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DYLISS Research team

DYLISS team publications

2019

Journal articles

titre
queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01988699/file/queryMed.pdf BibTex
titre
In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans
auteur
Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret
article
Toxicology Letters, Elsevier, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩
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titre
Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks
auteur
Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02018724/file/JTB_WERY%282%29.pdf BibTex

Conference papers

titre
Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
auteur
Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, Emmanuel Oger, André Happe
article
Workshop IA&Santé, PFIA, Jul 2019, Toulouse, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02265743/file/IASante_PFIA2019_bakalara.pdf BibTex

Master thesis

titre
Régulation par les miARNs des gènes régulant la fécondité et le développement embryonnaire précoce chez le poisson médaka
auteur
Fanny Casse Encadrée
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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https://hal.inria.fr/hal-02192476/file/CASSE_Fanny_rapport.pdf BibTex
titre
Evaluation of the public databases' relevance as comprehensive tools for pharmacological mechanisms
auteur
Pierre Beaudier
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
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https://hal.inria.fr/hal-02191210/file/BEAUDIER_Pierre_rapport.pdf BibTex

Poster communications

titre
Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis
auteur
Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anne Siegel
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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https://hal.inria.fr/hal-02193860/file/PosterJOBIM19.pdf BibTex
titre
Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
auteur
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré
article
ISMB/ECCB 2019 (Bâle - Suisse), JOBIM 2019 (Nantes - France), Jul 2019, Nantes, France. F1000Research, 8, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02267357/file/f1000research-258489.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Deep learning languages: a key fundamental shift from probabilities to weights?
auteur
François Coste
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-02235207/file/probxit.pdf BibTex
titre
Hepatocellular carcinoma computational models identify key protein-complexes associated to tumor progression
auteur
Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Carito Guziolowski, Nathalie Théret
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02095930/file/Folschette_Hepatocellular_nocopyright.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Hybrid Metabolic Network Completion
auteur
Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
article
Theory and Practice of Logic Programming, Cambridge University Press (CUP), 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01936778/file/1808.04149.pdf BibTex
titre
MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis
auteur
Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Aurélie Le Cam, Anne Siegel, Julien Bobe, Violette Thermes
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01871468/file/2018_Thermes_PlosOne.pdf BibTex
titre
Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
auteur
Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (17), pp.i934 - i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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BibTex
titre
Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models
auteur
Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, María Paz Cortés, Sebastián N Mendoza, Gregory Carrier, Olivier Dameron, Nicolas Guillaudeux, Mauricio Latorre, Nicolas Loira, Gabriel V Markov, Alejandro Maass, Anne Siegel
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01807842/file/journal.pcbi.1006146.pdf BibTex
titre
Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data
auteur
Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01897020/file/preprint.pdf BibTex

Conference papers

titre
Converting Alzheimer's disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data
auteur
Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
article
DILS 2018 - 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01917742/file/Henry_et_al_ORCID.pdf BibTex
titre
Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
JFO 2018 - 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01912046/file/article-jfo.pdf BibTex
titre
KaSa: A Static Analyzer for Kappa
auteur
Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, Nathalie Théret, Pierre Vignet
article
CMSB 2018 - 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01888951/file/cmsb2018.pdf BibTex
titre
Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
auteur
Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
article
ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943, ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01946860/file/Frioux%20et%20al.%20-%202018%20-%20Scalable%20and%20exhaustive%20screening%20of%20metabolic%20functions%20carried%20out%20by%20microbial%20consortia.pdf BibTex
titre
Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction
auteur
François Coste, Jacques Nicolas
article
ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168
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https://hal.inria.fr/hal-01872266/file/coste18.pdf BibTex
titre
How to measure the topological quality of protein parse trees?
auteur
Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
article
ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 - 138
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https://hal.inria.fr/hal-01938608/file/pyzik18.pdf BibTex
titre
Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics
auteur
Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue
article
28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01826564/file/main.pdf BibTex
titre
An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA
auteur
Lucas Bourneuf
article
FCA4AI'18 - 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01945938/file/FCA4AI_18___biseau.pdf BibTex
titre
Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids
auteur
Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart
article
ISMB 2018 - 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States
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BibTex
titre
queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01834137/file/queryMed.pdf BibTex
titre
Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer's disease
auteur
Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
article
DMCM 2018 - 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01873474/file/DiseaseMapMeeting_2018_VHenry.pdf BibTex

