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Equipe de recherche ERABLE

Publications de l'équipe ERABLE

2019

Article dans une revue

titre
Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
auteur
Camille Sessegolo, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Audric Cologne, Marion Dubarry, Thomas Derrien, Vincent Lacroix, Jean-Marc Aury
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-019-51470-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335574/file/41598_2019_Article_51470.pdf BibTex
titre
Integrative and comparative genomic analyses identify clinically relevant pulmonary carcinoid groups and unveil the supra-carcinoids
auteur
Nicolas Alcala, Noémie Leblay, Aurélie Gabriel, Lise Mangiante, Davis Hervás, T. Giffon, Anne-Sophie Sertier, Anthony Ferrari, Jules Derks, Akram Ghantous, Tiffany Delhomme, Amélie Chabrier, Cyrille Cuenin, Behnoush Abedi-Ardekani, Anne Boland, Robert Olaso, Vincent Meyer, Janine Altmuller, Florence Le Calvez-Kelm, Geoffroy Durand, Catherine Voegele, Sandrine Boyault, Laura Moonen, Nicolas Lemaître, Philippe Lorimier, Anne-Claire Toffart, Alex Soltermann, Joachim Clement, Jörg Saenger, John Field, Marie Brevet, Cécile Blanc-Fournier, Françoise Galateau-Sallé, Nolwenn Le Stang, Prue Russell, Gavin Wright, Gabriella Sozzi, Ugo Pastorino, Stéphanie Lacomme, Jean Vignaud, Véronique Hofman, Paul Hofman, Odd Terje Brustugun, Marius Lund-Iversen, Vincent Thomas de Montpreville, Lucia Anna Muscarella, Paolo Graziano, Helmut Popper, Jelena Stojsic, Jean-Francois Deleuze, Zdenko Herceg, Alain Viari, Peter Nuernberg, Giuseppe Pelosi, Anne-Marie Dingemans, Massimo Milione, Luca Roz, Luka Brcic, Marco Volante, Mauro Papotti, Christophe Caux, J. Sandoval, Hector Hernandez-Vargas, Elizabeth Brambilla, E. Speel, Nicolas Girard, Sylvie Lantuéjoul, James Mckay, M. Foll, Lynnette Fernandez-Cuesta
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10 (1), pp.1-21. ⟨10.1038/s41467-019-11276-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02339242/file/41467_2019_Article_11276.pdf BibTex
titre
Automatic discovery of 100-miRNA signature for cancer classification using ensemble feature selection
auteur
Alejandro Lopez-Rincon, Marlet Martinez-Archundia, Gustavo Martinez-Ruiz, Alexander Schoenhuth, Alberto Tonda
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s12859-019-3050-8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02344257/file/s12859-019-3050-8.pdf BibTex
titre
SNPs detection by eBWT positional clustering
auteur
Nicola Prezza, Nadia Pisanti, Marinella Sciortino, Giovanna Rosone
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2019, 14 (1), pp.1-13. ⟨10.1186/s13015-019-0137-8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335605/file/13015_2019_Article_137.pdf BibTex
titre
Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids
auteur
Jasmijn Baaijens, Alexander Schönhuth
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (21), pp.4281-4289. ⟨10.1093/bioinformatics/btz255⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02344853/file/Alex.pdf BibTex
titre
Repurposing rotavirus vaccines for intratumoral immunotherapy can overcome resistance to immune checkpoint blockade
auteur
Tala Shekarian, Eva Sivado, Anne-Catherine Jallas, Stephane Depil, Janice Kielbassa, Isabelle Janoueix-Lerosey, Gregor Hutter, Nadège Goutagny, Christophe Bergeron, Alain Viari, Sandrine Valsesia-Wittmann, Christophe Caux, Aurélien Marabelle
article
Science Translational Medicine, American Association for the Advancement of Science, 2019, 11 (515), pp.eaat5025. ⟨10.1126/scitranslmed.aat5025⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02347852/file/eaat.full.pdf BibTex
titre
Polynomial-Delay Enumeration of Maximal Common Subsequences
auteur
Andrea Marino, Luca Versari, Alessio Conte, Roberto Grossi, Giulia Punzi, Takeaki Uno
article
Siam Journal on Discrete Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2019, 33 (2), pp.189-202. ⟨10.1007/978-3-030-32686-9_14⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02338458/file/paper43.pdf BibTex
titre
Toll-like receptor 3 downregulation is an escape mechanism from apoptosis during hepatocarcinogenesis
auteur
Marc Bonnin, Nadim Fares, Barbara Testoni, Yann Estornes, Kathrin Weber, Béatrice Vanbervliet, Lydie Lefrancois, Amandine Garcia, Alain Kfoury, Floriane Pez, Isabelle Coste, Pierre Saintigny, Alain Viari, Kévin Lang, Baptiste Guey, Valérie Hervieu, Brigitte Bancel, Birke Bartoch, David Durantel, Toufic Renno, Philippe Merle, Serge Lebecque
article
Journal of Hepatology, Elsevier, 2019, 71 (4), pp.763-772. ⟨10.1016/j.jhep.2019.05.031⟩
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BibTex
titre
Approximating the smallest 2-vertex connected spanning subgraph of a directed graph
auteur
Loukas Georgiadis, Giuseppe Italiano, Aikaterini Karanasiou
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2019, pp.1-16. ⟨10.1016/j.tcs.2019.09.040⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335015/file/2VCSS.pdf BibTex
titre
MOOMIN – Mathematical explOration of ’Omics data on a MetabolIc Network
auteur
Taneli Pusa, Mariana Ferrarini, Ricardo Andrade, Arnaud Mary, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Marie-France Sagot
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-10. ⟨10.1093/bioinformatics/btz584⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02284835/file/btz584.pdf BibTex
titre
Co-divergence and tree topology
auteur
Tiziana Calamoneri, Angelo Monti, Blerina Sinaimeri
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2019, 79 (3), pp.1149-1167. ⟨10.1007/s00285-019-01385-w⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02298643/file/caterpillars_cophy_revision.pdf BibTex
titre
Approximate pattern matching on elastic-degenerate text
auteur
Giulia Bernardini, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2019, pp.1-30. ⟨10.1016/j.tcs.2019.08.012⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02298622/file/DGtext_TCS_JournalVersionOf_SPIRE2017.pdf BibTex
titre
Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype
auteur
Bojian Yin, Marleen Balvert, Rick van der Spek, Bas Dutilh, Sander Bohte, Jan Veldink, Alexander Schönhuth
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (14), pp.i538-i547. ⟨10.1093/bioinformatics/btz369⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02344253/file/paper.pdf BibTex
titre
A Generalized Parallel Task Model for Recurrent Real-time Processes
auteur
Vincenzo Bonifaci, Andreas Wiese, Sanjoy Baruah, Alberto Marchetti-Spaccamela, Sebastian Stiller, Leen Stougie
article
ACM Transactions on Parallel Computing, Association for Computing Machinery, 2019, 6 (1), pp.63-72. ⟨10.1109/RTSS.2012.59⟩
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BibTex
titre
Molecular screening program to select molecular-based recommended therapies for metastatic cancer patients: analysis from the ProfiLER trial
auteur
O. Trédan, Q. Wang, D. Pissaloux, P. Cassier, A. de la Fouchardière, J Fayette, F. Desseigne, I. Ray-Coquard, C. de la Fouchardière, D. Frappaz, P -E Heudel, A Bonneville-Levard, A. Flechon, M Sarabi, P. Guibert, T. Bachelot, M Pérol, B. You, N Bonnin, O Collard, C Leyronnas, V. Attignon, C. Baudet, E Sohier, J -P Villemin, A Viari, S Boyault, S. Lantuejoul, S Paindavoine, I Treillleux, C Rodriguez, V. Agrapart, V. Corset, G Garin, S. Chabaud, D. Perol, J -Y Blay
article
Annals of Oncology, Oxford University Press (OUP), 2019, 30 (5), pp.757-765. ⟨10.1093/annonc/mdz080⟩
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BibTex
titre
Metabolic Games
auteur
Taneli Pusa, Martin Wannagat, Marie-France Sagot
article
Frontiers in Applied Mathematics and Statistics, Frontiers Media S.A, 2019, 5, pp.1-13. ⟨10.3389/fams.2019.00018⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02336595/file/fams-05-00018.pdf BibTex
titre
ILP models for the allocation of recurrent workloads upon heterogeneous multiprocessors
auteur
Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci, Renato Bruni, Alberto Marchetti-Spaccamela
article
Journal of Scheduling, Springer Verlag, 2019, 22 (2), pp.195-209. ⟨10.1007/s10951-018-0593-x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02339161/file/unrelated-jos.pdf BibTex
titre
Dynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains
auteur
Marie Fablet, Angelo Jacquet, Rita Rebollo, Annabelle Haudry, Carine Rey, Judit Salces-Ortiz, Prajakta Bajad, Nelly Burlet, Michael Jantsch, Maria Pilar Garcia Guerreiro, Cristina Vieira
article
G3, Genetics Society of America, 2019, 9 (3), pp.855-865. ⟨10.1534/g3.118.200789⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02004384/file/FabletG3.full.pdf BibTex
titre
The circular RNome of primary breast cancer
auteur
Marcel Smid, Saskia Wilting, Katharina Uhr, F. Germán Rodríguez-González, Vanja de Weerd, Wendy J.C. Prager-van der Smissen, Michelle van der Vlugt-Daane, Anne van Galen, Serena Nik-Zainal, Adam Butler, Sancha Martin, Helen Davies, Johan Staaf, Marc van de Vijver, Andrea Richardson, Gaëten Macgrogan, Roberto Salgado, Gert G.G.M. van den Eynden, Colin Purdie, Alastair Thompson, Carlos Caldas, Paul Span, Fred C.G.J. Sweep, Peter Simpson, Sunil Lakhani, Steven van Laere, Christine Desmedt, Angelo Paradiso, Jorunn Eyfjord, Annegien Broeks, Anne Vincent-Salomon, Andrew Futreal, Stian Knappskog, Tari King, Alain Viari, Anne-Lise Børresen-Dale, Hendrik Stunnenberg, Mike Stratton, John Foekens, Anieta Sieuwerts, John W.M. Martens
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2019, 29 (3), pp.356-366. ⟨10.1101/gr.238121.118⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02338656/file/356.pdf BibTex
titre
Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
auteur
Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01987197/file/Guillot2019_Article_PeptimapperProteogenomicsWorkf.pdf BibTex
titre
MALVA: Genotyping by Mapping-free ALlele Detection of Known VAriants
auteur
Giulia Bernardini, Paola Bonizzoni, Luca Denti, Marco Previtali, Alexander Schönhuth
article
iScience, Elsevier, 2019, 18, pp.20-27. ⟨10.1016/j.isci⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02344254/file/575126.full.pdf BibTex
titre
Advances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing
auteur
Usama Ashraf, Clara Benoit-Pilven, Vincent Lacroix, Vincent Navratil, Nadia Naffakh
article
Trends in Microbiology, Elsevier, 2019, 27 (3), pp.268-281. ⟨10.1016/j.tim.2018.11.004⟩
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BibTex
titre
Biological Invasion: The Influence of the Hidden Side of the (Epi)Genome
auteur
Pierre Marin, Julien Genitoni, Dominique Barloy, Stéphane Maury, Patricia Gibert, Cameron Ghalambor, Cristina Vieira
article
Functional Ecology, Wiley, In press, pp.1-55. ⟨10.1111/1365-2435.13317⟩
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-02063295/file/Marin_et_al-2019-Functional_Ecology.pdf BibTex
titre
Exploring the Robustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Host-Symbiont Cophylogeny
auteur
Laura Urbini, Blerina Sinaimeri, Catherine Matias, Marie-France Sagot
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2019, pp.1-11. ⟨10.1109/TCBB.2018.2838667⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01842451/file/Robustness_Cophylogeny.pdf BibTex
titre
New insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
auteur
Audric Cologne, Clara Benoit-Pilven, Alicia Besson, Audrey Putoux, Amandine Campan-Fournier, Michael Bober, Christine de Die-Smulders, Aimee Paulussen, Lucile Pinson, Annick Toutain, Chaim Roifman, Anne-Louise Leutenegger, Sylvie Mazoyer, Patrick Edery, Vincent Lacroix
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2019, pp.1-21. ⟨10.1261/rna.071423.119⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02305628/file/RNA-2019-Cologne-1130-49.pdf BibTex
titre
On Bubble Generators in Directed Graphs
auteur
Vicente Acuña, Roberto Grossi, Giuseppe Italiano, Leandro Lima, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2019, pp.1-19. ⟨10.1007/s00453-019-00619-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02284946/file/On_Bubble_Generators_in_Directed_Graphs_R2.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Technology and Species independent Simulation of Sequencing data and Genomic Variants
auteur
Filippo Geraci, Riccardo Massidda, Nadia Pisanti
article
BIBE 2019 - 19th annual IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering, Oct 2019, Athens, Greece. pp.1-8
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https://hal.inria.fr/hal-02336600/file/simulatore.pdf BibTex
titre
A Fast Discovery Algorithm for Large Common Connected Induced Subgraphs
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Lorenzo Tattini, Luca Versari
article
WEPA 2019 - Workshop on Enumeration Problems & Applications, Oct 2019, Awaji Island, Japan. pp.1-26
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https://hal.inria.fr/hal-02338435/file/Laccis_WEPA_special_DAM.pdf BibTex
titre
Polynomial-Delay Enumeration of Maximal Common Subsequences
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Giulia Punzi, Takeaki Uno
article
SPIRE 2019 - 26th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2019, Segovia, Spain. pp.189-202, ⟨10.1007/978-3-030-32686-9_14⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02338437/file/paper43.pdf BibTex
titre
Even Faster Elastic-Degenerate String Matching via Fast Matrix Multiplication
auteur
Giulia Bernardini, Paweł Gawrychowski, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
article
ICALP 2019 - 46th International Colloquium on Automata, Languages and Programming, Jul 2019, Patras, Greece. pp.1-15, ⟨10.4230/LIPIcs.ICALP.2019.21⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02298621/file/LIPIcs-ICALP-2019-21.pdf BibTex
titre
On the Complexity of Exact Pattern Matching in Graphs: Binary Strings and Bounded Degree
auteur
Massimo Equi, Roberto Grossi, Veli Makinen
article
ICALP 2019 - 46th International Colloquium on Automata, Languages and Programming, Jul 2019, Patras, Greece. pp.1-15
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https://hal.inria.fr/hal-02338498/file/1901.05264.pdf BibTex
titre
Dynamic Algorithms for the Massively Parallel Computation Model
auteur
Giuseppe Italiano, Silvio Lattanzi, Vahab Mirrokni, Nikos Parotsidis
article
The 31st ACM, Jun 2019, Phoenix, France. pp.49-58, ⟨10.1145/3323165.3323202⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335011/file/1905.09175.pdf BibTex
titre
Faster Algorithms for All-Pairs Bounded Min-Cuts
auteur
Amir Abboud, Loukas Georgiadis, Giuseppe Italiano, Robert Krauthgamer, Nikos Parotsidis, Ohad Trabelsi, Przemysław Uznański, Daniel Wolleb-Graf
article
International Colloquium on Automata, Languages and Programming (ICALP), 2019, Patras, Greece. ⟨10.4230/LIPIcs.ICALP.2019.7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335025/file/LIPIcs-ICALP-2019-7.pdf BibTex
titre
Dominating Sets and Connected Dominating Sets in Dynamic Graphs
auteur
Niklas Hjuler, Giuseppe Italiano, Nikos Parotsidis, David Saulpic
article
Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS), 2019, Berlin, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.STACS.2019.35⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335028/file/LIPIcs-STACS-2019-35.pdf BibTex
titre
Listing Induced Steiner Subgraphs as a Compact Way to Discover Steiner Trees in Graphs
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Mamadou Kanté, Andrea Marino, Takeaki Uno, Kunihiro Wasa
article
Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS), 2019, Aachen, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.MFCS.2019.73⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335601/file/LIPIcs-MFCS-2019-73.pdf BibTex
titre
The Perfect Matching Reconfiguration Problem
auteur
Marthe Bonamy, Nicolas Bousquet, Marc Heinrich, Takehiro Ito, Yusuke Kobayashi, Arnaud Mary, Moritz Mühlenthaler, Kunihiro Wasa
article
Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS), 2019, Aachen, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.MFCS.2019.80⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02335588/file/LIPIcs-MFCS-2019-80.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Algorithms Foundations
auteur
Nadia Pisanti
article
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 1, Elsevier, pp.1-4, 2019, ⟨10.1016/b978-0-12-809633-8.20315-4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964689/file/20315.pdf BibTex

