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Equipe de recherche CAPSID

Publications de l'équipe CAPSID

2019

Article dans une revue

titre
Characterization of a relaxase belonging to the MOBT family, a widespread family in Firmicutes mediating the transfer of ICEs
auteur
Nicolas Soler, Emilie Robert, Isaure Chauvot de Beauchêne, Philippe Monteiro, Virginie Libante, Bernard Maigret, Johan Staub, David W. Ritchie, Gérard Guédon, Sophie Payot, Marie-Dominique Devignes, Nathalie Leblond-Bourget
article
Mobile DNA, BioMed Central, 2019, 10 (1), ⟨10.1186/s13100-019-0160-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02138843/file/SolerNEtAl_MobileDNA_2019.pdf BibTex
titre
Antifungal activity of two oxadiazole compounds for the paracoccidioidomycosis treatment
auteur
Franciele Abigail Vilugron Rodrigues-Vendramini, Daniella Renata Faria, Glaucia Sayuri Arita, Isis Regina Grenier Capoci, Karina Mayumi Sakita, Silvana Martins Caparroz-Assef, Tania Cristina Alexandrino Becker, Patrícia de Souza Bonfim-Mendonça, Maria Sueli Felipe, Terezinha Inez Estivalet Svidzinski, Bernard Maigret, Erika Seki Kioshima, Pamela Small
article
PLoS Neglected Tropical Diseases, Public Library of Science, 2019, 13 (6), pp.e0007441. ⟨10.1371/journal.pntd.0007441⟩
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titre
Repurposing approach identifies new treatment options for invasive fungal disease
auteur
Isis Regina Grenier Capoci, Daniella Renata Faria, Karina Mayumi Sakita, Franciele Abigail Vilugron Rodrigues-Vendramini, Patricia de Souza Bonfim-Mendonça, Tania Cristina Alexandrino Becker, Erika Seki Kioshima, Terezinha Inez Estivalet Svidzinski, Bernard Maigret
article
Bioorganic Chemistry, Elsevier, 2019, 84, pp.87-97. ⟨10.1016/j.bioorg.2018.11.019⟩
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titre
Modeling large protein-glycosaminoglycan complexes using a fragment-based approach
auteur
Sergey Samsonov, Martin Zacharias, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Journal of Theoretical and Computational Chemistry, World Scientific Publishing, In press, pp.1-23
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https://hal.inria.fr/hal-01994476/file/Samsonov_Zacharias_Chauvot-de-Beauchene_HAL.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Providing Molecular Characterization for Unexplained Adverse Drug Reactions
auteur
François-Élie Calvier, Pierre Monnin, Miguel Boland, Patryk Jarnot, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet, Cedric Bousquet
article
MedInfo 2019, Aug 2019, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-02196134/file/medinfo_podium_abstract.pdf BibTex
titre
Les forêts d'arbres extrêmement aléatoires : utilisation dans un cadre non supervisé
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
EGC 2019 - 19ème Conférence Francophone sur l'Extraction et Gestion des connaissances, Jan 2019, Metz, France. pp.395-400
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https://hal.inria.fr/hal-02099532/file/f-egc_nyoman.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Unsupervised Extra Trees: a stochastic approach to compute similarities in heterogeneous data.
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smail-Tabbone
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-01982232/file/UET_paper.pdf BibTex

