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PLEIADE Research team

PLEIADE team publications

2016

Journal articles

titre
Phylogenetic signal in diatom ecology: perspectives for aquatic ecosystems biomonitoring
auteur
François Keck, Frédéric Rimet, Alain Franc, Agnès Bouchez
article
Ecological Applications, Ecological Society of America, 2016, 26 (3), pp.861 - 872. 10.1890/14-1966
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titre
Plastome data reveal multiple geographic origins of Quercus Group Ilex
auteur
Marco Cosimo Simeone, Guido W. Grimm, Alessio Papini, Federico Vessella, Simone Cardoni, Enrico Tordoni, Roberta Piredda, Alain Franc, Thomas Denk
article
PeerJ, PeerJ, 2016, 4, pp.e1897. 10.7717/peerj.1897
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titre
phylosignal: an R package to measure, test, and explore the phylogenetic signal
auteur
François Keck, Frédéric Rimet, Agnès Bouchez, Alain Franc
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2016, 6 (9), pp.2774 - 2780. 10.1002/ece3.2051
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titre
Linking phylogenetic similarity and pollution sensitivity to develop ecological assessment methods: a test with river diatoms
auteur
François Keck, Agnès Bouchez, Alain Franc, Frédéric Rimet
article
Journal of Applied Ecology, 2016, 53 (3), pp.856 - 864. 10.1111/1365-2664.12624
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titre
R-Syst::diatom: an open-access and curated barcode database for diatoms and freshwater monitoring
auteur
Frédéric Rimet, Philippe Chaumeil, François Keck, Lenaïg Kermarrec, Valentin Vasselon, Maria Kahlert, Alain Franc, Agnès Bouchez
article
Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2016, 2016, 10.1093/database/baw016
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Poster communications

titre
FMR: Fast randomized algorithms for covariance matrix computations
auteur
Pierre Blanchard, Olivier Coulaud, Eric Darve, Alain Franc
article
Platform for Advanced Scientific Computing (PASC), Jun 2016, Lausanne, Switzerland. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01334747/file/poster-projet.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
diagno-syst: a tool for accurate inventories in metabarcoding
auteur
Jean-Marc Frigerio, Frédéric Rimet, Agnès Bouchez, Emilie Chancerel, Philippe Chaumeil, Franck Salin, Sylvie Thérond, Maria Kahlert, Alain Franc
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-01426764/file/1611.09410v1.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Genome-wide association links candidate genes to resistance to Plum Pox Virus in apricot (Prunus armeniaca)
auteur
Stéphanie Mariette, Fabienne Wong Jun Tai, Guillaume Roch, Aurélien Barré, Aurélie Chague, Stéphane Decroocq, Alexis Groppi, Yec’han Laizet, Patrick Lambert, David Tricon, Macha Nikolski, Jean-Marc Audergon, Albert Abbott, Véronique Decroocq
article
New Phytologist, Wiley, 2015, DOI: 10.1111/nph.13627. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.13627/full. 10.1111/nph.13627
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titre
Allelic variation at the rpv1 locus controls partial resistance to Plum pox virus infection in Arabidopsis thaliana
auteur
Sylvain Poque, Gaëlle Pagny, Laurence Ouibrahim, Aurélie Chague, Jean-Philippe Eyquard, Mélodie Caballero, Thierry Candresse, Carole Caranta, Stéphanie Mariette, Véronique Decroocq
article
BMC Plant Biology, BioMed Central, 2015, 15, pp.159. 10.1186/s12870-015-0559-5
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titre
Phylogenomic Analysis of Oenococcus oeni Reveals Specific Domestication of Strains to Cider and Wines.
auteur
Hugo Campbell-Sills, Mariette El Khoury, Marion Favier, Andrea Romano, Franco Biasioli, Giuseppe Spano, David James Sherman, Olivier Bouchez, Emmanuel Coton, Monika Coton, Sanae Okada, Naoto Tanaka, Marguerite Dols-Lafargue, Patrick M Lucas
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (6), pp.1506-18. 10.1093/gbe/evv084
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titre
Mimoza: web-based semantic zooming and navigation in metabolic networks
auteur
Anna Zhukova, David James Sherman
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2015, 9, pp.10. 10.1186/s12918-015-0151-5
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titre
Pantograph: A template-based method for genome-scale metabolic model reconstruction
auteur
Nicolás Loira, Anna Zhukova, David James Sherman
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2015, 10, pp.1550006. 10.1142/S0219720015500067
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Conference papers

titre
E-Biothon: an experimental platform for BioInformatics
auteur
Michel Daydé, Benjamin Depardon, Alain Franc, Jean-François Gibrat, Romaric Guillier, Yasaman Karami, Christian Pérez, Frédéric Suter, Marie Chabbert, Bruck Taddese, Sylvie Thérond
article
International Conference on Computer Science and Information Technologies, Sep 2015, Yerevan, Armenia
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https://hal.inria.fr/hal-01207320/file/eBiothon.pdf BibTex
titre
Deciphering the language of fungal pathogen recognition receptors
auteur
Witold Dyrka, Pascal Durrens, Mathieu Paoletti, Sven Saupe, David Sherman
article
8th Symposium of the Polish Bioinformatics Society, Sep 2015, Lublin, Poland. http://ptbi.org.pl/zjazd2015/
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https://hal.inria.fr/hal-01203357/file/Abstract_wdyrka.pdf BibTex
titre
Diversity and Domestication in Oenological Yeasts
auteur
David James Sherman
article
Moscow Conference on Computational and Molecular Biology (MCCMB'15), Jul 2015, Moscow, Russia. 2015, Седьмая Московская международная конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'15. http://mccmb.belozersky.msu.ru/2015/index.html
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Poster communications

titre
Deciphering the language of fungal pathogen recognition receptors
auteur
Witold Dyrka, Pascal Durrens, Sven J Saupe, Mathieu Paoletti, David James Sherman
article
EMBO Young Scientists Forum 2015, Jul 2015, Warsaw, Poland. 2015, http://troll.cent.uw.edu.pl/embo_ysf2015/index.html
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https://hal.inria.fr/hal-01171745/file/wdyrka_emboysf2015.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Exact and approximate inference in graphical models: variable elimination and beyond
auteur
Nathalie Dubois Peyrard, Simon De Givry, Alain Franc, Stephane Robin, Regis Sabbadin, Thomas Schiex, Matthieu Vignes
article
2015
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https://arxiv.org/pdf/1506.08544 BibTex