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Equipe de recherche MAMBA

Publications de l'équipe MAMBA

2019

Article dans une revue

titre
A Stochastic Analysis of a Network with Two Levels of Service
auteur
Vianney Boeuf, Philippe Robert
article
Queueing Systems, Springer Verlag, In press, 92 (3-4), pp.30. ⟨10.1007/s11134-019-09617-y⟩
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https://arxiv.org/pdf/1708.09590 BibTex
titre
Cyclic asymptotic behaviour of a population reproducing by fission into two equal parts
auteur
Etienne Bernard, Marie Doumic, Pierre Gabriel
article
Kinetic and Related Models , AIMS, 2019, 12 (3), pp.551-571. ⟨10.3934/krm.2019022⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01363549/file/BernardDoumicGabriel_final_hal.pdf BibTex
titre
A Scaling Analysis of a Star Network with Logarithmic Weights
auteur
Philippe Robert, Amandine Veber
article
Stochastic Processes and their Applications, Elsevier, 2019, 129 (5), pp.31. ⟨10.1016/j.spa.2018.06.002⟩
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https://arxiv.org/pdf/1609.04180 BibTex
titre
Bidirectional sliding of two parallel microtubules generated by multiple identical motors
auteur
Jun Allard, Marie Doumic, Alex Mogilner, Dietmar Oelz
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2019, ⟨10.1007/s00285-019-01369-w⟩
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BibTex
titre
Analysis of Large Urn Models with Local Mean-Field Interactions
auteur
Wen Sun, Philippe Robert
article
Electronic Journal of Probability, Institute of Mathematical Statistics (IMS), In press, 24 (45), pp.33
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https://arxiv.org/pdf/1802.05064 BibTex
titre
Energy and implicit discretization of the Fokker-Planck and Keller-Segel type equations
auteur
Luís Almeida, Federica Bubba, Benoît Perthame, Camille Pouchol
article
Networks and Heterogeneous Media, AIMS-American Institute of Mathematical Sciences, 2019, 14 (1), ⟨http://www.aimsciences.org/journal/1556-1801⟩. ⟨10.3934/nhm.2019002⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01745769/file/SG_schemes_NHM_hal.pdf BibTex
titre
Phase portrait control for 1D monostable and bistable reaction-diffusion equations
auteur
Camille Pouchol, Emmanuel Trélat, Enrique Zuazua
article
Nonlinearity, IOP Publishing, 2019, 32 (3), pp.884--909. ⟨https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1361-6544/aaf07e⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01800382/file/ControlPhasePortrait_HAL.pdf BibTex
titre
An evolutionary perspective on cancer, with applications to anticancer drug resistance modelling and perspectives in therapeutic control
auteur
Jean Clairambault
article
Journal of Mathematical Study, Global Science Press, In press, pp.1 - 21
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https://hal.inria.fr/hal-02126730/file/JC_JMathStudyPreprint2019.pdf BibTex
titre
Implementation of Control Strategies for Sterile Insect Techniques
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Daiver Cardona-Salgado, Yves Dumont, Olga Vasilieva
article
Mathematical Biosciences, Elsevier, 2019, 314, pp.43-60
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https://hal.inria.fr/hal-01943683/file/Cali-Model7.pdf BibTex
titre
A Scaling Analysis of a Star Network with Logarithmic Weights
auteur
Philippe Robert, Amandine Véber
article
Stochastic Processes and their Applications, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/j.spa.2018.06.002⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02113162/file/robert_veber17.pdf BibTex
titre
Oscillatory regimes in a mosquito population model with larval feedback on egg hatching
auteur
Martin Strugarek, Laetitia Dufour, Nicolas Vauchelet, Luís Almeida, Benoît Perthame, Daniel Villela
article
Journal of Biological Dynamics, Taylor & Francis Open, 2019, 13 (1), pp.269-300
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01674280/file/Oscillations_regimes_1217.pdf BibTex
titre
The Flux Limited Keller-Segel System; Properties and Derivation from Kinetic Equations
auteur
Benoît Perthame, Nicolas Vauchelet, Zhian Wang
article
Revista Matemática Iberoamericana, European Mathematical Society, In press
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01689571/file/PVW12.pdf BibTex
titre
Optimal releases for population replacement strategies, application to Wolbachia
auteur
Luís Almeida, Yannick Privat, Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet
article
SIAM Journal on Mathematical Analysis, Society for Industrial and Applied Mathematics, In press
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01807624/file/wolbachia_v2.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Feedback Control Principles for Biological Control of Dengue Vectors
auteur
Pierre-Alexandre Bliman
article
European Control Conference ECC19, Jun 2019, Naples, Italy. pp.6
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https://hal.inria.fr/hal-01944958/file/ECC2019_SHORT.pdf BibTex