2018

Article dans une revue

titre
The uncertain cloud: State of the art and research challenges
auteur
Haithem Mezni, Sabeur Aridhi, Allel Hadjali
article
International Journal of Approximate Reasoning, Elsevier, 2018, 103, pp.139 - 151. ⟨10.1016/j.ijar.2018.09.009⟩
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titre
Computational Discovery of Direct Associations between GO terms and Protein Domains
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, David Ritchie, Marie-Dominique Devignes
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2018, 19 (Suppl 14), pp.413. ⟨10.1186/s12859-018-2380-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01777508/file/bmcb-alborzi-24-april-2018.pdf BibTex
titre
An experimental survey on big data frameworks
auteur
Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
article
Future Generation Computer Systems, Elsevier, 2018, 86, pp.546 - 564. ⟨10.1016/j.future.2018.04.032⟩
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titre
Flexible molecular docking: application of hybrid tabu-simplex optimisation
auteur
Khensous Ghania, Belhadri Messabih, Abdellah Chouarfia, Bernard Maigret
article
International journal of computational biology and drug design, Inderscience Enterprise, In press, ⟨10.1504/IJCBDD.2019.098178⟩
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titre
PDB-wide identification of biological assemblies from conserved quaternary structure geometry
auteur
Sucharita Dey, David Ritchie, Emmanuel Levy
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2018, 15, pp.67-72. ⟨10.1038/nmeth.4510⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01652359/file/Dey_etal_10_oct_2017.pdf BibTex
titre
Repurposing Approach Identifies New Treatment Options for Invasive Fungal Disease
auteur
Isis Regina Grenier Caposi, Daniela Renata Faria, Karina Mayumi Seiketa, Francielle Rodrigues, Patricia Bomfim-Mendonça, Tania Becker, Erika Seki Kioshima, Terezina Svidzinski, Bernard Maigret
article
Bioorganic Chemistry, Elsevier, In press, ⟨10.1016/j.bioorg.2018.11.019⟩
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BibTex
titre
The CYP71AZ P450 Subfamily: A Driving Factor for the Diversification of Coumarin Biosynthesis in Apiaceous Plants
auteur
Celia Krieger, Sandro Roselli, Sandra Kellner-Thielmann, Gianni Galati, Bernd Schneider, Jeremy Grosjean, Alexandre Olry, David Ritchie, Ulrich Matern, Frederic Bourgaud, Alain Hehn
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2018, 9, pp.820. ⟨10.3389/fpls.2018.00820⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01899038/file/Krieger%20et%20al%202018.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Exploiting Complex Protein Domain Networks for Protein Function Annotation
auteur
Bishnu Sarker, David Ritchie, Sabeur Aridhi
article
Complex Networks 2018 - 7th International Conference on Complex Networks and Their Applications, Dec 2018, Cambridge, United Kingdom
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https://hal.inria.fr/hal-01920595/file/ComplexNetCameraReady.pdf BibTex
titre
Cooperation of bio-ontologies for the classification of genetic intellectual disabilities : a diseasome approach
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jonveaux, Céline Bonnet, Adrien Coulet
article
Proceedings of the 11th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Healthcare and Life Sciences (SWAT4HCLS 2018), Dec 2018, Antwerp, Belgium
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https://hal.inria.fr/hal-01925471/file/Cooperation_of_bioontologies.pdf BibTex
titre
An experimental survey on big data frameworks (Highlight paper)
auteur
Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Nguifo
article
BDA 2018 - 34ème Conférence sur la Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2018, Bucarest, Romania
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https://hal.inria.fr/hal-02014797/file/Inoubli%20et%20al%20BDA2018.pdf BibTex
titre
A Comparative Study on Streaming Frameworks for Big Data
auteur
Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Nguifo
article
VLDB 2018 - 44th International Conference on Very Large Data Bases : Workshop LADaS - Latin American Data Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.1-8
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https://hal.inria.fr/hal-01835437/file/Inoubli%20et%20al%20LaDAS%202018%20-%20Camera%20Ready.pdf BibTex
titre
First steps toward finding relevant pathology-gene pairs using analogy
auteur
Marie-Dominique Devignes, Yohann Fransot, Yves Lepage, Jean Lieber, Emmanuel Nauer, Malika Smaïl-Tabbone
article
EvoCBR 2018 : Workshop on Evolutionary Computation and CBR at the International Conference on Case-Based Reasoning (ICCBR 2018), Jul 2018, Stockholm, Sweden
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https://hal.inria.fr/hal-01906547/file/devignes_fransot_lepage_lieber_nauer_smail_2018.pdf BibTex
titre
ABClass : Une approche d'apprentissage multi-instances pour les séquences
auteur
Manel Zoghlami, Sabeur Aridhi, Mondher Maddouri, Engelbert Nguifo
article
RJCIA 2018 - 16èmes Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle, Jul 2018, Nancy, France. pp.1-9
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https://hal.inria.fr/hal-01835432/file/Zoghlami_et_al_RJCIA_2018_FR_v5.pdf BibTex
titre
Unsupervised extremely randomized trees
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
PAKDD 2018 - The 22nd Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2018, Melbourne, Australia
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https://hal.inria.fr/hal-01667317/file/unsupervised-extremely-randomized_Dalleau_Couceiro_Smail-Tabbone.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
An Overview of in Silico Methods for the Prediction of Ionizing Radiation Resistance in Bacteria
auteur
Manel Zoghlami, Sabeur Aridhi, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
article
Tamar Reeve. Ionizing Radiation: Advances in Research and Applications, Nova science publishers, pp.241-256, 2018, Physics Research and Technology Series, 978-1-53613-539-8
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https://hal.inria.fr/hal-01807944/file/Zoghlami%20et%20al%20Chapter%20-%20Nova.pdf BibTex

