analysis in Biology, May 2016, Rennes, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
A scale-adaptive method for retracing and registering in correlative light-electron microscopy.
auteur
Bertha Mayela Toledo Acosta, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
SIAM Imaging Science, SIAM, May 2016, Albuquerque, United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
Tracking heterogeneous particle motions in dense intra-cellular environments
auteur
Philippe Roudot, Liya Ding, Khuloud Jaqaman, Charles Kervrann, Danuser Gaudenz
article
SIAM Conference on Imaging Science, SIAM, May 2016, Albuquerque, United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
PEWA: Patch-Based Exponentially Weighted Aggregation for Image Denoising
auteur
Charles Kervrann
article
SIAM Imaging Science, SIAM, May 2016, Albuquerque, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01416847/file/PEWA-SIAM-IS2016-HAL.pdf BibTex
titre
A Common Image Representation And A Patch-Based Search For Correlative Light-Electron-Microscopy (Clem) Registration
auteur
Bertha Mayela Toledo Acosta, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
2016 IEEE 13th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2016, Prague, Czech Republic. pp.257- 260, ⟨10.1109/ISBI.2016.7493258⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01400854/file/isbi2016-MT_vf.pdf BibTex
titre
An adaptive statistical test to detect non Brownian diffusion from particle trajectories
auteur
Vincent Briane, Myriam Vimond, Charles Kervrann
article
ISBI 2016 - IEEE Symposium on Biomedical Imaging, IEEE, Apr 2016, Prague, Czech Republic. pp.1-4
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https://hal.inria.fr/hal-01416855/file/2016_ISBI_VBriane.pdf BibTex

Rapport

titre
Biofilm and swimmers interaction : processing and analysis of movies
auteur
Yingbo Li, Romain Briandet, Julien Deschamps, Se Yeon Kim, Charles Kervrann, Alain Trubuil
article
[Technical Report] Institut National de la Recherche Agronomique. 2016, 60 p
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2015

Article dans une revue

titre
E2f3 in tumor macrophages promotes lung metastasis
auteur
Prashant Trikha, Nidhi Sharma, C. Pena, A. Reyes, Thierry Pécot, S. Khurshid, Maysoon Rawahneh, Julie Moffat, J.A. Stephens, Soledad A. Fernandez, Michael C. Ostrowski, Gustavo Leone
article
Oncogene, Nature Publishing Group, 2015, ⟨10.1038/onc.2015.429⟩
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titre
Adaptive spot detection with optimal scale selection in fluorescence microscopy images
auteur
Antoine Basset, Jérôme Boulanger, Jean Salamero, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
IEEE Transactions on Image Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, 24 (11), pp.16. ⟨http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=7140815⟩. ⟨10.1109/TIP.2015.2450996⟩
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titre
Counting-based particle flux estimation for traffic analysis in live cell imaging
auteur
Thierry Pécot, Charles Kervrann, Jean Salamero, Jérôme Boulanger
article
IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, IEEE, 2015, ⟨10.1109/JSTSP.2015.2482460⟩
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titre
Détection de spots avec sélection d’échelle automatique et seuillage adaptatif en microscopie de fluorescence
auteur
Antoine Basset, Jérôme Boulanger, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
Traitement du Signal, Lavoisier, 2015, 32 (2-3), pp.24. ⟨http://ts.revuesonline.com/article.jsp?articleId=21494⟩. ⟨10.3166/ts.32.287-310⟩
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titre
Noncatalytic PTEN missense mutation predisposes to organ-selective cancer development in vivo
auteur
Enrico Caserta, Onur Egriboz, Hui Wang, Chelsea Martin, Christopher Koivisto, Thierry Pécot, Raleigh Kladney, Changxian Shen, Kang-Sup Shim, Thac Pham, Matthew K. Karikomi, Melissa J. Mauntel, Sarmila Majumder, Maria Cecilia Cuitiño, Xing Tang, Arunima Srivastava, Lianbo Yu, Julie Wallace, Xiaokui Mo, Morag Park, Soledad A. Fernandez, Robert Pilarski, Krista M. La Perle, Thomas J. Rosol, Vincenzo Coppola, Diego H. Castrillon, Cynthia Timmers, David E. Cohn, David M. O'Malley, Floor Backes, Adrian A. Suarez, Paul Goodfellow, Helen Chamberlin, Erin R. Macrae, Charles L. Shapiro, Michael C. Ostrowski, Gustavo Leone
article
Genes and Development, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015, ⟨10.1101/gad.262568.115⟩
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titre
Redeployment of Myc and E2f1-3 drives Rb-deficient cell cycles
auteur
Huayang Liu, Xing Tang, Arunima Srivastava, Thierry Pécot, Piotr Daniel, Benjamin Hemmelgarn, Stephan Reyes, Nicholas Fackler, Amneet Bajwa, Raleigh Kladney, Christopher Koivisto, Zhong Chen, Qianben Wang, Kun Huang, Raghu Machiraju, Maria Teresa Saenz-Robles, Paul Cantalupo, James Pipas, Gustavo Leone
article
Nature Cell Biology, Nature Publishing Group, 2015, 17, pp.1036-1048. ⟨10.1038/ncb3210⟩
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titre
Actin grips: circular actin-rich cytoskeletal structures that mediate the wrapping of polymeric microfibers by endothelial cells
auteur
Desiree Jones, Do-Young Park, Mirela Anghelina, Thierry Pécot, Raghu Machiraju, Ruipeng Xue, John J. Lannuti, Jessica Thomas, Sara L. Cole, Leni Moldovan, Nicanor I. Moldovan
article
Biomaterials, Elsevier, 2015, 52, pp.12. ⟨10.1016/j.biomaterials.2015.02.034⟩
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titre
Optical flow modeling and computation: a survey
auteur
Denis Fortun, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
Computer Vision and Image Understanding, Elsevier, 2015, 134, pp.21. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1077314215000429⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01104081/file/CVIU_survey.pdf BibTex
titre
Lifetime estimation on moving sub-cellular objects in frequency domain FLIM imaging
auteur
Philippe Roudot, Charles Kervrann, Cedric Blouin, Francois Waharte
article
Journal of the Optical Society of America. A Optics, Image Science, and Vision, Optical Society of America, 2015, 32 (10), pp.15. ⟨http://ads.osa.org/josaa/abstract.cfm?uri=josaa-32-10-1821⟩. ⟨10.1364/JOSAA.32.001821⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01246392/file/FDFLIMMOTION-2015.pdf BibTex
titre
Background Fluorescence Estimation and Vesicle Segmentation in Live Cell Imaging with Conditional Random Fields
auteur
Thierry Pécot, Patrick Bouthemy, Jérôme Boulanger, Anatole Chessel, Sabine Bardin, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
IEEE Transactions on Image Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, 24 (2), pp.14. ⟨10.1109/TIP.2014.2380178⟩
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titre
Determinantal point process models and statistical inference
auteur
Frédéric Lavancier, Jesper Møller, Ege Rubak
article
Journal of the Royal Statistical Society: Series B, Royal Statistical Society, 2015, 77 (4), pp.853-877. ⟨10.1111/rssb.12096⟩
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Communication dans un congrès

