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Equipe de recherche CONTRAINTES

Publications de l'équipe CONTRAINTES

2013

Article dans une revue

titre
A stronger necessary condition for the multistationarity of chemical reaction networks
auteur
Sylvain Soliman
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2013, 75 (11), pp.2289-2303. ⟨10.1007/s11538-013-9893-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00772438/file/Soliman13bmb.pdf BibTex
titre
Composition and abstraction of logical regulatory modules: application to multicellular systems
auteur
Nuno D Mendes, Frédéric Lang, Yves-Stan Le Cornec, Radu Mateescu, Grégory Batt, Claudine Chaouiya
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (6), pp.749-757. ⟨10.1093/bioinformatics/btt033⟩
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titre
STL-based Analysis of TRAIL-induced Apoptosis Challenges the Notion of Type I/Type II Cell Line Classification
auteur
Szymon Stoma, Alexandre Donzé, François Bertaux, Oded Maler, Gregory Batt
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2013, 9 (5), pp.e1003056. ⟨http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1003056⟩. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003056⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00926593/file/journal.pcbi.1003056.pdf BibTex
titre
Rapid, modular and reliable construction of complex mammalian gene circuits
auteur
Patrick Guye, Yinqing Li, Liliana Wroblewska, Xavier Duportet, Ron Weiss
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2013, 41 (16), pp.e156. ⟨http://nar.oxfordjournals.org/content/41/16/e156.full⟩. ⟨10.1093/nar/gkt605⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00926598/file/Nucl._Acids_Res.-2013-Guye-e156_3_.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
On the Hybrid Composition and Simulation of Heterogeneous Biochemical Models
auteur
Katherine Chiang, François Fages, Jie-Hong Jiang, Sylvain Soliman
article
CMSB - 11th International Conference on Computational Methods for Systems Biology - 2013, Sep 2013, Klosterneuburg, Austria. pp.192--205, ⟨10.1007/978-3-642-40708-6_15⟩
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titre
A Constraint Solving Approach to Tropical Equilibration and Model Reduction
auteur
Sylvain Soliman, François Fages, Ovidiu Radulescu
article
WCB - ninth Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics, colocated with CP 2013, Sep 2013, Uppsala, Sweden. pp.27--36
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https://hal.inria.fr/hal-00906419/file/tropical.pdf BibTex
titre
Solving Subgraph Epimorphism Problems using CLP and SAT
auteur
Steven Gay, François Fages, Francesco Santini, Sylvain Soliman
article
WCB - ninth Workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics, colocated with CP 2013 (2013), Sep 2013, Uppsala, Sweden. pp.67--74
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https://hal.inria.fr/hal-00908973/file/sepi.pdf BibTex
titre
On Solving Mixed Shapes Packing Problems by Continuous Optimization with the CMA Evolution Strategy
auteur
Thierry Martinez, Lumadaiara Vitorino, François Fages, Abderrahmane Aggoun
article
BRICS-CCI 2013 - First BRICS countries congress on Computational Intelligence, Sep 2013, Recife, Brazil
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titre
Stochastic simulation of enzymatic reactions under transcriptional feedback regulation
auteur
Jean-Baptiste Lugagne, Diego A. Oyarzún, Guy-Bart Stan
article
European Control Conference (ECC), Jul 2013, Zurich, Switzerland. pp.3646-3651
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titre
Species Minimization in Computation with Biochemical Reactions
auteur
Ruei-Yang Huang, De-An Huang, Hui-Ju Katherine, Jie-Hong Jiang, Francois Fages
article
IWBDA 2013 - 5th International Workshop on Bio-Design Automation, Jul 2013, Imperial College, London, United Kingdom. pp.1-2
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BibTex
titre
Identification of biological models from single-cell data: a comparison between mixed-effects and moment-based inference
auteur
Andres Gonzalez, Jannis Uhlendorf, Joé Schaul, Eugenio Cinquemani, Gregory Batt, Giancarlo Ferrari-Trecate
article
ECC - 12th European Control Conference - 2013, Jul 2013, Zurich, Switzerland
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Rapport

titre
Identification of biological models from single-cell data: a comparison between mixed-effects and moment-based inference
auteur
Andres Gonzalez, Jannis Uhlendorf, Joé Schaul, Eugenio Cinquemani, Gregory Batt, Giancarlo Ferrari-Trecate
article
[Research Report] RR-8288, INRIA. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00817582/file/RR-8288.pdf BibTex