Poster

titre
EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion Pi-Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space
auteur
Maria Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
APIL 2018 - Journée d'automne de l'Ecole Doctorale IAEM-Lorraine, Nov 2018, Nancy, France
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https://hal.inria.fr/hal-01929546/file/posterAPIL2018.pdf BibTex
titre
Reactive pipelines for integrated structural bioinformatics resources
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd de Vries
article
3D-BioInfo: Launch Meeting for a proposed ELIXIR Community in Structural Bioinformatics, Oct 2018, Basel, Switzerland
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https://hal.inria.fr/hal-01925064/file/reactive_pipelines_final.pdf BibTex
titre
PPI DomainMiner: predicting domain-domain interactions from protein-protein interactions using tripartite graph modeling and vector similarity
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Sabeur Aridhi, Dave Ritchie, Marie-Dominique Devignes
article
ECCB 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece
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BibTex
titre
GrAPFI: Graph Based Inference for Automatic Protein Function Annotation
auteur
Bishnu Sarker, David Ritchie, Sabeur Aridhi
article
ECCB 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athens, Greece
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https://hal.inria.fr/hal-01876907/file/ECCB_Poster.pdf BibTex
titre
A data science approach for exploring differential expression profiles of genes in transcriptomic studies-Application to the understanding of ageing in obese and lean rats in the FIGHT-HF project
auteur
Emmanuel Bresso, Claire Lacomblez, Anne Pizard, Patrick Rossignol, Faiez Zannad, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
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https://hal.inria.fr/hal-01928421/file/Bresso_et_al_JOBIM18.pdf BibTex
titre
A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNA on proteins at the thermodynamic equilibrium
auteur
Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
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https://hal.inria.fr/hal-01925083/file/RCB.pdf BibTex

Thèse

titre
Apport des ontologies de domaine pour l'extraction de connaissances à partir de données biomédicales
auteur
Gabin Personeni
article
Apprentissage [cs.LG]. Université de Lorraine, 2018. Français. ⟨NNT : 2018LORR0235⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01925461/file/these.pdf BibTex
titre
Automatic Discovery of Hidden Associations Using Vector Similarity : Application to Biological Annotation Prediction
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lorraine, 2018. English. ⟨NNT : 2018LORR0035⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01792299/file/DDOC_T_2018_0035_ALBORZI.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Whole Number Recursion Formulae for High Order Clebsch-Gordan Coupling Coefficients
auteur
David Ritchie
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01851097/file/cgc-28-jul-2018.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

