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Equipe de recherche LIFEWARE

Publications de l'équipe LIFEWARE

2019

Article dans une revue

titre
Estimating information in time-varying signals
auteur
Sarah Anhala Cepeda-Humerez, Jakob Ruess, Gašper Tkačik
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2019, 15 (9), pp.e1007290. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007290⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02304413/file/PLoSComp2019%20-%20Estimating%20information.pdf BibTex
titre
Molecular noise of innate immunity shapes bacteria-phage ecologies
auteur
Jakob Ruess, Maroš Pleška, Cǎlin Guet, Gašper Tkačik
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2019, ⟨10.1371/journal.pcbi.1007168 ⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02229803/file/journal.pcbi.1007168.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
On Inferring Reactions from Data Time Series by a Statistical Learning Greedy Heuristics
auteur
Julien Martinelli, Jeremy Grignard, Sylvain Soliman, Francois Fages
article
CMSB 2019 - 17th Computational Methods in Systems Biology, Sep 2019, Trieste, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-02173721/file/MGSF19cmsb.pdf BibTex
titre
On Chemical Reaction Network Design by a Nested Evolution Algorithm
auteur
Elisabeth Degrand, Mathieu Hemery, François Fages
article
Computational Methods in Systems Biology, Sep 2019, Trieste, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-02173682/file/DFH19cmsb.pdf BibTex
titre
Can optimal experimental design serve as a tool to characterize highly non-linear synthetic circuits?
auteur
Maxim Kryukov, Arthur Carcano, Grégory Batt, Jakob Ruess
article
ECC 2019 - European Control Conference, Jun 2019, Naples, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-02304425/file/ECC2019%20-%20OptDesign.pdf BibTex
titre
A Statistical Unsupervised Learning Algorithm for Inferring Reaction Networks from Time Series Data
auteur
Julien Martinelli, Jeremy Grignard, Sylvain Soliman, François Fages
article
ICML 2019 - Workshop on Computational Biology, Jun 2019, Long Beach, CA, United States
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https://hal.inria.fr/hal-02163862/file/MGSF19icmlcb.pdf BibTex
titre
Performance modelling of access control mechanisms for local and vehicular wireless networks
auteur
Paolo Ballarini, Benoît Barbot, Nicolas Vasselin
article
12th EAI International Conference on Pervasive Computing Technologies for Healthcare, Mar 2019, Palma, Spain. pp.111-118
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02131725/file/1901.04285.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Information Leakage in a Music Score
auteur
François Fages
article
The Art of Modelling Computational Systems - A Journey from Logic and Concurrency to Security and Privacy - Essays Dedicated to Catuscia Palamidessi on the Occasion of Her 60th Birthday, Festschrift - LNCS (11760), Springer-Verlag, 2019, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-31175-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02365478/file/Fages19Catuscia.pdf BibTex

Mémoire d'étudiant

titre
Evolving Chemical Reaction Networks
auteur
Elisabeth Degrand
article
Computer Science [cs]. 2019
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https://hal.inria.fr/hal-02333691/file/Master_Thesis_final.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
Graphical Requirements for Multistationarity in Reaction Networks and their Verification in BioModels
auteur
Adrien Baudier, François Fages, Sylvain Soliman
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2018, 459, pp.79--89. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.09.024⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01879735/file/bfs18jtb.pdf BibTex
titre
Applying ecological resistance and resilience to dissect bacterial antibiotic responses
auteur
Hannah Meredith, Virgile Andreani, Helena Ma, Allison Lopatkin, Anna Lee, Deverick Anderson, Gregory Batt, Lingchong You
article
Science Advances , American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2018, 4 (12), pp.eaau1873. ⟨10.1126/sciadv.aau1873⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01950376/file/eaau1873.full.pdf BibTex
titre
The SYMBIONT project: symbolic methods for biological networks
auteur
François Boulier, François Fages, Ovidiu Radulescu, Satya Swarup Samal, Andreas Schuppert, Werner Seiler, Thomas Sturm, Sebastian Walcher, Andreas Weber
article
ACM Communications in Computer Algebra, Association for Computing Machinery (ACM), 2018, 52 (3), pp.67-70. ⟨10.1145/3313880.3313885⟩
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BibTex
titre
Identification of individual cells from z-stacks of bright-field microscopy images
auteur
Jean-Baptiste Lugagne, Srajan Jain, Pierre Ivanovitch, Zacchary Ben Meriem, Clément Vulin, Chiara Fracassi, Gregory Batt, Pascal Hersen
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), pp.11455. ⟨10.1038/s41598-018-29647-5⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01898065/file/s41598-018-29647-5%281%29.pdf BibTex
titre
Model Prediction and Validation of an Order Mechanism Controlling the Spatiotemporal Phenotype of Early Hepatocellular Carcinoma
auteur
Stefan Hoehme, François Bertaux, William Weens, Bettina Grasl-Kraupp, Jan Hengstler, Dirk Drasdo
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2018, 80 (5), pp.1134-1171
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BibTex
titre
Computer‐aided biochemical programming of synthetic microreactors as diagnostic devices
auteur
Alexis Courbet, Patrick Amar, François Fages, Eric Renard, Franck Molina
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2018, 14 (4), ⟨10.15252/msb.20177845⟩
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BibTex
titre
Influence Networks compared with Reaction Networks: Semantics, Expressivity and Attractors
auteur
François Fages, Thierry Martinez, David Rosenblueth, Sylvain Soliman
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, In press, PP (99), pp.1-14. ⟨10.1109/TCBB.2018.2805686⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01510216/file/FMRS17tccb.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
On Robustness Computation and Optimization in BIOCHAM-4
auteur
François Fages, Sylvain Soliman
article
16th Int. Conf. on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_18⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01814854/file/FS18cmsbhal.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Biochemical Programs and Analog-Digital Mixed Algorithms in the Cell
auteur
François Fages, Guillaume Le Guludec
article
Life Sciences, Information Sciences, John Wiley & Sons, Inc., pp.201-216, 2018, 9781786302434. ⟨10.1002/9781119452713.ch19⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01948714/file/FL18book.pdf BibTex

