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Equipe de recherche CAPSID

Publications de l'équipe CAPSID

2017

Article dans une revue

titre
ECDomainMiner: discovering hidden associations between enzyme commission numbers and Pfam domains
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David W. Ritchie
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.107. 〈10.1186/s12859-017-1519-x〉
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https://hal.inria.fr/hal-01466842/file/12859_2017_Article_1519.pdf BibTex
titre
Low-dose alkylphenol exposure promotes mammary epithelium alterations and transgenerational developmental defects, but does not enhance tumorigenic behaviour of breast cancer cells
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Charlène Thiebaut, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
Frontiers in Endocrinology, Frontiers, 2017, 8 (272), 〈10.3389/fendo.2017.00272〉
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titre
Involvement of arginine 878 together with Ca2+ in aminopeptidase A substrate specificity for N-terminal acidic amino-acid residues.
auteur
Pierre Couvineau, Hugo De Almeida, Bernard Maigret, Catherine Llorens-Cortes, Xavier Iturrioz
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017
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titre
A Glimpse into the World of Integrative and Mobilizable Elements in Streptococci Reveals an Unexpected Diversity and Novel Families of Mobilization Proteins
auteur
Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Chloé Ambroset, Valentin Loux, Thomas Lacroix, Sophie Payot, Nathalie Leblond-Bourget
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.16. 〈https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5357655/〉. 〈10.3389/fmicb.2017.00443〉
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https://hal.inria.fr/hal-01580789/file/ColuzziEtAl_Frontiers2017.pdf BibTex
titre
An evolutionary scheme for decision tree construction
auteur
Nour El Islem Karabadji, Hassina Seridi, Fouad Bousetouane, Wajdi Dhifli, Sabeur Aridhi
article
Knowledge-Based Systems, Elsevier, 2017, 119, pp.166 - 177. 〈10.1016/j.knosys.2016.12.011〉
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https://hal.inria.fr/hal-01574079/file/Karabadji%20et%20al%20KBS%202017.pdf BibTex
titre
Modeling and minimizing CAPRI round 30 symmetrical protein complexes from CASP-11 structural models
auteur
Marwa El Houasli, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Sergei Grudinin, David Ritchie
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, Wiley, 2017, Special Issue: Sixth Meeting on the Critical Assessment of Predicted Interactions 85 (3), pp.463-469. 〈10.1002/prot.25182〉
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https://hal.inria.fr/hal-01388654/file/marwa_proteins.pdf BibTex
titre
A bacterial artificial chromosome (BAC) genomic approach reveals partial clustering of the furanocoumarin pathway genes in parsnip
auteur
Sandro Roselli, Alexandre Olry, Sonia Vautrin, Olivier Coriton, David Ritchie, Gianni Galati, Nicolas Navrot, Celia Krieger, G. Vialart, Helene Berges, Frédéric Bourgaud, A. Hein
article
Plant Journal, Wiley, 2017, 89 (6), pp.1119-1132. 〈10.1111/tpj.13450〉
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titre
BLADYG: A Graph Processing Framework for Large Dynamic Graphs
auteur
Sabeur Aridhi, Alberto Montresor, Yannis Velegrakis
article
Big Data Research, Elsevier, 2017, 〈10.1016/j.bdr.2017.05.003〉
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https://hal.inria.fr/hal-01577882/file/main.pdf BibTex
titre
Discovering associations between adverse drug events using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2017, 93, pp.539 - 546. 〈10.1038/clpt.2013.24〉
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https://hal.inria.fr/hal-01576341/file/s13326-017-0137-x.pdf BibTex
titre
MR-SimLab: Scalable subgraph selection with label similarity for big data
auteur
Wajdi Dhifli, Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu Nguifo
article
Information Systems, Elsevier, 2017, 69, pp.155 - 163. 〈10.1016/j.is.2017.05.006〉
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https://hal.inria.fr/hal-01573398/file/IS_2017_Revised.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Automatic Generation of Functional Annotation Rules Using Inferred GO-Domain Associations
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Sabeur Aridhi, Marie-Dominique Devignes, Rabie Saidi, Alexandre Renaux, Maria J. Martin, David W. Ritchie
article
Function-SIG ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic
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https://hal.inria.fr/hal-01573070/file/CAPS-GODM-ISMB2017.pdf BibTex
titre
Associating Gene Ontology Terms with Pfam Protein Domains
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
Ignacio Rojas; Francisco Ortuño. 5th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering - IWBBIO 2017, Apr 2017, Granada, Spain. Springer, Lecture Notes in Computer Science, 10209, pp.127-138, 2017, Bioinformatics and Biomedical Engineering. 〈http://iwbbio.ugr.es/〉. 〈10.1007/978-3-319-56154-7_13〉
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https://hal.inria.fr/hal-01531204/file/godm_02_feb_2017.pdf BibTex