titre
ECDomainMiner: discovering hidden associations between enzyme commission numbers and Pfam domains
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David W. Ritchie
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.107. ⟨10.1186/s12859-017-1519-x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01466842/file/12859_2017_Article_1519.pdf BibTex
titre
Low-dose alkylphenol exposure promotes mammary epithelium alterations and transgenerational developmental defects, but does not enhance tumorigenic behaviour of breast cancer cells
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Charlène Thiebaut, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
Frontiers in Endocrinology, Frontiers, 2017, 8, pp.272. ⟨10.3389/fendo.2017.00272⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01609240/file/Chamard-Thiebaut%202017%20fendo-08-00272.pdf BibTex
titre
Involvement of arginine 878 together with Ca2+ in aminopeptidase A substrate specificity for N-terminal acidic amino-acid residues.
auteur
Pierre Couvineau, Hugo de Almeida, Bernard Maigret, Catherine Llorens-Cortes, Xavier Iturrioz
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (9), pp.e0184237. ⟨10.1371/journal.pone.0184237⟩
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BibTex
titre
A Glimpse into the World of Integrative and Mobilizable Elements in Streptococci Reveals an Unexpected Diversity and Novel Families of Mobilization Proteins
auteur
Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Chloé Ambroset, Valentin Loux, Thomas Lacroix, Sophie Payot, Nathalie Leblond-Bourget
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.16. ⟨https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5357655/⟩. ⟨10.3389/fmicb.2017.00443⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01580789/file/ColuzziEtAl_Frontiers2017.pdf BibTex
titre
An evolutionary scheme for decision tree construction
auteur
Nour El Islem Karabadji, Hassina Seridi, Fouad Bousetouane, Wajdi Dhifli, Sabeur Aridhi
article
Knowledge-Based Systems, Elsevier, 2017, 119, pp.166 - 177. ⟨10.1016/j.knosys.2016.12.011⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01574079/file/Karabadji%20et%20al%20KBS%202017.pdf BibTex
titre
Modeling and minimizing CAPRI round 30 symmetrical protein complexes from CASP-11 structural models
auteur
Marwa El Houasli, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Sergei Grudinin, David Ritchie
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, Wiley, 2017, Special Issue: Sixth Meeting on the Critical Assessment of Predicted Interactions 85 (3), pp.463-469. ⟨10.1002/prot.25182⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01388654/file/marwa_proteins.pdf BibTex
titre
A bacterial artificial chromosome (BAC) genomic approach reveals partial clustering of the furanocoumarin pathway genes in parsnip
auteur
Sandro Roselli, Alexandre Olry, Sonia Vautrin, Olivier Coriton, David Ritchie, Gianni Galati, Nicolas Navrot, Celia Krieger, G. Vialart, Helene Berges, Frédéric Bourgaud, A. Hein
article
Plant Journal, Wiley, 2017, 89 (6), pp.1119-1132. ⟨10.1111/tpj.13450⟩
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BibTex
titre
Discovering associations between adverse drug events using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2017, 93, pp.539 - 546. ⟨10.1186/s13326-017-0137-x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01576341/file/s13326-017-0137-x.pdf BibTex
titre
MR-SimLab: Scalable subgraph selection with label similarity for big data
auteur
Wajdi Dhifli, Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu Nguifo
article
Information Systems, Elsevier, 2017, 69, pp.155 - 163. ⟨10.1016/j.is.2017.05.006⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01573398/file/IS_2017_Revised.pdf BibTex
titre
BLADYG: A Graph Processing Framework for Large Dynamic Graphs
auteur
Sabeur Aridhi, Alberto Montresor, Yannis Velegrakis
article
Big Data Research, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.bdr.2017.05.003⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01577882/file/main.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
A Distributed Framework for Large-Scale Time-Dependent Graph Analysis
auteur
Wissem Inoubli, Livia Almada, Ticiana L. Coelho da Silva, Gustavo Coutinho, Lucas Peres, Regis Pires Magalhaes, Jose Antonio F. de Macedo, Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu Nguifo
article
ECML PKDD 2017 - TD-LSG 2017 : workshop Advances in Mining Large-Scale Time Dependent Graphs, Sep 2017, Skopje, Macedonia. pp.6
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https://hal.inria.fr/hal-01590675/file/TDLSG-ECMLPKDD_2017_paper_6.pdf BibTex
titre
Automatic Generation of Functional Annotation Rules Using Inferred GO-Domain Associations
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Sabeur Aridhi, Marie-Dominique Devignes, Rabie Saidi, Alexandre Renaux, Maria J. Martin, David W. Ritchie
article
Function-SIG ISMB/ECCB 2017, biofunctionprediction.org, Jul 2017, Prague, Czech Republic
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https://hal.inria.fr/hal-01573070/file/CAPS-GODM-ISMB2017.pdf BibTex
titre
Associating Gene Ontology Terms with Pfam Protein Domains
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
5th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering - IWBBIO 2017, Apr 2017, Granada, Spain. pp.127-138, ⟨10.1007/978-3-319-56154-7_13⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01531204/file/godm_02_feb_2017.pdf BibTex

Poster

titre
Neighborhood-Based Label Propagation in Large Protein Graphs
auteur
Sabeur Aridhi, Seyed Ziaeddin Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
Function SIG @ ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.2
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https://hal.inria.fr/hal-01573381/file/aridhi-et-al-SIG-ISMB2017-Final.pdf BibTex
titre
Automatic Generation of Functional Annotation Rules Using Inferred GO-Domain Associations
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi, Rabie Saidi, Alexandre Renaux, Maria J. Martin, David W. Ritchie
article
Function-SIG ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. 2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01573079/file/ISMB_Poster_draft.pdf BibTex
titre
Fragment­ based modeling of protein­-GAG complexes
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sergey A Samsonov, Martin Zacharias
article
GGMM 2017 - 20e congrès du Groupe de Graphisme et Modelisation Moleculaire, May 2017, Reims, France. pp.1
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01927283/file/Poster-GGMM2017-A0.pdf BibTex
titre
Accelerating Protein Docking Calculations using the ATTRACT Coarse­-Grained Force Field and 3D Rotation Maps
auteur
Maria Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
GGMM 2017 - Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, May 2017, Reims, France
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https://hal.inria.fr/hal-01927271/file/GGMM-Maria-Elisa-Dave-final.pdf BibTex