HDR

titre
Quantitative modeling of cell and tissue mechanics with agent-based models
auteur
Paul Van Liedekerke
article
Biological Physics [physics.bio-ph]. Inria Paris, Sobonne Université, 2019
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https://hal.inria.fr/tel-02064216/file/HDR_pvl.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Estimating the division rate from indirect measurements of single cells
auteur
Marie Doumic, Adélaïde Olivier, Lydia Robert
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02175633/file/Adder_model.pdf BibTex
titre
A survey of adaptive cell population dynamics models of emergence of drug resistance in cancer, and open questions about evolution and cancer
auteur
Jean Clairambault, Camille Pouchol
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-02126727/file/JCCPBiomath2019v3%20%281%29.pdf BibTex
titre
Adaptive dynamics of hematopoietic stem cells and their supporting stroma: A model and mathematical analysis
auteur
Thanh Nam Nguyen, Jean Clairambault, Thierry Jaffredo, Benoît Perthame, Delphine Salort
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01963820/file/HTE_V2.pdf BibTex
titre
Social Dynamics Models with Time-Varying Influence
auteur
Sean Mcquade, Benedetto Piccoli, Nastassia Pouradier Duteil
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02090560/file/Social_Dynamics_with_Dynamic_Influence.pdf BibTex
titre
Monge-Kantorovich distance for PDEs: the coupling method
auteur
Nicolas Fournier, Benoît Perthame
article
2019
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02080155/file/5Wass.pdf BibTex
titre
Modelling adhesion-independent cell migration
auteur
Gaspard Jankowiak, Diane Peurichard, Anne Reversat, Christian Schmeiser, Michael Sixt
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02076901/file/JanPeuSch.pdf BibTex
titre
Control strategies on mosquitos population for the fight against arboviruses
auteur
Luís Almeida, Michel Duprez, Yannick Privat, Nicolas Vauchelet
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01984426/file/MBE_HAL.pdf BibTex
titre
Quantitative agent-based modeling reveals mechanical stress response of growing tumor spheroids is predictable over various growth conditions and cell lines
auteur
Paul Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Kévin Alessandri, Pierre Nassoy, Dirk Drasdo
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-01956017/file/capsule_plos_latex_revision_1.pdf BibTex
titre
Hele-Shaw limit for a system of two reaction-(cross-)diffusion equations for living tissues
auteur
Federica Bubba, Benoît Perthame, Camille Pouchol, Markus Schmidtchen
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01970313/file/HeleShaw_ARMA.pdf BibTex
titre
Implicit and Semi-implicit Numerical Schemes for the Gradient Flow of the Formation of Biological Transport Networks
auteur
Di Fang, Shi Jin, Peter Markowich, Benoît Perthame
article
2019
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01984371/file/caihu_v7_Small.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
Relative Entropy Method for Measure Solutions of the Growth-Fragmentation Equation
auteur
Tomasz Dębiec, Marie Doumic, Piotr Gwiazda, Emil Wiedemann
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2018, 50 (6), pp.5811-5824
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https://hal.inria.fr/hal-01762974/file/GRE_2102_MD3.pdf BibTex
titre
Estimating the division rate and kernel in the fragmentation equation
auteur
Marie Doumic, Miguel Escobedo, Magali Tournus
article
Annales de l'Institut Henri Poincaré (C) Non Linear Analysis, Elsevier, 2018, 35 (7), pp.1847-1884. ⟨10.1016/j.anihpc.2018.03.004⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01501811/file/DET17_rev_hal.pdf BibTex
titre
Long-time asymptotics for polymerization models
auteur
Juan Calvo, Marie Doumic, Benoît Perthame
article
Communications in Mathematical Physics, Springer Verlag, 2018, 363 (1), pp.111-137. ⟨https://link.springer.com/article/10.1007/s00220-018-3218-5#citeas⟩. ⟨10.1007/s00220-018-3218-5⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01570292/file/CDP_def_hal.pdf BibTex
titre
Bile Microinfarcts in Cholestasis Are Initiated by Rupture of the Apical Hepatocyte Membrane and Cause Shunting of Bile to Sinusoidal Blood
auteur
Ahmed Ghallab, Ute Hofmann, Selahaddin Sezgin, Nachiket Vartak, Reham Hassan, Ayham Zaza, Patricio Godoy, Kai Markus Schneider, Georgia Guenther, Yasser Ahmed, Aya Abbas, Verena Keitel, Lars Kuepfer, Steven Dooley, Frank Lammert, Christian Trautwein, Michael Spiteller, Dirk Drasdo, Alan Hofmann, Peter L.M. Jansen, Jan Hengstler, Raymond Reif
article
Hepatology, Wiley-Blackwell, 2018
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BibTex
titre
Stabilization of periodic orbits of discrete-time dynamical systems using the Prediction-Based Control: New control law and practical aspects
auteur
T.P. Chagas, Pierre-Alexandre Bliman, K.H. Kienitz
article
Journal of The Franklin Institute, Elsevier, 2018, 355 (12), pp.4771-4793. ⟨10.1016/j.jfranklin.2018.04.040⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01941693/file/ArtigoDT_JFI.pdf BibTex
titre
Control in dormancy or eradication of cancer stem cells: Mathematical modeling and stability issues
auteur
Walid Djema, Catherine Bonnet, Frédéric Mazenc, Jean Clairambault, Emilia Fridman, Pierre Hirsch, François Delhommeau
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2018, 449, pp.103 - 123. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.03.038⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01852154/file/ELS_JTB_FINAL%20VERSION_FOR_THESIS.pdf BibTex
titre
Dynamics of concentration in a population model structured by age and a phenotypical trait
auteur
Samuel Nordmann, Benoît Perthame, Cécile Taing
article
Acta Applicandae Mathematicae, Springer Verlag, 2018, 155 (1), ⟨https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10440-017-0151-0⟩. ⟨10.1007/s10440-017-0151-0⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01493068/file/age-trait-model.pdf BibTex
titre
The fractional diffusion limit of a kinetic model with biochemical pathway
auteur
Benoît Perthame, Weiran Sun, Min Tang
article
Zeitschrift für Angewandte Mathematik und Physik, Springer Verlag, 2018, 69:67, ⟨10.1007/s00033-018-0964-3⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01584754/file/Fractional-noise_F.pdf BibTex
titre
Career plans and wage structures: a mean field game approach
auteur
Benoît Perthame, Edouard Ribes, Delphine Salort
article
Mathematics in Engineering, AIMS, 2018, 1 (1), pp.47-63. ⟨http://www.aimspress.com/journal/mine⟩. ⟨10.3934/Mine.2018.1.47⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01674630/file/SWP%20mean%20field%20games%20V27.pdf BibTex
titre
Model Prediction and Validation of an Order Mechanism Controlling the Spatiotemporal Phenotype of Early Hepatocellular Carcinoma
auteur
Stefan Hoehme, François Bertaux, William Weens, Bettina Grasl-Kraupp, Jan Hengstler, Dirk Drasdo
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2018, 80 (5), pp.1134-1171
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BibTex
titre
A Large Scale Analysis of Unreliable Stochastic Networks
auteur
Reza Aghajani, Philippe Robert, Wen Sun
article
Annals of Applied Probability, Institute of Mathematical Statistics (IMS), In press, 28 (2), pp.36. ⟨10.1214/17-AAP1318⟩
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https://arxiv.org/pdf/1608.08743 BibTex
titre
Approximate Prediction-Based Control Method for Nonlinear Oscillatory Systems with Applications to Chaotic Systems
auteur
Thiago Chagas, Pierre-Alexandre Bliman, Karl Kienitz
article
Journal of Control Science and Engineering, Hindawi Publishing Corporation, 2018, 2018, pp.1-29. ⟨10.1155/2018/3298286⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01722175/file/3298286.pdf BibTex
titre
Stiff-response-induced instability for chemotactic bacteria and flux-limited Keller-Segel equation
auteur
Benoît Perthame, Shugo Yasuda
article
Nonlinearity, IOP Publishing, 2018, 31 (9), ⟨10.1088/1361-6544/aac760⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01494963/file/manuscript_nl.pdf BibTex
titre
Traveling Wave and Aggregation in a Flux-Limited Keller-Segel Model
auteur
Vincent Calvez, Benoît Perthame, Shugo Yasuda
article
Kinetic and Related Models , AIMS, 2018, 11 (4), pp.891-909. ⟨10.3934/krm.2018035⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01591490/file/manuscript_krm.pdf BibTex
titre
Global stability with selection in integro-differential Lotka-Volterra systems modelling trait-structured populations
auteur
Camille Pouchol, Emmanuel Trélat
article
Journal of Biological Dynamics, Taylor & Francis Open, 2018, 12 (1), pp.872--893
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01470722/file/ArticleLV_HAL_v4.pdf BibTex
titre
Super-linear propagation for a general, local cane toads model
auteur
Christopher Henderson, Benoît Perthame, Panagiotis Souganidis
article
Interfaces and Free Boundaries, European Mathematical Society, 2018, 20 (4), pp.483-509. ⟨10.4171/IFB/409⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01520145/file/general_toads.pdf BibTex
titre
A Functional Central Limit Theorem for the Becker-Döring model
auteur
Wen Sun
article
Journal of Statistical Physics, Springer Verlag, 2018, 171 (1), pp.145-165. ⟨10.04059⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1710.04059 BibTex
titre
Asymptotic analysis and optimal control of an integro-differential system modelling healthy and cancer cells exposed to chemotherapy
auteur
Camille Pouchol, Jean Clairambault, Alexander Lorz, Emmanuel Trélat
article
Journal de Mathématiques Pures et Appliquées, Elsevier, 2018, 116, pp.268--308. ⟨10.1016/j.matpur.2017.10.007⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01673589/file/ArticleControlCancer_v12.pdf BibTex
titre
Quantitative analysis of hepatic macro- and microvascular alterations during cirrhogenesis in the rat
auteur
Geert Peeters, Charlotte Debbaut, Adrian Friebel, Pieter Cornillie, Winnok de Vos, Kasper Favere, Ingrid Vander Elst, Tim Vandecasteele, Tim Johann, Luc van Hoorebeke, Diethard Monbaliu, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Wim Laleman, Patrick Segers
article
Journal of Anatomy, Wiley, In press, ⟨10.1111/joa.12760⟩
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BibTex
titre
Analysis of a system describing proliferative-quiescent cell dynamics
auteur
Jean Clairambault, Benoît Perthame, Andrada Quillas Maran
article
Chinese Annals of Mathematics - Series B, Springer Verlag, 2018, pp.1-13
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01674142/file/Analysis_PQ_29_10.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Stability Analysis of a Nonlinear System with Infinite Distributed Delays Describing Cell Dynamics
auteur
Walid Djema, Frédéric Mazenc, Catherine Bonnet, Jean Clairambault, Emilia Fridman
article
IEEE American Control Conference (ACC 2018), Jun 2018, Milwaukee, United States. ⟨10.23919/acc.2018.8430869 ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01849010/file/ACC2018Paper2_RevisedV2.pdf BibTex
titre
Introducing Cell-Plasticity Mechanisms into a Class of Cell Population Dynamical Systems
auteur
Walid Djema, Catherine Bonnet, Frédéric Mazenc, Jean Clairambault
article
IEEE American Control Conference (ACC 2018), Jun 2018, Milwaukee, United States. ⟨10.23919/acc.2018.8430758 ⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01848890/file/ACC2018Paper1_RevisedV1.pdf BibTex
titre
Interval observer for uncertain time-varying SIR-SI epidemiological model of vector-borne disease
auteur
Maria Soledad Aronna, Pierre-Alexandre Bliman
article
ECC 2018 - European Control Conference, Jun 2018, Limassol, Cyprus. pp.1-6
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01493078/file/ECC18_S_FINAL.pdf BibTex
titre
A class of nonlinear adaptive observers for SIR epidemic model
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Denis Efimov, Rosane Ushirobira
article
ECC 2018 - European Control Conference, Jun 2018, Limassol, Cyprus. pp.6
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01724989/file/DR-20180213.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Why Is Evolution Important in Cancer and What Mathematics Should Be Used to Treat Cancer? Focus on Drug Resistance
auteur
Luís Almeida, Rebecca Chisholm, Jean Clairambault, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Camille Pouchol, Emmanuel Trélat
article
Trends in Biomathematics: Modeling, Optimization and Computational Problems: Selected works from the BIOMAT Consortium Lectures, Moscow 2017, Springer International Publishing, pp.107-120, 2018
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https://hal.inria.fr/hal-01945593/file/JCCPMoscouBiomatProc2017_v3.pdf BibTex
titre
Agent-Based Lattice Models of Multicellular Systems
auteur
Dirk Drasdo, A. Buttenschön, Paul Van Liedekerke
article
Numerical Methods and Advanced Simulation in Biomechanics and Biological Processes, Elsevier, pp.223-238, 2018, ⟨10.1016/B978-0-12-811718-7.00012-5⟩
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BibTex
titre
Off-Lattice Agent-Based Models for Cell and Tumor Growth
auteur
P. Van Liedekerke, A. Buttenschön, Dirk Drasdo
article
Numerical Methods and Advanced Simulation in Biomechanics and Biological Processes, Elsevier, pp.245-267, 2018, ⟨10.1016/B978-0-12-811718-7.00014-9⟩
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BibTex

Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Explicit Solution and Fine Asymptotics for a Critical Growth-Fragmentation Equation
auteur
Marie Doumic, Bruce van Brunt
article
ESAIM: Proceedings and Surveys, 62, pp.30-42, 2018, ⟨10.1051/proc/201862030⟩. ⟨https://www.esaim-proc.org/articles/proc/abs/2018/02/proc_esaim2018_030/proc_esaim2018_030.html⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01510960/file/BruceMarie_Proc_def_hal.pdf BibTex

HDR

titre
Étude mathématique de modèles cinétiques, fluides et paraboliques issus de la biologie
auteur
Ayman Moussa
article
Mathématiques [math]. Sorbonne Université - Laboratoire Jacques-Louis Lions, 2018
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02119758/file/hdr_am.pdf BibTex

Mémoire d'étudiant

titre
Modélisation du métabolisme énergétique tumoral glycolytique vs. respiratoire oxydatif
auteur
Loïs Naudin
article
Mathématiques [math]. 2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01980569/file/RapportStageCancer.pdf BibTex