titre
Sparse Aggregation Framework for Optical Flow Estimation
auteur
Denis Fortun, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
Scale Space and Variational Methods in Computer Vision, May 2015, Lège Cap Ferret, France
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https://hal.inria.fr/hal-01138012/file/sparse_aggreg.pdf BibTex
titre
Detection and estimation of membrane diffusion during exocytosis in TIRFM image sequences
auteur
Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Jérôme Boulanger, Francois Waharte, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, IEEE, Apr 2015, New-York, United States. pp.4, ⟨10.1109/ISBI.2015.7163968⟩
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titre
Automatic core segmentation and registration for fast tissue microarray de-arraying
auteur
Hoai-Nam Nguyen, Charles Kervrann, C. Cauchois, Vincent Paveau
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2015, New-York, United States. pp.4
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BibTex
titre
Joint localization, estimation and classification of membrane dynamics in TIRF microscopy image sequences
auteur
Charles Kervrann, Jean Salamero
article
Quantitative BioImaging, Jan 2015, Paris, France
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BibTex
titre
A quantitative approach for space-time membrane trafficking orientation
auteur
Thierry Pécot, Jérôme Boulanger, Patrick Bouthemy, Sabine Bardin, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
Quantitative BioImaging, Jan 2015, Paris, France
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Chapitre d'ouvrage

titre
A two-color interacting random balls model for co-localization analysis of proteins
auteur
Charles Kervrann, Frédéric Lavancier
article
Frank Nielsen; Frédéric Barbaresco. Geometric Science of Information, 9389, Springer, 2015, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-25039-7
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Thèse

titre
Detection and characterization by local statistical approaches of dynamical events in image sequences : application to membrane fusion in TIRF microscopy
auteur
Antoine Basset
article
Image Processing [eess.IV]. Université Rennes 1, 2015. English. ⟨NNT : 2015REN1S096⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01304780/file/BASSET_Antoine.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

titre
Objective comparison of particle tracking methods
auteur
Nicolas Chenouard, Ihor Smal, Fabrice de Chaumont, Martin Maska, Ivo F. Sbalzarini, Yuanhao Gon, Janick Cardinale, Craig Carthel, Stefano Coraluppi, Mark Winter, Andrew R. Cohen, William J. Godinez, Karl Rohr, Yannis Kalaidzidis, Liang Liang, James Duncan, Hongying Shen, Yingke Xu, Klas Magnusson, Joakim Jalden, Hélène M. Blau, Perrine Paul-Gilloteaux, Philippe Roudot, Charles Kervrann, François Waharte, Jean-Yves Tinevez, Spencer L. Shorte, Joost Willemse, Katherine Celler, Gilles P. van Wezel, Han-Wei Dan, Yuh-Show Tsai, Carlos Ortiz de Solorzano, Jean-Christophe Olivo-Marin, Erik Meijering
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2014, 11 (3), pp.281-289. ⟨10.1038/nmeth.2808⟩
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Communication dans un congrès