2016

Article dans une revue

titre
Comparison of Cuckoo Search, Tabu Search and TS-Simplex algorithms for unconstrained global optimization
auteur
Ghania Khensous, Belhadri Messabih, Abdellah Chouarfia, Bernard Maigret
article
Computer Modelling and New Technologies, Prof. Viktors Gopejenko, 2016, 20 (4), pp.23-29. ⟨http://www.cmnt.lv/⟩
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BibTex
titre
GPCRs from fusarium graminearum detection, modeling and virtual screening - the search for new routes to control head blight disease
auteur
Emmanuel Bresso, Roberto Togawa, Kim Hammond-Kosack, Martin Urban, Bernard Maigret, Natalia Florencio Martins
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (S18), pp.14. ⟨10.1186/s12859-016-1342-9⟩
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BibTex
titre
Carbohydrate-based peptidomimetics targeting neuropilin-1: synthesis, molecular docking study and in vitro biological activities
auteur
Mylène Richard, Alicia Chateau, Christian Jelsch, Claude Didierjean, Xavier Manival, Christophe Charron, Bernard Maigret, Muriel Barberi-Heyob, Yves Chapleur, Cédric Boura, Nadia Pellegrini-Moïse
article
Bioorganic and Medicinal Chemistry, Elsevier, 2016, 24 (21), pp.5315-5325. ⟨10.1016/j.bmc.2016.08.052⟩
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BibTex
titre
Identification of novel Trypanosoma cruzi prolyl oligopeptidase inhibitors by structure-based virtual screening
auteur
Hugo de Almeida, Vincent Leroux, Flávia Nader Motta, Philippe Grellier, Bernard Maigret, Jaime M. Santana, Izabela Marques Dourado Bastos
article
Journal of Computer-Aided Molecular Design, Springer Verlag, 2016, ⟨10.1007/s10822-016-9985-1⟩
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BibTex
titre
Prediction of homo- and hetero-protein complexes by protein docking and template-based modeling: a CASP-CAPRI experiment
auteur
Marc F. Lensink, Sameer Velankar, Andriy Kryshtafovych, Shen-You Huang, Dina Schneidman-Duhovy, Andrej Sali, Joan Segura, Narcis Fernandez-Fuentes, Shruthi Viswanath, Ron Elber, Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Hasup Lee, Minkyung Baek, Sangwoo Park, Lim Heo, Gyu Rie Lee, Chaok Seok, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, David W. Ritchie, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Mieczyslaw Torchala, Raphaël Chaleil, Paul A Bates, Efrat Ben-Zeev, Miriam Eisenstein, Surendra Negi S., Thom Vreven, Brian G Pierce, Tyler Borrman, Jinchao Yu, Francoise Ochsenbein, Zhiping Weng, Raphaël Guerois, Anna Vangone, João Rodrigues, Gydo van Zundert, Mehdi Nellen, Li Xue, Ezgi Karaca, Adrien S. J. Melquiond, Koen Visscher, Panagiotis L Kastritis, Alexandre Bonvin, Xianjin Xu, Liming Qiu, Chengfei Yan, Jilong Li, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Yang Sheng, Lenna Peterson, Hyung-Rae Kim, Amit Roy, Xusi Han, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Xiaofeng Yu, Neil J. Bruce, Jonathan C. Fuller, Rebbecca Wade, Ivan Anishchenko, Petras Kundrotas, Ilya Vakser, Kenichiro Imai, Kazunori Yamada, Toshiyuki Oda, Tsukasa Nakamura, Kentaro Tomii, Chiara Pallara, Miguel Romero-Durana, Brian Jiménez-García, Iain H Moal, Juan Fernández-Recio, Jong Young Joung, Jong Yun Kim, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Scott Mottarella, David Hall, Dmitri Beglov, Artem Mamonov, Bing Xia, Tanggis Bohnuud, Carlos del Carpio, Eichiro Ichiishi, Nicholas Marze, Daisuke Kuroda, Shourya Burman, Jeffrey J Gray, Edrisse Chermak, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Andrey Tovchigrechko, Shoshana J Wodak
article
Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2016, Special Issue: Eleventh Meeting on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, 84 (S1), pp.323-348 ⟨10.1002/prot.25007⟩
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titre
Searching for Novel Targets to Control Wheat Head Blight Disease—I-Protein Identification, 3D Modeling and Virtual Screening
auteur
Natália F. Martins, Emmanuel Bresso, Roberto C. Togawa, Martin Urban, John Antoniw, Bernard Maigret, Kim Hammond-Kosack
article
Advances in Microbiology, Scientific Research Publishing, 2016, 06 (11), pp.811 - 830. ⟨10.4236/aim.2016.611079⟩
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titre
PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein–protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation
auteur
Emilie Neveu, David Ritchie, Petr Popov, Sergei Grudinin
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (7), pp.i693-i701. ⟨10.1093/bioinformatics/btw443⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01358645/file/Bioinformatics-2016-Neveu-i693-701.pdf BibTex
titre