Thèse

titre
New Network / IT Command: Virtualized Function Performance for a Programmable Infrastructure
auteur
Veronica Karina Quintuna Rodriguez
article
Networking and Internet Architecture [cs.NI]. Sorbonne Université, 2018. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/tel-01884431/file/these_archivage_3570690.pdf BibTex
titre
Mathematical modeling of population dynamics, applications to vector control of Aedes spp. (Diptera:Culicidae)
auteur
Martin Strugarek
article
Analysis of PDEs [math.AP]. Sorbonne Université UPMC, 2018. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01879201/file/theseMS.pdf BibTex
titre
Analysis, control and optimisation of PDEs, application to the biology and therapy of cancer
auteur
Camille Pouchol
article
Mathematics [math]. Sorbonne Université, 2018. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01889253/file/These.pdf BibTex
titre
A study of interacting stochastic networks :large scale, long time behavior and fluctuations
auteur
Wen Sun
article
Probability [math.PR]. Université Pierre et Marie Curie, 2018. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/tel-01813434/file/thesis.pdf BibTex
titre
Dynamique de concentration dans des équations aux dérivées partielles non locales issues de la biologie
auteur
Cécile Taing
article
Mathématiques [math]. Sorbonne Université, UPMC University of Paris 6, Laboratoire Jacques-Louis Lions, 2018. Français
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01922892/file/these-ctaing.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
The Division of Amyloid Fibrils
auteur
David Béal, Magali Tournus, Ricardo Marchante, Tracey Purton, David Smith, Mick Tuite, Marie Doumic, Wei-Feng Xue
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01966243/file/506386.full.pdf BibTex
titre
A quantitative high resolution computational mechanics cell model for growing and regenerating tissues
auteur
Paul Liedekerke, Johannes Neitsch, Tim Johann, Enrico Warmt, Ismael Gonzàlez-Valverde, Stefan Hoehme, Steffen Grosser, Josef Kaes, Dirk Drasdo
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01956023/file/DCM_BMMB.pdf BibTex
titre
Derivation of an integrate&fire equation for neural networks from a voltage-conductance kinetic model
auteur
Benoît Perthame, Delphine Salort
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01881950/file/AsymptoticDecember3_2018.pdf BibTex
titre
The Equilibrium States of Large Networks of Erlang Queues
auteur
Davit Martirosyan, Philippe Robert
article
2018
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1811.04763 BibTex
titre
A chemotaxis-based explanation of spheroid formation in 3D cultures of breast cancer cells
auteur
Federica Bubba, Camille Pouchol, Nathalie Ferrand, Guillaume Vidal, Luís Almeida, Benoıt Perthame, Michèle Sabbah
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01895999/file/Article_spheroides_hal.pdf BibTex
titre
A bi-monomeric, nonlinear Becker-Döring-type system to capture oscillatory aggregation kinetics in prion dynamics
auteur
Marie Doumic, Klemens Fellner, Mathieu Mezache, Human Rezaei
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01863748/file/PeriodicBeckerDoring_MD23.pdf BibTex
titre
On the use of the sterile insect technique or the incompatible insect technique to reduce or eliminate mosquito populations
auteur
Martin Strugarek, Herve Bossin, Yves Dumont
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01799954/file/sterilizingmales-Part1.pdf BibTex
titre
Sharp seasonal threshold property for cooperative population dynamics with concave nonlinearities
auteur
Martin Strugarek, Hongjun Ji
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01772628/file/seaconsys.pdf BibTex
titre
Sparse control of Hegselmann-Krause models: Black hole and declustering
auteur
Benedetto Piccoli, Nastassia Pouradier Duteil, Emmanuel Trélat
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01699261/file/BlackSwan_Arxiv.pdf BibTex
titre
Multiplicative ergodic theorem for a non-irreducible random dynamical system
auteur
Davit Martirosyan, Vahagn Nersesyan
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01695046/file/paper.pdf BibTex
titre
On the stability of the state 1 in the non-local Fisher-KPP equation in bounded domains
auteur
Camille Pouchol
article
2018
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01686461/file/NonLocalFisherKPP_HAL_v1.pdf BibTex
titre
Combination of direct methods and homotopy in numerical optimal control: application to the optimization of chemotherapy in cancer
auteur
Antoine Olivier, Camille Pouchol
article
2018
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https://hal-auf.archives-ouvertes.fr/hal-01568779/file/cancer_continuation_hal_v2.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

titre
Hybrid coupling of a one-dimensional Energy-Transport Schrödinger system
auteur
Clément Jourdana, Paola Pietra, Nicolas Vauchelet
article
Monatshefte für Mathematik, Springer Verlag, 2017, 184 (4), pp.563-596. ⟨10.1007/s00605-016-1008-8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01052415/file/hybrid_jourdana_pietra_vauchelet2.pdf BibTex
titre
Adverse outcome pathways: opportunities, limitations and open questions
auteur
Marcel Leist, Ahmed Ghallab, Rabea Graepel, Rosemarie Marchan, Reham Hassan, Susanne Hougaard Bennekou, Alice Limonciel, Mathieu Vinken, Stefan Schildknecht, Tanja Waldmann, Erik Danen, Ben van Ravenzwaay, Hennicke Kamp, Iain Gardner, Patricio Godoy, Frédéric Bois, Albert Braeuning, Raymond Reif, Franz Oesch, Dirk Drasdo, Stefan Höhme, Michael Schwarz, Thomas Hartung, Thomas Braunbeck, Joost Beltman, Harry Vrieling, Ferran Sanz, Anna Forsby, Domenico Gadaleta, Ciarán Fisher, Jens Kelm, David Fluri, Gerhard Ecker, Barbara Zdrazil, Andrea Terron, Paul Jennings, Bart van der Burg, Steven Dooley, Annemarie Meijer, Egon Willighagen, Marvin Martens, Chris Evelo, Enrico Mombelli, Olivier Taboureau, Albert Mantovani, Barry Hardy, Bjorn Koch, Sylvia Escher, Chris van Thriel, Cristina Cadenas, D. Kroese, Bob van de Water, Jan Hengstler
article
Archives of Toxicology, Springer Verlag, 2017, 91 (11), pp.3477-3505. ⟨10.1007/s00204-017-2045-3⟩
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BibTex
titre
Corrigendum
auteur
Geert Peeters, Charlotte Debbaut, Wim Laleman, Adrian Friebel, Diethard Monbaliu, Ingrid Vander Elst, Detrez Jan R., Tim Vandecasteele, Tim Johann, Thomas de Schryver, Luc van Hoorebeke, Kasper Favere, Verbeke Jonas, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Patrick Segers, Pieter Cornillie, Vos Winnok H. De
article
Journal of Anatomy, Wiley, 2017, 231 (5), pp.786-786. ⟨10.1111/joa.12723⟩
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BibTex
titre
Ensuring successful introduction of Wolbachia in natural populations of Aedes aegypti by means of feedback control
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, M. Soledad Aronna, Flávio C. Coelho, Moacyr A. H. B. da Silva
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2017, ⟨10.1007/s00285-017-1174-x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01579477/file/JOMB_R3.pdf BibTex
titre
Synchronising and non-synchronising dynamics for a two-species aggregation model
auteur
Casimir Emako, Jie Liao, Nicolas Vauchelet
article
Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2017, 22 (6), pp.2121 - 2146. ⟨https://aimsciences.org/journals/displayArticlesnew.jsp?paperID=13844⟩. ⟨10.3934/dcdsb.2017088⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01157578/file/hyperbolic_limit.pdf BibTex
titre
Integrating Biological and Mathematical Models to Explain and Overcome Drug Resistance in Cancer, Part 2: From Theoretical Biology to Mathematical Models
auteur
Aaron Goldman, Mohammad Kohandel, Jean Clairambault
article
Current Stem Cell Reports, Springer, 2017, ⟨10.1007/s40778-017-0098-0⟩
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BibTex
titre
Integrating Biological and Mathematical Models to Explain and Overcome Drug Resistance in Cancer, Part 1: Biological Facts and Studies in Drug Resistance
auteur
Aaron Goldman, Mohammad Kohandel, Jean Clairambault
article
Current Stem Cell Reports, Springer, 2017, ⟨10.1007/s40778-017-0097-1⟩
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BibTex
titre
The mechanism of monomer transfer between two structurally distinct PrP oligomers
auteur
Aurora Armiento, Philippe Moireau, Davy Martin, Nad’a Lepejova, Marie Doumic, Human Rezaei
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0180538⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01574346/file/journal.pone.0180538.pdf BibTex
titre
Analysis of a Stochastic Model of Replication in Large Distributed Storage Systems
auteur
Wen Sun, Véronique Simon, Sébastien Monnet, Philippe Robert, Pierre Sens
article
Proceedings of the ACM on Measurement and Analysis of Computing Systems , ACM, 2017, 1 (1), pp.1 - 21. ⟨10.1145/3084462⟩
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BibTex
titre
How does variability in cells aging and growth rates influence the malthus parameter?
auteur
Adélaïde Olivier
article
Kinetic and Related Models , AIMS, 2017, 10 (2), pp.481-512. ⟨10.3934/krm.2017019⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01274529/file/OLIVIERrev2.pdf BibTex
titre
Analytical examples of diffusive waves generated by a traveling wave
auteur
Harold Moundoyi, Ayman Moussa, Benoît Perthame, Benoît Sarels
article
Applicable Analysis, Taylor & Francis, 2017, ⟨10.1080/00036811.2017.1314463⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01404972/file/Diff_Trav_Wave.pdf BibTex
titre
Toward an integrated workforce planning framework using structured equations
auteur
Marie Doumic, Benoît Perthame, Edouard Ribes, Delphine Salort, Nathan Toubiana
article
European Journal of Operational Research, Elsevier, 2017, 262, ⟨10.1016/j.ejor.2017.03.076⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01343368/file/DoumicPerthamesRibesSalortToubiana_nocolor.pdf BibTex
titre
Positive effect of Mdm2 on p53 expression explains excitability of p53 in response to DNA damage
auteur
Jan Elias
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2017, 418, pp.94-104. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.01.038⟩
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BibTex
titre
On interfaces between cell populations with different mobilities
auteur
Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Benoît Perthame
article
Kinetic and Related Models , AIMS, 2017, 10 (1), pp.299-311
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https://hal.inria.fr/hal-01257180/file/Two_cells_TW%20%281%29.pdf BibTex
titre
Balanced Growth Path Solutions of a Boltzmann Mean Field Game Model for Knowledge Growth
auteur
Martin Burger, Alexander Lorz, Marie-Therese Wolfram
article
Kinetic and Related Models , AIMS, 2017, ⟨10.3934/krm.2017005⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01267078/file/mfg_boltzmann_bgp14.pdf BibTex
titre
Dirac concentrations in a chemostat model of adaptive evolution
auteur
Alexander Lorz, Benoît Perthame, Cécile Taing
article
Chinese Annals of Mathematics - Series B, Springer Verlag, 2017
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01255449/file/chemostat-version1.pdf BibTex
titre
Modulating Portal Hemodynamics With Vascular Ring Allows Efficient Regeneration After Partial Hepatectomy in a Porcine Model.
auteur
Petru O. Bucur, Mohamed Bekheit, Chloe Audebert, Amnah Othman, Seddik Hammad, Mylène Sebagh, Marc Antoine Allard, Benoît Decante, Adrian Friebel, Dirk Drasdo, Elodie Miquelestorena-Standley, Jan G. Hengstler, Irene Vignon-Clementel, Eric Vibert
article
Annals of Surgery, Lippincott, Williams & Wilkins, 2017, ⟨10.1097/SLA.0000000000002146⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01494844/file/AnnalsPrePrintNoAbs.pdf BibTex
titre
Effects of initial telomere length distribution on senescence onset and heterogeneity
auteur
Sarah Eugene, Thibault Bourgeron, Zhou Xu
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2017, 413, pp.8
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1606.06842 BibTex
titre
A numerical scheme for the early steps of nucleation-aggregation Models
auteur
H. T. Banks, Marie Doumic, Carola Kruse
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2017, 74 (1-2), pp.259-287. ⟨10.1007/s00285-016-1026-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00954437/file/Nucleation_NumericalScheme_M12.pdf BibTex
titre
Establishing Traveling Wave in Bistable Reaction-Diffusion System by Feedback
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Nicolas Vauchelet
article
IEEE Control Systems Letters, IEEE, 2017, 1 (1), pp.62-67. ⟨10.1109/LCSYS.2017.2703303 ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01480833/file/control_v2.pdf BibTex
titre
Distributed synaptic weights in a LIF neural network and learning rules
auteur
Benoît Perthame, Delphine Salort, Gilles Wainrib
article
Physica D: Nonlinear Phenomena, Elsevier, 2017, 353-354, pp.20-30. ⟨10.1016/j.physd.2017.05.005⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01541093/file/distrib_connec_HAL.pdf BibTex
titre
A Hele-Shaw Problem for Tumor Growth
auteur
Antoine Mellet, Benoît Perthame, Fernando Quirós
article
Journal of Functional Analysis, Elsevier, 2017, 273, pp.3061-3093. ⟨www.elsevier.com/locate/jfa⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01241309/file/mpq-15-12-08.pdf BibTex
titre
A cooperative conjugate gradient method for linear systems permitting efficient multi-thread implementation
auteur
Amit Bhaya, Pierre-Alexandre Bliman, Guilherme Niedu, Fernando Pazos
article
Computational and Applied Mathematics, Springer Verlag, 2017, pp.1-28. ⟨10.1007/s40314-016-0416-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01558765/file/bbnp16b.pdf BibTex
titre
From Kinetic Theory of Multicellular Systems to Hyperbolic Tissue Equations: Asymptotic Limits and Computing
auteur
Nisrine Outada, Nicolas Vauchelet, Thami Akrid, Mohamed Khaladi
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, World Scientific Publishing, 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01378301/file/hyplimit_accepted.pdf BibTex
titre
Tumor cell load and heterogeneity estimation from diffusion-weighted MRI calibrated with histological data: an example from lung cancer
auteur
Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Benedikt Müller, Arne Warth, Margarita González-Vallinas, Bernd Lahrmann, Niels Grabe, Hans-Ulrich Kauczor, Kai Breuhahn, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, ⟨10.1109/TMI.2017.2698525⟩
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Analysis of Blood Cell Production under Growth Factors Switching
auteur
W Djema, H Ozbay, C. Bonnet, E Fridman, F Mazenc, J Clairambault
article
IFAC 2017 - 20th World Congress of the International Federation of Automatic Control, Jul 2017, Toulouse, France. pp.13312-13317, ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.1331⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01677914/file/2017_IFAC_World_Congress.pdf BibTex
titre
Analysis of a Model of Dormancy in Cancer as a State of Coexistence Between Tumor and Healthy Stem Cells
auteur
W Djema, C. Bonnet, J Clairambault, F Mazenc, P Hirsch, F Delhommeau
article
IEEE American Control Conference (ACC) 2017, May 2017, Seattle, United States. pp.5135-5140, ⟨10.23919/ACC.2017.7963751⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01677927/file/2017_American_Control_Conference_%28ACC%29_2017.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
System modeling of receptor-induced apoptosis
auteur
François Bertaux, Dirk Drasdo, Gregory Batt
article
Olivier Micheau. TRAIL, Fas Ligand, TNF and TLR3 in Cancer, 2017, Resistance to Targeted Anti-Cancer Therapeutics, 978-3-319-56804-1
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https://hal.inria.fr/hal-01667015/file/bertaux_et_al_author_version.pdf BibTex
titre
Interval Observers for SIR Epidemic Models Subject to Uncertain Seasonality
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Bettina D 'Avila Barros
article
Lecture Notes in Control and Information Sciences, 471, pp.9, 2017, ⟨10.1007/978-3-319-54211-9_3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01567474/file/main.pdf BibTex