titre
PEWA: Patch-based Exponentially Weighted Aggregation for image denoising
auteur
Charles Kervrann
article
NIPS - Neural Information Processing Systems, Neural Information Processing Systems Foundation, Dec 2014, Montreal, Canada
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https://hal.inria.fr/hal-01103358/file/NIPS-EWA-2014-CameraReady.pdf BibTex
titre
Conditional Random Fields for tubulin-microtubule segmentation in cryo-electron tomography
auteur
Charles Kervrann, Sophie Blestel, Denis Chrétien
article
IEEE International Conference on Image Processing (top 10%” papers in ICIP 2014), Oct 2014, Paris, France. pp.2080 - 2084, ⟨10.1109/ICIP.2014.7025417⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01103330/file/2014-icip-cryoseg.pdf BibTex
titre
Approximate Bayesian Computation, stochastic algorithms and non-local means for complex noise models
auteur
Charles Kervrann, Philippe Roudot, François Waharte
article
IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2014, Paris, France. pp.4
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https://hal.inria.fr/hal-01103322/file/2014-ICIP-GNL.pdf BibTex
titre
Recovery of motion patterns and dominant paths in videos of crowded scenes
auteur
Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2014, Paris, France
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BibTex
titre
Spot detection in light microscopy images with automatic scale selection and self-adaptive thresholding
auteur
Antoine Basset, Jérôme Boulanger, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
BioImage Informatics, Oct 2014, Leuven, Belgium
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BibTex
titre
Sélection d'échelle automatique précise et seuillage localement adapté pour la segmentation de vésicules en microscopie TIRF
auteur
Antoine Basset, Jérôme Boulanger, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
Reconnaissance de Formes et Intelligence Artificielle (RFIA) 2014, Jun 2014, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00988759/file/rfia2014_submission_79.pdf BibTex
titre
Action localization with tubelets from motion
auteur
Mihir Jain, Jan Van Gemert, Hervé Jégou, Patrick Bouthemy, Cees Snoek
article
CVPR - International Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, Jun 2014, Columbus, United States
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https://hal.inria.fr/hal-00996844/file/jain_cvpr2014_tubelets.pdf BibTex
titre
Estimation of the flow of particles within a partition of the image domain in fluorescence video-microscopy
auteur
Thierry Pécot, Jérôme Boulanger, Charles Kervrann, Patrick Bouthemy, Jean Salamero
article
ISBI - 11th IEEE International Symposium On Biomedical Imaging : from nano to macro - 2014, Apr 2014, Beijing, China
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https://hal.inria.fr/hal-00936063/file/article.pdf BibTex
titre
Localization and Classification of Membrane Dynamics in TIRF Microscopy Image Sequences
auteur
Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Jérôme Boulanger, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
ISBI - 2014 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, Beijing, China
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BibTex
titre
SLT-LoG: A Vesicle Segmentation Method with Automatic Scale Selection and Local Thresholding Applied to TIRF Microscopy
auteur
Antoine Basset, Jérôme Boulanger, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
ISBI - 2014 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2014, Beijing, China
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BibTex

Thèse

titre
Aggregation Framework and Patch-Based Image Representation for Optical Flow
auteur
Denis Fortun
article
Image Processing [eess.IV]. Universite Rennes 1, 2014. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01104056/file/Fortun_these.pdf BibTex
titre
Image Processing Methods for Dynamical Intracellular Processes Analysis in QuantitativeFluorescence Microscopy
auteur
Philippe Roudot
article
Image Processing [eess.IV]. Universite Rennes 1, 2014. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01103887/file/thesis-PRoudot.pdf BibTex

2013

Article dans une revue

titre
Motion Textures: Modeling, Classification, and Segmentation Using Mixed-State
auteur
Tomas Crivelli, Bruno Cernuschi-Frias, Patrick Bouthemy, Jian-Feng Yao
article
SIAM Journal on Imaging Sciences, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2013, 6 (4), pp.2484-2520. ⟨http://epubs.siam.org/doi/pdf/10.1137/120872048⟩. ⟨10.1137/120872048⟩
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BibTex
titre
Research and applications: Identifying survival associated morphological features of triple negative breast cancer using multiple datasets
auteur
Chao Wang, Thierry Pécot, Debra L. Zynger, Raghu Machiraju, Charles L. Shapiro, Kun Huang
article
Journal of the American Medical Informatics Association, BMJ Publishing Group, 2013
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BibTex
titre
Single versus dual-axis cryo-electron tomography of microtubules assembled in vitro: limits and perspectives
auteur
Audrey Guesdon, Sophie Blestel, Charles Kervrann, Denis Chrétien
article
Journal of Structural Biology, Elsevier, 2013, 181 (2), pp.169-78. ⟨10.1016/j.jsb.2012.11.004⟩
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Communication dans un congrès