Thèse

titre
Approches de programmation par contraintes pour l'analyse des propriétés structurelles des réseaux de Petri et application aux réseaux biochimiques
auteur
Faten Nabli
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2013. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00924445/file/these_faten.pdf BibTex
titre
Real-time feedback control of gene expression
auteur
Jannis Uhlendorf
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2013. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00850778/file/phd_thesis_uhlendorf.pdf BibTex

2012

Article dans une revue

titre
Competing G protein-coupled receptor kinases balance G protein and β-arrestin signaling.
auteur
Domitille Heitzler, Guillaume Durand, Nathalie Gallay, Aurélien Rizk, Seungkirl Ahn, Jihee Kim, Jonathan D Violin, Laurence Dupuy, Christophe Gauthier, Vincent Piketty, Pascale Crépieux, Anne Poupon, Frédérique Clément, François Fages, Robert J Lefkowitz, Eric Reiter
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2012, 8, pp.1-17. ⟨10.1038/msb.2012.22⟩
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BibTex
titre
Invariants and Other Structural Properties of Biochemical Models as a Constraint Satisfaction Problem
auteur
Sylvain Soliman
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2012, 7 (1), pp.15. ⟨10.1186/1748-7188-7-15⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00784404/file/1748-7188-7-15.pdf BibTex
titre
Long-term model predictive control of gene expression at the population and single-cell levels
auteur
Jannis Uhlendorf, Agnès Miermont, Thierry Delaveau, Gilles Charvin, Francois Fages, Samuel Bottani, Grégory Batt, Pascal Hersen
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2012, 109 (35), pp.14271-14276. ⟨10.1073/pnas.1206810109⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01528440/file/pnas.201206810.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Optimisation énergétique de tables horaires de métros: une approche hybride
auteur
David Fournier, Denis Mulard, François Fages
article
JFPC 2012 - Huitièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, May 2012, Toulouse, France
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https://hal.inria.fr/hal-00814169/file/jfpc2012_submission_37.pdf BibTex
titre
Un modèle booléen pour l'énumération des siphons et des pièges minimaux dans les réseaux de Petri
auteur
Faten Nabli, François Fages, Thierry Martinez, Sylvain Soliman
article
JFPC 2012 - Huitièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, AFPC, May 2012, Toulouse, France
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https://hal.inria.fr/hal-00810486/file/jfpc12_version_finale.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Genetic Network Analyzer: A Tool for the Qualitative Modeling and Simulation of Bacterial Regulatory Networks
auteur
Grégory Batt, Bruno Besson, Pierre-Emmanuel Ciron, Hidde de Jong, Estelle Dumas, Johannes Geiselmann, Regis Monte, Pedro T. Monteiro, Michel Page, François Rechenmann, Delphine Ropers
article
Jacques van Helden, Ariane Toussaint, Denis Thieffry. Bacterial Molecular Networks Methods and Protocols, 804, Springer, pp.439-462, 2012, Methods in Molecular Biology,, 978-1-61779-361-5. ⟨10.1007/978-1-61779-361-5_22⟩
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Rapport