Autre publication

titre
The SYMBIONT Project: Symbolic Methods for Biological Networks
auteur
François Boulier, François Fages, Ovidiu Radulescu, Satya Samal, Andreas Schuppert, Werner Seiler, Thomas Sturm, Sebastian Walcher, Andreas Weber
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01889825/file/f1000research-216010.pdf BibTex

Poster

titre
BIOPSY: Biochemical Programming System
auteur
Franck Molina, Jie-Hong Jiang, François Fages
article
Festival Scientifique France Taiwan, ANR-MOST, Nov 2018, Taipei, Taiwan
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https://hal.inria.fr/hal-01948702/file/Poster_BIOPSY.pdf BibTex
titre
Executable Disease Networks: Adding dynamics to molecular maps
auteur
Vidisha Singh, Saran Pankaew, Marek Ostaszewski, George Kalliolias, Sylvain Soliman, Tomáš Helikar, Anna Niarakis
article
ECCB 2018, 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athens, Greece
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2017

Article dans une revue

titre
Balancing a genetic toggle switch by real-time feedback control and periodic forcing
auteur
Jean-Baptiste Lugagne, Sebastián Sosa Carrillo, Melanie Kirch, Agnes Köhler, Gregory Batt, Pascal Hersen
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2017, 8 (1), pp.1-8. ⟨10.1038/s41467-017-01498-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01666980/file/Balancing%20a%20genetic%20toggle%20switch%20by%20real-time%20feedback%20control%20and%20periodic%20forcing.pdf BibTex
titre
Shaping bacterial population behavior through computer-interfaced control of individual cells
auteur
Remy Chait, Jakob Ruess, Tobias Bergmiller, Gašper Tkačik, Călin Guet
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2017, 8 (1), pp.1535. ⟨10.1038/s41467-017-01683-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01669883/file/s41467-017-01683-1.pdf BibTex
titre
Abstracting the dynamics of biological pathways using information theory: a case study of apoptosis pathway
auteur
Sucheendra K. Palaniappan, François Bertaux, Matthieu Pichené, Eric Fabre, Gregory Batt, Blaise Genest
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 33 (13), pp.1980 - 1986. ⟨10.1093/bioinformatics/btx095⟩
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BibTex
titre
Long-term tracking of budding yeast cells in brightfield microscopy: CellStar and the Evaluation Platform
auteur
Cristian Versari, Szymon Stoma, Kirill Batmanov, Artémis Llamosi, Filip Mroz, Adam Kaczmarek, Matt Deyell, Cédric Lhoussaine, Pascal Hersen, Gregory Batt
article
Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2017, 14 (127), pp.32. ⟨10.1098/rsif.2016.0705⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01547623/file/20160705.full%281%29.pdf BibTex
titre
Sensitivity estimation for stochastic models of biochemical reaction networks in the presence of extrinsic variability
auteur
Jakob Ruess, Heinz Koeppl, Christoph Zechner
article
Journal of Chemical Physics, American Institute of Physics, 2017, 146 (12), pp.124122. ⟨10.1063/1.4978940⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01547484/file/Article.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Probably Approximately Correct Learning of Regulatory Networks from Time-Series Data
auteur
Arthur Carcano, François Fages, Sylvain Soliman
article
CMSB'17 - 15th International Conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.74-90
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https://hal.inria.fr/hal-01519826/file/CFS17cmsb.pdf BibTex
titre
Strong Turing Completeness of Continuous Chemical Reaction Networks and Compilation of Mixed Analog-Digital Programs
auteur
François Fages, Guillaume Le Guludec, Olivier Bournez, Amaury Pouly
article
CMSB 2017 - 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.108-127
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https://hal.inria.fr/hal-01519828/file/FLBP17cmsb.pdf BibTex
titre
Computing EFMs consistent with equilibrium constants
auteur
Sabine Pérès, Philippe Dague, Mario Jolicœur, Stefan Schuster
article
Metabolic Pathway Analysis MPA 2017, Jul 2017, Bozeman, United States
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BibTex
titre
Model-based Investigation of the Circadian Clock and Cell Cycle Coupling in Mouse Embryonic Fibroblasts: Prediction of RevErb-α Up-regulation During Mitosis
auteur
Pauline Traynard, Celine Feillet, Sylvain Soliman, Franck Delaunay, François Fages
article
Dynamics Days 2017 - XXXVII Dynamics Days Europe International Conference, Jun 2017, Szeged, Hungary
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Chapitre d'ouvrage