Mémoire d'étudiant

titre
Conception et identification à partir de données biologiques d’un modèle dédié aux interactions entre cellules souches hématopoïétiques et stromales
auteur
Julie Favre
article
Cancer. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01500920/file/JulieFavre_Rapportdestage.pdf BibTex

Document associé à des manifestations scientifiques

titre
Why is evolution important in cancer and what mathematics should be used to treat cancer? focus on drug resistance
auteur
Luis Almeida, Rebecca Chisholm †, Jean Clairambault, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Camille Pouchol, Emmanuel Trélat
article
Conference Biomat 2017 - 17th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, Oct 2017, Moscou, Russia
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01618357/file/ClairambaultMoscowBiomatProc2017.pdf BibTex

Thèse

titre
Inverse problems and data assimilation methods applied to protein polymerisation
auteur
Aurora Armiento
article
Optimization and Control [math.OC]. Université Paris 7 - Diderot, 2017. English
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https://hal.inria.fr/tel-01447286/file/main_thesis.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
A model for cost efficient Workforce Organizational Dynamics and its optimization
auteur
Benoît Perthame, Edouard Ribes, Karim Touahri, Delphine Salort
article
2017
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01562387/file/Org%20Speed%20V12.pdf BibTex
titre
Strategic Workforce Planning and sales force : a demographic approach to productivity
auteur
Marie Doumic, Mathieu Mezache, Benoît Perthame, Edouard Ribes, Delphine Salort
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01449812/file/SWP_StudyCase_Productivity_MD4_ER4.pdf BibTex
titre
Trend to equilibrium for a reaction-diffusion system modelling reversible enzyme reaction
auteur
Jan Elias
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01443266/file/RevEnzReact_JElias_HAL.pdf BibTex
titre
Hindrances to bistable front propagation: application to Wolbachia invasion
auteur
Grégoire Nadin, Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01442291/file/wave-blocking-NSV.pdf BibTex

Vidéo

titre
Simulation of the critical fragmentation equation with binary fission
auteur
Marie Doumic
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/medihal-01510970/file/fragbinary.mp4 https://hal.archives-ouvertes.fr/medihal-01510970/file/fragbinary.avi BibTex