Master thesis

titre
Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues
auteur
Nicolas Guillaudeux
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2018
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https://hal.inria.fr/hal-01948461/file/M2_NGuillaudeux_181206.pdf BibTex

Poster communications

titre
CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne Da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01929963/file/marchet-camille-genscale.pdf BibTex
titre
Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé
auteur
Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed'Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, Olivier Dameron, Gilles Foucras, Alexandre Journaux, Frédéric Launay, Pierre-Yves Le Bail, Nathalie Le Floc'H, Mélanie Martignon, Claire Nédellec, Marie-Helene Pinard - van Der Laan, Edwige Quillet, Marie-Christine Meunier-Salaün
article
Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France. 2018
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BibTex

Theses

titre
Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems
auteur
Clémence Frioux
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S058⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01945853/file/FRIOUX_Clemence.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Inferring biochemical reactions and metabolite structures to cope with metabolic pathway drift
auteur
Arnaud Belcour, Jean Girard, Meziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric J-J Leroux, Simon M Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V Markov
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01943880/file/462556.full.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing
auteur
María Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, Veronica Cambiazo, Alejandro Maass
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01661270/file/fmicb-08-02462.pdf BibTex
titre
A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Mary Ann Liebert 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩
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BibTex
titre
Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks
auteur
Sylvain Prigent, Clémence Frioux, Simon M Dittami, Sven Thiele, Abdelhalim Larhlimi, Guillaume Collet, Gutknecht Fabien, Jeanne Got, Damien Eveillard, Jérémie Bourdon, Frédéric Plewniak, Thierry Tonon, Anne Siegel
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01449100/file/prigent2017.pdf BibTex
titre
caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families
auteur
Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩
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BibTex
titre
A modeling approach to evaluate the balance between bioactivation and detoxification of MeIQx in human hepatocytes
auteur
Victorien Delannée, Sophie Langouët, Nathalie Théret, Anne Siegel
article
PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.e3703. ⟨10.7717/peerj.3703⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01575579/file/Delanne_A%20modeling%20approach.pdf BibTex
titre
Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks
auteur
Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, María Paz Cortés, Jeanne Got, Camille Trottier, Damien Eveillard, Anne Siegel
article
PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩
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BibTex
titre
A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs
auteur
Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, David Causeur, Hélène Gilbert, Isabelle Louveau
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.244. ⟨10.1186/s12864-017-3639-0⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01494107/file/Gondret_et_al-2017-BMC_Genomics_%7BF0E95270-5F39-418D-A2C8-2BDF35110611%7D.pdf BibTex