titre
Programmes biochimiques et algorithmes mixtes analogiques-digitaux dans la cellule
auteur
François Fages, Guillaume Le Guludec
article
Thierry Gaudin; Dominique Lacroix; Marie-Christine Maurel; Jean-Charles Pomerol. Sciences de la vie, sciences de l’information, ⟨ISTE editions⟩, 2017, Colloque de Cérisy, 978-1-78405-287-4
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https://hal.inria.fr/hal-01409743/file/FL16book.pdf BibTex
titre
System modeling of receptor-induced apoptosis
auteur
François Bertaux, Dirk Drasdo, Gregory Batt
article
Olivier Micheau. TRAIL, Fas Ligand, TNF and TLR3 in Cancer, 2017, Resistance to Targeted Anti-Cancer Therapeutics, 978-3-319-56804-1
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https://hal.inria.fr/hal-01667015/file/bertaux_et_al_author_version.pdf BibTex

Autre publication

titre
Journées BIOSS-IA 2017
auteur
Loïc Paulevé, Philippe Dague
article
2017
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Poster

titre
Recombinase-Based Genetic Circuit Optimization
auteur
Chun-Ning Lai, Jie-Hong Jiang, François Fages
article
BioCAS 2017 - 13th IEEE Biomedical Circuits and Systems Conference, Oct 2017, Turin, Italy. pp.1-4, 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01659183/file/LJF17biocas.pdf BibTex

2016

Article dans une revue

titre
A comprehensive approach to the molecular determinants of lifespan using a Boolean model of geroconversion
auteur
Loic Verlingue, Aurélien Dugourd, Gautier Stoll, Emmanuel Barillot, Laurence Calzone, Arturo Londono-Vallejo
article
Aging Cell, Wiley Open Access, 2016, 15 (6), pp.1018-1026. ⟨10.1111/acel.12504⟩
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BibTex
titre
Model-based investigation of the circadian clock and cell cycle coupling in mouse embryonic fibroblasts: Prediction of RevErb-α up-regulation during mitosis
auteur
Pauline Traynard, Céline Feillet, Sylvain Soliman, Franck Delaunay, François Fages
article
BioSystems, Elsevier, 2016, 149, pp.59--69. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.003⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01378466/file/TFS16biosystems.pdf BibTex
titre
On Enumerating Minimal Siphons in Petri nets using CLP and SAT solvers: Theoretical and Practical Complexity
auteur
Faten Nabli, Thierry Martinez, François Fages, Sylvain Soliman
article
Constraints, Springer Verlag, 2016, 21 (2), pp.251--276. ⟨10.1007/s10601-015-9190-1⟩
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BibTex
titre
What population reveals about individual cell identity: Single-cell parameter estimation of models of gene expression in yeast
auteur
Artémis Llamosi, Andres Gonzalez, Cristian Versari, Eugenio Cinquemani, Giancarlo Ferrari-Trecate, Pascal Hersen, Gregory Batt
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, 12 (2), pp.e1004706. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004706⟩
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BibTex
titre
Reinvestigation of Protelytron permianum (Insecta; Early Permian; USA) as an example for applying reflectance transformation imaging to insect imprint fossils
auteur
Olivier Bethoux, Artémis Llamosi, Séverine Toussaint
article
Fossil Record, Wiley-VCH Verlag, 2016, 20 (1), pp.1 - 7. ⟨10.5194/fr-20-1-2016⟩
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BibTex
titre
Logical model specification aided by model- checking techniques: application to the mammalian cell cycle regulation
auteur
Pauline Traynard, Adrien Fauré, François Fages, Denis Thieffry
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (17), pp.i772-i780. ⟨10.1093/bioinformatics/btw457⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01378465/file/Traynard_ECCB_9Jun2016_black.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01378465/file/ECCB_2016_supplementary_material_183.pdf BibTex
titre
Packing with Complex Shapes
auteur
Abderrahmane Aggoun, Nicolas Beldiceanu, Gilles Chabert, François Fages
article
ERCIM News, ERCIM, 2016, pp.32
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Communication dans un congrès