titre
STL-based analysis of TRAIL-induced apoptosis challenges the notion of type I/type II cell line classification
auteur
Szymon Stoma, Alexandre Donzé, François Bertaux, Oded Maler, Grégory Batt
article
[Research Report] RR-8121, INRIA. 2012, pp.35
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https://hal.inria.fr/hal-00750063/file/RR-8121.pdf BibTex
titre
Reifying Global Constraints
auteur
Francois Fages, Sylvain Soliman
article
[Research Report] RR-8084, INRIA. 2012, pp.18
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https://hal.inria.fr/hal-00737768/file/RR-8084.pdf BibTex
titre
Automatic Curation of SBML Models based on their ODE Semantics
auteur
Francois Fages, Steven Gay, Sylvain Soliman
article
[Research Report] RR-8014, INRIA. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00723554/file/RR-8014.pdf BibTex
titre
Towards a Generic Trace for Rule Based Constraint Reasoning
auteur
Armando Gonçalves da Silva Junior, Pierre Deransart, Luis-Carlos Menezes, Marcos-Aurélio Almeida da Silva, Jacques Robin
article
[Research Report] RR-7939, INRIA. 2012, pp.42
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https://hal.inria.fr/hal-00690604/file/RR-7939.pdf BibTex

2011

Article dans une revue

titre
Design, optimization and predictions of a coupled model of the cell cycle, circadian clock, DNA repair system, irinotecan metabolism and exposure control under temporal logic constraints.
auteur
Elisabetta de Maria, Francois Fages, Aurélien Rizk, Sylvain Soliman
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2011, 412 (21), pp.2108-2127
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Pré-publication, Document de travail

titre
Generic Traces and Constraints, GenTra4CP revisited
auteur
Pierre Deransart
article
2011
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00597033/file/maingentra.pdf BibTex

2010

Article dans une revue

titre
Integrating Rule-Based Modelling and Constraint Programming for Solving Industrial Packing Problems
auteur
Aggoun Abder, Nicolas Beldiceanu, Mats Carlsson, Francois Fages
article
ERCIM News, ERCIM, 2010, 81
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BibTex
titre
Mathematical modelling of cell-fate decision in response to death receptor engagement.
auteur
Laurence Calzone, Laurent Tournier, Simon Fourquet, Denis Thieffry, Boris Zhivotovsky, Emmanuel Barillot, Andrei Zinovyev
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2010, 6 (3), pp.e1000702. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000702⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00704979/file/journal.pcbi.1000702.pdf BibTex
titre
Diversity and Plasticity of Th Cell Types Predicted from Regulatory Network Modelling.
auteur
Aurélien Naldi, Jorge Carneiro, Claudine Chaouiya, Denis Thieffry
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2010, 6 (9), pp.e1000912. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000912⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00704876/file/journal.pcbi.1000912.pdf BibTex
titre
Efficient parameter search for qualitative models of regulatory networks using symbolic model checking
auteur
Gregory Batt, Michel Page, Irene Cantone, Gregor Goessler, Pedro T. Monteiro, Hidde Jong
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26, pp.i603-i610. ⟨10.1093/bioinformatics/btq387⟩
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Communication dans un congrès

titre
Steady-state Solution of Biochemical Systems, Beyond S-systems via T-invariants
auteur
Faten Nabli, Sylvain Soliman
article
Proceedings of the 8th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, 2010, New York, NY, USA, Unknown Region. pp.14--22, ⟨10.1145/1839764.1839768⟩
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Rapport

titre
Efficient parameter search for qualitative models of regulatory networks using symbolic model checking
auteur
Grégory Batt, Michel Page, Irene Cantone, Gregor Goessler, Pedro T. Monteiro, Hidde de Jong
article
[Research Report] RR-7284, INRIA. 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00482569/file/RR-7284.pdf BibTex
titre
Modelling molecular networks: relationships between different formalisms and levels of details
auteur
Sylvain Soliman, Claudine Chaouiya, Grégory Batt, Francois Fages, Élisabeth Remy, Franck Pommereau, Laurence Calzone
article
[Research Report] RR-7221, INRIA. 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00461084/file/RR-7221.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Vers une exo-mémoire personnelle supportée par un seul fichier texte
auteur
Pierre Deransart
article
2010
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https://hal.inria.fr/inria-00515437/file/exoMemoire-fr.pdf BibTex