2016

Article dans une revue

titre
Tracking the evolution of cancer cell populations through the mathematical lens of phenotype-structured equations
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Jean Clairambault
article
Biology Direct, 2016, 11 (1), pp.43. ⟨10.1186/s13062-016-0143-4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01355314/file/13062_2016_Article_143.pdf BibTex
titre
Tracking the evolution of cancer cell populations through the mathematical lens of phenotype-structured equations
auteur
Rebecca Chisholm, Tommaso Lorenzi, Jean Clairambault
article
Biology Direct, BioMed Central, 2016, 11 (1), pp.43. ⟨10.1186/s13062-016-0143-4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01321535/file/UnmarkedRTJ4BBAGenSubjMayRevision2016.pdf BibTex
titre
Asymptotics of Stochastic Protein Assembly Models
auteur
Marie Doumic, Sarah Eugene, Philippe Robert
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2016, 76 (6), pp.20. ⟨10.1137/16M1066920⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1603.06335 BibTex
titre
Behavioral modulation of the coexistence between Apis melifera and Varroa destructor : A defense against colony colapse disorder?
auteur
Joyce de Figueiró Santos, Flávio Codeço Coelho, Pierre-Alexandre Bliman
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01395823/file/HAL.pdf BibTex
titre
Time Asymptotics for a Critical Case in Fragmentation and Growth-Fragmentation Equations
auteur
Marie Doumic, Miguel Escobedo
article
Kinetic and Related Models , AIMS, 2016, 9 (2), pp.47. ⟨https://aimsciences.org/journals/displayArticlesnew.jsp?paperID=12370⟩. ⟨10.3934/krm.2016.9.251⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01080361/file/MiMa_KRM_TemplateMa3.pdf BibTex
titre
Notes on a PDE System for Biological Network Formation
auteur
Jan Haskovec, Peter Markowich, Benoît Perthame, Matthias Schlottbom
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, Elsevier, 2016, Nonlinear Partial Differential Equations, in honor of Juan Luis Vázquez for his 70th birthday, 138, pp.127-155. ⟨http://dx.doi.org/10.1016/j.na.2015.12.018⟩. ⟨10.1016/j.na.2015.12.018⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01232080/file/NetworkFormationIV.pdf BibTex
titre
Insights into the variability of nucleated amyloid polymerization by a minimalistic model of stochastic protein assembly
auteur
Sarah Eugene, Wei-Feng Xue, Philippe Robert, Marie Doumic
article
Journal of Chemical Physics, American Institute of Physics, 2016, 144 (17), pp.12. ⟨10.1063/1.4947472⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01205549/file/Hal.pdf BibTex
titre
Traveling Pulses for a Two-Species Chemotaxis Model
auteur
Casimir Emako, Charlène Gayrard, Axel Buguin, Luís Neves de Almeida, Nicolas Vauchelet
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, 12 (4), pp.e1004843. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004843⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01302632/file/plos_finalAvecFigures.pdf BibTex
titre
Estimation from Moments Measurements for Amyloid Depolymerisation
auteur
Aurora Armiento, Marie Doumic, Philippe Moireau, Human Rezaei
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.jtbi.2016.02.037⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01248255/file/ADMR_paper.pdf BibTex
titre
Equivalence between duality and gradient flow solutions for one-dimensional aggregation equations
auteur
Francois James, Nicolas Vauchelet
article
Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series A, American Institute of Mathematical Sciences, 2016, 36 (3), pp.1355-1382
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00803709/file/GF_dual_corr1.pdf BibTex
titre
Semi-discretization for Stochastic Scalar Conservation Laws with Multiple Rough Fluxes
auteur
Benjamin Gess, Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
SIAM Journal on Numerical Analysis, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2016, 54 (4), pp.2187-2209. ⟨10.1137/15M1053670⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01481284/file/Semi-discretization_for_SSCL.pdf BibTex
titre
On a Boltzmann mean field model for knowledge growth
auteur
Martin Burger, Alexander Lorz, Marie-Therese Wolfram
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2016, ⟨10.1137/15M1018599⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01163491/file/1503.08419v3.pdf BibTex
titre
Reduction to a single closed equation for 2 by 2 reaction-diffusion systems of Lotka-Volterra type
auteur
Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2016, 76 (5), pp.2060-2080
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01264980/file/Reduction_v10.pdf BibTex
titre
Free boundary problems for tumor growth: a viscosity solutions approach
auteur
Inwon Kim, Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
Nonlinear Analysis: Theory, Methods and Applications, Elsevier, 2016, 138, pp.207-228. ⟨10.1016/j.na.2016.01.019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01155696/file/pme_HAL.pdf https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01155696/file/fig1.pdf https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01155696/file/fig2.pdf BibTex
titre
Cooperative concurrent asynchronous computation of the solution of symmetric linear systems
auteur
Amit Bhaya, Pierre-Alexandre Bliman, Fernando Pazos
article
Numerical Algorithms, Springer Verlag, 2016, ⟨10.1007/s11075-016-0213-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01395756/file/Cooperative2.pdf BibTex
titre
Derivation of the bacterial run-and-tumble kinetic equation from a model with biochemical pathway
auteur
Benoît Perthame, Min Tang, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2016, ⟨DOI 10.1007/s00285-016-0985-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01131101/file/kineticlimit_12_3.pdf BibTex
titre
Epidemiological data accessibility in Brazil: Current challenges for an adequate response to emergencies
auteur
Flávio Codeço Coelho, Cláudia Torres Codeço, Oswaldo Gonçalves Cruz, Sabrina Camargo, Pierre-Alexandre Bliman
article
The Lancet Infectious Diseases, New York, NY : Elsevier Science ; The Lancet Pub. Group, 2001-, 2016, 16, pp.524 - 525. ⟨10.1016/S1473-3099(16)30007-X⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01395754/file/Lancet_sub.pdf BibTex
titre
Uncertainty propagation; intrusive kinetic formulations of scalar conservation laws
auteur
Bruno Després, Benoît Perthame
article
SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, ASA, American Statistical Association, 2016, 4 (1), pp.980-1013
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01146188/file/Incertitude_52.pdf BibTex
titre
The Filippov characteristic flow for the aggregation equation with mildly singular potentials
auteur
José Antonio Carrillo, Francois James, Frédéric Lagoutière, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Differential Equations, Elsevier, 2016, 260 (1), pp.304-338
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01061991/file/aggregation_v6.pdf BibTex
titre
Inferring Growth Control Mechanisms in Growing Multi-cellular Spheroids of NSCLC Cells from Spatial-Temporal Image Data
auteur
Nick Jagiella, Benedikt Müller, Margareta Müller, Irene E. Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, 12 (2), pp.e1004412. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004412⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01244593/file/journal.pcbi.1004412.PDF BibTex
titre
Mathematics of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Diversity of Topics, Models and Methods
auteur
Gennady Bocharov, Anas Bouchnita, Jean Clairambault, Vitaly Volpert
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01413795/file/PrefaceMMNPDec2016.pdf BibTex
titre
Rare mutations limit of a steady state dispersal evolution model
auteur
Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2016, 11 (4), ⟨10.1051/mmnp/201611411⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01149029/file/Dispersion_Evolution_Final.pdf BibTex
titre
Physiologically structured cell population dynamic models with applications to combined drug delivery optimisation in oncology
auteur
Jean Clairambault, Olivier Fercoq
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2016, pp.22. ⟨10.1051/mmnp/201611604⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01413791/file/JO4MMNPnov2016.pdf BibTex
titre
Hydrodynamic singular regimes in 1+1 kinetic models and spectral numerical methods
auteur
Laurent Gosse, Nicolas Vauchelet
article
Journal of Mathematical Analysis and Applications, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.jmaa.2016.07.059⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01354980/file/hybrid_v4.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Stability of a Delay System Coupled to a Differential-Difference System Describing the Coexistence of Ordinary and Mutated Hematopoietic Stem Cells
auteur
Walid Djema, Frederic Mazenc, Catherine Bonnet, Jean Clairambault, P Hirsch, François Delhommeau
article
55th IEEE Conference on Decision and Control (CDC 2016), Dec 2016, Las Vegas, United States. ⟨10.1109/cdc.2016.7798328 ⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01389870/file/HALCDC.pdf BibTex
titre
Quantitative Estimation of Tumor Cellularity Based on Histology Data
auteur
Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Arne Warth, Margarita González-Vallinas, Kai Breuhahn, Irene Vignon-Clementel, Dirk Drasdo
article
IEEE Nuclear Science Symposuim & Medical Imaging Conference, Oct 2016, Oct 2016, Strasbourg, France
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BibTex
titre
Tumor Microvasculature in Lung Cancer and Diffusion-Weighted MRI: Preliminary Results
auteur
Yi Yin, Oliver Sedlaczek, Johannes Lotz, Janine Olesch, Kai Breuhahn, Dirk Drasdo, Irene Vignon-Clementel
article
IEEE Nuclear Science Symposuim & Medical Imaging Conference, Oct 2016, Strasbourg, France
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BibTex
titre
Interval observer for SIR epidemic model subject to uncertain seasonality
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Bettina D 'Avila Barros
article
Positive Systems - POSTA 2016, Sep 2016, Roma, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-01309743/file/posta2016_def.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Creation of Three-dimensional Liver Tissue Models from Experimental Images for Systems Medicine
auteur
Stefan Hoehme, Adrian Friebel, Seddik Hammad, Dirk Drasdo, Jan G. Hengstler
article
Peggy Stock, Bruno Christ. Hepatocyte Transplantation, 1506, Springer, pp.319-362, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6504-5 (Print) 978-1-4939-6506-9. ⟨10.1007/978-1-4939-6506-9_22⟩
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BibTex

Mémoire d'étudiant

titre
Investigating cancer resistance in a Glioblastoma cell line with gene expression data
auteur
Hicham Janati
article
Statistics [stat]. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01412944/file/RapportHicham.pdf BibTex

Poster

titre
Tumour growth and drug resistance: an evolutionary view with perspectives in therapeutics
auteur
Jean Clairambault, Luís Almeida, Rebecca Chisholm, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Benoît Perthame, Camille Pouchol, Emmanuel Trélat
article
ECMTB 2016 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2016, Nottingham, United Kingdom. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01378290/file/JCPosterECMTB2016.pdf BibTex

Thèse

titre
Mathematical Modeling in Cellular Dynamics: Applications to Cancer Research
auteur
Youssef Bourfia
article
Mathematics [math]. Université Paris 6 - Pierre et Marie Curie; Université Cadi Ayyad, 2016. English
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01426296/file/these_archivage_youssef_bourfia.pdf BibTex
titre
Study of two-species chemotaxis models
auteur
Casimir Emako Kazianou
article
General Mathematics [math.GM]. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2016. English. ⟨NNT : 2016PA066045⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01365414/file/2016PA066045.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Quantitative modeling identifies robust predictable stress response of growing CT26 tumor spheroids under variable conditions
auteur
P Van Liedekerke, J Neitsch, T Johann, K Alessandri, P Nassoy, Dirk Drasdo
article
2016
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BibTex
titre
Asymptotic analysis and optimal control of an integro-differential system modelling healthy and cancer cells exposed to chemotherapy
auteur
Camille Pouchol, Jean Clairambault, Alexander Lorz, Emmanuel Trélat
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416594/file/ArticleControlCancer_v1_HAL.pdf BibTex
titre
Model prediction and validation of an order mechanism controlling the spatio-temporal phenotype of early hepatocellular carcinoma
auteur
François Bertaux, Stefan Hoehme, William Weens, Bettina Grasl-Kraupp, Jan G. Hengstler, Dirk Drasdo
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-01426629/file/PaperLiverCancer-submission.pdf BibTex
titre
Analysis and simulation of nonlinear and nonlocal transport equations
auteur
Frédéric Lagoutière, Nicolas Vauchelet
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01352548/file/aggregation_proc.pdf BibTex
titre
Quantifying the Survival Uncertainty of Wolbachia-infected Mosquitoes in a Spatial Model *
auteur
Martin Strugarek, Nicolas Vauchelet, Jorge Zubelli
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01355118/file/UQ_20170724.pdf BibTex
titre
Physiologically structured cell population dynamic models with applications to combined drug delivery optimisation in oncology
auteur
Jean Clairambault, Olivier Fercoq
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-01321536/file/JO4MMNP2016.pdf BibTex
titre
Well-balanced and asymptotic preserving schemes for kinetic models
auteur
Casimir Emako, Min Tang
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01265029/file/WB_scheme_02_12_15.pdf BibTex

Vidéo

titre
Simulation of the growth-fragmentation equation in a periodic case - Non-dissipative numerical scheme
auteur
Marie Doumic
article
2016
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https://hal.inria.fr/medihal-01407826/file/smooth.mp4 BibTex

