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Equipe de recherche PLEIADE

from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology

  • Responsable : David Sherman
  • Type : équipe
  • Centre(s) de recherche : Bordeaux
  • Domaine : Santé, biologie et planète numériques
  • Thème : Biologie numérique
  • Les "équipes" Inria sont en général des groupes de chercheurs engagés dans la définition d'un projet et d'objectifs partagés, qui donneront lieu à la création d'une équipe-projet. Les équipes-projets ainsi créées peuvent être commune avec des partenaires (universités ou organismes de recherche)

Présentation de l'équipe

L'étude de la biologie associe des études de formes (la diversité) et des modélisations de processus (fonctionnels ou évolutifs). Pleiade répond au double défi de la mesure rapide et pertinente de dissimilarités entre objets biologiques et de l’exploration des relations entre la diversité des traits et la diversité de fonctions, à plusieurs échelles. Nous développons des algorithmes, modèles, et cadres logicielles pour des applications en écologie, évolution et biotechnologie.

Axes de recherche

Méthodes

  • Distances et reconnaissance de formes
  • Modélisation hybride hiérarchique
  • E-science

Applications

  • Annotation de génomes et transcriptomes
  • Systematique et taxonomie moléculaire
  • Écologie de communautés et génétique de populations

Relations industrielles et internationales

  • CRG/DIM University of Chile (modélisation hybride)
  • SLU Uppsala (ecosystèmes lentics, metagénomique de diatomés, bioindication)
  • Russian Academy of Sciences (usines cellulaires et biotechnologie)
  • Labex CEBA (Centre pour l'étude de la biodiversité en Amazonia)
  • BioLaffort (sélection et génomique de levains oenologiques)
  • DGAC CAER (consortium industriel Carburants altérnatifs pour l'aéronautique)

Mots-clés : Reconnaissance de formes Modélisation E-Science NGS Biodiversité Biotechnologie

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