Poster

titre
Neighborhood-Based Label Propagation in Large Protein Graphs
auteur
Sabeur Aridhi, Seyed Ziaeddin Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
Function SIG @ ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.2
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https://hal.inria.fr/hal-01573381/file/aridhi-et-al-SIG-ISMB2017-Final.pdf BibTex
titre
Automatic Generation of Functional Annotation Rules Using Inferred GO-Domain Associations
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi, Rabie Saidi, Alexandre Renaux, Maria J. Martin, David W. Ritchie
article
Function-SIG ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01573079/file/ISMB_Poster_draft.pdf BibTex

2016

Article dans une revue

titre
GPCRs from fusarium graminearum detection, modeling and virtual screening - the search for new routes to control head blight disease
auteur
Emmanuel Bresso, Roberto Togawa, Kim Hammond-Kosack, Martin Urban, Bernard Maigret, Natalia Florencio Martins
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (S18), pp.14. 〈10.1186/s12859-016-1342-9〉
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BibTex
titre
Carbohydrate-based peptidomimetics targeting neuropilin-1: synthesis, molecular docking study and in vitro biological activities
auteur
Mylène Richard, Alicia Chateau, Christian Jelsch, Claude Didierjean, Xavier Manival, Christophe Charron, Bernard Maigret, Muriel Barberi-Heyob, Yves Chapleur, Cédric Boura, Nadia Pellegrini-Moïse
article
Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2016, 24 (21), pp.5315-5325. 〈10.1016/j.bmc.2016.08.052〉
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titre
Identification of novel Trypanosoma cruzi prolyl oligopeptidase inhibitors by structure-based virtual screening
auteur
Hugo De Almeida, Vincent Leroux, Flávia Nader Motta, Philippe Grellier, Bernard Maigret, Jaime M. Santana, Izabela Marques Dourado Bastos
article
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2016, 〈10.1007/s10822-016-9985-1〉
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BibTex
titre
Prediction of homo- and hetero-protein complexes by protein docking and template-based modeling: a CASP-CAPRI experiment
auteur
Marc F. Lensink, Sameer Velankar, Andriy Kryshtafovych, Shen-You Huang, Dina Schneidman-Duhovy, Andrej Sali, Joan Segura, Narcis Fernandez-Fuentes, Shruthi Viswanath, Ron Elber, Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Hasup Lee, Minkyung Baek, Sangwoo Park, Lim Heo, Gyu Rie Lee, Chaok Seok, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, David W. Ritchie, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Mieczyslaw Torchala, Raphaël Chaleil, Paul A Bates, Efrat Ben-Zeev, Miriam Eisenstein, Surendra Negi S., Thom Vreven, Brian G Pierce, Tyler Borrman, Jinchao Yu, Francoise Ochsenbein, Zhiping Weng, Raphaël Guerois, Anna Vangone, João Rodrigues, Gydo Van Zundert, Mehdi Nellen, Li Xue, Ezgi Karaca, Adrien S. J. Melquiond, Koen Visscher, Panagiotis L Kastritis, Alexandre Bonvin, Xianjin Xu, Liming Qiu, Chengfei Yan, Jilong Li, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Yang Sheng, Lenna Peterson, Hyung-Rae Kim, Amit Roy, Xusi Han, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Xiaofeng Yu, Neil J. Bruce, Jonathan C. Fuller, Rebbecca Wade, Ivan Anishchenko, Petras Kundrotas, Ilya Vakser, Kenichiro Imai, Kazunori Yamada, Toshiyuki Oda, Tsukasa Nakamura, Kentaro Tomii, Chiara Pallara, Miguel Romero-Durana, Brian Jiménez-García, Iain H Moal, Juan Fernández-Recio, Jong Young Joung, Jong Yun Kim, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Scott Mottarella, David Hall, Dmitri Beglov, Artem Mamonov, Bing Xia, Tanggis Bohnuud, Carlos Del Carpio, Eichiro Ichiishi, Nicholas Marze, Daisuke Kuroda, Shourya Burman, Jeffrey J Gray, Edrisse Chermak, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Andrey Tovchigrechko, Shoshana J Wodak
article
Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2016, Special Issue: Eleventh Meeting on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, 84 (S1), pp.323-348 〈10.1002/prot.25007〉
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titre
Searching for Novel Targets to Control Wheat Head Blight Disease—I-Protein Identification, 3D Modeling and Virtual Screening
auteur
Natália F. Martins, Emmanuel Bresso, Roberto C. Togawa, Martin Urban, John Antoniw, Bernard Maigret, Kim Hammond-Kosack
article
Advances in Microbiology, Scientific Research Publishing, 2016, 06 (11), pp.811 - 830. 〈10.4236/aim.2016.611079〉
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titre
PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein–protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation
auteur
Emilie Neveu, David Ritchie, Petr Popov, Sergei Grudinin
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (7), pp.i693-i701. 〈10.1093/bioinformatics/btw443〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01358645/file/Bioinformatics-2016-Neveu-i693-701.pdf BibTex
titre
Structure-based virtual screening of hypothetical inhibitors of the enzyme longiborneol synthase—a potential target to reduce Fusarium head blight disease