2015

Article dans une revue

titre
Microscopic approach of a time elapsed neural model
auteur
Julien Chevallier, Maria J. Caceres, Marie Doumic, Patricia Reynaud-Bouret
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, World Scientific Publishing, 2015, http://www.worldscientific.com/doi/10.1142/S021820251550058X. ⟨10.1142/S021820251550058X⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01159215/file/PDE_Hawkes_Marie11.pdf BibTex
titre
Nonparametric estimation of the division rate of an age dependent branching process
auteur
Marc Hoffmann, Adélaïde Olivier
article
Stochastic Processes and their Applications, Elsevier, 2015, ⟨10.1016/j.spa.2015.11.009⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01254203/file/HO_hal.pdf BibTex
titre
Mathematical model reveals how regulating the three phases of T-cell response could counteract immune evasion
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Matteo Melensi, Alexander Lorz, Marcello Delitala
article
Immunology, Wiley, 2015, 146 (2), pp.271-280. ⟨10.1111/imm.12500⟩
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BibTex
titre
Model-guided identification of a therapeutic strategy to reduce hyperammonemia in liver diseases
auteur
Ahmed Ghallab, Geraldine Celliere, Sebastian Henkel, Dominik Driesch, Stefan Hoehme, Ute Hofmann, Sebastian Zellmer, Patricio Godoy, Agapios Sachinidis, Meinolf Blaszkewicz, Raymond Reif, Rosemarie Marchan, Lars Kuepfer, Dieter Häussinger, Dirk Drasdo, G Gebhardt, Jan G. Hengstler
article
Journal of Hepatology, Elsevier, 2015, 64 (4), pp.860-871. ⟨10.1016/j.jhep.2015.11.018⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01257127/file/JHEPAT_5901.pdf BibTex
titre
Simulating tissue mechanics with Agent Based Models: concepts and perspectives
auteur
Paul van Liedekerke, Margriet Palm, N Jagiella, Dirk Drasdo
article
Computational Particle Mechanics, Springer Verlag, 2015, 2 (4), pp.401-444. ⟨10.1007/s40571-015-0082-3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01220539/file/LiedekerkeEtAl-review-17-09-2015-review-PVL-DD.pdf BibTex
titre
The asymmetry of telomere replication contributes to replicative senescence heterogeneity
auteur
Thibault Bourgeron, Zhou Xu, Marie Doumic, Maria Teresa Teixeira
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5, pp.15326. ⟨10.1038/srep15326⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01272075/file/srep15326.pdf BibTex
titre
Dynamics of time elapsed inhomogeneous neuron network model
auteur
Moon-Jin Kang, Benoît Perthame, Delphine Salort
article
Comptes Rendus Mathématique, Elsevier Masson, 2015, pp.1111-1115. ⟨http://www.sciencedirect.com⟩. ⟨10.1016/j.crma.2015.09.029⟩
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BibTex
titre
Modelling and numerics for respiratory aerosols
auteur
Laurent Boudin, Céline Grandmont, Alexander Lorz, Ayman Moussa
article
Communications in Computational Physics, Global Science Press, 2015, 18 (3), pp.723-756. ⟨10.4208/cicp.180714.200415a⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01044590/file/aynumHAL.pdf BibTex
titre
Dissecting the dynamics of epigenetic changes in phenotype-structured populations exposed to fluctuating environments
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Laurent Desvillettes, Barry D. Hughes
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2015, 386, pp.166-176. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.08.031⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01237890/file/Manuscript.pdf BibTex
titre
Concomitant expression of far upstream element (FUSE) binding protein (FBP) interacting repressor (FIR) and its splice variants induce migration and invasion of non-small cell lung cancer (NSCLC) cells
auteur
Benedikt Müller, Michael Bovet, Yi Yin, Damian Stiche, Mona Malz, Margarita González-Vallinas, Alistair Middleton, Volker Ehemann, Jennifer Schmitt, Thomas Muley, Michael Meister, Esther Herpel, Stephan Singer, Arne Warth, Peter Schirmacher, Dirk Drasdo, Franziska Matthäus, Kai Breuhahn
article
Journal of Pathology, Wiley, 2015, 237 (3), pp.390-401. ⟨10.1002/path.4588⟩
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BibTex
titre
Qualitative Properties of Solutions for the Noisy Integrate & Fire model in Computational Neuroscience
auteur
José Carrillo, Benoît Perthame, Delphine Salort, Didier Smets
article
Nonlinearity, IOP Publishing, 2015, 28 (9), pp.3365 ⟨10.1088/0951-7715/28/9/3365 ⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01079381/file/IF30102014.pdf BibTex
titre
Gap geometry dictates epithelial closure efficiency
auteur
Andrea Ravasio, Ibrahim Cheddadi, Tianchi Chen, Telmo Pereira, Hui Ting Ong, Cristina Bertocchi, Agusti Brugues, Antonio Jacinto, Alexandre J. Kabla, Yusuke Toyama, Xavier Trepat, Nir Gov, Luís Neves de Almeida, Benoit Ladoux
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2015, 6, pp.NATURE COMMUNICATIONS | 6:7683 | DOI: 10.1038/ncomms8683 ⟨ www.nature.com/naturecommunications⟩. ⟨10.1038/ncomms8683⟩
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BibTex
titre
Information Content in Data Sets for a Nucleated-Polymerization Model
auteur
H. T. Banks, Marie Doumic, Carola Kruse, Stephanie Prigent, H Rezaei
article
Journal of Biological Dynamics, Taylor & Francis Open, 2015, 9 (1), pp.26. ⟨http://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/17513758.2015.1050465⟩. ⟨10.1080/17513758.2015.1050465⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01123847/file/BDK2_11_30_14.pdf BibTex
titre
Existence and diffusive limit of a two-species kinetic model of chemotaxis
auteur
Luís Almeida, Casimir Emako, Nicolas Vauchelet
article
Kinetic and Related Models , AIMS, 2015, ⟨10.3934/krm.2015.8.359⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00980594/file/kinmulti_v2.pdf BibTex
titre
TiQuant: software for tissue analysis, quantification and surface reconstruction
auteur
Adrian Friebel, Johannes Neitsch, Tim Johann, Seddik Hammad, Dirk Drasdo, Stefan Hoehme
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (19), pp.3234-3236. ⟨10.1093/bioinformatics/btv346⟩
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BibTex
titre
Mathematical Analysis of a System for Biological Network Formation
auteur
Jan Haskovec, Peter Markowich, Benoît Perthame
article
Communications in Partial Differential Equations, Taylor & Francis, 2015, 40 (5), pp.918-956. ⟨http://www.tandfonline.com/toc/lpde20/current⟩. ⟨10.1080/03605302.2014.968792⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00998344/file/NetworkFormation_7May2014.pdf BibTex
titre
Emergence of Drug Tolerance in Cancer Cell Populations: An Evolutionary Outcome of Selection, Nongenetic Instability, and Stress-Induced Adaptation
auteur
Rebecca H. Chisholm, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Annette K. Larsen, Luís Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2015, 75 (6), pp.930-939. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-14-2103⟩
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BibTex
titre
Data Assimilation for hyperbolic conservation laws. A Luenberger observer approach based on a kinetic description
auteur
Anne-Céline Boulanger, Philippe Moireau, Benoît Perthame, Jacques Sainte-Marie
article
Communications in Mathematical Sciences, International Press, 2015, 13 (3), pp.587 - 622. ⟨10.4310/CMS.2015.v13.n3.a1⟩
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https://arxiv.org/pdf/1309.5613 BibTex
titre
Social information use and the evolution of unresponsiveness in collective systems
auteur
Colin J Torney, Tommaso Lorenzi, Iain D Couzin, Simon A Levin
article
Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2015, ⟨10.1098/rsif.2014.0893⟩
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BibTex
titre
Modeling the effects of space structure and combination therapies on phenotypic heterogeneity and drug resistance in solid tumors
auteur
Alexander Lorz, Tommaso Lorenzi, Jean Clairambault, Alexandre Escargueil, Benoît Perthame
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2015, 77 (1), pp.1-22. ⟨http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11538-014-0046-4#⟩. ⟨10.1007/s11538-014-0046-4⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00921266/file/AABJTresub1009.pdf BibTex
titre
Unraveling liver complexity from molecular to organ level: Challenges and perspectives
auteur
Lorenza Alice d'Alessandro, Stefan Hoehme, Adriano Henney, Dirk Drasdo, Ursula Klingmüller
article
Progress in Biophysics and Molecular Biology, Elsevier, 2015, 117 (1), pp.78-86. ⟨10.1016/j.pbiomolbio.2014.11.005⟩
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BibTex
titre
My Personal Journey In Mathematical Biology & Medicine
auteur
Jean Clairambault
article
Society of Mathematical Biology Newsletter, Society of Mathematical Biology, 2015, SMB Newsletter, 28 (1), pp.2. ⟨http://www.smb.org/publications/index.shtml⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01109000/file/JC4SMBNewsletter2015Vol28No1.pdf BibTex
titre
Mechanics of epithelial closure over non-adherent environments
auteur
Sri Ram Krishna Vedula, Grégoire Peyret, Ibrahim Cheddadi, Tianchi Chen, Agustí Brugués, Hiroaki Hirata, Horacio Lopez-Menendez, Yusuke Toyama, Luís Neves de Almeida, Xavier Trepat, Chwee Teck Lim, Benoit Ladoux
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2015, 6, pp.Article number: 6111. ⟨10.1038/ncomms7111⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01298859/file/ncomms7111.pdf BibTex
titre
Numerical methods for one-dimensional aggregation equations
auteur
Francois James, Nicolas Vauchelet
article
SIAM Journal on Numerical Analysis, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2015, 53 (2), pp.895-916. ⟨10.1137/140959997⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00955971/file/num1D_corr_HAL.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00955971/file/num1D_v5.pdf BibTex
titre
Incompressible limit of mechanical model of tumor growth with viscosity
auteur
Benoît Perthame, Nicolas Vauchelet
article
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series A, Mathematical and Physical Sciences (1934–1990), Royal Society, The, 2015, 373, pp.20140283. ⟨10.1098/rsta.2014.0283 ⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01066494/file/HS_viscoelastic_v6a.pdf BibTex
titre
Statistical estimation of a growth-fragmentation model observed on a genealogical tree
auteur
Marie Doumic, Marc Hoffmann, Nathalie Krell, Lydia Robert
article
Bernoulli, Bernoulli Society for Mathematical Statistics and Probability, 2015, 21 (3), pp.1760-1799
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01102799/file/DHKR_modified.pdf BibTex
titre
Asymptotic analysis of a selection model with space
auteur
Sepideh Mirrahimi, Benoît Perthame
article
Journal de Mathématiques Pures et Appliquées, Elsevier, 2015, 104, pp.1108-1118. ⟨http://dx.doi.org/10.1016/j.matpur.2015.07.006⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01030762/file/resistance-submit.pdf BibTex
titre
Transversal instability for the thermodiffusive reaction-diffusion system
auteur
Michal Kolwalczyk, Benoît Perthame, Nicolas Vauchelet
article
Chinese Annals of Mathematics - Series B, Springer Verlag, 2015, 36 (5), pp.871-882
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00939013/file/instab_v3.pdf BibTex
titre
Competition and boundary formation in heterogeneous media: Application to neuronal differentiation
auteur
Benoît Perthame, Cristóbal Quiñinao, Jonathan Touboul
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, World Scientific Publishing, 2015, 25 (13), pp.2477-2502. ⟨10.1142/S0218202515400151⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01054813/file/notes_v12.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Global stabilizing feedback law for a problem of biological control of mosquito-borne diseases
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Maria Soledad Aronna, Flávio Coelho, Moacyr Da Silva
article
54th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2015, Osaka, Japan
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https://hal.inria.fr/hal-01261162/file/CDC15_0537_FI.pdf BibTex
titre
Preface to Session 70 " Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology
auteur
Loic Barbarroux, Jean Clairambault, Nick Cogan, Jan Elias, Shalla Hanson, Marek Kimmel, Tommaso Lorenzi
article
ICNAAM 2015 Session 70: "Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology'', Organiser Session 70: Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece
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https://hal.inria.fr/hal-01249244/file/JC_Session70Preface_ICNAAM2015Rhodes.pdf BibTex
titre
Diverse spatio-temporal dynamical patterns of p53 and cell fate decisions
auteur
Jean Clairambault, Jan Elias
article
ICNAAM 2015 Session 70: "Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology'', Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece. pp.4
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01246826/file/HALEliasJanClairambaultJeanICNAAM2015.pdf BibTex
titre
Phenotype heterogeneity in cancer cell populations
auteur
Luis Almeida, Rebecca H. Chisholm, Jean Clairambault, Alexandre Escargueil, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Emmanuel Trélat
article
ICNAAM 2015 Session 70: "Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology'', Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01249242/file/JC_ICNAAM2015Rhodes.pdf BibTex
titre
Emergence of cytotoxic resistance in cancer cell populations: single-cell mechanisms and population-level consequences
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Alexander Lorz, Annette K Larsen, Luís Neves de Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
ICNAAM 2015 Session 70: "Mathematical models and methods to investigate heterogeneity in cell and cell population biology", Jean Clairambault, Sep 2015, Rhodes, Greece
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01249239/file/TL_ICNAAM2015Rhodes.pdf BibTex
titre
Emergence of cytotoxic resistance in cancer cell populations
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Alexander Lorz, Annette K Larsen, Luís Neves de Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
Workshop on Multiscale and Hybrid Modelling in Cell and Cell Population Biology, V. Volpert and J. Clairambault, Mar 2015, Paris, France. ⟨10.1051/itmconf/20150500009⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249235/file/itmconf_mod2015_00009.pdf BibTex

