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Equipe de recherche SEQUOIA

Algorithmes pour analyse à grande échelle de séquences biologiques

  • Responsable : Grigory Koutcherov
  • Centre(s) de recherche : CRI Lille - Nord Europe
  • Domaine : STIC pour les sciences de la vie et de l'environnement
  • Thème : Biologie numérique et bioinformatique
  • Partenaire(s) : Université des sciences et technologies de Lille (Lille 1),CNRS,Université Charles de Gaulle (Lille 3)
  • Collaborateur(s) : Laboratoire d'informatique fondamentale de Lille (LIFL) (UMR8022)

Présentation de l'équipe

Depuis une quinzaine d'années, la bioinformatique a connu une progression remarquable et est devenu un domaine de recherche riche et très actif. Cette évolution est intimement liée au développement spectaculaire des technologies de séquençage qui a abouti à un grand volume disponible de données de séquences, ainsi qu'à l'avènement de nouvelles technologies en génomique et protéomique (puces à ADN pour l'analyse d'expression de gènes, spectrométrie de masse, ...). En outre, des découvertes récentes en biologie moléculaire, telles que la révision du rôle des ARN non-codants, ont posé de nouveaux défis à la bioinformatique. Alors que la bioinformatique moderne emploie des modèles et méthodes mathématiques très divers, l'analyse de séquences reste sa composante centrale.

L'objectif principal de notre équipe-projet est de définir des modèles appropriés et des méthodes efficaces pour l'analyse à grande échelle de séquences biologiques. L'accent est mis sur l'annotation de régions non-codantes - gènes à ARN et séquences régulatrices - à l'aide de méthodes de génomique comparative. Nous travaillons également sur l'analyse de séquences protéiques ainsi que sur le traitement informatique de peptides non-ribosomiaux. Une attention particulière est portée au développement de logiciels opérationnels, leur validation sur les données biologiques et leur mise à dispositin publique. La plupart des projets de recherches proposés est effectué en collaboration avec des biologistes.

Axes de recherche

  • Similarité de séquences et séquences répétées
  • Analyse d'ARN non-codants
  • Analyse de séquences cis-régulatrices
  • Analyse à grande échelle de régions non-codantes
  • Analyse de peptides non-ribosomaux
  • Analyse de séquences protéiques

Logiciels

Relations industrielles et internationales

  • Collaborations locales : UMR 8161 (Institut de Biologie de Lille, CNRS - Institut Pasteur de Lille - Université Lille 1 - Université Lille 2), laboratoire ProBioGem, IRI
  • Projets nationaux : ANR "Brasero", ARC INRIA "Flash", projet Inter-Génopole, GDR Bioinformatique Moléculaire, GDR Informatique Mathématique
  • Collaborations internationales : Université de Varsovie (projet Polonium), Institut Russe de Problèmes Mathématique en Biologie (projet ECO-NET), Université Libre de Bruxelles, Université de Montréal, Université de Haifa, Université de Moscou, Université de Boston

Mots-clés : Bioinformatique Analyse de séquences Génomique comparative ARN non codants peptides non-ribosomiaux Calcul haute performance

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