titre
Influence Systems vs Reaction Systems
auteur
François Fages, Thierry Martinez, David Rosenblueth, Sylvain Soliman
article
CMSB'16: Proceedings of the fourteenth international conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2016, Cambridge, UK, United Kingdom. pp.98-115, ⟨10.1007/978-3-319-45177-0_7⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01378470/file/iFRS16cmsb.pdf BibTex
titre
A Stochastic Continuous Optimization Backend for MiniZinc with Applications to Geometrical Placement Problems
auteur
Thierry Martinez, François Fages, Abder Aggoun
article
Proceedings of the 13th International Conference on Integration of Artificial Intelligence and Operations Research Techniques in Constraint Programming, CPAIOR'16, May 2016, Banff, Canada. pp.262-278, ⟨10.1007/978-3-319-33954-2_19⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01378468/file/MFA16cpaior.pdf BibTex
titre
Panorama of real-life applications in logistics embedding bin packing optimization algorithms, robotics and cloud computing technologies
auteur
Abderrahmane Aggoun, Ahmed Rhiat, François Fages
article
GOL'16 - 3rd IEEE International Conference on Logistics Operations Management , May 2016, Morocco, Morocco. ⟨10.1109/GOL.2016.7731693⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01378469/file/GOL_FullPaper_KLS_ICAM_INRIA-2016-V1.5.pdf BibTex
titre
A Look-Ahead Simulation Algorithm for DBN Models of Biochemical Pathways
auteur
Sucheendra Palaniappan, Matthieu Pichené, Grégory Batt, Eric Fabre, Blaise Genest
article
Hybrid Systems Biology, 5th International Workshop, HSB 2016, Oct 2016, Grenoble, France. pp.3-15, ⟨10.1007/978-3-319-47151-8_1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01406115/file/final_author.pdf BibTex
titre
Un solveur d'optmization stochastique pour MiniZinc avec des applications à des problèmes de placements géométriques
auteur
Thierry Martinez, François Fages, Abder Aggoun
article
Douzièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes JFPC'16, 2016, Montpellier, France
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BibTex

HDR

titre
A structural perspective on the dynamics of biochemical systems
auteur
Sylvain Soliman
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Orsay, 2016
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01403712/file/hdr.pdf BibTex

Poster

titre
Efficient Analysis of Multi-level Biological Systems Using Abstraction (poster)
auteur
Matthieu Pichené, Sucheendra Palaniappan, Eric Fabre, Gregory Batt, Blaise Genest
article
HSB 2016, 2016, Grenoble, France. 2016, HSB'16 - Fifth International Workshop on Hybrid Systems Biology
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BibTex

Rapport

titre
Metro Energy Optimization through Rescheduling: Mathematical Models and Heuristic Algorithm Compared to MILP and CMA-ES
auteur
David Fournier, Thierry Martinez, François Fages, Denis Mulard
article
[Research Report] Inria Saclay Ile de France. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01420311/file/FMFM16rr.pdf BibTex

Thèse

titre
Cell-based multi-scale modeling for systems and synthetic biology : from stochastic gene expression in single cells to spatially organized cell populations
auteur
François Bertaux
article
Modeling and Simulation. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2016. English. ⟨NNT : 2016PA066101⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405430/file/2016PA066101.pdf BibTex
titre
Model Building by Temporal Logic Constraint Solving: Investigation of the Coupling between the Cell Cycle and the Circadian Clock
auteur
Pauline Traynard
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université Paris Diderot, 2016. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01404060/file/thesis_traynard_final.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Mixture Model-CMA-ES
auteur
Nicolas Vasselin, François Fages
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-01420342/file/RapportMMCMAES.pdf BibTex
titre
AI in Biological Modelling
auteur
François Fages
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-01409753/file/Fages16ai.pdf BibTex