Thèse

titre
De novo algorithms to identify patterns associated with biological events in de Bruijn graphs built from NGS data
auteur
Leandro Ishi Soares de Lima
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon; Università degli studi di Roma "Tor Vergata", 2019. English. ⟨NNT : 2019LYSE1055⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02280110/file/TH2019ISHISOARESDELIMALEANDRO.pdf BibTex
titre
Modélisation mathématique des impacts de l'environnement à l'aide de réseaux métaboliques et de la théorie des jeux
auteur
Taneli Pusa
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon; Università degli studi La Sapienza (Rome), 2019. English. ⟨NNT : 2019LYSE1011⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02096971/file/TH2019PusaTaneli.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
Exploring and Visualising Spaces of Tree Reconciliations
auteur
Katharina Huber, Vincent Moulton, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
article
Systematic Biology, Oxford University Press (OUP), 2018, pp.1-36. ⟨10.1093/sysbio/syy075⟩
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titre
An attempt to select non-genetic variation in resistance to starvation and reduced chill coma recovery time in Drosophila melanogaster
auteur
Bianca Menezes, Judit Salces-Ortiz, Héloise Muller, Nelly Burlet, Sonia Martinez, Marie Fablet, Cristina Vieira
article
Journal of Experimental Biology, Cambridge University Press, 2018, 221 (23), pp.jeb186254. ⟨10.1242/jeb.186254⟩
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BibTex
titre
Genetic exchange in eukaryotes through horizontal transfer: connected by the mobilome
auteur
Gabriel Luz Wallau, Cristina Vieira, Élgion Lúcio Silva Loreto
article
Mobile DNA, BioMed Central, 2018, 9 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s13100-018-0112-9⟩
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BibTex
titre
Sex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
auteur
Gabriel A.B. Marais, Jean-Michel Gaillard, Cristina Vieira, Ingrid Plotton, Damien Sanlaville, François Gueyffier, Jean-François Lemaître
article
Biology of Sex Differences, BioMed Central, 2018, 9 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13293-018-0181-y⟩
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BibTex
titre
The Importance of Revisiting Legionellales Diversity
auteur
Olivier Duron, Patricia Doublet, Fabrice Vavre, Didier Bouchon
article
Trends in Parasitology, Elsevier, 2018, 34 (12), pp.1027 - 1037. ⟨10.1016/j.pt.2018.09.008⟩
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BibTex
titre
On variants of Vertex Geography on undirected graphs
auteur
Angelo Monti, Blerina Sinaimeri
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2018, 251, pp.268-275. ⟨10.1016/j.dam.2018.05.044⟩
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BibTex
titre
Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
auteur
Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Audric Cologne, Sophie Terrone, Louis Dulaurier, Jean-Baptiste Claude, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-21770-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01924204/file/s41598-018-21770-7.pdf BibTex
titre
Stress affects the epigenetic marks added by natural transposable element insertions in Drosophila melanogaster
auteur
Lain Guio, Cristina Vieira, Josefa González
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s41598-018-30491-w⟩
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BibTex
titre
Integrated analysis highlights APC11 protein expression as a likely new independent predictive marker for colorectal cancer
auteur
Youenn Drouet, Isabelle Treilleux, Alain Viari, Sophie Léon, Mojgan Devouassoux-Shisheboran, Nicolas Voirin, Christelle de la Fouchardiere, Brigitte Manship, Alain Puisieux, Christine Lasset, Caroline Moyret-Lalle
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-25631-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01920572/file/41598_2018_Article_25631.pdf BibTex
titre
The stochastic programming heritage of Maarten van der Vlerk
auteur
David Morton, Ward Romeijnders, Rüdiger Schultz, Leen Stougie
article
Computational Management Science, Springer Verlag, 2018, 15 (3-4), pp.319 - 323. ⟨10.1007/s10287-018-0335-8⟩
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BibTex
titre
Pierce's Disease of Grapevines: A Review of Control Strategies and an Outline of an Epidemiological Model
auteur
Ifigeneia Kyrkou, Taneli Pusa, Lea Ellegaard-Jensen, Marie-France Sagot, Lars Hansen
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, pp.1-23. ⟨10.3389/fmicb.2018.02141⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01920527/file/fmicb-09-02141.pdf BibTex
titre
Immunological and classical subtypes of oral premalignant lesions
auteur
Jean-Philippe Foy, Chloé Bertolus, Sandra Ortiz-Cuaran, Marie-Alexandra Albaret, William Williams, Wenhua Lang, Solène Destandau, Geneviève De Souza, Emilie Sohier, Janice Kielbassa, Emilie Thomas, Sophie Deneuve, Patrick Goudot, Alain Puisieux, Alain Viari, Li Mao, Christophe Caux, Scott M. Lippman, Pierre Saintigny
article
OncoImmunology, Taylor & Francis, 2018, 7 (12), pp.12. ⟨10.1080/2162402X.2018.1496880⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02339198/file/koni-07-12-1496880.pdf BibTex
titre
Mutational Profile of Aggressive, Localised Prostate Cancer from African Caribbean Men Versus European Ancestry Men
auteur
Laurie Tonon, Gaëlle Fromont, Sandrine Boyault, Emilie Thomas, Anthony Ferrari, Anne-Sophie Sertier, Janice Kielbassa, Vincent Le Texier, Aurélie Kamoun, Nabila Elarouci, Jacques Irani, Luc Multigner, Ivo Gut, Marta Gut, Pascal Blanchet, Aurélien de Reyniès, Geraldine Cancel-Tassin, Alain Viari, Olivier Cussenot
article
European Urology, Elsevier, 2018, 75 (1), pp.11-15. ⟨10.1016/j.eururo.2018.08.026⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01921597/file/PIIS0302283818306183.pdf BibTex
titre
Data-driven analysis of Bitcoin properties: exploiting the users graph
auteur
Damiano Di Francesco Maesa, Andrea Marino, Laura Ricci
article
International Journal of Data Science and Analytics, Springer Verlag, 2018, 6 (1), pp.63-80. ⟨10.1007/s41060-017-0074-x⟩
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titre
Tick-Bacteria Mutualism Depends on B Vitamin Synthesis Pathways
auteur
Olivier Duron, Olivier Morel, Valérie Noël, Marie Buysse, Florian Binetruy, Renaud Lancelot, Etienne Loire, Claudine Ménard, Olivier Bouchez, Fabrice Vavre, Laurence Vial
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2018, 28 (12), pp.1896 - 1902.e5. ⟨10.1016/j.cub.2018.04.038⟩
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titre
Fast-SG: an alignment-free algorithm for hybrid assembly
auteur
Alex Genova, Gonzalo Ruz, Marie-France Sagot, Alejandro Maass
article
GigaScience, BioMed Central, 2018, 7 (5), pp.1 - 15. ⟨10.1093/gigascience/giy048⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01842462/file/giy048.pdf BibTex
titre
Bioinformatics Meets Virology: The European Virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting
auteur
Bashar Ibrahim, Ksenia Arkhipova, Arno Andeweg, Susana Posada-Céspedes, François Enault, Arthur Gruber, Eugene Koonin, Anne Kupczok, Philippe Lemey, Alice Mchardy, Dino Mcmahon, Brett Pickett, David Robertson, Richard Scheuermann, Alexandra Zhernakova, Mark Zwart, Alexander Schönhuth, Bas Dutilh, Manja Marz
article
Viruses, MDPI, 2018, 10 (5), pp.256. ⟨10.3390/v10050256⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964743/file/viruses-10-00256.pdf BibTex
titre
Bounding the Order of a Graph Using Its Diameter and Metric Dimension: A Study Through Tree Decompositions and VC Dimension
auteur
Laurent Beaudou, Peter Dankelmann, Florent Foucaud, Michael Henning, Arnaud Mary, Aline Parreau
article
Siam Journal on Discrete Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2018, 32 (2), pp.902 - 918. ⟨10.1137/16M1097833⟩
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titre
A gene-expression profiling score for prediction of outcome in patients with follicular lymphoma: a retrospective training and validation analysis in three international cohorts
auteur
Sarah Huet, Bruno Tesson, Jean-Philippe Jais, Andrew Feldman, Laura Magnano, Emilie Thomas, Alexandra Traverse-Glehen, Benoit Albaud, Marjorie Carrère, Luc Xerri, Stephen Ansell, Lucile Baseggio, Cecile Reyes, Karin Tarte, Sandrine Boyault, Corinne Haioun, Brian Link, Pierre Feugier, Armando Lopez-Guillermo, Herve Tilly, Pauline Brice, Sandrine Hayette, Fabrice Jardin, Fritz Offner, Pierre Sujobert, David Gentien, Alain Viari, Elias Campo, James Cerhan, Gilles Salles
article
Lancet Oncology, Elsevier, 2018, 19 (4), pp.549 - 561. ⟨10.1016/S1470-2045(18)30102-5⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01788996/file/Huet%20-%20A%20gene-expression%20profiling%20score.pdf BibTex
titre
Cancer Is Not (Only) a Senescence Problem
auteur
Frédéric Thomas, Fabrice Vavre, Tazzio Tissot, Marion Vittecoq, Mathieu Giraudeau, Florence Bernex, Dorothée Missé, François Renaud, Nynke Raven, Christa Beckmann, Rodrigo Hamede, Peter Biro, Beata Ujvari
article
Trends in Cancer, Cell Press, 2018, 4 (3), pp.169 - 172. ⟨10.1016/j.trecan.2018.01.002⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01933408/file/thomas%202018.%20auteur.pdf BibTex
titre
Bacteriocyte cell death in the pea aphid/ Buchnera symbiotic system
auteur
Pierre Simonet, Karen Gaget, Severine Balmand, Mélanie Ribeiro Lopes, Nicolas Parisot, Kurt Buhler, Gabrielle Duport, Veerle Vulsteke, Gérard Febvay, Abdelaziz Heddi, Hubert Charles, Patrick Callaerts, Federica Calevro
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2018, 115 (8), pp.E1819 - E1828. ⟨10.1073/pnas.1720237115⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01768487/file/E1819.full.pdf BibTex
titre
Motif trie: An efficient text index for pattern discovery with don't cares
auteur
Roberto Grossi, Giulia Menconi, Nadia Pisanti, Roberto Trani, Søren Vind
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2018, 710, pp.74-87. ⟨10.1016/j.tcs.2017.04.012⟩
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BibTex
titre
On Unrooted and Root-Uncertain Variants of Several Well-Known Phylogenetic Network Problems
auteur
Leo van Iersel, Steven Kelk, Georgios Stamoulis, Leen Stougie, Olivier Boes
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2018, 64 (4), pp.621 - 637. ⟨10.1093/sysbio/syv020⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01599716/file/iersel2017.pdf BibTex
titre
A fast and agnostic method for bacterial genome-wide association studies: bridging the gap between k-mers and genetic events
auteur
Magali Jaillard, Leandro Lima, Maud Tournoud, Pierre Mahé, Alex van Belkum, Vincent Lacroix, Laurent Jacob
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, In press, pp.1-28. ⟨10.1371/journal.pgen.1007758⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01920359/file/plos_dbgwas_single_tex.pdf BibTex
titre
Geometric medians in reconciliation spaces
auteur
Katharina Huber, Vincent Moulton, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
article
Information Processing Letters, Elsevier, 2018, 136, pp.96 - 101. ⟨10.1016/j.ipl.2018.04.001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01842439/file/median-ipl-final.pdf BibTex
titre
Population specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations
auteur
Emmanuelle Lerat, Clément Goubert, Sara Guirao-Rico, Miriam Merenciano, Anne-Béatrice Dufour, Cristina Vieira, Josefa González
article
Molecular Ecology, Wiley, 2018, pp.1-17. ⟨10.1111/mec.14963⟩
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titre
Abundance of Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae) and its parasitoids on vegetables and cassava plants in Burkina Faso (West Africa)
auteur
Rahim Romba, Olivier Gnankine, Samuel Drabo, Fidèle Tiendrébéogo, Hélène Henri, Laurence Mouton, Fabrice Vavre
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2018, 8 (12), pp.6091-6103. ⟨10.1002/ece3.4078⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01916799/file/Romba%20et%20al%20Ecol%20Evol%202018.pdf BibTex
titre
Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
auteur
Stefano Colella, Nicolas Parisot, Pierre Simonet, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Gérard Febvay, Patrick Callaerts, Federica Calevro
article
Frontiers in Physiology, Frontiers, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01905508/file/Colella_2018-17436.pdf BibTex
titre
Hydrogen peroxide production and myo-inositol metabolism as important traits for virulence of Mycoplasma hyopneumoniae
auteur
Mariana Ferrarini, Scheila Mucha, Delphine Parrot, Guillaume Meiffren, José Fernando Ruggiero Bachega, Gilles Comte, Arnaldo Zaha, Marie-France Sagot
article
Molecular Microbiology, Wiley, 2018, pp.1-45. ⟨10.1111/mmi.13957⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01765751/file/Ferrarini2018.pdf BibTex