titre
Robust Detection and Visualization of Cytoskeletal Structures in Fibrillar Scaffolds from 3-Dimensional Confocal Image
auteur
Do Young Park, Desiree Jones, Nicanor I. Moldovan, Raghu Machiraju, Thierry Pécot
article
BioVis - IEEE Symposium on Biological Data Visualization - 2013, Oct 2013, Atlanta, United States
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BibTex
titre
A maximum likelihood method for lifetime estimation in photon counting-based fluorescence lifetime imaging microscopy
auteur
Anatole Chessel, François Waharte, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
EUSIPCO - European Signal Processing Conference, Sep 2013, Marrakech, Morocco. pp.1-5
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BibTex
titre
Correlation and variational approaches for motion and diffusion estimation in fluorescence imaging
auteur
Denis Fortun, Chen Chen, Perrine Paul-Gilloteaux, François Waharte, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
EUSIPCO 2013 - European Signal Processing Conference, Sep 2013, Marrakech, Morocco. pp.1-5
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BibTex
titre
Agrégation d'estimations semi-locales pour le flot optique
auteur
Denis Fortun, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
Gretsi - XXIVe Colloque Gretsi - Traitement du Signal et des Images - 2013, Sep 2013, Brest, France. pp.1-4
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BibTex
titre
Estimation de flux d'objets fluorescents dans les séquences de vidéo-microscopie
auteur
Jérôme Boulanger, Thierry Pécot, Charles Kervrann, Patrick Bouthemy, Jean Salamero
article
Gretsi - XXIVe Colloque Gretsi - Traitement du Signal et des Images - 2013, Sep 2013, Brest, France. pp.1-4
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BibTex
titre
Classification instantanée de mouvements de foules dans des vidéos
auteur
Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
Gretsi - XXIVe Colloque Gretsi - Traitement du Signal et des Images - 2013, Sep 2013, Brest, France
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BibTex
titre
Frame-by-frame crowd motion classification from affine motion models
auteur
Antoine Basset, Patrick Bouthemy, Charles Kervrann
article
AVSS - 10th IEEE International Conference on Advanced Video and Signal Based Surveillance - 2013, Aug 2013, Krakòw, Poland. pp.282-287, ⟨10.1109/AVSS.2013.6636653⟩
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BibTex
titre
Better exploiting motion for better action recognition
auteur
Mihir Jain, Hervé Jégou, Patrick Bouthemy
article
CVPR - International Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, Jun 2013, Portland, United States
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https://hal.inria.fr/hal-00813014/file/jain_motion.pdf BibTex
titre
Physical modeling of microtubules network
auteur
Pierre Allain, Charles Kervrann
article
4th International Workshop on New Computational Methods for Inverse Problems, May 2013, Cachan, France. pp.6, ⟨10.1088/1742-6596/542/1/012005⟩
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BibTex
titre
Correlation and variational approaches for motion and diffusion estimation in fluorescence imaging
auteur
Denis Fortun, Chen Chen, Perrine Paul-Gilloteaux, François Waharte, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
European Light Microscopy Initiative (ELMI'13), May 2013, Arcachon, France
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BibTex
titre
Aggregation of patch-based estimations for illumination-invariant optical flow in live cell imaging
auteur
Denis Fortun, Patrick Bouthemy, Perrine Paul-Gilloteaux, Charles Kervrann
article
ISBI - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2013, San-Francisco, United States. pp.660-663, ⟨10.1109/ISBI.2013.6556561⟩
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BibTex
titre
Robust parametric stabilization of moving cells with intensity correction in light microscopy image sequences
auteur
Solene Ozere, Patrick Bouthemy, Fabien Spindler, Perrine Paul-Gilloteaux, Charles Kervrann
article
ISBI - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2013, San-Francisco, United States. pp.468-471, ⟨10.1109/ISBI.2013.6556513⟩
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BibTex
titre
Noise modeling for intensified camera in fluorescence imaging: application to image denoising
auteur
Philippe Roudot, Charles Kervrann, Jérôme Boulanger, François Waharte
article
ISBI - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2013, San-Francisco, United States. pp.600-603, ⟨10.1109/ISBI.2013.6556546⟩
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BibTex

2012

Article dans une revue

titre
Canonical and Atypical E2Fs Regulate the Mammalian Endocycle
auteur