auteur
Emmanuel Bresso, Vincent Leroux, Martin Urban, Kim Hammond-Kosack, Bernard Maigret, Natália F. Martins
article
Journal of Molecular Modeling, Springer Verlag (Germany), 2016, 22 (7), 〈10.1007/s00894-016-3021-1〉
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BibTex
titre
Protein–protein docking by fast generalized Fourier transforms on 5D rotational manifolds
auteur
Dzmitry Padhorny, Andrey Kazennov, Brandon Zerbe, Kathryn Porter, Bing Xia, Scott Mottarella, Yaroslav Kholodov, David Ritchie, Sandor Vajda, Dima Kozakov
article
PNAS Early Edition, 2016, 113 (30), pp.E4286-E4293. 〈10.1073/pnas.1603929113〉
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https://hal.inria.fr/hal-01371087/file/PNAS-2016-Padhorny-E4286-93.pdf BibTex
titre
Calculating and scoring high quality multiple flexible protein structure alignments
auteur
David Ritchie
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (17), pp.2650-2658. 〈10.1093/bioinformatics/btw300〉
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https://hal.inria.fr/hal-01371083/file/kpax_2016.pdf BibTex
titre
Spherical polar Fourier assembly of protein complexes with arbitrary point group symmetry
auteur
David W. Ritchie, Sergei Grudinin
article
Journal of Applied Crystallography, International Union of Crystallography, 2016, 49 (1), pp.158-167. 〈10.1107/S1600576715022931〉
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https://hal.inria.fr/hal-01261402/file/ritchie_grudinin_jac_2016.pdf BibTex
titre
Kbdock - Searching and organising the structural space of protein-protein interactions
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
ERCIM News, ERCIM, 2016, pp.24-25
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https://hal.inria.fr/hal-01258117/file/ercim_kbdock_V3_nov27.pdf BibTex
titre
New Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration
auteur
Chloé Ambroset, Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Valentin Loux, Thomas Lacroix, Sophie Payot, Nathalie Leblond-Bourget
article
Frontiers in microbiology, Frontiers Research Foundation, 2016, 6, pp.1483. 〈http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology#about〉. 〈10.3389/fmicb.2015.01483〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01262284/file/Ambroset%20et%20al%202016.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Transgenerational effects of ERalpha36 over-expression on mammary gland development and molecular phenotype: clinical perspective for breast cancer risk and therapy.
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Charlène Thiébaut, Malika Smail-Tabbone, El-Hadi Djermoune, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
21st World Congress on Advances in Oncology and 19th International Symposium on Molecular Medicine, Oct 2016, Athens, Greece. 38 (S1), 2016, International Journal of Molecular Medecine
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416469/file/Abstract_Chamard-Jovenin.pdf BibTex
titre
Discovering ADE associations from EHRs using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Phenotype Day, Bio-Ontologies SIG, ISMB, Jul 2016, Orlando, United States. 2016, 〈http://phenoday2016.bio-lark.org/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01369448/file/phenoday_2016_personeni.pdf BibTex
titre
Using aggregation functions on structured data: a use case in the FIGHT-HF project
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Chedy Raïssi, Malika Smaïl-Tabbone
article
Kiss, Gergely; Marichal, Jean-Luc ; Teheux, Bruno. International Symposium on Aggregation and Structures (ISAS 2016) , Jul 2016, Luxembourg, Luxembourg. 2016, International Symposium on Aggregation and Structures (ISAS 2016) - Book of abstracts. 〈http://math.uni.lu/isas/〉
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BibTex
titre
Extraction d'association d'EIM à partir de dossiers patients : expérimentation avec les structures de patrons et les ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Deuxième Atelier sur l'Intelligence Artificielle et la Santé, Jun 2016, Montpellier, France. 2016, Atelier IA & Santé. 〈https://ia-sante-2016.sciencesconf.org/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01391172/file/IA__Sant_2016_paper_9.pdf BibTex
titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ERα36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
2nd French Workshop on Endocrine disruption in wildlife and human health, Jan 2016, Paris, France. 2016
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BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Classification and Exploration of 3D Protein Domain Interactions Using Kbdock
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
O. Carugo; F. Eisenhaber. Data Mining Techniques for the Life Sciences, 1415, Springer Science+Business Media New York, pp.91-105, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3570-3. 〈10.1007/978-1-4939-3572-7_5〉
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https://hal.inria.fr/hal-01317448/file/anisah_mmb_fixed.pdf BibTex