titre
Computational pan-genomics: status, promises and challenges
auteur
Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390478/file/Brief%20Bioinform-2016--bib-bbw089.pdf BibTex
titre
Impact of pest management practices on the frequency of insecticide resistance alleles in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in three countries of West Africa
auteur
Olivier Gnankine, Omer Hema, Moussa Namountougou, Laurence Mouton, Fabrice Vavre
article
Crop Protection, Elsevier, 2018, 104, pp.86 - 91. ⟨10.1016/j.cropro.2017.10.020⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01916784/file/Gnankine%20et%20al.2017vf%20crop%20protection.pdf BibTex
titre
Genome-wide Analyses Identify KIF5A as a Novel ALS Gene
auteur
Franco Taroni, Antonia Ratti, Cinzia Gellera, Philip van Damme, Wim Robberecht, Pietro Fratta, Mario Sabatelli, Christian Lunetta, Albert C. Ludolph, Peter M. Andersen, Jochen H. Weishaupt, William Camu, John Q. Trojanowski, Vivianna M. van Deerlin, Robert H. Brown, Leonard H. Berg, Jan H. Veldink, Matthew B. Harms, Jonathan D. Glass, David J. Stone, Pentti Tienari, Vincenzo Silani, Adriano Chiò, Christopher E. Shaw, Bryan J. Traynor, John E. Landers, Aude Nicolas, Kevin P. Kenna, Alan E. Renton, Nicola Ticozzi, Faraz Faghri, Ruth Chia, Janice A. Dominov, Brendan J. Kenna, Mike A. Nalls, Pamela Keagle, Alberto M. Rivera, Wouter Rheenen, Natalie A. Murphy, Joke J. F. A. Vugt, Joshua T. Geiger, Rick A. Spek, Hannah A. Pliner, Null Shankaracharya, Bradley N. Smith, Giuseppe Marangi, Simon D. Topp, Yevgeniya Abramzon, Athina Soragia Gkazi, John D. Eicher, Aoife Kenna, Italsgen Consortium, Gabriele Mora, Andrea Calvo, Letizia Mazzini, Nilo Riva, Jessica Mandrioli, Claudia Caponnetto, Stefania Battistini, Paolo Volanti, Vincenzo La Bella, Francesca L. Conforti, Giuseppe Borghero, Sonia Messina, Isabella L. Simone, Francesca Trojsi, Fabrizio Salvi, Francesco O. Logullo, Sandra d'Alfonso, Lucia Corrado, Margherita Capasso, Luigi Ferrucci, Genomic Translation Consortium, Cristiane de Araujo Martins Moreno, Sitharthan Kamalakaran, David B. Goldstein, Als Sequencing Consortium, Aaron D. Gitler, Tim Harris, Richard M. Myers, Nygc Als Consortium, Hemali Phatnani, Rajeeva Lochan Musunuri, Uday Shankar Evani, Avinash Abhyankar, Michael C. Zody, Answer Als Foundation, Julia Kaye, Steven Finkbeiner, Stacia K. Wyman, Alex Lenail, Leandro Lima, Ernest Fraenkel, Clive N. Svendsen, Leslie M. Thompson, Jennifer E. van Eyk, James D. Berry, Timothy M. Miller, Stephen J. Kolb, Merit Cudkowicz, Emily Baxi, Clinical Research Als, Related Disorders Consortium, Michael Benatar, J. Paul Taylor, Evadnie Rampersaud, Gang Wu, Joanne Wuu, Slagen Consortium, Giuseppe Lauria, Federico Verde, Isabella Fogh, Cinzia Tiloca, Giacomo P. Comi, Gianni Sorarù, Cristina Cereda, French Als Consortium, Philippe Corcia, Hannu Laaksovirta, Liisa Myllykangas, Lilja Jansson, Miko Valori, John Ealing, Hisham Hamdalla, Sara Rollinson, Stuart Pickering-Brown, Richard W. Orrell, Katie C. Sidle, Andrea Malaspina, John Hardy, Andrew B. Singleton, Janel O. Johnson, Sampath Arepalli, Peter C. Sapp, Diane Mckenna-Yasek, Meraida Polak, Seneshaw Asress, Safa Al-Sarraj, Andrew King, Claire Troakes, Caroline Vance, Jacqueline Belleroche, Frank Baas, Anneloor L. M. A. ten Asbroek, José Luis Muñoz-Blanco, Dena G. Hernandez, Jinhui Ding, J. Raphael Gibbs, Sonja W. Scholz, Mary Kay Floeter, Roy H. Campbell, Francesco Landi, Robert Bowser, Stefan M. Pulst, John M. Ravits, Daniel J. L. Macgowan, Janine Kirby, Erik P. Pioro, Roger Pamphlett, James Broach, Glenn Gerhard, Travis L. Dunckley, Christopher B. Brady, Neil W. Kowall, Juan C. Troncoso, Isabelle Le Ber, Kevin Mouzat, Serge Lumbroso, Terry D. Heiman-Patterson, Freya Kamel, Ludo van den Bosch, Robert H. Baloh, Tim M. Strom, Thomas Meitinger, Aleksey Shatunov, Kristel R. van Eijk, Mamede Carvalho, Maarten Kooyman, Bas Middelkoop, Matthieu Moisse, Russell L. Mclaughlin, Michael A. van Es, Markus Weber, Kevin B. Boylan, Marka van Blitterswijk, Rosa Rademakers, Karen E. Morrison, A. Nazli Basak, Jesús S. Mora, Vivian E. Drory, Pamela J. Shaw, Martin R. Turner, Kevin Talbot, Orla Hardiman, Kelly L. Williams, Jennifer A. Fifita, Garth A. Nicholson, Ian P. Blair, Guy A. Rouleau, Jesús Esteban-Pérez, Alberto Garc\'Ia-Redondo, Ammar Al-Chalabi, Project Mine Als Sequencing Consortium, Ekaterina Rogaeva, Lorne Zinman, Lyle W. Ostrow, Nicholas J. Maragakis, Jeffrey D. Rothstein, Zachary Simmons, Johnathan Cooper-Knock, Alexis Brice, Stephen A. Goutman, Eva L. Feldman, Summer B. Gibson
article
Neuron, Elsevier, 2018, 97 (6), pp.1268--1283.e6. ⟨10.1016/j.neuron.2018.02.027⟩
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BibTex
titre
Back and forth Wolbachia transfers reveal efficient strains to control spotted wing drosophila populations
auteur
Julien Cattel, Katerina Nikolouli, Thibault Andrieux, Julien Martinez, Francis Jiggins, Sylvain Charlat, Fabrice Vavre, David Lejon, Patricia Gibert, Laurence Mouton
article
Journal of Applied Ecology, Wiley, 2018, 55 (5), pp.2408-2418. ⟨10.1111/1365-2664.13101⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01916800/file/article-2018.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
The Itinerant List Update Problem
auteur
Neil Olver, Kirk Pruhs, Kevin Schewior, Rene Sitters, Leen Stougie
article
WAOA 2018 - 16th International Workshop on Approximation and Online Algorithms, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.310-326, ⟨10.1007/978-3-030-04693-4_19⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01972562/file/waoa.pdf BibTex
titre
Compressed Communication Complexity of Longest Common Prefixes
auteur
Philip Bille, Mikko Berggreen Ettienne, Roberto Grossi, Inge Li Gørtz, Eva Rotenberg
article
SPIRE 2018 - International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2018, Lima, Peru. pp.74-87, ⟨10.1007/978-3-030-00479-8_7⟩
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BibTex
titre
Listing Subgraphs by Cartesian Decomposition
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi, Luca Versari
article
MFCS 2018 - International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, Aug 2018, Liverpool, United Kingdom. pp.1868-8969, ⟨10.4230/LIPIcs.MFCS.2018.84⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964703/file/LIPIcs-MFCS-2018-84.pdf BibTex
titre
Reconfiguration of graphs with connectivity constraints
auteur
Nicolas Bousquet, Arnaud Mary
article
WAOA 2018 - International Workshop on Approximation and Online Algorithms, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.295-309, ⟨10.1007/978-3-030-04693-4_18⟩
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https://arxiv.org/pdf/1809.05443 BibTex
titre
Round-Hashing for Data Storage: Distributed Servers and External-Memory Tables
auteur
Roberto Grossi, Luca Versari
article
ESA 2018 - 26th Annual European Symposium on Algorithms, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.1 - 43, ⟨10.4230/LIPIcs.ESA.2018.43⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964721/file/LIPIcs-ESA-2018-43.pdf BibTex
titre
Degenerate String Comparison and Applications
auteur
Mai Alzamel, Lorraine Ayad, Giulia Bernardini, Roberto Grossi, Costas Iliopoulos, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
article
WABI 2018 - 18th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2018, Helsinki, Finland. pp.1-14, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2018.21⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964706/file/LIPIcs-WABI-2018-21.pdf BibTex
titre
Node Similarity with q -Grams for Real-World Labeled Networks
auteur
Alessio Conte, Gaspare Ferraro, Roberto Grossi, Andrea Marino, Kunihiko Sadakane, Takeaki Uno
article
KDD 2018 - ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.1282-1291, ⟨10.1145/3219819.3220085⟩
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BibTex
titre
D2K: Scalable Community Detection in Massive Networks via Small-Diameter k-Plexes
auteur
Alessio Conte, Tiziano de Matteis, Daniele de Sensi, Roberto Grossi, Andrea Marino, Luca Versari
article
KDD 2018 - ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.1272-1281
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BibTex
titre
Maximum colorful cliques in vertex-colored graphs
auteur
Giuseppe Italiano, Yannis Manoussakis, Kim Thang Nguyen, Hong-Phong Pham
article
COCOON 2018 - 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China. pp.480-491, ⟨10.1007/978-3-319-94776-1_40⟩
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BibTex
titre
Finding Maximal Common Subgraphs via Time-Space Efficient Reverse Search
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Luca Versari
article
COCOON 2018 - International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qing Dao, China. pp.328-340, ⟨10.1007/978-3-319-94776-1_28⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964709/file/main%202.pdf BibTex
titre
Tight Lower Bounds for the Number of Inclusion-Minimal st-Cuts
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi, Takeaki Uno, Luca Versari
article
WG 2018 - International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, Jun 2018, Cottbus, Germany. pp.100-110, ⟨10.1007/978-3-030-00256-5_9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964710/file/main.pdf BibTex
titre
Maximum Colorful Cycles in Vertex-Colored Graphs
auteur
Giuseppe Italiano, Yannis Manoussakis, Nguyen Kim Thang, Hong-Phong Pham
article
CSR 2018 - 13th International Computer Science Symposium in Russia, Jun 2018, Moscow, Russia. pp.106-117, ⟨10.1007/978-3-319-90530-3_10⟩
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BibTex
titre
An image representation based convolutional network for DNA classification
auteur
Bojian Yin, Marleen Balvert, Davide Zambrano, Alexander Schönhuth, Sander Bohte
article
ICLR 2018 - 6th International Conference on Learning Representations, Apr 2018, Vancouver, Canada. pp.1-17
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https://arxiv.org/pdf/1806.04931 BibTex
titre
Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction
auteur
Jasmijn Baaijens, Bastiaan van der Roest, Johannes Koester, Leen Stougie, Alexander Schoenhuth
article
RECOMB-Seq 2018 - RECOMB Satellite on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-12, ⟨10.1101/287177⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964730/file/287177.full.pdf BibTex
titre
Efficient Algorithms for Listing k Disjoint st-Paths in Graphs
auteur
Roberto Grossi, Andrea Marino, Luca Versari
article
LATIN 2018 - 13th Latin American Symposium on Theoretical Informatics, Apr 2018, Buenos Aires, Argentina. pp.544-557, ⟨10.1007/978-3-319-77404-6_40⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01964712/file/paper.pdf BibTex
titre
Approximation Algorithms for Replenishment Problems with Fixed Turnover Times
auteur
Thomas Bosman, Martijn van Ee, Yang Jiao, Alberto Marchetti-Spaccamela, R. Ravi, Leen Stougie
article
LATIN 2018 - 13th Latin American Symposium on Theoretical Informatics, Apr 2018, Buenos Aires, Argentina. pp.217-230
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https://hal.inria.fr/hal-01964685/file/1712.05218.pdf BibTex
titre
Incremental Strong Connectivity and 2-Connectivity in Directed Graphs
auteur
Loukas Georgiadis, Giuseppe Italiano, Nikos Parotsidis
article
Latin American Symposium on Theoretical Informatics, 2018, Buenos Aires, Argentina
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https://hal.inria.fr/hal-01925953/file/1802.10189.pdf BibTex
titre
Preventing Ransomware Attacks Through File System Filter Drivers
auteur
Giovanni Bottazzi, Giuseppe Italiano, Domenico Spera
article
Second Italian Conference on Cyber Security, 2018, Milan, Italy
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01925958/file/paper-08.pdf BibTex
titre
Detecting Mutations by eBWT
auteur
Nicola Prezza, Nadia Pisanti, Marinella Sciortino, Giovanna Rosone
article
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 2018, Helsinki, Finland. ⟨10.4230/LIPIcs.CVIT.2016.23⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01925950/file/1805.01876.pdf BibTex
titre
Decremental SPQR-trees for Planar Graphs
auteur
Jacob Holm, Giuseppe Italiano, Adam Karczmarz, Jakub Łącki, Eva Rotenberg
article
European Symposium on Algorithms, 2018, Helsinki, Finland
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01925961/file/1806.10772.pdf BibTex
titre
Longest Property-Preserved Common Factor
auteur
Lorraine Ayad, Giulia Bernardini, Roberto Grossi, Costas Iliopoulos, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
article
International Symposium on String Processing and Information Retrieval, 2018, Lima, Peru
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https://hal.inria.fr/hal-01921603/file/1810.02099.pdf BibTex