Hui-Zi Chen, Madhu Ouseph, Jing Li, Thierry Pécot, Veda Chokshi, Lindsey Kent, Sooin Bae, Morgan Byrne, Camille Duran, Grant Comstock, Prashant Trikha, Markus Mair, Shantibusan Senapati, Chelsea K. Martin, Sagar Gandhi, Nicholas Wilson, Bin Liu, Yi-Wen Huang, John C. Thompson, Sundaresan Raman, Shantanu Singh, Marcelo Leone, Raghu Machiraju, Kun Huang, Xiaokui Mo, Soledad Fernandez, Ilona Kalaszczynska, Debra J. Wolgemuth, Piotr Sicinski, Tim Huang, Victor Jin, Gustavo Leone
article
Nature Cell Biology, Nature Publishing Group, 2012
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BibTex
titre
Confinement induces actin flow in a meiotic cytoplasm.
auteur
Mathieu Pinot, Villier Steiner, Benoit Dehapiot, Byung-Kuk Yoo, Franck Chesnel, Laurent Blanchoin, Charles Kervrann, Zoher Gueroui
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2012, 109 (29), pp.11705-11710. ⟨10.1073/pnas.1121583109⟩
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BibTex
titre
A Rab11A/myosin Vb/Rab11-FIP2 complex frames two late recycling steps of langerin from the ERC to the plasma membrane
auteur
Alexandre Gidon, Sabine Bardin, Bertrand Cinquin, Jérôme Boulanger, François Waharte, Laurent Héliot, Henri de la Salle, Daniel Hanau, Charles Kervrann, Bruno Goud, Jean Salamero
article
Traffic, Wiley, 2012, 13 (6), pp.815-833. ⟨http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1600-0854.2012.01354.x/full⟩. ⟨10.1111/j.1600-0854.2012.01354.x⟩
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BibTex
titre
Atypical E2F repressors and activators coordinate placental development
auteur
Madhu M. Ouseph, Jing Li, Hui-Zi Chen, Thierry Pécot, Pamela Wenzel, John C. Thompson, Grant Comstock, Veda Chokshi, Megan Byrne, Braxton Forde, Jean L. Chong, Kun Huang, Raghu Machiraju, Alain de Bruin, Gustavo Leone
article
Developmental Cell, Elsevier, 2012
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BibTex
titre
A signal processing approach for enriched region detection in RNA polymerase II ChIP-seq data
auteur
Zhi Han, Lu Tian, Thierry Pécot, Tim Huang, Raghu Machiraju, Kun Huang
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Tracking Growing Axons by Particle Filtering in 3D+t Fluorescent Two-Photon Microscopy Images
auteur
Huei-Fang Yang, Xavier Descombes, Charles Kervrann, Caroline Medioni, Florence Besse
article
ACCV - Asian Conference on Computer Vision, Nov 2012, Daejeon, South Korea
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https://hal.inria.fr/hal-00740966/file/accv12.pdf BibTex
titre
Lifetime MAP reconstruction in frequency-domain fluorescence lifetime imaging microscopy
auteur
Philippe Roudot, Charles Kervrann, François Waharte, Jérôme Boulanger
article
IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2012, Oct 2012, Orlando, FL, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00763803/file/PRoudot_ICIP2012.pdf BibTex
titre
Semi-local variational optical flow estimation
auteur
Denis Fortun, Charles Kervrann
article
IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2012, Sep 2012, Orlando, FL, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00763806/file/DFortun_ICIP12.pdf BibTex
titre
Patch-based methods and algorithms for breaking the signal-to-noise ratio in fluorescence microscopy and cryo-electron microscopy
auteur
Charles Kervrann
article
BioImage Informatics, Sep 2012, Dresde, Germany
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BibTex
titre
Lateral drift correction without fiduciary markers in PALM experiments
auteur
Laurent Guyon, C. Mignon, Fabrice Senger, Laurent Blanchoin, J. Xie, Charles Kervrann, Dominique Bourgeois
article
Swiss Single Molecule Localization Microscopy, Aug 2012, Lausanne, Switzerland
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BibTex
titre
Aggregation Methods for Optical Flow Computation
auteur
Charles Kervrann, Denis Fortun, Patrick Bouthemy
article
SIAM Conference on Imaging Science, May 2012, Philadelphia, United States
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BibTex
titre
Semi-parametric robust Gaussian fitting
auteur
Philippe Roudot, Charles Kervrann, François Waharte
article
IEEE ISBI 2012 Workshop: Particle Tracking Challenge, May 2012, Barcelona, Spain
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BibTex
titre
Lifetime estimation of moving vesicles in frequency-domain fluorescence lifetime imaging microscopy
auteur
Philippe Roudot, Charles Kervrann, François Waharte
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro, ISBI 2012, May 2012, Barcelona, Spain. pp.668-671, ⟨10.1109/ISBI.2012.6235636⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00763790/file/PRoudot_ISBI2012.pdf BibTex
titre
NON PARAMETRIC CELL NUCLEI SEGMENTATION BASED ON A TRACKING OVER DEPTH FROM 3D FLUORESCENCE CONFOCAL IMAGES
auteur
Thierry Pécot, Shantanu Singh, Enrico Caserta, Kun Huang, Raghu Machiraju, Gustavo Leone
article
ISBI - 9th IEEE International Symposium On Biomedical Imaging : from nano to macro - 2012, May 2012, Barcelona, Spain
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https://hal.inria.fr/hal-00921540/file/article.pdf BibTex