2015

Article dans une revue

titre
Inferring reaction systems from ordinary differential equations
auteur
François Fages, Steven Gay, Sylvain Soliman
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 599, pp.64--78. ⟨10.1016/j.tcs.2014.07.032⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01103692/file/FGS14tcs.pdf BibTex
titre
Hybrid Simulations of Heterogeneous Biochemical Models in SBML
auteur
Hui-Ju Chiang, François Fages, Jie-Hong Jiang, Sylvain Soliman
article
ACM Transactions on Modeling and Computer Simulation, Association for Computing Machinery, 2015, 25 (2), pp.14:1-14:22. ⟨10.1145/2742545⟩
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BibTex
titre
Synthesizing Configurable Biochemical Implementation of Linear Systems from Their Transfer Function Specifications
auteur
Tai-Yin Chiu, Hui-Ju Chiang, Ruei-Yang Huang, Jie-Hong Jiang, François Fages
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (9), ⟨10.1371/journal.pone.0137442⟩
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Abstraction-Based Parameter Synthesis for Multiaffine Systems
auteur
Sergiy Bogomolov, Christian Schilling, Ezio Bartocci, Gregory Batt, Hui Kong, Radu Grosu
article
11th International Haifa Verification Conference, HVC 2015, Haifa, Israel, November 17-19, 2015, Proceedings, Nov 2015, Haifa, Israel. pp.19-35, ⟨10.1007/978-3-319-26287-1_2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01242371/file/bogomolov-et-al-hvc2015.pdf BibTex
titre
Reconfigurable Neuromorphic Computation in Biochemical Systems
auteur
Hui-Ju Chiang, Jie-Hong Jiang, François Fages
article
EMBC 2015 - 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Aug 2015, Milano, Italy. pp.937 - 940, ⟨10.1109/EMBC.2015.7318517⟩
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BibTex
titre
Search by Constraint Propagation
auteur
Thierry Martinez, François Fages, Sylvain Soliman
article
PPDP '15- 17th International Symposium on Principles and Practice of Declarative Programming, Jul 2015, Siena, Italy. pp.173--183, ⟨10.1145/2790449.2790527⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01140761/file/MFS15ppdp.pdf BibTex
titre
On Translating MiniZinc Constraint Models into Fitness Function for Evolutionary Algorithms: Application to Continuous Placement Problems
auteur
Thierry Martinez, François Fages
article
Proceedings of the sixth Workshop on Bin Packing and Placement Constraints BPPC'15, associated to CP'15, 2015, Cork, Ireland
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BibTex
titre
Model-based Investigation of the Effect of the Cell Cycle on the Circadian Clock through Transcription Inhibition during Mitosis
auteur
Pauline Traynard, François Fages, Sylvain Soliman
article
CMSB'15 - Proceedings of the thirteenth international conference on Computational Methods in Systems Biology, 2015, Nantes, France. pp.208--221, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_18⟩
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BibTex

Poster

titre
Approximating the dynamics of the Hybrid Stochastic-Deterministic Apoptosis pathway
auteur
Sucheendra Palaniappan, François Bertaux, Matthieu Pichene, Eric Fabre, Gregory Batt, Blaise Genest
article
CMSB 2015, 2015, Nantes, France. CMSB 2015, 2015, CMSB 2015
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BibTex

Thèse

titre
Execution models for Constraint Programming: kernel language design through semantics equivalence.
auteur
Thierry Martinez
article
Programming Languages [cs.PL]. Paris Diderot, 2015. English
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https://hal.inria.fr/tel-01251695/file/thierry.pdf BibTex
titre
Effects of repeated osmotic stress on gene expression and growth: from cell-to-cell variability to cellular individuality in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae
auteur
Artémis Llamosi
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université Paris Diderot, 2015. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01253235/file/PhD_final%20%282%29.pdf BibTex
titre
Biomolecular System Design: Architecture, Synthesis, and Simulation
auteur
Katherine Chiang
article
Programming Languages [cs.PL]. National Taiwan University, 2015. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/tel-01237638/file/KCthesis.pdf BibTex
titre
Subgraph Epimorphisms: Theory and Application to Model Reductions in Systems Biology
auteur
Steven Gay
article
Programming Languages [cs.PL]. Université Paris Diderot, 2015. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/tel-01236291/file/Gay15thesis.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Model-based Investigation of the Coupling between the Cell Cycle and the Circadian Clock in Mouse Embryonic Fibroblasts
auteur
Pauline Traynard, Céline Feillet, Sylvain Soliman, Franck Delaunay, François Fages
article
2015
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https://hal.inria.fr/hal-01246846/file/TFS15biosystems.pdf BibTex
titre
Logical modeling of the mammalian cell cycle
auteur
Pauline Traynard, Adrien Fauré, François Fages, Denis Thieffry
article
2015
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https://hal.inria.fr/hal-01246595/file/Traynard_logicalcellcycle_oct2015.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