Poster

titre
Simulation of RNA sequencIng with Oxford Nanopore Technologies
auteur
Camille Marchet, Leandro Lima
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01929917/file/RNA_simulator.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Dualities in Tree Representations
auteur
Rayan Chikhi, Alexander Schönhuth
article
2018
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1804.04263 BibTex

2017

Article dans une revue

titre
A 13-gene expression-based radioresistance score highlights the heterogeneity in the response to radiation therapy across HPV-negative HNSCC molecular subtypes
auteur
Jean-Philippe Foy, Louis Bazire, Sandra Ortiz-Cuaran, Sophie Deneuve, Janice Kielbassa, Emilie Thomas, Alain Viari, Alain Puisieux, Patrick Goudot, Chloé Bertolus, Nicolas Foray, Youlia Kirova, Pierre Verrelle, Pierre Saintigny
article
BMC Medicine, BioMed Central, 2017, 15 (1), pp.703 - 719. ⟨10.1186/s12916-017-0929-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01599731/file/foy2017.pdf BibTex
titre
OptPipe - a pipeline for optimizing metabolic engineering targets
auteur
András Hartmann, Ana Vila-Santa, Nicolai Kallscheuer, Michael Vogt, Alice Julien-Laferrière, Marie-France Sagot, Jan Marienhagen, Susana Vinga
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2017, 11, pp.1-9. ⟨10.1186/s12918-017-0515-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01672905/file/hartmann2017.pdf BibTex
titre
Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
auteur
Leandro Lima, Blerina Sinaimeri, Gustavo Sacomoto, Helene Lopez-Maestre, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2017, 12 (1), pp.2. ⟨10.1186/s13015-017-0091-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01474524/file/13015_2017_Article_91.pdf BibTex
titre
Efficient enumeration of graph orientations with sources
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.dam.2017.08.002⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01609009/file/1-s2.0-S0166218X1730375X-main.pdf BibTex
titre
Transposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids
auteur
Valèria Romero-Soriano, Laurent Modolo, Hélène Lopez-Maestre, Bruno Mugat, Eugénie Pessia, Séverine Chambeyron, Cristina Vieira, Maria Pilar Garcia Guerreiro
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2017, 9 (6), pp.1450 - 1470. ⟨10.1093/gbe/evx091⟩
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BibTex
titre
The immune microenvironment of HPV-negative oral squamous cell carcinoma from never-smokers and never-drinkers patients suggests higher clinical benefit of IDO1 and PD1/PD-L1 blockade
auteur
P. Foy, Chloé Bertolus, Marie-Cécile Michallet, Sophie Deneuve, R. Incitti, Nathalie Bendriss-Vermare, Marie-Alexandra Albaret, Sandra Ortiz-Cuaran, E. Thomas, A. Colombe, C. Py, Nicolas Gadot, Jean-Philippe Michot, Jerôme Fayette, Alain Viari, Benoit van den Eynde, Patrick Goudot, Mojgan Devouassoux-Shisheboran, Alain Puisieux, Christophe Caux, Philippe Zrounba, Sylvie Lantuejoul, Pierre Saintigny
article
Annals of Oncology, Oxford University Press (OUP), 2017, 28 (8), pp.1934-1941. ⟨10.1093/annonc/mdx210⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01560943/file/foy2017_2.pdf BibTex
titre
Obligate dependence does not preclude changing partners in a Russian dolls symbiotic system
auteur
Emmanuelle Jousselin, Fabrice Vavre
article
Peer Community in Evolutionary Biology, Peer Community in, 2017, pp.1-2. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100002⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01465072/file/Jousselin%20%26%20Vavre%202017%20PCI%20EvolBiol.pdf BibTex
titre
EZH2 alterations in follicular lymphoma: biological and clinical correlations
auteur
Sarah Huet, Luc Xerri, Bruno Tesson, Sylvain Mareschal, Sébastien Taix, Lenaïg Mescam-Mancini, Emilie Sohier, Marjorie Carrère, Julien Lazarovici, Olivier Casasnovas, Laurie Tonon, Sandrine Boyault, Sandrine Hayette, Corinne Haioun, Bettina Fabiani, Alain Viari, Fabrice Jardin, Gilles Salles
article
Blood Cancer Journal, Nature Publishing Group, 2017, 7 (4), ⟨10.1038/bcj.2017.32⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01566524/file/huet2017.pdf BibTex
titre
BCL2 mutations do not confer adverse prognosis in follicular lymphoma patients treated with rituximab
auteur
Sarah Huet, Edith Szafer-Glusman, Bruno Tesson, Luc Xerri, Wayne J. Fairbrother, Kiran Mukhyala, Chris Bolen, Elizabeth Punnoose, Laurie Tonon, Catherine Chassagne-Clément, Pierre Feugier, Alain Viari, Fabrice Jardin, Gilles Salles, Pierre Sujobert
article
American Journal of Hematology, Wiley, 2017, 92 (6), pp.515 - 519. ⟨10.1002/ajh.24701⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01524901/file/huet2017_2.pdf BibTex
titre
Apport et défis des Big Data en cancérologie
auteur
Pierre Saintigny, Philippe Foy, Anthony Ferrari, Philippe Cassier, Alain Viari, Alain Puisieux
article
Bulletin du Cancer, John Libbey Eurotext, 2017, 104 (3), pp.281 - 287. ⟨10.1016/j.bulcan.2016.10.020⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01525736/file/saintigny2016.pdf BibTex
titre
Performance Improvements for Search Systems using an Integrated Cache of Lists+Intersections
auteur
Gabriel Tolosa, Luca Becchetti, Esteban Feuerstein, Alberto Marchetti-Spaccamela
article
Information Retrieval Journal, Springer, 2017, 20 (3), pp.172-198. ⟨10.1007/978-3-319-11918-2_22⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01528536/file/alberto2017_1.pdf BibTex
titre
Evolutionary changes in symbiont community structure in ticks
auteur
Olivier Duron, Florian Binetruy, Valérie Noël, Julie Cremaschi, Karen Mccoy, Céline Arnathau, Olivier Plantard, John Goolsby, Adalberto Pérez de León, Dieter Heylen, Arend Raoul van Oosten, Yuval Gottlieb, Gad Baneth, Alberto Guglielmone, Agustin Estrada-Peña, Maxwell Opara, Lionel Zenner, Fabrice Vavre, Christine Chevillon
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (11), pp.2905-2921. ⟨10.1111/mec.14094⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01523998/file/Duron_et_al-2017-Molecular_Ecology.pdf BibTex
titre
An ant-colony based approach for real-time implicit collaborative information seeking
auteur
Alessio Malizia, Kai A. Olsen, Tommaso Turchi, Pierluigi Crescenzi
article
Information Processing and Management, Elsevier, 2017, 53 (3), pp.608 - 623. ⟨10.1016/j.ipm.2016.12.005⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01525753/file/malizia2017.pdf BibTex
titre
Schedulability Analysis of Conditional Parallel Task Graphs in Multicore Systems
auteur
Alessandra Melani, Marko Bertogna, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
IEEE Transactions on Computers, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 66 (2), pp.339-353. ⟨10.1109/TC.2016.2584064⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01556802/file/melani2016%281%29.pdf BibTex
titre
Exact Response Time Analysis for Fixed Priority Memory-Processor Co-Scheduling
auteur
Alessandra Melani, Marko Bertogna, Robert Davis, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
IEEE Transactions on Computers, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 66, pp.631 - 646. ⟨10.1109/TC.2016.2614819⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01556792/file/melani2016.pdf BibTex
titre
How Long Does Wolbachia Remain on Board?
auteur
Marc Bailly-Bechet, Patricia Martins-Simões, Gergely Szöllősi, Gladys Mialdea, Marie-France Sagot, Sylvain Charlat
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2017, 34, pp.1183 - 1193. ⟨10.1093/molbev/msx073⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01524867/file/full_manuscript.pdf BibTex
titre
High-Throughput Sequencing of Transposable Element Insertions Suggests Adaptive Evolution of the Invasive Asian Tiger Mosquito Towards Temperate Environments
auteur
Clément Goubert, Hélène Henri, Guillaume Minard, Claire Valiente Moro, Patrick Mavingui, Cristina Vieira, Matthieu Boulesteix
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, pp.1-14. ⟨10.1111/mec.14184⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01546749/file/Goubert_et_al-2017-Molecular_Ecology.pdf BibTex
titre
TEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
auteur
Emmanuelle Lerat, Marie Fablet, Laurent Modolo, Hélène Lopez-Maestre, Cristina Vieira
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45, pp.13. ⟨10.1093/nar/gkw953⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01524877/file/gkw953.pdf BibTex
titre
BacHBerry: BACterial Hosts for production of Bioactive phenolics from bERRY fruits
auteur
Alexey Dudnik, Filipa Almeida, Ricardo Andrade, Barbara Avila, Pilar Bañados, Barbay Diane, Jean-Etienne Bassard, Mounir Benkoulouche, Michael Bott, Adelaide Braga, Dario Breitel, Rex Brennan, Laurent Bulteau, Celine Chanforan, Inês Costa, Rafael S. Costa, Mahdi Doostmohammadi, Nuno Faria, Chengyong Feng, Roberto Ferro, Armando Fernandes, Patricia Ferreira, Alexandre Foito, Sabine Freitag, Carolina Jardim, Gonçalo Garcia, Paula Gaspar, Joana Godinho-Pereira, Björn Hamberger, András Hartmann, Harald Heider, Shanshan Li, Alice Julien-Laferrière, Nicolai Kallscheuer, Wolfgang Kerbe, Oscar Kuipers, Nicola Love, Alberto Marchetti-Spaccamela, Jan Marienhagen, Cathie Martin, Arnaud Mary, Vincent Mazurek, Camillo Meinhart, David Méndez Sevillano, Regina Menezes, Michael Naesby, Morten Nørholm, Finn Okkels, Joana Oliveira, Marcel Ottens, Delphine Parrot, Lei Pei, Isabel Rocha, Rita Rosado-Ramos, Caroline Rousseau, Marie-France Sagot, Claudia Nunes dos Santos, Markus Schmidt, Tatiana Shelenga, Louise Shepherd, Ana Rita Silva, Marcelo Henriques da Silva, Olivier Simon, Steen Gustav Stahlhut, Ana Solopova, Artem Sorokin, Derek Stewart, Leen Stougie, Martin Trick, Shang Su, Vera Thole, Olga Tikhonova, Philippe Vain, André Veríssimo, Ana Vila-Santa, Susana Vinga, Michael Vogt, Liangsheng Wang, Lijin Wang, Wei Wei, Sandra Youssef, Ana Rute, Jochen Förster
article
Phytochemistry Reviews, Springer Verlag, 2017, pp.1-36. ⟨10.1007/s11101-017-9532-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01673596/file/Dudnik-2017-BacHBerry_%20BACterial%202.pdf BibTex
titre
HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures
auteur
Helen Davies, Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Lucy R Yates, Johan Staaf, Xueqing Zou, Manasa Ramakrishna, Sancha Martin, Sandrine Boyault, Anieta M Sieuwerts, Peter T Simpson, Tari A King, Keiran Raine, Jorunn E Eyfjord, Gu Kong, Åke Borg, Ewan Birney, Hendrik G Stunnenberg, Marc J van de Vijver, Anne Børresen-Dale, John W M Martens, Paul N Span, Sunil R Lakhani, Anne Vincent-Salomon, Christos Sotiriou, Andrew Tutt, Alastair M Thompson, Steven van Laere, Andrea L Richardson, Alain Viari, Peter J Campbell, Michael R Stratton, Serena Nik-Zainal
article
Nature Medicine, Nature Publishing Group, 2017, 23 (4), pp.517 - 525. ⟨10.1038/nm.4292⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01525050/file/davies2017.pdf BibTex
titre
Somatic mutations reveal asymmetric cellular dynamics in the early human embryo
auteur
Young Seok Ju, Inigo Martincorena, Moritz Gerstung, Mia Petljak, Ludmil B. Alexandrov, Raheleh Rahbari, David C. Wedge, Helen R. Davies, Manasa Ramakrishna, Anthony Fullam, Sancha Martin, Christopher Alder, Nikita Patel, Steve Gamble, Sarah O’meara, Dilip D. Giri, Torril Sauer, Sarah E. Pinder, Colin A. Purdie, Åke Borg, Henk Stunnenberg, Marc van de Vijver, Benita K. T. Tan, Carlos Caldas, Andrew Tutt, Naoto T. Ueno, Laura J. van ’t Veer, John W. M. Martens, Christos Sotiriou, Stian Knappskog, Paul N. Span, Sunil R. Lakhani, Jórunn Erla Eyfjörd, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea Richardson, Alastair M. Thompson, Alain Viari, Matthew E. Hurles, Serena Nik-Zainal, Peter J. Campbell, Michael R. Stratton
article
Nature, Nature Publishing Group, 2017, 543 (7647), pp.714 - 718. ⟨10.1038/nature21703⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01525712/file/nature21703.pdf BibTex
titre
A somatic-mutational process recurrently duplicates germline susceptibility loci and tissue-specific super-enhancers in breast cancers
auteur
Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Helen Davies, Peter T Simpson, Yilong Li, Xueqing Zou, Javier Diez-Perez, Johan Staaf, Ludmil B Alexandrov, Marcel Smid, Arie B Brinkman, Inga Hansine Rye, Hege Russnes, Keiran Raine, Colin A Purdie, Sunil R Lakhani, Alastair M Thompson, Ewan Birney, Hendrik G Stunnenberg, Marc J van de Vijver, John W M Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L Richardson, Gu Kong, Alain Viari, Douglas Easton, Gerard Evan, Peter J Campbell, Michael R Stratton, Serena Nik-Zainal
article
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2017, 49 (3), pp.341 - 348. ⟨10.1038/ng.3771⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01525728/file/Hotspots.Glodzik.Manuscript.pdf BibTex
titre
Whole-Genome Sequencing Reveals Breast Cancers with Mismatch Repair Deficiency
auteur
Helen Davies, Sandro Morganella, Colin A. Purdie, Se Jin Jang, Elin Borgen, Hege Russnes, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Alain Viari, Andrea L. Richardson, Anne-Lise Børresen-Dale, Alastair Thompson, Jorunn E. Eyfjord, Gu Kong, Michael R. Stratton, Serena Nik-Zainal
article
Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2017, 77 (18), pp.4755-4762. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-17-1083⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01599736/file/4755.full.pdf BibTex
titre
Sorting Circular Permutations by Super Short Reversals
auteur
Gustavo Rodrigues Galvao, Christian Baudet, Zanoni Dias
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2017, 14 (3), pp.620-633. ⟨10.1109/TCBB.2016.2515594⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01317003/file/SortingCircularPermutationsBySuperShortReversals_author_version.pdf BibTex
titre
Less effective selection leads to larger genomes
auteur
Tristan Lefébure, Claire Morvan, Florian Malard, Clémentine François, Lara Konecny-Dupré, Laurent Guéguen, Michèle Weiss-Gayet, Andaine Seguin-Orlando, Luca Ermini, Clio Der Sarkissian, N. Pierre Charrier, David Eme, Florian Mermillod-Blondin, L. Duret, Cristina Vieira, Ludovic Orlando, Christophe Jean Douady
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2017, 27, pp.1016-1028. ⟨10.1101/gr.212589.116⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01544879/file/GenomeSize_57.pdf BibTex
titre
Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
auteur
Hélène Lopez-Maestre, Elias A. G. Carnelossi, Vincent Lacroix, Nelly Burlet, Bruno Mugat, Séverine Chambeyron, Claudia M. A. Carareto, Cristina Vieira
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, pp.40618. ⟨10.1038/srep40618⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01524879/file/srep40618%20%281%29.pdf BibTex
titre
Impact of Wolbachia on oxidative stress sensitivity in the parasitic wasp Asobara japonica
auteur
David Monnin, Natacha Kremer, Emmanuel Desouhant, Fabrice Vavre
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 5, pp.10. ⟨10.1371/journal.pone.0175974⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01523927/file/pone.0175974.pdf BibTex
titre
Fast Output-Sensitive Pattern Discovery in Massive Sequences using the Motif Trie
auteur
Roberto Grossi, Giulia Menconi, Nadia Pisanti, Roberto Trani, Søren Vind
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2017, pp.25. ⟨10.1016/j.tcs.2017.04.012⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01525745/file/Auth-TCS17.pdf BibTex
titre
Algorithms for k-meet-semidistributive lattices
auteur
Laurent Beaudou, Arnaud Mary, Lhouari Nourine
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2017, 658, pp.391 - 398. ⟨10.1016/j.tcs.2015.10.029⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01571243/file/meet_sd.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
On Bubble Generators in Directed Graphs
auteur
Vicente Acuna, Roberto Grossi, Giuseppe Italiano, Leandro Lima, Romeo Rizzi, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
article
WG 2017 - 43rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, Jun 2017, Eindhoven, Netherlands. pp.18-31, ⟨10.1007/978-3-319-68705-6_2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01647516/file/On_Bubble_Generators_in_Directed_Graphs.pdf BibTex
titre
Tropical paths in vertex-colored graphs
auteur
Johanne Cohen, Giuseppe F. Italiano, Yannis Manoussakis, Nguyen Kim Thang, Phong Pham, Hong-Phong Pham
article
COCOA 2017 - 11th Annual International Conference on Combinatorial Optimization and Applications, Dec 2017, Shangai, China. pp.291-305, ⟨10.1007/978-3-319-71147-8_20⟩
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BibTex
titre
Pattern Matching on Elastic-Degenerate Text with Errors
auteur
Giulia Bernardini, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giovanna Rosone
article
SPIRE 2017 - 24th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Sep 2017, Palermo, Italy. pp.74-90, ⟨10.1007/978-3-319-67428-5_7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01673585/file/SPIRE2017.pdf BibTex
titre
Token Jumping in minor-closed classes
auteur
Nicolas Bousquet, Arnaud Mary, Aline Parreau
article
International symposium on fundamentals of computer theory (FCT 2017), Sep 2017, Bordeaux, France. pp.136-149, ⟨10.1007/978-3-662-55751-8_12⟩
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https://arxiv.org/pdf/1706.09608 BibTex
titre
Tight Bounds for Online TSP on the Line
auteur
Antje Bjelde, Yann Disser, Jan Hackfeld, Christoph Hansknecht, Maarten Lipmann, Julie Meißner, Kevin Schewior, Miriam Schlöter, Leen Stougie
article
ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), Jan 2017, Barcelona, Spain. pp.994 - 1005, ⟨10.1137/1.9781611974782.63⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01549685/file/stougie-soda2017.pdf BibTex
titre
On-line pattern matching on similar texts
auteur
Roberto Grossi, Costas Iliopoulos, Chang Liu, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Ahmad Retha, Giovanna Rosone, Fatima Vayani, Luca Versari
article
28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'17), 2017, Varsovie, Poland. pp.7 - 8, ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2017.07⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01526650/file/CPM17.pdf BibTex
titre
An Axiomatic and an Average-Case Analysis of Algorithms and Heuristics for Metric Properties of Graphs
auteur
Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Luca Trevisan
article
SODA 2017 - Twenty-Eighth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms , Jan 2017, Barcelona, Spain. pp.920 - 939, ⟨10.1137/1.9781611974782.58⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01525752/file/1604.01445.pdf BibTex
titre
A Fast Algorithm for Large Common Connected Induced Subgraphs
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Lorenzo Tattini, Luca Versari
article
AlCoB 2017: 4th International Conference on Algorithms for Computational Biology, Jun 2017, Aveiro, Portugal. pp.828 - 74, ⟨10.1021/ci9601675⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01555996/file/A%20Fast%20Algorithm%20for%20Large%20Common%20Connected%20Induced%20Subgraphs.pdf BibTex
titre
Listing Maximal Independent Sets with Minimal Space and Bounded Delay
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Takeaki Uno, Luca Versari
article
International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE), Sep 2017, Palermo, Italy. pp.144-160, ⟨10.1007/978-3-319-67428-5_13⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01609012/file/conte_etal_2017.pdf BibTex

Thèse

titre
Models and algorithms to study the common evolutionary history of hosts and symbionts
auteur
Laura Urbini
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2017. English. ⟨NNT : 2017LYSE1214⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01673445/file/TH2017UrbiniLaura.pdf BibTex
titre
Analyses et méthodes pour les données transcriptomiques issues d’espèces non modèles : variation de l’expression des éléments transposables (et des gènes) et variants nucléotidiques
auteur
Hélène Lopez-Maestre
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LYSE1025⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01575640/file/TH2017LopezMaestreHelene.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Annotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
auteur
Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01643169/file/074807.full%281%29.pdf BibTex