Conference papers

titre
Identifying Functional Families of Trajectories in Biological Pathways by Soft Clustering: Application to TGF-β Signaling
auteur
Jean Coquet, Nathalie Théret, Vincent Legagneux, Olivier Dameron
article
CMSB 2017 - 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, France. pp.17
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01559249/file/JeanCoquet_CMSB.pdf BibTex
titre
Toward the study of metabolic functions in algal holobionts
auteur
Claire Lippold, Camille Trottier, Clémence Frioux, Marie Chevallier, Simon M Dittami, Anne Siegel
article
4ème Colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
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BibTex
titre
Toward a better understanding of the plant microbiota
auteur
Victoria Potdevin, Marie Chevallier, Ruben Garrido Oter, Anne Siegel, Stéphane Hacquard, Damien Eveillard, Philippe Vandenkoornhuyse
article
4ème colloque de Génomique Environnementale, GDR Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
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BibTex
titre
Inductive learning from state transitions over continuous domains
auteur
Tony Ribeiro, Sophie Tourret, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Domenico Borzacchiello, Francisco Chinesta, Olivier Roux, Katsumi Inoue
article
ILP 2017 - 27th International Conference on Inductive Logic Programming, Sep 2017, Orléans, France. pp.124-139, ⟨10.1007/978-3-319-78090-0_9⟩
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BibTex
titre
AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies
auteur
Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
article
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1
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https://hal.inria.fr/hal-01577425/file/Jobim2017___AskOmics___Demo.pdf BibTex
titre
Hybrid Metabolic Network Completion
auteur
Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
article
14th International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - LPNMR 2017, Jul 2017, Espoo, Finland. pp.308-321
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https://hal.inria.fr/hal-01557347/file/paper.pdf BibTex
titre
Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics
auteur
Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
article
Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France
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BibTex
titre
FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression
auteur
Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
article
International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01558302/file/Conference_ICFCA_2017_camera_ready.pdf BibTex
titre
Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid
auteur
Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, Sylvie Hudaverdian, Stéphanie Jaubert-Possamai, Nathalie Leterme-Prunier, Jacques Nicolas, Hervé Seitz, Anne Siegel, Sylvie Tanguy, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
article
10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States
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BibTex
titre
Interoperable infrastructure and implementation of a health data model for remote monitoring of chronic diseases with comorbidities
auteur
Philippe Finet, Bernard Gibaud, Olivier Dameron, Régine Le Bouquin Jeannes
article
Journées d'Etude sur la TéléSANté, 6ème edition, Pôle Capteurs, Université d'Orléans, May 2017, Bourges, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01565009/file/JETSAN2017PhFINET.doc https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01565009/file/JETSAN2017PhFINET.pdf BibTex

Book sections

titre
L'écologie des systèmes
auteur
Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse
article
Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri. Les Big Data à Découvert, CNRS éditions, 2017, 978-2-271-11464-8
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BibTex

Directions of work or proceedings

titre
A Similarity Measure Based on Care Trajectories as Sequences of Sets
auteur
Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
article
Annette ten Teije; Christian Popow; John H. Holmes; Lucia Sacchi. Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Jun 2017, Vienna, Austria. , 10259, Springer, pp.278-282, 2017, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-59758-4. ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_32⟩. ⟨https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-319-59758-4⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01558123/file/AIME_YRivault_paper_71.pdf BibTex

Master thesis

titre
Better scoring schemes for the recognition of functional proteins by protomata
auteur
Manon Ruffini
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01557941/file/Rapport_de_stage_master.pdf BibTex

Poster communications

titre
Mesures de similarité entre trajectoires de soins issues de bases de données médico-administratives
auteur
Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
article
8 èmes rencontres scientifiques du réseau doctoral en santé publique, Mar 2017, Rennes, France. pp.1
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01915618/file/poster_rd_Yann_Rivault.pdf BibTex