2011

Article dans une revue

titre
Reprogramming of the tumour microenvironment by stromal PTEN-regulated miR-320
auteur
Agnieszka Bronisz, Jakub Godlewski, Julie Wallace, Anand S. Merchant, Michal O. Nowicki, Haritha Mathsyaraja, Ruchika Srinivasan, Anthony J. Trimboli, Chelsea K. Martin, Fu Li, Lianbo Yu, Soledad A. Fernandez, Thierry Pécot, Thomas J. Rosol, Sean Cory, Michael Hallett, Morag Park, Melissa G. Piper, Clay B. Marsh, Lisa D. Yee, Rafael E. Jimenez, Ennio A. Chiocca, Gustavo Leone, Michael C. Ostrowski
article
Nature Cell Biology, Nature Publishing Group, 2011
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BibTex
titre
Simultaneous motion detection and background reconstruction with a conditional mixed-state markov random field
auteur
Tomas Crivelli, Patrick Bouthemy, Bruno Cernuschi-Frias, Jian-Feng Yao
article
International Journal of Computer Vision, Springer Verlag, 2011, 94 (3), pp.295--316. ⟨10.1007/s11263-011-0429-z⟩
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BibTex
titre
Cryo-Electron Tomography of microtubules assembled in vitro from purified components.
auteur
Frédéric Coquelle, Sophie Blestel, Claire Heichette, Isabelle Arnal, Charles Kervrann, Denis Chrétien
article
Methods in Molecular Biology, Humana Press/Springer Imprint, 2011, Microtubule Dynamics: Methods and Protocols, 777, pp.193-208. ⟨10.1007/978-1-61779-252-6_14⟩
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BibTex
titre
Advanced microcopy to study tracking and spatiotemporal organization of intracellular membranes
auteur
Bertrand Cinquin, Alexandre Gidon, Anatole Chessel, Thierry Pecot, Jérôme Boulanger, Charles Gueudry, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
Bio-Medical Materials and Engineering, IOS Press, 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00541284/file/BCinquinBBME2011.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Change detection methods in fluorescence live cell imaging for sub-cellular trafficking analysis
auteur
Charles Kervrann, Jérôme Boulanger, Anatole Chessel, Bertrand Cinquin, Jean Salamero
article
BioImage Informatics II, Janelia Farm - Howard Hugues Medical Institute, Sep 2011, Ashburn VA, United States
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titre
Non-parametric Population Analysis of Cellular Phenotypes
auteur
Shantanu Singh, Firdaus Janoos, Thierry Pécot, Enrico Caserta, Kun Huang, Jens Rittscher, Gustavo Leone, Raghu Machiraju
article
MICCAI - 14th International conference on medical image computing and computer assisted intervention - 2011, Sep 2011, Toronto, Canada
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titre
Identifying Nuclear Phenotypes Using Semi-supervised Metric Learning
auteur
Shantanu Singh, Firdaus Janoos, Thierry Pécot, Enrico Caserta, Gustavo Leone, Jens Rittscher, Raghu Machiraju
article
IPMI - 22nd International Conference on Information Processing in Medical Imaging - 2011, Jul 2011, Irsee, Germany
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titre
Structure of Paramecium trichocysts
auteur
Emeline Pollet, Cathy Fisch, Audrey Guesdon, Claire Heichette, Pascale Dupuis-Williams, Charles Kervrann, Amelie Leforestier, Denis Chrétien
article
12th Congres of the French Society for Microscopy, Société Française des Microscopies, Jun 2011, Strasbourg, France
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titre
How does GTP-hydrolysis destabilize the microtubule lattice ?
auteur
Audrey Guesdon, Sophie Blestel, Charles Kervrann, Denis Chrétien
article
12th Congres of the French Society for Microscopy, Société Française des Microscopies, Jun 2011, Strasbourg, France
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titre
Cryo-electron tomography of macromolecular assemblies: from quantum dots to 3D crystals of proteins
auteur
Audrey Guesdon, Frédéric Coquelle, Sophie Blestel, Emeline Pollet, Benjamin Vitre, Morgane Angevin, Claire Heichette, Isabelle Arnal, Charles Kervrann, Denis Chrétien
article
12th Congres of the French Society for Microscopy, Société Française des Microscopies, Jun 2011, Strasbourg, France
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titre
Interaction of +TIPs with microtubule ends
auteur
Frédéric Coquelle, Audrey Guesdon, Morgane Angevin, Thomas Chenuel, Morgane Chrétien, Claire Heichette, Sophie Blestel, Charles Kervrann, Isabelle Arnal, Denis Chrétien
article
12th Congres of the French Society for Microscopy, Société Française des Microscopies, Jun 2011, Strasbourg, France
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Chapitre d'ouvrage