2016

Article dans une revue

titre
DegreeCox – a network-based regularization method for survival analysis
auteur
André Veríssimo, Arlindo Limede Oliveira, Marie-France Sagot, Susana Vinga
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (Suppl 16), pp.109-121. ⟨10.1186/s12859-016-1310-4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01415968/file/12859_2016_Article_1310.pdf BibTex
titre
Insights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
auteur
Mariana G. Ferrarini, Franciele M. Siqueira, Scheila G. Mucha, Tony Lionel Palama, Elodie Jobard, Bénédicte Elena-Herrmann, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Florence Tardy, Irene S. Schrank, Arnaldo Zaha, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.353. ⟨10.1186/s12864-016-2644-z⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Enumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks
auteur
Ricardo Andrade, Martin Wannagat, Cecilia C. Klein, Vicente Acuña, Alberto Marchetti-Spaccamela, Paulo V. Milreu, Leen Stougie, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2016, 11 (1), pp.25. ⟨10.1186/s13015-016-0087-3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01368653/file/13015_2016_Article_87.pdf BibTex
titre
Greedily Improving Our Own Closeness Centrality in a Network
auteur
Pierluigi Crescenzi, Gianlorenzo d'Angelo, Lorenzo Severini, Yllka Velaj
article
ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data (TKDD), ACM, 2016, 11 (1), pp.1-32. ⟨10.1145/2953882⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01390134/file/crescenzi2016.pdf BibTex
titre
A Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
auteur
Alice Julien-Laferrière, Laurent Bulteau, Delphine Parrot, Alberto Marchetti-Spaccamela, Leen Stougie, Susana Vinga, Arnaud Mary, Marie-France Sagot
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, ⟨10.1038/srep29182⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01344296/file/srep29182.pdf BibTex
titre
Robustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Cophylogeny
auteur
Laura Urbini, Blerina Sinaimeri, Catherine Matias, Marie-France Sagot
article
Lecture Notes in Computer Science, Springer, 2016, Algorithms for Computational Biology, 9702, pp.12. ⟨10.1007/978-3-319-38827-4_10⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01349773/file/main.pdf BibTex
titre
Rumor Spreading in Random Evolving Graphs
auteur
Andrea Clementi, Pierluigi Crescenzi, Carola Doerr, Pierre Fraigniaud, Francesco Pasquale, Riccardo Silvestri
article
Random Structures and Algorithms, Wiley, 2016, 48 (2), pp.290-312. ⟨10.1002/rsa.20586⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390133/file/rsa2016.pdf BibTex
titre
Drosophila Females Undergo Genome Expansion after Interspecific Hybridization
auteur
Valèria Romero-Soriano, Nelly Burlet, Doris Vela, Antonio Fontdevila, Cristina Vieira, Maria Pilar Garciá Guerreiro
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2016, 8 (3), pp.556-561. ⟨10.1093/gbe/evw024⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01352572/file/Romero-Soriano-2016.pdf BibTex
titre
Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
auteur
Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves-Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
article
GigaScience, BioMed Central, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01280238/file/colibread_galaxy.pdf BibTex
titre
ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods
auteur
Patrice Baa-Puyoulet, Nicolas Parisot, Gérard Febvay, Jaime Huerta-Cepas, Augusto F Vellozo, Toni Gabaldon, Federica Calevro, Hubert Charles, Stefano Colella
article
Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2016, ⟨10.1093/database/baw081⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01352558/file/BaaPuyoulet-2016.pdf BibTex
titre
HapCol: accurate and memory-efficient haplotype assembly from long reads
auteur
Yuri Pirola, Simone Zaccaria, Riccardo Dondi, Gunnar W. Klau, Nadia Pisanti, Paola Bonizzoni
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv495⟩
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BibTex
titre
metaModules identifies key functional subnetworks in microbiome-related disease
auteur
Ali May, Bernd W. Brandt, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Egija Zaura, Wim Crielaard, Jaap Heringa, Sanne Abeln
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (11), pp.1678 - 1685. ⟨10.1093/bioinformatics/btv526⟩
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BibTex
titre
SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
auteur
Hélène Lopez-Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw655⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01352586/file/Lopez-Maestre-2016.pdf BibTex
titre
A whole-genome sequence and transcriptome perspective on HER2-positive breast cancers
auteur
Anthony Ferrari, Anne Vincent-Salomon, Xavier Pivot, Anne-Sophie Sertier, Emile Thomas, Laurie Tonon, Sandrine Boyault, Eskeatnaf Mulugeta, Isabelle Treilleux, Gaëtan Macgrogan, Laurent Arnould, Janice Kielbassa, Vincent Le Texier, Hélène Blanché, Jean-François Deleuze, Jocelyne Jacquemier, Marie-Christine Mathieu, Frédérique Penault-Llorca, Frédéric Bibeau, Maria Mariani, Cécile Mannina, Jean-Yves Pierga, Olivier Trédan, Thomas Bachelot, Hervé Bonnefoi, Gilles Romieu, Pierre Fumoleau, Suzette Delaloge, Maria Rios, Jean-Marc Ferrero, Carole Tarpin, Catherine Bouteille, Fabien Calvo, Ivo Glynne Gut, Marta Gut, Sancha Martin, Serena Nik-Zainal, Michael R. Stratton, Iris Pauporté, Pierre Saintigny, Daniel Birnbaum, Alain Viari, Gilles Thomas
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7, pp.Article number: 12222. ⟨10.1038/ncomms12222⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388446/file/ferrari2016.pdf BibTex
titre
Breast cancer genome and transcriptome integration implicates specific mutational signatures with immune cell infiltration
auteur
Marcel Smid, F. Germán Rodríguez-González, Anieta M. Sieuwerts, Roberto Salgado, Wendy J. C. Prager-van der Smissen, Michelle van Der Vlugt-Daane, Anne van Galen, Serena Nik-Zainal, Johan Staaf, Arie B. Brinkman, Marc J. van de Vijver, Andrea L. Richardson, Aquila Fatima, Kim Berentsen, Adam Butler, Sancha Martin, Helen R. Davies, Reno Debets, Marion E. Meijer-Van Gelder, Carolien H. M. van Deurzen, Gaëtan Macgrogan, Gert G. G. M. van den Eynden, Colin Purdie, Alastair M. Thompson, Carlos Caldas, Paul N. Span, Peter T. Simpson, Sunil R. Lakhani, Steven van Laere, Christine Desmedt, Markus Ringnér, Stefania Tommasi, Jorunn Eyford, Anne Broeks, Anne Vincent-Salomon, P. Andrew Futreal, Stian Knappskog, Tari A King, Gilles Thomas, Alain Viari, Anita Langerød, Anne-Lise Børresen-Dale, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Mike Stratton, John A. Foekens, John W. M. Martens
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7, ⟨10.1038/ncomms12910⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388445/file/smid2016.pdf BibTex
titre
Pairwise Compatibility Graphs: A Survey
auteur
Tiziana Calamoneri, Blerina Sinaimeri
article
SIAM Review, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2016, 58 (3), pp.445 - 460. ⟨10.1137/140978053⟩
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titre
Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences
auteur
Serena Nik-Zainal, Helen R. Davies, Johan Staaf, Manasa Ramakrishna, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Inigo Martincorena, Ludmil B. Alexandrov, Sancha Martin, David C. Wedge, Peter van Loo, Young Seok Ju, Marcel Smid, Arie B. Brinkman, Sandro Morganella, Miriam R. Aure, Ole Christian Lingjærde, Anita Langerød, Markus Ringnér, Sung-Min Ahn, Sandrine Boyault, Jane E. Brock, Anne Broeks, Adam Butler, Christine Desmedt, Luc Dirix, Serge Dronov, Aquila Fatima, John A. Foekens, Moritz Gerstung, Gerrit K. J. Hooijer, Se Jin Jang, David R. Jones, Hyung-Yong Kim, Tari A. King, Savitri Krishnamurthy, Hee Jin Lee, Jeong-Yeon Lee, Yilong Li, Stuart Mclaren, Andrew Menzies, Ville Mustonen, Sarah O’meara, Iris Pauporté, Xavier Pivot, Colin A. Purdie, Keiran Raine, Kamna Ramakrishnan, F. Germán Rodríguez-González, Gilles Romieu, Anieta M. Sieuwerts, Peter Simpson, Rebecca Shepherd, Lucy Stebbings, Olafur A. Stefansson, Jon Teague, Stefania Tommasi, Isabelle Treilleux, Gert G. van den Eynden, Peter Vermeulen, Anne Vincent-Salomon, Lucy Yates, Carlos Caldas, Laura Van’t Veer, Andrew Tutt, Stian Knappskog, Benita Kiat Tee Tan, Jos Jonkers, Åke Borg, Naoto T. Ueno, Christos Sotiriou, Alain Viari, P. Andrew Futreal, Peter J. Campbell, Paul N. Span, Steven van Laere, Sunil R. Lakhani, Jorunn E. Eyfjord, Alastair M. Thompson, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Marc J. van de Vijver, John W. M. Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L. Richardson, Gu Kong, Gilles Thomas, Michael R. Stratton
article
Nature, Nature Publishing Group, 2016, 534 (7605), pp.47 - 54. ⟨10.1038/nature17676⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388447/file/emss-68344.pdf BibTex
titre
PWHATSHAP: efficient haplotyping for future generation sequencing
auteur
Andrea Bracciali, Marco Aldinucci, Murray Patterson, Tobias Marschall, Nadia Pisanti, Ivan Merelli, Massimo Torquati
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 14, pp.405 - 405. ⟨10.1186/s12859-016-1170-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01526638/file/bracialli2016.pdf BibTex
titre
Mycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets
auteur
Franciele Siqueira, Guilherme Loss de Morais, Susan Higashi, Laura Scherer Beier, Gabriela Merker Breyer, Caio Padoan de Sá Godinho, Marie-France Sagot, Irene Silveira Schrank, Arnaldo Zaha, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 23, pp.1289 - 26. ⟨10.1186/s12864-016-3061-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01393122/file/Maboni-2016.pdf BibTex
titre
CIDANE: comprehensive isoform discovery and abundance estimation
auteur
Stefan Canzar, Sandro Andreotti, David Weese, Knut Reinert, Gunnar Klau
article
Genome Biology, BioMed Central, 2016, 17, pp.16. ⟨10.1186/s13059-015-0865-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01397539/file/cidane.pdf BibTex
titre
On the Minimum Error Correction Problem for Haplotype Assembly in Diploid and Polyploid Genomes
auteur
Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Gunnar W. Klau, Yuri Pirola, Nadia Pisanti, Simone Zaccaria
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2016, 23 (9), pp.718 - 736. ⟨10.1089/cmb.2015.0220⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388448/file/Auth-JCB16.pdf BibTex
titre
Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids
auteur
Pierre Simonet, Karen Gaget, Nicolas Parisot, Gabrielle Duport, Marjolaine Rey, Gérard Febvay, Hubert Charles, Patrick Callaerts, Stefano Colella, Federica Calevro
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, ⟨10.1038/srep34321⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388523/file/srep34321.pdf BibTex
titre
Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis
auteur
Pierre Simonet, Gabrielle Duport, Karen Gaget, Michèle Weiss-Gayet, Stefano Colella, Gérard Febvay, Hubert Charles, José Viñuelas, Abdelaziz Heddi, Federica Calevro
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.19967. ⟨10.1038/srep19967⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01352561/file/Simonet-2016.pdf BibTex
titre
Into the Square: On the Complexity of Some Quadratic-time Solvable Problems
auteur
Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Michel Habib
article
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 322, pp.51-67. ⟨10.1016/j.entcs.2016.03.005⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390131/file/IntoTheSquare.pdf BibTex
titre
Linear-size suffix tries
auteur
Maxime Crochemore, Chiara Epifanio, Roberto Grossi, Filippo Mignosi
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2016, 638, pp.171 - 178. ⟨10.1016/j.tcs.2016.04.002⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388452/file/LinearSizeSuffixTrie4.pdf BibTex
titre
Circular sequence comparison: algorithms and applications
auteur
Roberto Grossi, Costas S. Iliopoulos, Robert Mercas, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Ahmad Retha, Fatima Vayani
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2016, 11 (1), ⟨10.1186/s13015-016-0076-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388449/file/Almob16.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Superstring Graph: A New Approach for Genome Assembly
auteur
Bastien Cazaux, Gustavo Sacomoto, Eric Rivals
article
AAIM: Algorithmic Aspects in Information and Management, Università degli Studi di Bergamo, Jul 2016, Bergamo, Italy. pp.39-52, ⟨10.1007/978-3-319-41168-2_4⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01446428/file/Cazaux-etal-assembly-superstring-AAIM-2016.pdf BibTex
titre
Listing Acyclic Orientations of Graphs with Single and Multiple Sources
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
article
LATIN 2016: Theoretical Informatics - 12th Latin American Symposium, Apr 2016, Ensenada, Mexico. pp.319-333, ⟨10.1007/978-3-662-49529-2_24⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388470/file/EnumeratingAcyclicOrientations.pdf BibTex
titre
Multiprocessor Real-Time Scheduling with Hierarchical Processor Affinities
auteur
Vincenzo Bonifaci, Björn Brandenburg, Gianlorenzo d'Angelo, Alberto Marchetti-Spaccamela
article
28th Euromicro Conference on Real-Time Systems, ECRTS 2016, Jul 2016, Toulouse, France. pp.237-247, ⟨10.1109/ECRTS.2016.24⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01397807/file/bonifaci2016.pdf BibTex
titre
ILP-Based Approaches to Partitioning Recurrent Workloads Upon Heterogeneous Multiprocessors ILP-based approaches to partitioning recurrent workloads upon heterogeneous multiprocessors
auteur
Renato Bruni, Alberto Marchetti-Spaccamela, Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci
article
28th Euromicro Conference on Real-Time Systems, ECRTS 2016, Jul 2016, Toulouse, France. pp.215-225, ⟨10.1109/ECRTS.2016.10⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01397810/file/baruah2016.pdf BibTex
titre
New Bounds for Approximating Extremal Distances in Undirected Graphs
auteur
Massimo Cairo, Roberto Grossi, Romeo Rizzi
article
SIAM: ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA'16), Jan 2016, Arlington, United States. pp.363 - 376, ⟨10.1137/1.9781611974331.ch27⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01526665/file/soda2016.pdf BibTex
titre
On Maximal Chain Subgraphs and Covers of Bipartite Graphs
auteur
Tiziana Calamoneri, Mattia Gastaldello, Arnaud Mary, Marie-France Sagot, Blerina Sinaimeri
article
Combinatorial Algorithms - 27th International Workshop, IWOCA 2016, Aug 2016, Helsinki, Finland. pp.137-150, ⟨10.1007/978-3-319-44543-4_11⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388546/file/PaperIWOCA2016.pdf BibTex
titre
Directing Road Networks by Listing Strong Orientations
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi, Luca Versari
article
Combinatorial Algorithms - 27th International Workshop, IWOCA 2016, Aug 2016, Helsinki, Finland. ⟨10.1007/978-3-319-44543-4_7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388476/file/Strong_Orientations.pdf BibTex
titre
Efficient Enumeration of Solutions Produced by Closure Operations
auteur
Arnaud Mary, Yann Strozecki
article
33rd Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, STACS 2016, Feb 2016, Orléans, France. ⟨10.4230/LIPIcs.STACS.2016.52⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388505/file/increm2.pdf BibTex
titre
Computing Top-k Closeness Centrality Faster in Unweighted Graphs
auteur
Elisabetta Bergamini, Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Andrea Marino, Henning Meyerhenke
article
Eighteenth Workshop on Algorithm Engineering and Experiments, ALENEX 2016, 2016, Arlington, United States. ⟨10.1137/1.9781611974317.6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390137/file/closeness-JV.pdf BibTex
titre
Computing and Listing st-Paths in Subway Networks
auteur
Kateřina Böhmová, Matúš Mihalák, Tobias Pröger, Gustavo Sacomoto, Marie-France Sagot, Peter Widmayer
article
CSR 2016 - 11th International Computer Science Symposium in Russia, Jun 2016, St. Petersburg, Russia. pp.102-116, ⟨10.1007/978-3-319-34171-2_8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01348869/file/bounded_turns_paths.pdf BibTex
titre
Analyzing and Comparing On-Line News Sources via (Two-Layer) Incremental Clustering
auteur
Francesco Cambi, Pierluigi Crescenzi, Linda Pagli
article
8th International Conference on Fun with Algorithms, FUN 2016, Jun 2016, La Maddalena, Italy. ⟨10.4230/LIPIcs.FUN.2016.9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390139/file/AnalyzingAndComparing.pdf BibTex
titre
Sublinear-Space Bounded-Delay Enumeration for Massive Network Analytics: Maximal Cliques *
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Luca Versari
article
43rd International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP 2016), Jul 2016, Schloss Dagstuhl, Germany. pp.1 - 148, ⟨10.4230/LIPIcs.ICALP.2016.148⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388461/file/LIPIcs-ICALP-2016-148.pdf BibTex
titre
Clique covering of large real-world networks
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino
article
31st Annual ACM Symposium on Applied Computing (SAC 2016), Apr 2016, Pisa, Italy. pp.1134-1139, ⟨10.1145/2851613.2851816⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388477/file/edgeclique.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
A Polynomial Delay Algorithm for Enumerating Minimal Dominating Sets in Chordal Graphs
auteur
Mamadou Moustapha Kanté, Vincent Limouzy, Arnaud Mary, Lhouari Nourine, Takeaki Uno
article
WG 2015: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, pp.138-153, 2016, ⟨10.1007/978-3-662-53174-7_11⟩
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Autre publication