Structure-based virtual screening of hypothetical inhibitors of the enzyme longiborneol synthase—a potential target to reduce Fusarium head blight disease
auteur
Emmanuel Bresso, Vincent Leroux, Martin Urban, Kim Hammond-Kosack, Bernard Maigret, Natália F. Martins
article
Journal of Molecular Modeling, Springer Verlag (Germany), 2016, 22 (7), ⟨10.1007/s00894-016-3021-1⟩
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titre
Calculating and scoring high quality multiple flexible protein structure alignments
auteur
David Ritchie
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (17), pp.2650-2658. ⟨10.1093/bioinformatics/btw300⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01371083/file/kpax_2016.pdf BibTex
titre
Protein–protein docking by fast generalized Fourier transforms on 5D rotational manifolds
auteur
Dzmitry Padhorny, Andrey Kazennov, Brandon Zerbe, Kathryn Porter, Bing Xia, Scott Mottarella, Yaroslav Kholodov, David Ritchie, Sandor Vajda, Dima Kozakov
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2016, 113 (30), pp.E4286-E4293. ⟨10.1073/pnas.1603929113⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01371087/file/PNAS-2016-Padhorny-E4286-93.pdf BibTex
titre
Spherical polar Fourier assembly of protein complexes with arbitrary point group symmetry
auteur
David W. Ritchie, Sergei Grudinin
article
Journal of Applied Crystallography, International Union of Crystallography, 2016, 49 (1), pp.158-167. ⟨10.1107/S1600576715022931⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01261402/file/ritchie_grudinin_jac_2016.pdf BibTex
titre
Kbdock - Searching and organising the structural space of protein-protein interactions
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
ERCIM News, ERCIM, 2016, pp.24-25
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https://hal.inria.fr/hal-01258117/file/ercim_kbdock_V3_nov27.pdf BibTex
titre
New Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration
auteur
Chloé Ambroset, Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Valentin Loux, Thomas Lacroix, Sophie Payot, Nathalie Leblond-Bourget
article
Frontiers in microbiology, Frontiers Research Foundation, 2016, 6, pp.1483. ⟨http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology#about⟩. ⟨10.3389/fmicb.2015.01483⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01262284/file/Ambroset%20et%20al%202016.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Transgenerational effects of ERalpha36 over-expression on mammary gland development and molecular phenotype: clinical perspective for breast cancer risk and therapy.
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Charlène Thiébaut, Malika Smail-Tabbone, El-Hadi Djermoune, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
21st World Congress on Advances in Oncology and 19th International Symposium on Molecular Medicine, Oct 2016, Athens, Greece
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416469/file/Abstract_Chamard-Jovenin.pdf BibTex
titre
Discovering ADE associations from EHRs using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Phenotype Day, Bio-Ontologies SIG, ISMB, Jul 2016, Orlando, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01369448/file/phenoday_2016_personeni.pdf BibTex
titre
Using aggregation functions on structured data: a use case in the FIGHT-HF project
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Chedy Raïssi, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Symposium on Aggregation and Structures (ISAS 2016) , Jul 2016, Luxembourg, Luxembourg
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titre
Extraction d'association d'EIM à partir de dossiers patients : expérimentation avec les structures de patrons et les ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Deuxième Atelier sur l'Intelligence Artificielle et la Santé, Jun 2016, Montpellier, France
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titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ERα36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
2nd French Workshop on Endocrine disruption in wildlife and human health, Jan 2016, Paris, France
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Chapitre d'ouvrage

titre
Classification and Exploration of 3D Protein Domain Interactions Using Kbdock
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
O. Carugo; F. Eisenhaber. Data Mining Techniques for the Life Sciences, 1415, Springer Science+Business Media New York, pp.91-105, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3570-3. ⟨10.1007/978-1-4939-3572-7_5⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01317448/file/anisah_mmb_fixed.pdf BibTex