titre
Mixed-state Markov models in image motion analysis
auteur
Tomas Crivelli, Bruno Cernuschi-Frias, Patrick Bouthemy, Jian-Feng Yao
article
Springer. Machine Learning for Vision-Based Motion Analysis, 1st Edition., 2011, XIV, 372 pages, SpringerLink, pp.Part 2, 77-115, 2011, Theory and Techniques Series: Advances in Pattern Recognition / Wang, L.; Zhao, G.; Cheng, L.; Pietikäinen, M. (Eds.), 978-0-85729-056-4. ⟨10.1007/978-0-85729-057-1_4⟩
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HDR

titre
Contributions à l'étude statistique de la dépendance spatiale dans les champs à longue mémoire sur un réseau, les processus ponctuels et la géométrie aléatoire.
auteur
Frédéric Lavancier
article
Statistiques [math.ST]. université de nantes, 2011
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01381213/file/main.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Multiscale neighborhood-wise decision fusion for redundancy detection in image pairs
auteur
Charles Kervrann, Jérôme Boulanger, Thierry Pecot, Patrick Pérez, Jean Salamero
article
2011
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https://hal.inria.fr/inria-00487051/file/SIAM_MMS_2012.pdf BibTex

2010

Article dans une revue

titre
Assessment of standard coil positioning in transcranial magnetic stimulation in depression
auteur
Cecilia Nauczyciel, Pierre Hellier, Xavier Morandi, Sophie Blestel, Dominique Drapier, Jean-Christophe Ferre, Christian Barillot, Bruno Millet
article
Psychiatry Research, Elsevier, 2010, 186 (2-3), pp.232-238. ⟨10.1016/j.psychres.2010.06.012⟩
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titre
A Patch-Based Method for Repetitive and Transient Event Detection in Fluorescence Imaging
auteur
Jérôme Boulanger, Alexandre Gidon, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (10), pp.e13190. ⟨10.1371/journal.pone.0013190⟩
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titre
Informatique et médecine
auteur
Pierre Hellier
article
Doc Sciences, Édition du CRDP de l'académie de Versailles, 2010
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titre
Condensed Mitotic Chromosome Structure at Nanometer Resolution Using PALM and EGFP- Histones
auteur
Atsushi Matsuda, Lin Shao, Jérôme Boulanger, Charles Kervrann, Peter M. Carlton, Peter Kner, David Agard, John W. Sedat
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (9), pp.e12768. ⟨10.1371/journal.pone.0012768⟩
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titre
Fast live simultaneous multiwavelength four-dimensional optical microscopy
auteur
Peter M. Carlton, Jérôme Boulanger, Charles Kervrann, Jean-Baptiste Sibarita, Jean Salamero, Susannah Gordon-Messer, Debra Bressan, James Haber, Sebastian Haase, Lin Shao, Lukman Winoto, Atsushi Matsuda, Peter Kner, Satoru Uzawa, Mats Gustafsson, Zvi Kam, David Agard, John Sedat
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2010, 107 (37), pp.16016-16022. ⟨10.1073/pnas.1004037107⟩
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titre
Real time ultrasound image denoising
auteur
Fernanda Palhano Xavier de Fontes, Guillermo Andrade Barroso, Pierrick Coupé, Pierre Hellier
article
Journal of Real-Time Image Processing, Springer Verlag, 2010, ⟨10.1007/s11554-010-0158-5⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00476122/file/JRTIP.pdf BibTex
titre
An automatic geometrical and statistical method to detect acoustic shadows in intraoperative ultrasound brain images
auteur
Pierre Hellier, Pierrick Coupé, Xavier Morandi, D. Louis Collins
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2010, 14 (2), pp.195-204. ⟨10.1016/j.media.2009.10.007⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00432724/file/Final.pdf BibTex
titre
Patch-Based Nonlocal Functional for Denoising Fluorescence Microscopy Image Sequences
auteur
Jérôme Boulanger, Charles Kervrann, Patrick Bouthemy, Peter Elbau, Jean-Baptiste Sibarita, Jean Salamero
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 29 (2), pp.442-453. ⟨http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=5313961&tag=1⟩. ⟨10.1109/TMI.2009.2033991⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00541082/file/2010_TMI_Boulanger.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Une plateforme logicielle de neurochirurgie assistée par l'image
auteur
Alexandre Abadie, Romain Carpentier, Pierre Hellier, Pierre Jannin, Jean-Yves Gauvrit, Sylma Diabara, Pierre-Louis Henaux, Laurent Riffaud, Claire Haegelen, Abderrahmane Hamlat, Gilles Brassier, Xavier Morandi
article
Congrès de la Société de Neurochirurgie de Langue Française, Dec 2010, Paris, France. ⟨10.1016/j.neuchi.2010.10.019⟩
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titre
An Anthropomorphic Polyvinyl Alcohol Triple-Modality Brain Phantom based on Colin27
auteur
Sean Jy-Shyang Chen, Pierre Hellier, Jean-Yves Gauvrit, Maud Marchal, Xavier Morandi, D. Louis Collins
article
MEDICAL IMAGE COMPUTING AND COMPUTER-ASSISTED INTERVENTION – MICCAI 2010, Sep 2010, Pekin, China. pp.92-100, ⟨10.1007/978-3-642-15745-5_12⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00535810/file/MICCAI2010AcceptanceDraft.pdf BibTex
titre
Electron cryo-tomography of microtubule assemblies: automatic segmentation of tomograms with CryoSeg.
auteur
Sophie Blestel, Catherine Fish, Claire Heichette, Pascale Dupuis-Williams, Denis Chrétien, Charles Kervrann
article
EMBO Conference Series on Microtubules - Structure, Regulation and Functions, Jun 2010, Heidelberg, Germany. pp.72
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titre
Effects of XMAP215 on microtubule dynamics and structure and its visualization by electron cryo-tomography.
auteur
Frédéric Coquelle, Sophie Blestel, Kazuhisa Kinoshita, Benjamin Vitre, Claire Heichette, Charles Kervrann, Isabelle Arnal, Denis Chrétien
article
EMBO Conference Series on Microtubules - Structure, Regulation and Functions, Jun 2010, Heidelberg, Germany. pp.97
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titre
Structural basis of the interaction between microtubules and +TIPs
auteur
Isabelle Arnal, Frédéric Coquelle, Sophie Blestel, Benjamin Vitre, Claire Heichette, Charles Kervrann, Denis Chrétien
article
EMBO Conference Series on Microtubules - Structure, Regulation and Functions (2010), EMBO Conference Series, Jun 2010, Heidelberg, Germany
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titre
Three dimensional reconstruction of 14 protofilaments GMPCPP-microtubules using TubuleJ.
auteur
Audrey Guesdon, Sophie Blestel, Claire Heichette, Charles Kervrann, Denis Chrétien
article
EMBO Conference Series on Microtubules - Structure, Regulation and Functions, Jun 2010, Heidelberg, Germany. pp.127
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titre
A detection-based framework for the analysis of recycling in TIRF microscopy
auteur
Anatole Chessel, Bertrand Cinquin, Sabine Bardin, Jérôme Boulanger, Jean Salamero, Charles Kervrann
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro (ISBI 2010), IEEE Signal Processing Society, Apr 2010, Rotterdam, Netherlands. pp.1281-1284, ⟨10.1109/ISBI.2010.5490230⟩
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titre
Non-local means filter and novel bayesian approximations for non-local image regularization
auteur
Charles Kervrann
article
SIAM Imaging Science 2010, Society for Insdustrial and Applied Mathematics, Apr 2010, Chicago, United States
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titre
A detection based framework for systematic analysis of dual color TIRF microscopy
auteur
Anatole Chessel, Bertrand Cinquin, François Waharte, Charles Kervrann, Jean Salamero
article
Focus on Microscopy (FOM'10), Mar 2010, Shangai, China
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HDR

titre
Image processing methods for 3D intraoperative ultrasound
auteur
Pierre Hellier
article
Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2010
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00536133/file/HDR.pdf BibTex
titre
Modèles statistiques pour l'analyse d'images, algorithmes et applications en imagerie bio-cellulaire et moléculaire
auteur
Charles Kervrann
article
Interface homme-machine [cs.HC]. Université Rennes 1, 2010
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00541298/file/HdRCKervrann2010.pdf BibTex

2008

Article dans une revue

titre
TMS and neuronavigation in treatment of depression: a view into the future
auteur
Cecilia Nauczyciel, Laure Guibert, Pierre Hellier, Dominique Drapier, Nathalie Le Garzic, Xavier Morandi, Bruno Millet
article
L'Encéphale, Elsevier Masson, 2008, 34 (6), pp.625-8
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BibTex
titre
A simulation and estimation framework for intracellular dynamics and trafficking in video-microscopy and fluorescence imagery
auteur
Jérôme Boulanger, Charles Kervrann, Patrick Bouthemy
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2008, 13, 132-142Video-microscopy Fluorescence Cellular biology Image sequence modeling Simulation Estimation
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https://hal.inria.fr/hal-00794917/file/MedIA09_JBoulanger.pdf BibTex
titre
Neuronavigation pour la stimulation magnétique transcranienne
auteur
Pierre Hellier, Cecilia Nauczyciel, Christian Blonz
article
Interstices, INRIA, 2008, ⟨https://interstices.info/jcms/c_30403/neuronavigation-pour-la-stimulation-magnetique-transcranienne⟩
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Communication dans un congrès