titre
Introduction to the Special Theme - Tackling Big Data in the Life Sciences
auteur
Roeland M.H. Merks, Marie-France Sagot
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-01576388/file/ercim2016.pdf BibTex
titre
The Source of the Data Flood: Sequencing Technologies
auteur
Alberto Magi, Nadia Pisanti, Lorenzo Tattini
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01576393/file/ercim_nadia.pdf BibTex

Poster

titre
Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
auteur
Mariana G Ferrarini, Franciele Maboni Siqueira, Scheila G Mucha, Tony Palama, Elodie Jobard, Bénédicte Elena-Herrmann, Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos, Florence Tardy, Irene S Schrank, A Zaha, Marie-France Sagot
article
JOBIM 2016, Sep 2016, Lyon, France. JOBIM, ⟨10.1186/s12864-016-2644-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01394118/file/FERRARINI_Poster_JOBIM.pdf BibTex
titre
MultiPus: Conception de communautés microbiennes pour la production de composés d'intérêt
auteur
A Julien-Laferrière, Laurent Bulteau, D Parrot, A Marchetti-Spaccamela, L Stougie, S Vinga, Arnaud Mary, M.-F Sagot
article
Jobim, Jun 2016, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01394119/file/poster.pdf BibTex

Thèse

titre
Models and algorithms applied to metabolism: From revealing the responses to perturbations towards the design of microbial consortia
auteur
Alice Julien-Laferriere
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2016. English. ⟨NNT : 2016LYSE1260⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01394113/file/TH2016JULIENLAFERRIEREALICE.pdf BibTex
titre
Study of the evolution of symbiosis at the metabolic level using models from game theory and economics
auteur
Martin Wannagat
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université de Lyon, 2016. English. ⟨NNT : 2016LYSE1094⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01394107/file/TH2016WANNAGATMARTIN.pdf BibTex