Mémoire d'étudiant

titre
Modelling interactions between tumour cells and supporting adipocytes in breast cancer
auteur
Camille Pouchol
article
Mathematics [math]. 2015
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https://hal.inria.fr/hal-01252122/file/ReportInternship.pdf BibTex

Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Parabolic equations in biology
auteur
Benoît Perthame
article
Springer. Springer, 2015, Lecture Notes on Mathematical Modelling in the Life Sciences, 978-3-319-19499-8; 978-3-319-19500-1 ⟨http://www.springer.com/us/book/9783319194998⟩
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BibTex

Poster

titre
Approximating the dynamics of the Hybrid Stochastic-Deterministic Apoptosis pathway
auteur
Sucheendra Palaniappan, François Bertaux, Matthieu Pichene, Eric Fabre, Gregory Batt, Blaise Genest
article
CMSB 2015, 2015, Nantes, France. CMSB 2015, 2015, CMSB 2015
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BibTex

Thèse

titre
Statistical analysis of growth-fragmentation models
auteur
Adelaïde Olivier
article
Statistics [math.ST]. Université Paris Dauphine - Paris IX, 2015. English. ⟨NNT : 2015PA090047⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01235239/file/These_AdelaideOLIVIER.pdf BibTex
titre
Mathematical model of the role and temporal dynamics of protein p53 after drug-induced DNA damage
auteur
Jan Elias
article
Number Theory [math.NT]. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2015. English. ⟨NNT : 2015PA066253⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01237604/file/these_archivage_3269952o.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Effects of an advection term in nonlocal Lotka-Volterra equations
auteur
Tommaso Lorenzi, Rebecca H. Chisholm, Alexander Lorz
article
2015
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BibTex
titre
Ensuring successful introduction of Wolbachia in natural populations of Aedes aegypti by means of feedback control
auteur
Pierre-Alexandre Bliman, Maria Soledad Aronna, Flávio Coelho, Moacyr Da Silva
article
2015
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https://arxiv.org/pdf/1503.05216 BibTex
titre
Determining the distribution of calcium channels in the olfactory system
auteur
Thibault Bourgeron, Carlos Conca, Rodrigo Lecaros
article
2015
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https://hal.inria.fr/hal-01132095/file/BCL.pdf BibTex
titre
Behavioral modulation of the coexistence between Apis melifera and Varroa destructor : A defense against colony colapse disorder?
auteur
Joyce de Figueiró Santos, Flávio C. Coelho, Pierre-Alexandre Bliman
article
2015
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https://arxiv.org/pdf/1502.07077 BibTex
titre
Emergence of drug tolerance in cancer cell populations: an evolutionary outcome of selection, non-genetic instability and stress-induced adaptation
auteur
Rebecca H. Chisholm, Tommaso Lorenzi, Alexander Lorz, Annette K. Larsen, Luís Almeida, Alexandre Escargueil, Jean Clairambault
article
2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01111271/file/cancer_research_submition_1_2014.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

