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Equipe de recherche AMIB

Algorithmes et modèles pour la Biologie Intégrative

  • Responsable : Mireille Regnier
  • Centre(s) de recherche : CRI Saclay - Île-de-France
  • Domaine : Santé, biologie et planète numériques
  • Thème : Biologie numérique
  • Partenaire(s) : Université Paris-Sud (Paris 11),CNRS,Ecole Polytechnique
  • Collaborateur(s) : Laboratoire d'informatique de l'école polytechnique (LIX) (UMR7161)

Présentation de l'équipe

AMIB poursuit 3 buts biologiques principaux.

  • les modèles structuraux pour les ARN et les protéines, leurs interactions et le design
  • les stratégies d'annotation structurelle et fonctionnelle des séquences;
  • biologie des systèmes.

La modélisation et l'annotation se basent sur des algorithmes combinatoires, l'énumération et les probabilités. L'apprentissage et les méthodes d'extraction de connaissance sont aussi adaptés. Le développement de critères quantitatifs rigoureux pour évaluer la qualité des prédictions est au coeur de ce projet.

Relations industrielles et internationales

Collaborations en cours avec des universitaires et chercheurs de : MPI-Berlin, Boston College, UQAM-Montreal, McGill, UPenn, Stanford.

Mots-clés : Biologie structurale Annotation Biologie des systèmes Apprentissage Algorithmes Modelisation

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