Poster

titre
Using Content-Based Filtering to Infer Direct Associations between the CATH, Pfam, and SCOP Domain Databases
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, David W. Ritchie, Marie-Dominique Devignes
article
ECCB 2016, Sep 2016, The Hague, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01573093/file/CAPS_Final.pdf BibTex

2015

Article dans une revue

titre
Identification of New Antifungal Compounds Targeting Thioredoxin Reductase of Paracoccidioides Genus
auteur
Ana Rodrigues Adabio, Erika S. Kioshima, Vincent Leroux, Nathalia Martins, Bernard Maigret, Maria Soares Felipe
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (11), pp.e0142926. 〈10.1371/journal.pone.0142926〉
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BibTex
titre
GESSE: Predicting Drug Side Effects from Drug–Target Relationships
auteur
Violeta Pérez-Nueno, Arnaud S. Karaboga, Michel Souchet, David Ritchie
article
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2015, 55 (9), pp.1804-1823. 〈10.1021/acs.jcim.5b00120〉
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BibTex
titre
Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex
auteur
Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, pp.5:10760. 〈http://www.nature.com/srep/2015/150601/srep10760/full/srep10760.html〉. 〈10.1038/srep10760〉
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01162594/file/srep10760.pdf BibTex
titre
A Structure-Based Classification and Analysis of Protein Domain Family Binding Sites and Their Interactions
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Seyed Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Biology, MDPI, 2015, 4 (2), pp.327-343. 〈10.3390/biology4020327〉
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BibTex
titre
New structural insights into the apelin receptor: identification of key residues for apelin binding
auteur
Romain Gerbier, Vincent Leroux, Pierre Couvineau, Rodrigo Alvear-Perez, Bernard Maigret, Catherine Llorens-Cortes, Xavier Iturrioz
article
FASEB Journal, Federation of American Society of Experimental Biology, 2015, 29 (1), pp.314-322. 〈10.1096/fj.14-256339 〉
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Long chain alkyphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER$\alpha$36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
2nd International Symposium of the Cancer Research Center of Lyon, Sep 2015, Lyon, France
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BibTex
titre
EC-PSI: Associating Enzyme Commission Numbers with Pfam Domains
auteur
Seyed Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM 2015, 2015, 〈10.1101/022343〉
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https://hal.inria.fr/hal-01216743/file/JOBIM2015_submission_138.pdf BibTex
titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
4ème Colloque Inter-Régional Grand-Est de Recherche Translationnelle en Oncologie, Oncotrans 2015, Jun 2015, Dijon, France
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