2009

Article dans une revue

titre
Towards a systems biology approach of-G protein-coupled receptor signalling: challenges and expectations.
auteur
Domitille Heitzler, Pascale Crépieux, Anne Poupon, Frédérique Clément, Francois Fages, Eric Reiter
article
Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2009, 332 (11), pp.947-57. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.002⟩
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BibTex
titre
A general computational method for robustness analysis with applications to synthetic gene networks
auteur
Aurélien Rizk, Grégory Batt, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (12), pp.il69--il78. ⟨10.1093/bioinformatics/btp200⟩
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BibTex
titre
Dynamics of the interlocked positive feedback loops explaining the robust epigenetic switching in Candida albicans
auteur
Krishnamachari Sriram, Sylvain Soliman, Francois Fages
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2009, 258 (1), pp.71--88. ⟨10.1016/j.jtbi.2009.01.008⟩
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Communication dans un congrès

titre
CHR modulaire avec ask et tell
auteur
Francois Fages, Thierry Martinez, Cleyton Rodrigues
article
Cinquièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, Jun 2009, Orléans, France. pp.75-85
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00387855/file/paper_33.pdf BibTex
titre
Modelling Biochemical Reaction Networks with BIOCHAM Extracting Qualitative and Quantitative Information from the Structure
auteur
Sylvain Soliman
article
Proceedings of the 6th Vienna Conference on Mathematical Modelling MATHMOD'09, Feb 2009, Vienna, Austria. pp.2304--2312
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BibTex
titre
Modèle dynamique du réseau de signalisation induit par l'angiotensine
auteur
D. Heitzler, A. Rizk, G. Durand, V. Piketty, Pascale Crépieux, P. Clement, Francois Fages, E. Reiter
article
XXIXème Séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique, 2009, Saint-Flour, France
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titre
On Coupling Models Using Model-Checking: Effects of Irinotecan Injections on the Mammalian Cell Cycle
auteur
Elisabetta de Maria, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
Computational Methods in Systems Biology, 2009, Berlin, Heidelberg, Unknown Region. pp.142--157
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Autre publication

titre
Conception de traces et applications (vers une méta-théorie des traces).
auteur
Pierre Deransart
article
2009
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https://hal.inria.fr/inria-00443648/file/TraceMetaTheorie-fev10.pdf BibTex

Rapport

titre
Towards a Generic Framework to Generate Explanatory Traces of Constraint Solving and Rule-Based Reasoning
auteur
Pierre Deransart, Rafael Oliveira
article
[Research Report] RR-7165, INRIA. 2009, pp.53
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https://hal.inria.fr/inria-00443635/file/report.pdf BibTex
titre
Model-based Predictions of the Influence of Circadian Clock Genes Knock-Outs on the Cell Cycle
auteur
Elisabetta de Maria, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
[Research Report] RR-7064, INRIA. 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00424950/file/RR-7064.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Conception de traces, et applications, vers une méta-théorie des traces (Towards a Meta-Thoery of traces)
auteur
Pierre Deransart
article
2009
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https://hal.inria.fr/inria-00370211/file/DT-MThTraces0903.pdf BibTex

2008

Article dans une revue

titre
Complex dynamics in the Oregonator model with linear delayed feedback
auteur
Krishnamachari Sriram, Samuel Bernard
article
Chaos, American Institute of Physics, 2008, 18, pp.023126. ⟨10.1063/1.2937015⟩
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Communication dans un congrès