Poster

titre
Using Content-Based Filtering to Infer Direct Associations between the CATH, Pfam, and SCOP Domain Databases
auteur
Seyed Ziaeddin Alborzi, David W. Ritchie, Marie-Dominique Devignes
article
ECCB 2016, Sep 2016, The Hague, Netherlands
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2015

Article dans une revue

titre
Identification of New Antifungal Compounds Targeting Thioredoxin Reductase of Paracoccidioides Genus
auteur
Ana Rodrigues Adabio, Erika S. Kioshima, Vincent Leroux, Nathalia Martins, Bernard Maigret, Maria Soares Felipe
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (11), pp.e0142926. ⟨10.1371/journal.pone.0142926⟩
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titre
GESSE: Predicting Drug Side Effects from Drug–Target Relationships
auteur
Violeta Pérez-Nueno, Arnaud S. Karaboga, Michel Souchet, David Ritchie
article
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2015, 55 (9), pp.1804-1823. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00120⟩
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titre
Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex
auteur
Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, pp.5:10760. ⟨http://www.nature.com/srep/2015/150601/srep10760/full/srep10760.html⟩. ⟨10.1038/srep10760⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01162594/file/srep10760.pdf BibTex
titre
A Structure-Based Classification and Analysis of Protein Domain Family Binding Sites and Their Interactions
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Seyed Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Biology, MDPI 2015, 4 (2), pp.327-343. ⟨10.3390/biology4020327⟩
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titre
New structural insights into the apelin receptor: identification of key residues for apelin binding
auteur
Romain Gerbier, Vincent Leroux, Pierre Couvineau, Rodrigo Alvear-Perez, Bernard Maigret, Catherine Llorens-Cortes, Xavier Iturrioz
article
FASEB Journal, Federation of American Society of Experimental Biology, 2015, 29 (1), pp.314-322. ⟨10.1096/fj.14-256339 ⟩
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Communication dans un congrès

titre
Long chain alkyphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER$\alpha$36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
2nd International Symposium of the Cancer Research Center of Lyon, Sep 2015, Lyon, France
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titre
EC-PSI: Associating Enzyme Commission Numbers with Pfam Domains
auteur
Seyed Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨10.1101/022343⟩
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titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
4ème Colloque Inter-Régional Grand-Est de Recherche Translationnelle en Oncologie, Oncotrans 2015, Jun 2015, Dijon, France
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2013

Article dans une revue

titre
Extended spectrum of MBD5 mutations in neurodevelopmental disorders
auteur
Céline Bonnet, Asma Ali Khan, Emmanuel Bresso, Charlène Vigouroux, Mylène Béri, Sarah Lejczak, Bénédicte Deemer, Joris Andrieux, Christophe Philippe, Anne Moncla, Irina Giurgea, Marie-Dominique Devignes, Bruno Leheup, Philippe Jonveaux
article
European Journal of Human Genetics, Nature Publishing Group, 2013, 21 (12), pp.1457 - 1461. ⟨10.1038/ejhg.2013.22⟩
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Communication dans un congrès

titre
Computational phenotype prediction of ionizing-radiation-resistant bacteria with a multiple-instance learning model
auteur
Sabeur Aridhi, Haithem Sghaier, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
article
BioKDD '13 - Proceedings of the 12th International Workshop on Data Mining in Bioinformatics, Aug 2013, Chicago, United States. ⟨10.1145/2500863.2500866⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01819542/file/Camera_ready_paper_BioKDD13.pdf BibTex

2012

Communication dans un congrès

titre
Feature extraction in protein sequences classification: a new stability measure
auteur
Saidi Rabie, Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu Nguifo, Mondher Maddouri
article
ACM BCB 2012 - Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, Oct 2012, Orlando, United States. ⟨10.1145/2382936.2383060⟩
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