titre
Patch-Based Markov Models for Event Detection in Fluorescence Bioimaging
auteur
Thierry Pécot, Charles Kervrann, Sabine Bardin, Bruno Goud, Jean Salamero
article
MICCAI - 11th International conference on medical image computing and computer assisted intervention - 2008, Sep 2008, New York, United States
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https://hal.inria.fr/hal-00919712/file/chp_3A10.1007_2F978-3-540-85990-1_12.pdf BibTex
titre
PATCH-BASED MARKOVMODELS FOR CHANGE DETECTION IN IMAGE SEQUENCE ANALYSIS
auteur
Thierry Pécot, Charles Kervrann
article
LNLA - International Workshop on Local and Non-Local Approximation in Image Processing - 2008, Aug 2008, Lausanne, Switzerland
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https://hal.inria.fr/hal-00919698/file/lnla08.pdf BibTex
titre
NETWORK TOMOGRAPHY AND MINIMAL PATHS FOR TRAFFIC FLOWESTIMATION IN MOLECULAR IMAGING
auteur
Thierry Pécot, Charles Kervrann
article
ISBI - IEEE International Symposium On Biomedical Imaging : from nano to macro - 2008, May 2008, Paris, France
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https://hal.inria.fr/hal-00919688/file/isbi08.pdf BibTex

2007

Communication dans un congrès

titre
Network tomography for tra cking simulation and analysis in fluorescence microscopy imaging
auteur
Thierry Pécot, Jérôme Boulanger, Charles Kervrann, Patrick Bouthemy
article
ISBI - IEEE International Symposium On Biomedical Imaging : from nano to macro - 2007, Apr 2007, Washington D.C., United States
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2005

Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (Editorial)
auteur
Pierre Hellier, David Haynor, Christian Barillot
article
P. Hellier, D.R. Haynor, C. Barillot. 10, Wiley, pp.197, 2005
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2004

Article dans une revue

titre
A hierarchical parametric algorithm for deformable multimodal image registration
auteur
Pierre Hellier, Christian Barillot
article
Computer Methods and Programs in Biomedicine, Elsevier, 2004, 75 (2), pp.107-115. ⟨10.1016/j.cmpb.2004.01.002⟩
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Chapitre d'ouvrage

titre
Inter-subject non-rigid registration: an overview with classification and the Romeo algorithm
auteur
Pierre Hellier
article
J. Suri, D. Wilson, S. Laxminarayan. Handbook of medical image analysis, volume III: segmentation and registration methods, Kluwer, pp.273-338, 2004
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Proceedings of Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention - MICCAI 2004
auteur
Barillot Christian, David R. Haynor, Pierre Hellier
article
Springer, pp.2044, 2004, ⟨10.1007/b100265⟩
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2003

Article dans une revue

titre
Robust multiscale deformable registration of 3D ultrasound images
auteur
I. Pratikakis, Christian Barillot, Pierre Hellier, Etienne Mémin
article
International Journal of Image and Graphics, World Scientific Publishing, 2003, 3 (4), pp.547-566
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BibTex
titre
Retrospective evaluation of intersubject brain registration
auteur
Pierre Hellier, Christian Barillot, Isabelle Corouge, Bernard Gibaud, G. Le Goualher, D. Louis Collins, Allan Evans, Grégoire Malandain, Nicholas Ayache, G. E. Christensen, H.J. Johnson
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2003, 22 (9), pp.1120 - 1130. ⟨10.1109/TMI.2003.816961⟩
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titre
Coupling dense and landmark-based approaches for non rigid registration
auteur
Pierre Hellier, Christian Barillot
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2003, 22 (2), pp.217 - 227. ⟨10.1109/TMI.2002.808365⟩
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2001

Article dans une revue

titre
Segmentation of brain 3D MR images using level sets and dense registration
auteur
Caroline Baillard, Pierre Hellier, Christian Barillot
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2001, 5 (3), pp.185-194. ⟨10.1016/S1361-8415(01)00039-1⟩
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BibTex
titre
Hierarchical estimation of a dense deformation field for 3-D robust registration
auteur
Pierre Hellier, Christian Barillot, Etienne Mémin, Patrick Pérez
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2001, 20 (5), pp.388 - 402. ⟨10.1109/42.925292⟩
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2000

Thèse

titre
Recalage non rigide en imagerie cérébrale : méthodes et validation
auteur
Pierre Hellier
article
Modélisation et simulation. Université Rennes 1, 2000. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00536029/file/these.pdf BibTex

1999

Communication dans un congrès

titre
A Region Tracking Method with Failure Detection for an Interactive Video Indexing Environment
auteur
Marc Gelgon, Patrick Bouthemy, Dubois Thierry
article
Visual Information and Information Systems (VISUAL'99), Jun 1999, Amsterdam, France. pp.261-268
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1998

Communication dans un congrès

titre
Determining a Structured Spatio-Temporal Representation of Video Content for Efficient Visualization and Indexing
auteur
Marc Gelgon, Patrick Bouthemy
article
European Conf. on Computer Vision, Jun 1998, Freiburg, Germany. pp.595-609
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1997

Communication dans un congrès

titre
A region-level graph labeling approach to motion-based segmentation
auteur
Marc Gelgon, Patrick Bouthemy
article
IEEE Int. Conf. on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR'1997), Jun 1997, San Jose, Puerto Rico. pp.514-519
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