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Equipe de recherche SEQUOIA2

Algorithmes pour analyse à grande échelle de séquences biologiques

  • Responsable : Hélène Touzet
  • Centre(s) de recherche : CRI Lille - Nord Europe
  • Domaine : STIC pour les sciences de la vie et de l'environnement
  • Thème : Biologie numérique et bioinformatique

Présentation de l'équipe

La bio-informatique a connu un développement important ces vingt dernières années et est devenue un domaine de recherche riche et fécond. Cette évolution s'est accompagnée d'innovations en biologie moléculaire concernant les technologies de séquençage, le transcriptome, la protéomique, qui permettent d'accéder à une mine d'informations. Ces données sont une opportunité sans précédent pour élucider le fonctionnement du génome et de la cellule.
L'objectif principal de SEQUOIA2 est de développer des outils pour l'analyse des génomes et des séquences à grande échelle. Cela inclut la définition de modèles combinatoires et d'algorithmes efficaces, la mise en oeuvre dans des logiciels robustes et diffusés, la validation sur des données biologiques. La plupart de nos projets de recherche sont menés en collaboration avec des équipes de recherche de biologie.

Axes de recherche

  • Analyse de séquences haut débit
  • ARN non-codants
  • Peptides non ribosomiaux
  • Réarrangements génomiques

Logiciels

Mots-clés : Bioinformatique Biologie computationnelle Algorithmique discrète

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