titre
A constraint solving approach to model reduction by tropical equilibration
auteur
Sylvain Soliman, François Fages, Ovidiu Radulescu
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), pp.24. ⟨10.1186/s13015-014-0024-2⟩
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BibTex
titre
On the subgraph Epimorphism Problem
auteur
Steven Gay, François Fages, Thierry Martinez, Sylvain Soliman, Christine Solnon
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2014, 162, pp.214--228. ⟨10.1016/j.dam.2013.08.008⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01098527/file/Liris-6291.pdf BibTex
titre
Modeling Dynamics of Cell-to-Cell Variability in TRAIL-Induced Apoptosis Explains Fractional Killing and Predicts Reversible Resistance
auteur
François Bertaux, Szymon Stoma, Dirk Drasdo, Gregory Batt
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (10), pp.14. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003893.s016⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00942885/file/bertaux_et_al_PCB_2014.pdf BibTex
titre
A platform for rapid prototyping of synthetic gene networks in mammalian cells
auteur
Xavier Duportet, Liliana Wroblewska, Patrick Guye, Yinqing Li, Justin Eyquem, Julianne Rieders, Tharathorn Rimchala, Gregory Batt, Ron Weiss
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2014, 42 (21), pp.12. ⟨10.1093/nar/gku1082⟩
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BibTex
titre
Noise propagation in synthetic gene circuits for metabolic control
auteur
Diego Oyarzun, Jean-Baptiste Lugagne, Guy-Bart Stan
article
ACS Synthetic Biology, American Chemical Society, 2014, published online ahead of print, pp.10. ⟨10.1021/sb400126a⟩
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titre
Bridging the gaps in systems biology
auteur
Marija Cvijovic, Joachim Almquist, Jonas Hagmar, Stefan Hohmann, Hans‑michael Kaltenbach, Edda Klipp, Marcus Krantz, Pedro Mendes, Sven Nelander, Jens Nielsen, Andrea Pagnani, Natasa Przulj, Andreas Raue, Jörg Stelling, Szymon Stoma, Frank Tobin, Judith Wodke, Riccardo Zecchina, Mats Jirstrand
article
Molecular Genetics and Genomics, Springer Verlag, 2014, 289 (5), pp.8. ⟨10.1007/s00438-014-0843-3⟩
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titre
Exploiting CRISPR-Cas nucleases to produce sequence-specific antimicrobials
auteur
David Bikard, Chad Euler, Wenyan Jiang, Nussenzweig Philip, Gregory Goldberg, Xavier Duportet, Vincent Fischetti, Luciano Marraffini
article
Nature Biotechnology, Nature Publishing Group, 2014, 32 (11), pp.5. ⟨10.1038/nbt.3043⟩
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Communication dans un congrès

