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Equipe de recherche MODBIO

modèles informatiques en biologie moléculaire

  • Responsable : Eric Domenjoud
  • Centre(s) de recherche : CRI Nancy - Grand Est
  • Domaine : Systèmes biologiques
  • Thème : Modélisation et simulation pour la biologie et la médecine

Présentation de l'équipe

L'objectif de MODBIO est le développement de modèles informatiques pour la biologie moléculaire et cellulaire. Nous nous intéressons à deux types de problèmes :
  • déterminer la structure de macromolécules biologiques ;
  • découvrir et comprendre la fonction de systèmes biologiques.
Notre approche est basée sur une combinaison de techniques de la programmation par contraintes, de l'optimisation discrète, des systèmes hybrides, et de l'apprentissage statistique.

Axes de recherche

  1. Détermination de la structure des macromolécules biologiques

    • Détermination et analyse des enveloppes macromoléculaires

    • Interactions entre ARN et ligands

    • Prédiction de la structure secondaire des protéines globulaires

  2. Structures fonctionnelles

    • Motifs fonctionnels intergéniques

    • Analyse expérimentale des interactions ARN/protéine

  3. Modélisation de la fonction de systèmes biologiques

    • Modélisation par programmation concurrente avec contraintes hybrides

    • Application à l'épissage alternatif

Relations industrielles et internationales

  • Participation au Génopole Strasbourg AlsaceLorraine;

  • Participation au projet Bioinformatique du PRST «Intelligence Logicielle» de la région Lorraine;

  • Participation à l'ARC INRIA «Calculs de Processus et Biologie des Réseaux Moléculaires»

  • Participation au projet européen LISCOS;

  • Nombreuses collaborations nationales et internationales:

    • Laboratoire MAEM (Maturation des ARN et Enzymologie Moléculaire), Nancy;

    • Laboratoire de Cristallographie LCM3B, Nancy;

    • Institut des Problèmes Mathématiques en Biologie, Académie des Sciences, Poushchino, Russie;

    • Institut de Biologie et de Chimie des Protéines, Univ. Claude Bernard, Lyon;

    • Université de Californie, Irvine, Etats-Unis.

Mots-clés : Bioinformatique Contraintes Apprentissage statistique

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