titre
On a Continuous Degree of Satisfaction of Temporal Logic Formulae with Applications to Systems Biology
auteur
Aurélien Rizk, Grégory Batt, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
CMSB'08: Proceedings of the fourth international conference on Computational Methods in Systems Biology, Monika Heiner and Adeline Uhrmacher, Oct 2008, Rostock, Germany. pp.251--268, ⟨10.1007/978-3-540-88562-7_19⟩
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BibTex
titre
Analyse de Séries Temporelles par Résolution de Contraintes de Logique Temporelle
auteur
Francois Fages, Aurélien Rizk
article
JFPC 2008- Quatrièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, LINA - Université de Nantes - Ecole des Mines de Nantes, Jun 2008, Nantes, France. pp.1-10
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https://hal.inria.fr/inria-00290470/file/pages-001-10-article36.pdf BibTex
titre
Des règles aux contraintes avec le langage de modélisation Rules2CP
auteur
Francois Fages, Julien Martin
article
JFPC 2008- Quatrièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, LINA - Université de Nantes - Ecole des Mines de Nantes, Jun 2008, Nantes, France. pp.361-371
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https://hal.inria.fr/inria-00292793/file/pages-361-371-article46.pdf BibTex
titre
From reaction models to influence graphs and back: a theorem
auteur
Francois Fages, Sylvain Soliman
article
Proceedings of Formal Methods in Systems Biology FMSB'08, Feb 2008, Cambridge, United Kingdom. ⟨10.1007/978-3-540-68413-8_7⟩
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BibTex
titre
A Geometric Constraint over k-Dimensional Objects and Shapes Subject to Business Rules
auteur
Nicolas Beldiceanu, Mats Carlsson, Julien Martin
article
14th International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming (CP'08), 2008, Australia. pp.220-234, ⟨10.1007/978-3-540-85958-1_15⟩
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Rapport

titre
From Rules to Constraint Programs with the Rules2CP Modelling Language
auteur
Francois Fages, Julien Martin
article
[Research Report] RR-6495, INRIA. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00270326/file/FM08rr.pdf BibTex

2007

Communication dans un congrès

titre
Une sémantique observationnelle du modèle des boîtes pour la résolution de programmes logiques
auteur
Pierre Deransart, Mireille Ducassé, Gérard Ferrand
article
Troisièmes Journées Francophones de Programmationpar Contraintes (JFPC07), INRIA Rocquencourt, Jun 2007, Rocquencourt / France, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00151138/file/33.pdf BibTex
titre
Closures and Modules Within Linear Logic Concurrent Constraint Programming
auteur
Rémy Haemmerlé, François Fages, Sylvain Soliman
article
FSTTCS 2007: Foundations of Software Technology and Theoretical Computer Science, 2007, Berlin, Heidelberg, Unknown Region. pp.544--556
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Proceedings of CSCLP 2007: Annual ERCIM Workshop on Constraint Solving and Constraint Logic Programming
auteur
Francois Fages, Francesca Rossi, Sylvain Soliman
article
INRIA, 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00160403/file/proceedings.pdf BibTex

Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Journal on Data Semantics IX
auteur
Stefano Spaccapietra, Paolo Atzeni, François Fages, Mohand-Said Hacid, Michael Kifer, John Mylopoulos, Barbara Pernici, Pavel Shvaiko, Juan Trujillo, Ilya Zaihrayeu
article
Springer, 4601, pp.200, 2007, Lecture Notes in Computer Science, LNCS, 978-3-540-74982-0. ⟨10.1007/978-3-540-74987-5⟩
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BibTex
titre
Journal on Data Semantics VIII
auteur
Stefano Spaccapietra, Paolo Atzeni, François Fages, Mohand-Said Hacid, Michael Kifer, John Mylopoulos, Barbara Pernici, Pavel Shvaiko, Juan Trujillo, Ilya Zaihrayeu
article
Springer, 4380, 2007, Lecture Notes in Computer Science, LNCS, 978-3-540-70663-2. ⟨10.1007/978-3-540-70664-9⟩
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Rapport

titre
Une sémantique observationnelle du modèle des boîtes pour la résolution de programmes logiques (version étendue)
auteur
Pierre Deransart, Mireille Ducassé, Gérard Ferrand
article
[Interne] RR-6229, INRIA. 2007, pp.54
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https://hal.inria.fr/inria-00151285/file/RR-6229.pdf BibTex