titre
Trace Simplifications preserving Temporal Logic Formulae with Case Study in a Coupled Model of the Cell Cycle and the Circadian Clock (Best Student Paper Prize)
auteur
Pauline Traynard, François Fages, Sylvain Soliman
article
CMSB'14: Proceedings of the twelth international conference on Computational Methods for Systems Biology, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. pp.114--128, ⟨10.1007/978-3-319-12982-2⟩
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BibTex
titre
Building Reconfigurable Circuitry in a Biochemical World
auteur
Hui-Ju Chiang, Jie-Hong Jiang, François Fages
article
IEEE Proceedings BioCAS 2014 - Biomedical Circuits and Systems Conference, Oct 2014, Lausanne, Switzerland. pp.560 - 563, ⟨10.1109/BioCAS.2014.6981787⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01103266/file/CJF14biocas.pdf BibTex
titre
Configurable Linear Control of Biochemical Systems
auteur
Tai-Yin Chiu, Ruei-Yang Huang, Hui-Ju Chiang, Jie-Hong Jiang, François Fages
article
IWBDA 2014 - 6th international workshop on bio-design automation, Jun 2014, Boston, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01103286/file/CHCJF14iwbda.pdf BibTex
titre
Cells driven by computers: long-term model predictive control of gene expression in yeast (keynote talk)
auteur
Gregory Batt
article
Proceedings of the 17th international conference on Hybrid Systems: Computation and Control, HSCC'14, Martin Fráänzle, John Lygeros, Apr 2014, Berlin, Germany. pp.2, ⟨10.1145/2562059.2562144⟩
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BibTex
titre
A Greedy Heuristic for Optimizing Metro Regenerative Energy Usage
auteur
David Fournier, François Fages, Denis Mulard
article
Railways 2014, Apr 2014, Ajaccio, France. ⟨10.4203/ccp.104.240⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01103710/file/FFMrailways.pdf BibTex
titre
Cells as Machines: Towards Deciphering Biochemical Programs in the Cell
auteur
François Fages
article
ICDCIT 2014 - 10th International Conference Distributed Computing and Internet Technology, Feb 2014, Bhubanesvar, India. pp.50 - 67, ⟨10.1007/978-3-319-04483-5_6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01103291/file/Fages13icdcit.pdf BibTex
titre
Cells as Machines: Towards Deciphering Biochemical Programs in the Cell (keynote talk)
auteur
François Fages
article
21st European Conference on Artificial Intelligence, 2014, Prague, Czech Republic
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https://hal.inria.fr/hal-01103333/file/Fages14ecai.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
In silico control of biomolecular processes
auteur
Jannis Uhlendorf, Agnès Miermont, Thierry Delaveau, Gilles Charvin, François Fages, Samuel Bottani, Pascal Hersen, Gregory Batt
article
Mario A. Marchisio. Computational Methods in Synthetic Biology, 1244, Springer New York, pp.8, 2014, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-1877-5. ⟨10.1007/978-1-4939-1878-2_13⟩
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BibTex
titre
Temporal Logic Modeling of Dynamical Behaviors: First-Order Patterns and Solvers
auteur
François Fages, Pauline Traynard
article
Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, 2014, Bioengineering and health science series, 978-1-84821-680-8. ⟨10.1002/9781119005223.ch8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01103305/file/main.pdf BibTex
titre
Towards Real-Time Control of Gene Expression at the Single Cell Level: A Stochastic Control Approach
auteur
Lakshmeesh Maruthi, Ilya Tkachev, Alfonso Carta, Eugenio Cinquemani, Pascal Hersen, Gregory Batt, Alessandro Abate
article
Computational Methods in Systems Biology, 8859, Springer International Publishing, pp.155-172, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-12981-5. ⟨10.1007/978-3-319-12982-2_12⟩
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BibTex

HDR

titre
Design, optimization and control in systems and synthetic biology
auteur
Gregory Batt
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2014
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00958566/file/manuscript_hdr_batt.pdf BibTex

Document associé à des manifestations scientifiques

titre
Machinerie cellulaire et programmation biochimique: vers une informatique de la cellule
auteur
François Fages
article
Forum des lauréats en informatique et mathématiques appliquées 2014, 2014, Collège de France, Paris, France
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https://hal.inria.fr/hal-01103343/file/Fages14CdFprix.pdf BibTex

Thèse

titre
Metro Regenerative Braking Energy Optimization through Rescheduling: Mathematical Model and Greedy Heuristics Compared to MILP and CMA-ES
auteur
David Fournier
article
Computer Science [cs]. Paris-VIII, 2014. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01102408/file/thesis-fournier.pdf BibTex
titre
Developing new tools and platforms for mammalian synthetic biology: From the assembly and chromosomal integration of complex DNA circuits to the engineering of artificial intercellular communication systems
auteur
Xavier Duportet
article
Biotechnology. Université Paris Diderot (Paris 7), 2014. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01108520/file/PhD_Thesis_XD_final.pdf BibTex

2011

Article dans une revue

titre
Continuous valuations of temporal logic specifications with applications to parameter optimization and robustness measures
auteur
Aurélien Rizk, Grégory Batt, François Fages, Sylvain Soliman
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2011, 412 (26), pp.2827 - 2839. ⟨10.1016/j.tcs.2010.05.008⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01431314/file/RBFS11tcs.pdf BibTex
titre
Design, optimization and predictions of a coupled model of the cell cycle, circadian clock, DNA repair system, irinotecan metabolism and exposure control under temporal logic constraints
auteur
Elisabetta de Maria, François Fages, Aurélien Rizk, Sylvain Soliman
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2011, 412 (21), pp.2108--2127. ⟨10.1016/j.tcs.2010.10.036⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01431360/file/DFRS11tcs.pdf BibTex