Theses

titre
Étude exhaustive de voies de signalisation de grande taille par clustering des trajectoires et caractérisation par analyse sémantique
auteur
Jean Coquet
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S073⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01670730/file/COQUET_Jean.pdf BibTex
titre
Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques : application aux xénobiotiques
auteur
Victorien Delannée
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S058⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01659375/file/DELANNEE_Victorien.pdf BibTex
titre
Structure de réseaux biologiques : rôle des nœuds internes vis-à-vis de la production de composés
auteur
Julie Laniau
article
Recherche opérationnelle [cs.RO]. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, 2017. Français
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01656474/file/manuscrit_these.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01564093/file/amplicons_PeerJ_20170718.pdf BibTex
titre
First landscape of binding to chromosomes for a domesticated mariner transposase in the human genome: diversity of genomic targets of SETMAR isoforms in two colorectal cell lines
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Solenne Bire, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Alban Girault, Serge Guyetant, Thierry Lecomte, Benoît Piégu, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
article
2017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01558001/file/115030.full.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
The smell of us – crowdsourcing human body odor evaluation
auteur
Marguerite Benony, Marianne Cardon, Arnaud Ferré, Jean Coquet, Nathan Foulquier, Florian Thonier, Lucas Le Lann, Henry de Belly, Alexandre Evans, Aakriti Jain, Juan Manuel García Arcos, Jason Bland, Ian Marcus, Ariel B Lindner, Edwin H Wintermute
article
Human Computation - A Transdisciplinary Journal, Human Computation Institute, 2016, 3 (1), pp.161-197. ⟨10.15346/hc.v3i1.9⟩
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BibTex
titre
Molecular alterations induced by a high-fat high-fiber diet in porcine adipose tissues: variations according to the anatomical fat location
auteur
Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Isabelle Louveau, David Causeur
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.120. ⟨10.1186/s12864-016-2438-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01286555/file/16GondretBMC_%7BA4C911BE-7131-4ADB-90F7-8E1460807C53%7D.pdf BibTex
titre
Geometric analysis of pathways dynamics: application to versatility of TGF-β receptors
auteur
Satya Swarup Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Théret, Ovidiu Radulescu
article
BioSystems, Elsevier, 2016, 149, pp.3-14. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.004⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01379033/file/Samal_et_al_Biosystems_final.pdf BibTex
titre
In silico characterization of the interaction between LSKL peptide, a LAP-TGF-beta derived peptide, and ADAMTS1.
auteur
Marie-Amandine Laurent, Dominique Bonnier, Nathalie Théret, Pierre Tufféry, Gautier Moroy
article
Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2016, 61, pp.155-161. ⟨10.1016/j.compbiolchem.2016.01.012⟩
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BibTex
titre
Relevance of health level 7 clinical document architecture and integrating the healthcare enterprise cross-enterprise document sharing profile for managing chronic wounds in a telemedicine context
auteur
Philippe Finet, Olivier Dameron, B Gibaud, R. Lebouquin Jeannes
article
Healthcare Technology Letters, The Institution of Engineering and Technology, 2016, 3 (1), pp.22-26. ⟨10.1049/htl.2015.0053⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01301007/file/Manuscript%20Finet%20hal.pdf BibTex
titre
Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes
auteur
Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, Alejandro Maass
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.129-42
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BibTex
titre
VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences
auteur
Clovis Galiez, Magnan Christophe, François Coste, Pierre Baldi
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩
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BibTex
titre
Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization
auteur
Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, Anne Siegel, Robert Bellé
article
Molecular Reproduction and Development, Wiley, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01390047/file/Picard_2016_Model_of_the.pdf BibTex
titre
Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal
auteur
Masoomeh Taghipoor, Sophie Lemosquet-Simon, Jacob van Milgen, Anne Siegel, Daniel Sauvant, Florence Gondret
article
INRA Productions Animales, Paris: INRA, 2016, 29 (3), pp.201-216
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BibTex
titre
A combinatorial approach to products of Pisot substitutions
auteur
Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
article
Ergodic Theory and Dynamical Systems, Cambridge University Press (CUP), 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
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https://arxiv.org/pdf/1401.0704v2 BibTex
titre
Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming
auteur
Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
article
BioSystems, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01354075/file/preprint.pdf BibTex
titre
Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of the Alerts
auteur
Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
article
Studies in Health Technology and Informatics, IOS Press, 2016, 221, pp.59--63. ⟨10.3233/978-1-61499-633-0-59⟩
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BibTex
titre
Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation
auteur
Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
article
EP-Europace, Oxford University Press (OUP): Policy B, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01331019/file/Personalized%20and%20automated%20remote%20monitoring-accepted.pdf BibTex
titre
TGF-β signaling intersects with CD103 integrin signaling to promote T lymphocyte accumulation and antitumor activity in the lung tumor microenvironment
auteur
Marie Boutet, Ludiane Gauthier, Marine Leclerc, Gwendoline Gros, Vincent de Montpreville, Nathalie Théret, Emmanuel Donnadieu, Fathia Mami-Chouaib
article
Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2016, 76 (7), pp.1757-69. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-1545⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01282442/file/TGF%CE%B2%20Signaling%20Intersects%20with%20CD103-boutet2016-final.pdf BibTex