2006

Communication dans un congrès

titre
Machine Learning Biochemical Networks from Temporal Logic Properties
auteur
Laurence Calzone, Nathalie Chabrier-Rivier, François Fages, Sylvain Soliman
article
Transactions on Computational Systems Biology VI, 2006, Berlin, Heidelberg, Unknown Region. pp.68--94
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Special Issue: Journés Francophones de Programmation par Contraintes 2005
auteur
François Fages, Narendra Jussien, Christine Solnon
article
François Fages and Narendra Jussien and Christine Solnon. EDP Science, 40, pp.100, 2006, RAIRO ― Operations Research
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BibTex

Rapport

titre
On Internalizing Modules as Agents in Concurrent Constraint Programming
auteur
Remy Haemmerle, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
[Research Report] RR-5981, INRIA. 2006
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https://hal.inria.fr/inria-00096644/file/RR-5981.pdf BibTex
titre
Coupling the Cell cycle and the Circadian Cycle
auteur
Laurence Calzone, Sylvain Soliman
article
[Research Report] RR-5835, INRIA. 2006, pp.15
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00070191/file/RR-5835.pdf BibTex
titre
Modules for Prolog Revisited
auteur
Rémy Haemmerlé, Francois Fages
article
[Research Report] RR-5869, INRIA. 2006, pp.17
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00070157/file/RR-5869.pdf BibTex

2005

Communication dans un congrès

titre
Apprentissage de règles de réactions biochimiques à partir de propriétés en logique temporelle
auteur
Laurence Calzone, Nathalie Chabrier-Rivier, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
Actes de '05, Jul 2005, Lyon, pp.183--192
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https://hal.inria.fr/inria-00000813/file/jobim05.pdf BibTex
titre
Un système de types pour CHR
auteur
Emmanuel Coquery, Francois Fages
article
Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes, CRIL - CNRS FRE 2499, Jun 2005, Lens, pp.189-198
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00000074/file/43.pdf BibTex
titre
Un Système de Module Fermé pour la PLC
auteur
Rémy Haemmerlé, Francois Fages
article
Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes, CRIL - CNRS FRE 2499, Jun 2005, Lens, pp.169-178
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00000067/file/28.pdf BibTex
titre
Machine Learning Bio-molecular Interactions from Temporal Logic Properties
auteur
Laurence Calzone, Nathalie Chabrier-Rivier, Francois Fages, Lucie Gentils, Sylvain Soliman
article
Third Workshop on Computational Methods in Systems Biology, Apr 2005, Edinburgh, Scotland
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00000117/file/CCFGS05cmsb.pdf BibTex
titre
A Machine Learning approach to Biochemical Reaction Rules Discovery
auteur
Laurence Calzone, Nathalie Chabrier-Rivier, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
Proceedings of Foundations of Systems Biology and Engineering , 2005, Santa Barbara, pp.375--379
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https://hal.inria.fr/inria-00000812/file/CCFS05fosbe.pdf BibTex

Autre publication

titre
Types for REWERSE reasoning and query languages I3-D4
auteur
Horatiu Cirstea, Emmanuel Coquery, Wlodzimierz Drabent, Francois Fages, Claude Kirchner, Luigi Liquori, Benjamin Wack, Artur Wilk
article
2005, 71p
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https://hal.inria.fr/hal-01149625/file/2005-deliverable-rewerse-i3-d4.pdf BibTex