titre
Integrated metabolic spatial-temporal model for the prediction of ammonia detoxification during liver damage and regeneration
auteur
Freimut Schliess, Stefan Hoehme, Sebastian Henkel, Ahmed Ghallab, Dominik Driesch, Jan Böttger, Reinhard Guthke, Michael Pfaff, Jan Hengstler, Rolf Gebhardt, Dieter Häussinger, Dirk Drasdo, Sebastian Zellmer
article
Hepatology, Wiley-Blackwell, 2014, 60 (6), pp.2040-2051. ⟨10.1002/hep.27136⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01110646/file/hep27136.pdf BibTex
titre
The virtual liver: state of the art and future perspectives
auteur
Dirk Drasdo, Johannes Bode, Uta Dahmen, Olaf Dirsch, Steven Dooley, Rolf Gebhardt, Ahmed Ghallab, Patricio Godoy, Dieter Häussinger, Seddik Hammad, Stefan Hoehme, Hermann-Georg Holzhütter, Ursula Klingmüller, Lars Kuepfer, Jens Timmer, Marino Zerial, Jan G. Hengstler
article
Archives of Toxicology, Springer Verlag, 2014, pp.2071-2075. ⟨10.1007/s00204-014-1384-6⟩
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BibTex
titre
Scalar conservation laws with rough (stochastic) fluxes; the spatially dependent case
auteur
Pierre-Louis Lions, Benoît Perthame, Panagiotis E. Souganidis
article
Stochastic Partial Differential Equations : Analysis and Computations, 2014, 2 (4), pp.517-538. ⟨http://link.springer.com/journal/40072⟩. ⟨10.1007/s40072-014-0038-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00960332/file/scl-xdependent_April_3.pdf BibTex
titre
Derivation of a Hele-Shaw type system from a cell model with active motion
auteur
Benoît Perthame, Fernando Quirós, Min Tang, Nicolas Vauchelet
article
Interfaces and Free Boundaries, European Mathematical Society, 2014, 14 (4), pp.489-508. ⟨10.4171/IFB/327⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00906168/file/activemotion-13-07-04.pdf BibTex
titre
How predictive quantitative modeling of tissue organization can inform liver disease pathogenesis.
auteur
Dirk Drasdo, Stefan Hoehme, Jan G. Hengstler
article
Journal of Hepatology, Elsevier, 2014, 61 (4), pp.951-956. ⟨10.1016/j.jhep.2014.06.013⟩
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BibTex
titre
Dynamics of p53 in single cells: physiologically based ODE and reaction-diffusion PDE models
auteur
Jan Elias, Luna Dimitrio, Jean Clairambault, Roberto Natalini
article
Physical Biology, Institute of Physics: Hybrid Open Access, 2014, pp.22. ⟨10.1088/1478-3975/11/4/045001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00859412/file/IOPJPhysBiol_v2_unmarked.pdf BibTex
titre
Reaction-diffusion systems for spatio-temporal intracellular protein networks: a beginner's guide with two examples
auteur
Jan Elias, Jean Clairambault
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, Elsevier, 2014, pp.11. ⟨10.1016/j.csbj.2014.05.007⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00957344/file/CSBJ2014_JEJC.pdf BibTex
titre
Size distribution of amyloid brils. Mathematical models and experimental data.
auteur
Stephanie Prigent, Hadjer Wafaa Haffaf, H. T. Banks, M. Hoffmann, Human Rezaei, Marie Doumic
article
International Journal of Pure and Applied Mathematics, Academic Publishing Ltd, 2014, 93 (6), pp.845-878. ⟨10.12732/ijpam.v93i6.10⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00958785/file/SizeDistribabstract.pdf BibTex
titre
Modeling contact interactions between triangulated rounded bodies for the discrete element method
auteur
Bart Smeets, Tim Odenthal, Janos Keresztes, Simon Vanmaercke, Paul van Liedekerke, Engelbert Tijskens, Wouter Saeys, Hans van Oosterwyck, Herman Ramon
article
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Elsevier, 2014, 277, pp.219-238. ⟨10.1016/j.cma.2014.04.017⟩
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BibTex
titre
Protocols for staining of bile canalicular and sinusoidal networks of human, mouse and pig livers, three-dimensional reconstruction and quantification of tissue microarchitecture by image processing and analysis.
auteur
Seddik Hammad, Stefan Hoehme, Adrian Friebel, Iris von Recklinghausen, Amnah Othman, Brigitte Begher-Tibbe, Raymond Reif, Patricio Godoy, Tim Johann, Amruta Vartak, Klaus Golka, Petru O. Bucur, Eric Vibert, Rosemarie Marchan, Bruno Christ, Steven Dooley, Christoph Meyer, Iryna Ilkavets, Uta Dahmen, Olaf Dirsch, Jan Böttger, Rolf Gebhardt, Dirk Drasdo, Jan G. Hengstler
article
Archives of Toxicology, Springer Verlag, 2014, 88 (5), pp.1161-1183. ⟨10.1007/s00204-014-1243-5⟩
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BibTex
titre
Enabling multiscale modeling in systems medicine: From reactions in cells to organ physiology
auteur
Olaf Wolkenhauer, Charles Auffray, Olivier Brass, Jean Clairambault, Andreas Deutsch, Dirk Drasdo, Francesco Gervasio, Luigi Preziosi, Philip Maini, Anna Marciniak-Czochra, Christina Kossow, Lars Kuepfer, Katja Rateitschak, Ignacio Ramis-Conde, Benjamin Ribba, Andreas Schuppert, Rod Smallwood, Georgios Stamatakos, Felix Winter, Helen Byrne
article
Genome Medicine, BioMed Central, 2014, Genome Medicine, 6 (21), pp.3. ⟨http://genomemedicine.com⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01109002/file/WolkenhauerGenomeMedicine2014.pdf BibTex
titre
Perspective on "New and Less New Opportunities For Mathematical Biology as Applied To Biological and Clinical Medicine
auteur
Jean Clairambault
article
Society of Mathematical Biology Newsletter, Society of Mathematical Biology, 2014, SMB Newsletter, 27 (2), pp.2. ⟨http://www.smb.org/publications/newsletter.shtml⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01108995/file/JC4SMBNewsletter2014vol27no2.pdf BibTex
titre
Long-term analysis of phenotypically structured models
auteur
Alexander Lorz, Benoît Perthame
article
Proceedings of the Royal Society of London. Series A, Mathematical and physical sciences, Royal Society, The, 2014, 470 (2167), pp.1-10. ⟨10.1098/rspa.2014.0089⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00941097/file/AB12.pdf BibTex
titre
Estimating Dose Painting Effects in Radiotherapy: A Mathematical Model
auteur
Juan Carlos Lopez Alfonso, Nick Jagiella, Luis Núñez, Miguel Herrero, Dirk Drasdo
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (2), pp.22. ⟨10.1371/journal.pone.0089380⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01109675/file/journal.pone.0089380.pdf BibTex
titre
Synchronisation and control of proliferation in cycling cell population models with age structure
auteur
Frédérique Billy, Jean Clairambault, Olivier Fercoq, Stéphane Gaubert, Thomas Lepoutre, Thomas Ouillon, Shoko Saito
article
Mathematics and Computers in Simulation, Elsevier, 2014, 96, pp.66-94. ⟨10.1016/j.matcom.2012.03.005⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00662885/file/BiCFerGLOuS.pdf BibTex
titre
Estimating the Division Rate of the Self-Similar Growth-Fragmentation Equation
auteur
Thibault Bourgeron, Marie Doumic, Miguel Escobedo
article
Inverse Problems, IOP Publishing, 2014, 30 (2), pp.025007, 28. ⟨http://dx.doi.org/10.1088/0266-5611/30/2/025007⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00858488/file/BDE.pdf BibTex
titre
Bernoulli variational problem and beyond
auteur
Alexander Lorz, Peter Markowich, Benoît Perthame
article
Archive for Rational Mechanics and Analysis, Springer Verlag, 2014, 212, pp.415-443. ⟨10.1007/s00205-013-0707-8⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00881760/file/ABP28.pdf BibTex
titre
The Hele-Shaw asymptotics for mechanical models of tumor growth
auteur
Benoît Perthame, Fernando Quirós, Juan-Luis Vázquez
article
Archive for Rational Mechanics and Analysis, Springer Verlag, 2014, 212, pp.93-127. ⟨10.1007/s00205-013-0704-y⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00831932/file/Hele_Shaw.pdf BibTex
titre
Beyond blow-up in excitatory integrate and fire neuronal networks: refractory period and spontaneous activity
auteur
Maria J. Caceres, Benoît Perthame
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2014, 350, pp.81-89. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.02.005⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00874746/file/CP.pdf BibTex
titre
Adaptation and Fatigue Model for Neuron Networks and Large Time Asymptotics in a Nonlinear Fragmentation Equation
auteur
Khashayar Pakdaman, Benoît Perthame, Delphine Salort
article
Journal of Mathematical Neuroscience, BioMed Central, 2014, 4 (1), pp.14. ⟨10.1186/2190-8567-4-14 ⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01054561/file/2190-8567-4-14.pdf BibTex
titre
Modeling Dynamics of Cell-to-Cell Variability in TRAIL-Induced Apoptosis Explains Fractional Killing and Predicts Reversible Resistance
auteur
François Bertaux, Szymon Stoma, Dirk Drasdo, Gregory Batt
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (10), pp.14. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003893.s016⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00942885/file/bertaux_et_al_PCB_2014.pdf BibTex
titre
Traveling wave solution of the Hele-Shaw model of tumor growth with nutrient
auteur
Benoît Perthame, Min Tang, Nicolas Vauchelet
article
Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, World Scientific Publishing, 2014, 24 (13), pp.2601-2626
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00931399/file/TW_Heleshaw_Jan_14.pdf BibTex
titre
A simple derivation of BV bounds for inhomogeneous relaxation systems
auteur
Benoît Perthame, Nicolas Seguin, Magali Tournus
article
Communications in Mathematical Sciences, International Press, 2014, 13 (2), pp.577-586
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00974269/file/RelaxationPST_Arxiv.pdf BibTex
titre
Division in Escherichia coli is triggered by a size-sensing rather than a timing mechanism
auteur
Lydia Robert, Marc Hoffmann, Nathalie Krell, Stéphane Aymerich, Jérôme Robert, Marie Doumic
article
BMC Biology, BioMed Central, 2014, 12 (1), pp.17. ⟨10.1186/1741-7007-12-17⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00981312/file/1741-7007-12-17.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Stability analysis of PDE’s modelling cell dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
Jose Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Emilia Fridman, Frederic Mazenc, Jean Clairambault
article
53rd IEEE Annual Conference on Decision and Control (CDC 2014), Dec 2014, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/cdc.2014.7039860⟩
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BibTex
titre
A coupled model for healthy and cancer cells dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
José Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Hitay Ozbay, Jean Clairambault, Silviu-Iulian Niculescu
article
19th IFAC World Congress on International Federation of Automatic Control (IFAC 2014), Aug 2014, Groningen, South Africa. ⟨10.3182/20140824-6-za-1003.02574 ⟩
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BibTex
titre
Some mathematical aspects of tumor growth and therapy
auteur
Benoît Perthame
article
ICM 2014 - International Congress of Mathematicians, Aug 2014, Seoul, South Korea
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01059766/file/Perthame_ICM.pdf BibTex
titre
A Discrete-Maturity Interconnected Model of Healthy and Cancer Cell Dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
Catherine Bonnet, Jose Luis Avila Alonso, Hitay Ozbay, Jean Clairambault, Silviu-Iulian Niculescu, Pierre Hirsch
article
The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems,Differential Equations and Applications, Jul 2014, Madrid, Spain
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BibTex
titre
A discrete-maturity Interconnected Model of Healthy and Cancer Cell Dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
José Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Hitay Ozbay, Jean Clairambault, Silviu-Iulian Niculescu
article
Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands
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BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Analysis of a New Model of Cell Population Dynamics in Acute Myeloid Leukemia
auteur
José Luis Avila Alonso, Catherine Bonnet, Jean Clairambault, Hitay Ozbay, Silviu-Iulian Niculescu, Faten Merhi, Annabelle Ballesta, Ruoping Tang, Jean-Pierre Marie
article
Tomáš Vyhlídal and Jean-François Lafay and Rifat Sipahi. Delay Systems : From Theory to Numerics and Applications, 1, Springer, pp.315-328, 2014, Advances in Delays and Dynamics, 978-3-319-01695-5. ⟨10.1007/978-3-319-01695-5_23⟩
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BibTex

HDR

titre
Contributions mathématiques à l'étude de modèles décrivant le mouvement de particules confinées et de micro-organismes
auteur
Nicolas Vauchelet
article
Equations aux dérivées partielles [math.AP]. Université Pierre et Marie Curie, 2014
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01111810/file/hdr.pdf BibTex

Autre publication

titre
Modelling and analysis of protein aggregation - completing pathways in prion (PrP) polymerisation
auteur
Stephanie Prigent, Hadjer Wafaa Haffaf
article
2014
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BibTex

Thèse

titre
Analyse de l'agrégation des protéines dans les maladies neurodégénératives amyloïdes : application aux maladies à prion
auteur
Hadjer Wafaa Haffaf
article
Analyse numérique [math.NA]. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. Français. ⟨NNT : 2014PA066263⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01143554/file/pdf2star-1417079579-These_Wafaa.pdf BibTex

2013

Article dans une revue

titre
Wave-like solutions for nonlocal reaction-diffusion equations: a toy model
auteur
Grégoire Nadin, Luca Rossi, Leonid Ryzhik, Benoît Perthame
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2013, 8 (3), pp.33-41. ⟨10.1051/mmnp/20127102⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-00923692/file/wavetrainFinal.pdf BibTex
titre
The p53 protein and its molecular network: modelling a missing link between DNA damage and cell fate
auteur
Jan Elias, Luna Dimitrio, Jean Clairambault, Roberto Natalini
article
Biochimica et Biophysica Acta Proteins and Proteomics, Elsevier, 2013, ⟨10.1016/j.bbapap.2013.09.019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00822308/file/BBAPPrev3p53MDM2ATMWIP1.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Modelling and analysis of protein aggregation - Competing pathways in prion (PrP) polymerisation
auteur
Hadjer Wafaa Haffaf, Stephanie Prigent
article
Congrès SMAI 2013, May 2013, Seignosse le Penon, France. ⟨10.1051/proc/201445019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01082843/file/proc144519.pdf BibTex

2012

Article dans une revue

titre
Regularization in Keller-Segel type systems and the De Giorgi method
auteur
Benoît Perthame, Alexis Vasseur
article
Communications in Mathematical Sciences, International Press, 2012, 10 (2), pp.463 - 476. ⟨10.4310/CMS.2012.v10.n2.a2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-auf.archives-ouvertes.fr/hal-01374730/file/Perthame_Vasseur_revised.pdf BibTex

2009

Article dans une revue

titre
Scaling limit of a discrete prion dynamics model
auteur
Marie Doumic, Thierry Goudon, Thomas Lepoutre
article
Communications in Mathematical Sciences, International Press, 2009, 7 (4), ⟨10.4310/CMS.2009.v7.n4.a3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00403914/file/Scaling_limit_2009_07_05.pdf BibTex

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