Conference papers

titre
PEPS: a platform for supporting studies in pharmaco-epidemiology using medico-administrative databases
auteur
Frédéric Balusson, Marie-Anne Botrel, Olivier Dameron, Yann Dauxais, Erwan Drezen, Alain Dupuy, Thomas Guyet, David Gross-Amblard, André Happe, Nolwenn Le Meur, Béranger Le Nautout, Emmanuelle Leray, Emmanuel Nowak, Caroline Rault, Emmanuel Oger, Elisabeth Polard
article
International Congress on e-Health Research, Oct 2016, Paris, France
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BibTex
titre
How to measure the topological quality of protein grammars?
auteur
Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Lukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek
article
ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01406331/file/icgi16_abs_rev.pdf BibTex
titre
A refined parsing graph approach to learn smaller contextually substitutable grammars with less data
auteur
François Coste, Mikail Demirdelen
article
ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01406337/file/demirdelen.pdf BibTex
titre
BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction
auteur
Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, Denis Tagu
article
XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States
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BibTex
titre
Complications post-opératoires et mode de prise en charge en angioplastie : apport du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI)
auteur
Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
article
Congrès Adelf-Epiter 2016, Sep 2016, Rennes, France
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BibTex
titre
Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
article
RCAM'16 "Recent Computational Advances in Metagenomics", Sep 2016, The Hague, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01576304/file/RCAM2016_long_DetectionOfMutatedPrimers_20170822.pdf BibTex
titre
An application suite based on the IFB Container as a Service platform
auteur
Francois Moreews, Olivier Sallou, Olivier Collin
article
ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
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BibTex
titre
Packing graphs with ASP for landscape simulation
auteur
Thomas Guyet, Yves Moinard, Jacques Nicolas, René Quiniou
article
IJCAI 2016 - 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8
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https://hal.inria.fr/hal-01327368/file/graph-packing.pdf BibTex
titre
Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox
auteur
Marie Chevallier, Meziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, María Paz Cortés, Clémence Frioux, Julie Laniau, Camille Trottier, Alejandro Maass, Anne Siegel
article
Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01377844/file/soumission_Jobim_106437.pdf BibTex
titre
Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique (SFBI), Jun 2016, Rennes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01343121/file/Jobim2016_amplicon_VFproceedings.pdf BibTex
titre
La gestion de données médico-administratives grâce aux outils du Web sémantique
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Journées ADELF-EMOIS « Système d’information hospitalier et Epidémiologie », Mar 2016, Dijon, France. pp.S15, ⟨10.1016/j.respe.2016.01.051⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297389/file/abstract_ADELF-EMOIS_2016.pdf BibTex
titre
A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks.
auteur
Anne Siegel
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France
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BibTex

Book sections

titre
Learning the Language of Biological Sequences
auteur
François Coste
article
Jeffrey Heinz; José M. Sempere. Topics in Grammatical Inference, Springer-Verlag, 2016, 978-3-662-48393-0. ⟨10.1007/978-3-662-48395-4_8⟩. ⟨http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-662-48395-4_8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01244770/file/learning_language_of_biological_sequences.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Ontology-based methods for analyzing life science data
auteur
Olivier Dameron
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2016
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https://hal.inria.fr/tel-01403371/file/Dameron_Olivier_HDR_manuscript.pdf BibTex

Master thesis

titre
Apprentissage profond et acquisition de représentations latentes de séquences peptidiques
auteur
Sun Rémy
article
Apprentissage [cs.LG]. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01406368/file/ENS_Rennes_DIT_Internship_L3_2016_paper_2.pdf BibTex
titre
Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages
auteur
Mikaïl Demirdelen
article
Machine Learning [cs.LG]. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01406352/file/rapport_MRI.pdf BibTex