2010

Article dans une revue

titre
A Unique Transformation from Ordinary Differential Equations to Reaction Networks
auteur
Sylvain Soliman, Monika Heiner
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (12), pp.e14284. ⟨10.1371/journal.pone.0014284⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01431261/file/journal.pone.0014284.PDF BibTex
titre
A graphical method for reducing and relating models in systems biology
auteur
Steven Gay, Sylvain Soliman, François Fages
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (18), pp.i575--i581. ⟨10.1093/bioinformatics/btq388⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01431335/file/btq388.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Steady-state Solution of Biochemical Systems, Beyond S-systems via T-invariants
auteur
Faten Nabli, Sylvain Soliman
article
Proceedings of the 8th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, 2010, New York, NY, USA, Unknown Region. pp.14--22, ⟨10.1145/1839764.1839768⟩
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BibTex

2008

Article dans une revue

titre
Abstract interpretation and types for systems biology
auteur
François Fages, Sylvain Soliman
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2008, 403 (1), pp.52--70. ⟨10.1016/j.tcs.2008.04.024⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01431355/file/FS07tcs.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Model Revision from Temporal Logic Properties in Computational Systems Biology
auteur
Francois Fages, Sylvain Soliman
article
Luc de Raedt and Paolo Frasconi and Kristian Kersting and Stephen Muggleton. Probabilistic Inductive Logic Programming, pp.287--304, 2008, ⟨10.1007/978-3-540-78652-8_11⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01431378/file/FS07april.pdf BibTex

2007

Article dans une revue

titre
Langages formels dans la machine abstraite biochimique BIOCHAM
auteur
Laurence Calzone, Nathalie Chabrier-Rivier, François Fages, Loïc Fosse, Sylvain Soliman
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, Lavoisier, 2007, 26 (1-2), pp.47--72. ⟨10.3166/tsi.26.47-72⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01431369/file/CCFS05tsi.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Closures and Modules Within Linear Logic Concurrent Constraint Programming
auteur
Rémy Haemmerlé, François Fages, Sylvain Soliman
article
FSTTCS 2007: Foundations of Software Technology and Theoretical Computer Science, 2007, Berlin, Heidelberg, Unknown Region. pp.544--556
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2006

Article dans une revue

titre
BIOCHAM: an environment for modeling biological systems and formalizing experimental knowledge
auteur
Laurence Calzone, François Fages, Sylvain Soliman
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (14), pp.1805--1807. ⟨10.1093/bioinformatics/btl172⟩
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Machine Learning Biochemical Networks from Temporal Logic Properties
auteur
Laurence Calzone, Nathalie Chabrier-Rivier, François Fages, Sylvain Soliman
article
Transactions on Computational Systems Biology VI, 2006, Berlin, Heidelberg, Unknown Region. pp.68--94
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2004

Article dans une revue

titre
Preparation and characterization of azlactone functionalized polymer supports and their application as scavengers
auteur
Aurélie Guyomard, David Fournier, Sagrario Pascual, Laurent Fontaine, Jean-François Bardeau
article
European Polymer Journal, Elsevier, 2004, 40 (10), pp.2343-2348. ⟨10.1016/j.eurpolymj.2004.05.005⟩
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titre
Modelling and Querying Interaction Networks in the Biochemical Abstract Machine BIOCHAM
auteur
Francois Fages, Sylvain Soliman, Nathalie Chabrier-Rivier
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2004, 4 (2), pp.64--73
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BibTex
titre
CLPGUI: A Generic Graphical User Interface for Constraint Logic Programming
auteur
François Fages, Sylvain Soliman, Rémi Coolen
article
Constraints, Springer Verlag, 2004, 9 (4), pp.241 - 262. ⟨10.1023/B:CONS.0000049203.53383.c1⟩
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2001

Article dans une revue

titre
Linear Concurrent Constraint Programming: Operational and Phase Semantics
auteur
François Fages, Paul Ruet, Sylvain Soliman
article
Information and Computation, Elsevier, 2001, 165 (1), pp.14--41. ⟨10.1006/inco.2000.3002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01431358/file/FRS01ic.pdf BibTex

Thèse

titre
Concurrent constraint programming and linear logic
auteur
Sylvain Soliman
article
Langage de programmation [cs.PL]. Université Paris Diderot - Paris 7, 2001. Français
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01431238/file/these.pdf BibTex

1995

Article dans une revue

titre
Qualitative Reasoning: A Survey of Techniques Applications
auteur
Jacky Montmaint, Philippe Dague
article
Ai Communications, European Journal On Artificial Intelligence, IOSPress, 1995
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