Rapport

titre
Allocation distribuée de ressources dans le système CONSENSUS
auteur
Sylvain Sécherre, Francois Fages
article
[Rapport de recherche] RT-0308, INRIA. 2005, pp.79
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https://hal.inria.fr/inria-00069872/file/RT-0308.pdf BibTex
titre
A Type System for CHR
auteur
Emmanuel Coquery, Francois Fages
article
[Research Report] RR-5565, INRIA. 2005, pp.17
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https://hal.inria.fr/inria-00070441/file/RR-5565.pdf BibTex
titre
Closures are Needed for Closed Module Systems
auteur
Rémy Haemmerlé, Francois Fages
article
[Research Report] RR-5575, INRIA. 2005, pp.19
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https://hal.inria.fr/inria-00070431/file/RR-5575.pdf BibTex
titre
Learning Transition Rules from Temporal Logic Properties
auteur
Nathalie Chabrier-Rivier, Francois Fages, Sylvain Soliman, Laurence Calzone
article
[Research Report] RR-5543, INRIA. 2005, pp.19
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https://hal.inria.fr/inria-00070464/file/RR-5543.pdf BibTex
titre
A Tracer Driver to Enable Concurrent Dynamic Analyses
auteur
Ludovic Langevine, Mireille Ducassé
article
[Research Report] RR-5611, INRIA. 2005
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https://hal.inria.fr/inria-00071235/file/RR-5611.pdf BibTex

2004

Article dans une revue

titre
Modeling and Querying biological networks
auteur
Nathalie Chabrier, Marc Chiaverini, Vincent Danos, Francois Fages, Vincent Schachter
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2004, 325 (1), pp.25-44. ⟨10.1016/j.tcs.2004.03.063⟩
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titre
La programmation par contraintes
auteur
Sylvain Soliman, Francois Fages
article
Interstices, INRIA, 2004, ⟨https://interstices.info/la-programmation-par-contraintes/⟩
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Communication dans un congrès

titre
The Biochemical Abstract Machine {BIOCHAM}
auteur
Nathalie Chabrier-Rivier, Francois Fages, Sylvain Soliman
article
: Proceedings of the second Workshop on Computational Methods in Systems Biology, 2004, Paris, pp.172--191
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https://hal.inria.fr/inria-00000814/file/CFS04cmsb.pdf BibTex

Rapport

titre
Types for Web Rule Languages: a preliminary study
auteur
Horatiu Cirstea, Emmanuel Coquery, Wlodzimierz Drabent, Francois Fages, Claude Kirchner, Jan Maluszynski, Benjamin Wack
article
[Contract] A04-R-560 || cirstea04e, Inria. 2004, 33 p
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https://hal.inria.fr/inria-00099859/file/A04-R-560.pdf BibTex

2003

Rapport

titre
Subtyping constraints in quasi-lattices
auteur
Emmanuel Coquery, Francois Fages
article
[Research Report] RR-4926, INRIA. 2003
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https://hal.inria.fr/inria-00071653/file/RR-4926.pdf BibTex
titre
Pi-calculus and LCC, a Space Odyssey
auteur
Sylvain Soliman
article
[Research Report] RR-4855, INRIA. 2003
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00071728/file/RR-4855.pdf BibTex

2001

Rapport

titre
Tracing Execution of CLP(FD) Programs : A Trace Model and an Experimental Validation Environment
auteur
Ludovic Langevine, Pierre Deransart, Mireille Ducassé, Erwan Jahier
article
[Research Report] RR-4342, INRIA. 2001
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https://hal.inria.fr/inria-00072246/file/RR-4342.pdf BibTex

2000

Rapport

titre
Well-Typed Logic Programs Are not Wrong
auteur
Pierre Deransart, Jan Georg Smaus
article
[Research Report] RR-4082, INRIA. 2000
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https://hal.inria.fr/inria-00072551/file/RR-4082.pdf BibTex
titre
Using Modes to Ensure Subject Reduction for Typed Logic Programs with Subtyping
auteur
Jan-Georg Smaus, Francois Fages, Pierre Deransart
article
[Research Report] RR-4020, INRIA. 2000
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00072621/file/RR-4020.pdf BibTex

1991

Communication dans un congrès

titre
Average Case Analysis of Unification Algorithms
auteur
Luc Albert, Rafael Casas, François Fages, A. Torrecillas, Paul Zimmermann
article
Proceedings of STACS'91 - 8th Annual Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, 1991, Hamburg, Germany. pp.196-213, ⟨10.1007/BFb0020799⟩
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