2015

Article dans une revue

titre
Sorting by weighted inversions considering length and symmetry
auteur
Christian Baudet, Ulisses Dias, Zanoni Dias
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (Suppl 19), pp.11. ⟨10.1186/1471-2105-16-S19-S3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01316998/file/art_10.1186_1471-2105-16-S19-S3.pdf BibTex
titre
Strong LP formulations for scheduling splittable jobs on unrelated machines
auteur
José Correa, Alberto Marchetti-Spaccamela, Jannik Matuschke, Leen Stougie, Ola Svensson, Víctor Verdugo, José Verschae
article
Mathematical Programming, Springer Verlag, 2015, 154 (1-2), pp.305-328. ⟨10.1007/s10107-014-0831-8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249090/file/RsplitCmax.pdf BibTex
titre
Natalie 2.0: Sparse Global Network Alignment as a Special Case of Quadratic Assignment
auteur
Mohammed El-Kebir, Jaap Heringa, Gunnar Klau
article
Algorithms, MDPI, 2015, 8 (4), ⟨10.3390/a8041035⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01248544/file/algorithms-08-01035.pdf BibTex
titre
Automatic Classification of Protein Structure Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Gunnar Klau, Mathilde Boudic-Jamin, Inken Wohlers
article
Algorithms, MDPI, 2015, 8 (4), ⟨10.3390/a8040850⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01248543/file/algorithms-08-00850-v2.pdf BibTex
titre
Genome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
auteur
Qiong Rao, Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Dan-Tong Zhu, Diego Santos-Garcia, Francisco J Silva, Andrés Moya, Amparo Latorre, Cecilia C Klein, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Shu-Sheng Liu, Laurence Mouton, Xiao-Wei Wang
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16, pp.226. ⟨10.1186/s12864-015-1379-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01139508/file/bemicia.pdf BibTex
titre
Genome sequence analysis with MonetDB - A case study on Ebola virus diversity
auteur
Robin Cijvat, Stefan Manegold, Martin Kersten, Gunnar W. Klau, Alexander Schönhuth, Tobias Marschall, Ying Zhang
article
Datenbank-Spektrum, Springer, 2015, 15 (3), pp.185-191. ⟨10.1007/s13222-015-0198-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01248546/file/Cijvat-Genome_sequence_analysis_wi.pdf BibTex
titre
Synchronous context-free grammars and optimal linear parsing strategies
auteur
Pierluigi Crescenzi, Daniel Gildea, Andrea Marino, Gianluca Rossi, Giorgio Satta
article
Journal of Computer and System Sciences (JCSS), Elsevier, 2015, 81 (7), pp.1333-1356. ⟨10.1016/j.jcss.2015.04.003⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1311.6421v1 BibTex
titre
An average study of hypergraphs and their minimal transversals
auteur
Julien David, Loïck Lhote, Arnaud Mary, François Rioult
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 596, pp.124-141. ⟨10.1016/j.tcs.2015.06.052⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01086638/file/AP-DAVID-2012-1.pdf BibTex
titre
Parasite-Parasite Interactions in the Wild: How To Detect Them?
auteur
Eléonore Hellard, David Fouchet, Fabrice Vavre, Dominique Pontier
article
Trends in Parasitology, Elsevier, 2015
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https://hal.inria.fr/hal-01227711/file/hellard2015.pdf BibTex
titre
Assigning sporadic tasks to unrelated machines
auteur
Alberto Marchetti-Spaccamela, Cyriel Rutten, Suzanne van der Ster, Andreas Wiese
article
Mathematical Programming, Springer Verlag, 2015, 152 (1-2), pp.247-274 ⟨10.1007/s10107-014-0786-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249101/file/marchettispaccamela2014.pdf BibTex
titre
Fast diameter and radius BFS-based computation in (weakly connected) real-world graphs
auteur
Michele Borassi, Pierluigi Crescenzi, Michel Habib, Walter A. Kosters, Andrea Marino, Frank W. Takes
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 586, pp.59-80. ⟨10.1016/j.tcs.2015.02.033⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01248555/file/Fast%20diameter%20and%20radius%20BFS-based%20computation.pdf BibTex
titre
WhatsHap: Weighted Haplotype Assembly for Future-Generation Sequencing Reads
auteur
Murray Patterson, Tobias Marschall, Nadia Pisanti, Leo van Iersel, Leen Stougie, Gunnar W Klau, Alexander Schönhuth
article
Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Mary Ann Liebert 2015, 22 (6), pp.498-509. ⟨10.1089/cmb.2014.0157⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01225988/file/JCB15.pdf BibTex
titre
The Recent Evolution of a Maternally-Inherited Endosymbiont of Ticks Led to the Emergence of the Q Fever Pathogen, Coxiella burnetii
auteur
Olivier Duron, Valérie Noël, Karen D. Mccoy, Matteo Bonazzi, Karim Sidi-Boumedine, Olivier Morel, Fabrice Vavre, Lionel Zenner, Elsa Jourdain, Patrick Durand, Céline Arnathau, François Renaud, Jean-François Trape, Abel S. Biguezoton, Julie Cremaschi, Muriel Dietrich, Elsa Léger, Anaïs Appelgren, Marlène Dupraz, Elena Gómez-Díaz, Georges Diatta, Guiguigbaza-Kossigan Dayo, Hassane Adakal, Sébastien Zoungrana, Laurence Vial, Christine Chevillon
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2015, 11 (5), ⟨10.1371/journal.ppat.1004892⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01250470/file/journal.ppat.1004892.PDF BibTex
titre
Preemptive Uniprocessor Scheduling of Mixed-Criticality Sporadic Task Systems
auteur
Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci, Gianlorenzo d'Angelo, Haohan Li, Alberto Marchetti-Spaccamela, Suzanne van der Ster, Leen Stougie
article
Journal of the ACM (JACM), Association for Computing Machinery, 2015, 62 (2), pp.14. ⟨10.1145/2699435⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249091/file/baruah2015.pdf BibTex
titre
Computing the Burrows–Wheeler transform in place and in small space
auteur
Maxime Crochemore, Roberto Grossi, Juha Kärkkäinen, Gad M. Landau
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2015, 32, pp.44-52. ⟨10.1016/j.jda.2015.01.004⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01248855/file/crochemore2015.pdf BibTex
titre
De novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti).
auteur
Clément Goubert, Laurent Modolo, Cristina Vieira, Claire Valientemoro, Patrick Mavingui, Matthieu Boulesteix
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (4), pp.1192-205
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https://hal.inria.fr/hal-01227710/file/evv050.pdf BibTex
titre
MeDuSa: A multi-draft based scaffolder.
auteur
Emanuele Bosi, Beatrice Donati, Marco Galardini, Sara Brunetti, Marie-France Sagot, Pietro Lió, Pierluigi Crescenzi, Renato Fani, Marco Fondi
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2015, pii: btv171 [Epub ahead of print]. ⟨10.1093/bioinformatics/btv171⟩
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BibTex
titre
Detection of genetically isolated entities within the Mediterranean species of Bemisia tabaci: new insights into the systematics of this worldwide pest
auteur
Laurence Mouton, Olivier Gnankiné, Hélène Henri, Gabriel Terraz, Guillaume Ketoh, Thibaud Martin, Frédéric Fleury, Fabrice Vavre
article
Pest Management Science, Wiley, 2015, 71 (3), pp.452-458. ⟨10.1002/ps.3834⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01250472/file/Mouton.pdf BibTex
titre
EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator
auteur
Beatrice Donati, Christian Baudet, Blerina Sinaimeri, Pierluigi Crescenzi, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2015, 10 (1), pp.11. ⟨10.1186/s13015-014-0031-3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01092977/file/s13015-014-0031-3.pdf BibTex
titre
On Tree-Constrained Matchings and Generalizations
auteur
Stefan Canzar, Khaled Elbassioni, Gunnar W. Klau, Julián Mestre
article
Algorithmica, Springer Verlag, 2015, 71 (1), ⟨10.1007/s00453-013-9785-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01248542/file/tree_matching.pdf BibTex
titre
Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption.
auteur
Allan C. Azevedo-Martins, A. C. L. Machado, Cecilia Coimbra Klein, L. Ciapina, Luiz Gonzaga, Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos, Marie-France Sagot, Wanderley de Souza, Marcelo Einicker-Lamas, Antonio Galina, Maria Cristina Machado Motta
article
Parasitology, Cambridge University Press (CUP), 2015, 142 (2), pp.352-362. ⟨10.1017/S0031182014001139⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01073754/file/Mit.pdf BibTex
titre
xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model
auteur
Mohammed El-Kebir, Hayssam Soueidan, Thomas Hume, Daniela Beisser, Marcus Dittrich, Tobias Müller, Guillaume Blin, Jaap Heringa, Macha Nikolski, Lodewyk F. A. Wessels, Gunnar W. Klau
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (19), ⟨10.1093/bioinformatics/btv316⟩
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BibTex
titre
Erratum to: Computational complexity of stochastic programming problems
auteur
Martin Dyer, Leen Stougie
article
Mathematical Programming, Springer Verlag, 2015, 153 (2), pp.723-725 ⟨10.1007/s10107-015-0935-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249093/file/corrigendum7.pdf BibTex
titre
Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
auteur
Pascaline Dumas, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre, Erwan Scaon, Marion Orsucci, Karine Labadie, Sylvie Gimenez, Anne Laure Clamens, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Jean-Marc Aury, Philippe Fournier, Gael Kergoat, Emmanuelle d'Alençon
article
Genetica, Springer Verlag, 2015, 143 (3), pp.305-316. ⟨10.1007/s10709-015-9829-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01208780/file/Dumas%202015%20Genetica_%7B568C1922-7476-4C67-AE44-595F83C3FFFE%7D.pdf BibTex
titre
Two Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
auteur
Pierre-Antoine Rollat-Farnier, Diego Santos-Garcia, Qiong Rao, Marie-France Sagot, Francisco J Silva, Hélène Henri, Einat Zchori-Fein, Amparo Latorre, Andrés Moya, Valérie Barbe, Shu-Sheng Liu, Xiao-Wei Wang, Fabrice Vavre, Laurence Mouton
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.839-855. ⟨10.1093/gbe/evv030⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01139507/file/evv030.pdf BibTex
titre
Computing an Evolutionary Ordering is Hard
auteur
Laurent Bulteau, Gustavo Sacomoto, Blerina Sinaimeri
article
Electronic Notes in Discrete Mathematics, Elsevier, 2015, ⟨10.1016/j.endm.2015.07.043⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01249259/file/evolution-sets-Lagos.pdf BibTex
titre
Cophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation
auteur
Christian Baudet, Béatrice Donati, Blerina Sinaimeri, Pierluigi Crescenzi, Christian Gautier, Catherine Matias, Marie-France Sagot
article
Systematic Biology, Oxford University Press (OUP), 2015, 64 (3), pp.416-431. ⟨10.1093/sysbio/syu129⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01092972/file/CoalaSystematicBiology.pdf BibTex
titre
Mirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data
auteur
Susan Higashi, Cyril Fournier, Christian Gautier, Christine Gaspin, Marie-France Sagot
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.179. ⟨10.1186/s12859-015-0594-0⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01166487/file/Mirinho%20an%20efficient%20and%20general%20plant%20and%20animal%20pre-miRNA%20predictor%20for%20genomic%20and%20deep%20sequencing%20data_CG_%7B64A75F8F-D6FB-48F9-B211-5B72503B68EB%7D.pdf BibTex
titre
Fast Flux Module Detection Using Matroid Theory
auteur
Arne C. Reimers, Frank J. Bruggeman, Brett G. Olivier, Leen Stougie
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (5), ⟨10.1089/cmb.2014.0141⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01227722/file/modules_jcb.pdf BibTex
titre
Split scheduling with uniform setup times
auteur
Frans Schalekamp, René Sitters, Suzanne van der Ster, Leen Stougie, Víctor Verdugo, Anke van Zuylen
article
Journal of Scheduling, Springer Verlag, 2015, 18 (2), pp.119-129 ⟨10.1007/s10951-014-0370-4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249095/file/SplitSchedulingJoS_rev2.pdf BibTex
titre
Combinatorial voter control in elections
auteur
Laurent Bulteau, Jiehua Chen, Piotr Faliszewski, Rolf Niedermeier, Nimrod Talmon
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 589, pp.99-120. ⟨10.1016/j.tcs.2015.04.023⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01260623/file/BCFNT-tcs15.pdf BibTex
titre
A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
auteur
Gustavo Sacomoto, Vincent Lacroix, Marie‑france Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2015, pp.10. ⟨10.1186/s13015-015-0046-4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01170399/file/Sacomoto2015.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Memory-processor co-scheduling in fixed priority systems
auteur
Alessandra Melani, Marko Bertogna, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
International Conference on Real Time and Networks Systems (RTNS), Nov 2015, Lille, France. pp.87-96, ⟨10.1145/2834848.2834854⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249107/file/melani2015.pdf BibTex
titre
Java-Meets Eclipse - An IDE for Teaching Java Following the Object-later Approach
auteur
Lorenzo Bettini, Pierluigi Crescenzi
article
International Conference on Software Paradigm Trend (ICSOFT-PT), Sep 2015, Colmar, France. pp.31-42, ⟨10.5220/0005512600310042⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249109/file/ICSOFT-PT_2015_9.pdf BibTex
titre
On Computing the Hyperbolicity of Real-World Graphs
auteur
Michele Borassi, David Coudert, Pierluigi Crescenzi, Andrea Marino
article
23rd Annual European Symposium on Algorithms (ESA), Sep 2015, Patras, Greece. pp.215-226, ⟨10.1007/978-3-662-48350-3_19⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01199860/file/BCCM15.pdf BibTex
titre
Preclinical Tests for Cerebral Stroke
auteur
Maria Francesca Zini, N Pisanti, E Biasci, A Podda, V Mey, F Piras, G.L. l'Abbate, S Marini, D Fratta, S Bonaretti, S Trasciatti
article
The 2015 IEEE/ACM International Conference on Advances in Social Networks Analysis and Mining (ASONAM), Aug 2015, Paris, France. ⟨10.1145/2808797.2808816⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01246340/file/CameraReady.pdf BibTex
titre
Stochastic and Robust Scheduling in the Cloud
auteur
Lin Chen, Nicole Megow, Roman Rischke, Leen Stougie
article
Approximation, Randomization, and Combinatorial Optimization. Algorithms and Techniques (APPROX/RANDOM), Aug 2015, Princeton, United States. pp.175-186, ⟨10.4230/LIPIcs.APPROX-RANDOM.2015.175⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249100/file/paperAPPROX.pdf BibTex
titre
Incremental complexity of a bi-objective hypergraph transversal problem
auteur
Ricardo Andrade, Etienne Birmelé, Arnaud Mary, Thomas Picchetti, Marie-France Sagot
article
Fundamentals of Computation Theory (FCT2015), Aug 2015, Gdansk, Poland. pp.202-213, ⟨10.1007/978-3-319-22177-9_16 ⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01149392/file/FCT2015.pdf BibTex
titre
Polynomial Delay Algorithm for Listing Minimal Edge Dominating Sets in Graphs
auteur
Mamadou Moustapha Kanté, Vincent Limouzy, Arnaud Mary, Lhouari Nourine, Takeaki Uno
article
Algorithms and Data Structures (WADS), Aug 2015, Victoria, Canada. pp.446-457
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1404.3501 BibTex
titre
On the Fixed Parameter Tractability and Approximability of the Minimum Error Correction Problem
auteur
Paola Bonizzoni, Riccardo Dondi, Gunnar W Klau, Yuri Pirola, Nadia Pisanti, Simone Zaccaria
article
26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), Jun 2015, Ischia, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-19929-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01246260/file/Auth-CPM15.pdf BibTex
titre
Sorting Signed Circular Permutations by Super Short Reversals
auteur
Gustavo Galvão, Christian Baudet, Zanoni Dias
article
11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, Jun 2015, Norfolk, Virginia, United States. pp.272-283, ⟨10.1007/978-3-319-19048-8_23⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01316993/file/SortingSignedCircularPermutationsBySuperShortReversals_author_version.pdf BibTex
titre
CIDANE: Comprehensive Isoform Discovery and Abundance Estimation
auteur
Stefan Canzar, Andreotti Sandro, David Weese, Reinert Knut, Klau Gunnar
article
Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Apr 2015, Warsaw, Poland. pp.60-84, ⟨10.1007/978-3-319-16706-0_8⟩
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BibTex
titre
Design of Dynamic Algorithms via Primal-Dual Method
auteur
Sayan Bhattacharya, Monika Henzinger, Giuseppe Italiano
article
ICALP 2018 - International Colloquium on Automata, Languages, and Programming, Jul 2015, Kyoto, Japan. pp.206-218, ⟨10.1007/978-3-662-47672-7_17⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01964700/file/bhattacharyaetal-1.pdf BibTex
titre
Greedily Improving Our Own Centrality in A Network
auteur
Pierluigi Crescenzi, Gianlorenzo d'Angelo, Severini Lorenzo, Yllka Velaj
article
SEA 2015 - 14th International Symposium Experimental Algorithms , Jun 2015, Paris, France. pp.43-55, ⟨10.1007/978-3-319-20086-6_4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01248558/file/Greedily%20Improving%20Our%20Own%20Centrality%20in%20A%20Network.pdf BibTex
titre
High-Performance Haplotype Assembly
auteur
Marco Aldinucci, Andrea Bracciali, Tobias Marschall, Murray Patterson, Nadia Pisanti, Massimo Torquati
article
Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB'15), 2015, Cambridge, United Kingdom. pp.281 - 258, ⟨10.1016/j.compbiolchem.2005.05.001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01526652/file/CIBB15.pdf BibTex
titre
Circular Sequence Comparison with q-grams
auteur
Robert Grossi, Costas Iliopoulos, Robert Mercas, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Ahmad Retha, Fatima Vayani
article
15th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2015), Sep 2015, Atlanta, United States. pp.203 - 216, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6_15⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01246271/file/WABI15.pdf BibTex
titre
Enumerating Cyclic Orientations of a Graph
auteur
Alessio Conte, Roberto Grossi, Andrea Marino, Romeo Rizzi
article
26th International Workshop on Combinatorial Algorithms, IWOCA 2015, 2016, Verona, Italy. pp.88 - 99, ⟨10.1007/978-3-319-29516-9_8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01557026/file/conte2016.pdf BibTex
titre
Response-Time Analysis of Conditional {DAG} Tasks in Multiprocessor Systems
auteur
Alessandra Melani, Vincenzo Bonifaci, Marko Bertogna, Alberto Marchetti-Spaccamela, Giorgio Buttazzo
article
ECRTS 2015 - Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2015, Lund, Sweden. pp.211-221, ⟨10.1109/ECRTS.2015.26⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01249103/file/melani2015%281%29.pdf BibTex
titre
The Global EDF Scheduling of Systems of Conditional Sporadic DAG Tasks
auteur
Sanjoy Baruah, Vincenzo Bonifaci, Alberto Marchetti-Spaccamela
article
ECRTS 2015 - Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2015, Lund, Sweden. pp.222-231, ⟨10.1109/ECRTS.2015.27⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01249105/file/baruah2015.pdf BibTex
titre
Optimal Algorithms and a PTAS for Cost-Aware Scheduling
auteur
Lin Chen, Nicole Megow, Roman Rischke, Leen Stougie, José Verschae
article
Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS), Aug 2015, Milan, Italy. pp.211-222, ⟨10.1007/978-3-662-48054-0_18⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01249098/file/ChenMRSV-MFCS15.pdf BibTex

Thèse

titre
Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
auteur
Mariana Galvao Ferrarini
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2015. English. ⟨NNT : 2015LYO10302⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01315159/file/TH2015GalvaoFerrariniMariana.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

titre
Specific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids
auteur
Elias Carnelossi, Emmanuelle Lerat, Hélène Henri, Sonia Martinez, Claudia Carareto, Cristina Vieira
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2014, 6, pp.1806 - 1817. ⟨10.1093/gbe/evu141⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01526700/file/evu141.pdf BibTex
titre
A Genome-Wide Survey of Genetic Instability by Transposition in Drosophila Hybrids
auteur
Doris Vela, Antonio Fontdevila, Cristina Vieira, García Guerreiro María Pilar
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9, pp.87 - 87. ⟨10.1371/journal.pone.0088992.s005⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01526703/file/journal.pone.0088992.PDF BibTex

2013

Thèse

titre
Bioinformatic study of the metabolic dialog between a non-pathogenic trypanosomatid and its endosymbiont with evolutionary and functional goals
auteur
Cecilia Coimbra Klein
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2013. English. ⟨NNT : 2013LYO10208⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01050338/file/TH2013_Coimbra-Klein_Cecilia_V_Expurgee.pdf BibTex

2011

Article dans une revue

titre
Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
auteur
José Viñuelas, Gérard Febvay, Gabrielle Duport, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, Hubert Charles, Yvan Rahbé, Federica Calevro
article
Molecular Microbiology, Wiley, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00746846/file/j.1365-2958.2011.07760.x.pdf BibTex

2008

Article dans une revue

titre
PepLine: A Software Pipeline for High-Throughput Direct Mapping of Tandem Mass Spectrometry Data on Genomic Sequences
auteur
Myriam Ferro, Marianne Tardif, Erwan Reguer, Romain Cahuzac, Christophe Bruley, Thierry Vermat, Estelle Nugues, Marielle Vigouroux, Yves Vandenbrouck, Jérôme Garin, Alain Viari
article
Journal of Proteome Research, American Chemical Society, 2008, 7 (5), pp.1873-1883. ⟨10.1021/pr070415k⟩
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BibTex

2006

Article dans une revue

titre
GenoLink: A graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins
auteur
Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Alain Viari, Jérôme Wojcik, Jean-Philippe Vert, Nicolas Foveau, Christian Lajaunie, Yves Vandenbrouck
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7 (1), pp.21. ⟨10.1186/1471-2105-7-21⟩
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BibTex

2003

Article dans une revue

titre
Integration of data and methods for genome analysis.
auteur
Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, François Rechenmann
article
Current Opinion in Drug Discovery and Development, Thomson Reuters (Professional), 2003, 6 (3), pp.346-52
Accès au bibtex
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