Poster communications

titre
Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family
auteur
Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Regine Delourme, Maria Manzanares-Dauleux, Mélanie Jubault
article
Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia. ⟨http://brassica2016.com/⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01391707/file/evrard2016brassica_poster.pdf BibTex
titre
The probiotic [i]Propionibacteriumfreudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
auteur
Fabien Cousin, S. Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, C. Brenner, E. Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel
article
4 International Symposium on Propionibacteria and Bibfidobacteria , Sep 2016, Cork, Ireland. 2016
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BibTex
titre
Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics
auteur
Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
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BibTex
titre
The probiotic [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
auteur
Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel, Gwénaël Jan
article
International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics - IPC2016, Jun 2016, Budapest, Hungary. 2016
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BibTex

Theses

titre
De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01416734/file/ANTOINE_LORQUIN_Aymeric.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP
auteur
Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, Jacques Nicolas, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01058610/file/paper.pdf BibTex
titre
Designing experiments to discriminate families of logic models
auteur
Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
article
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩
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BibTex
titre
Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments
auteur
Clovis Galiez, François Coste
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y.pdf https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y-s1.pdf https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y-s2.pdf BibTex
titre
Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach
auteur
Philippe Bordron, Mauricio Latorre, María Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, Anne Siegel, Alejandro Maass, Damien Eveillard
article
MicrobiologyOpen, Wiley, 2015, 5 (1), pp.106-117. ⟨http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mbo3.315/full⟩. ⟨10.1002/mbo3.315⟩
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BibTex
titre
Optimal Threshold Determination for Interpreting Semantic Similarity and Particularity: Application to the Comparison of Gene Sets and Metabolic Pathways Using GO and ChEBI
auteur
Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (7), pp.30. ⟨10.1371/journal.pone.0133579⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01184934/file/bettembourg2015threshold_figs_201507.pdf BibTex
titre
Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
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BibTex
titre
Extended notions of sign consistency to relate experimental data to signaling and regulatory network topologies
auteur
Sven Thiele, Julio Saez-Rodriguez, Luca Cerone, A Siegel, Carito Guziolowski, Steffen Klamt
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16, pp.345. ⟨10.1186/s12859-015-0733-7⟩
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BibTex

Conference papers

titre
From formal concepts to analogical complexes
auteur
Laurent Miclet, Jacques Nicolas
article
CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12
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https://hal.inria.fr/hal-01198943/file/CLA2015.pdf BibTex
titre
Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data
auteur
Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
article
CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01164751/file/report.pdf BibTex
titre
Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments
auteur
Clovis Galiez, François Coste
article
3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France
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https://hal.inria.fr/hal-01214506/file/3DSIG2015_GaliezCoste.pdf BibTex
titre
Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée
article
JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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https://hal.inria.fr/hal-01197050/file/JOBIM2015_Rsat_LXRE_FINALE.pdf BibTex
titre
AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique
auteur
Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Jun 2015, Rennes, France. pp.7
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https://hal.inria.fr/hal-01184903/file/bettembourg2015inovive.pdf BibTex
titre
Une infrastructure générique basée sur les apports du Web Sémantique pour l’analyse des bases médico-administratives
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Plate-forme Intelligence Artificielle 2015, conférence Ingénierie des Connaissances, Jun 2015, Rennes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01678828/file/Le%20Web%20S%C3%A9mantique%20pour%20les%20donn%C3%A9es%20de%20sant%C3%A9.pdf BibTex
titre
Data integration
auteur
Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel
article
Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives
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BibTex
titre
Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution
auteur
Timo Jolivet, Anne Siegel
article
MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01196152/file/report.pdf https://hal.inria.fr/hal-01196152/file/MCUSiegelJolivet.pdf BibTex
titre
A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01196598/file/ijcai15_picard_et_al.pdf BibTex

Book sections

titre
Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
auteur
Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
article
David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01228488/file/plant_repeats_nicolas_finHAL.pdf BibTex
titre
Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming
auteur
Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
article
S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization
Accès au bibtex
BibTex
titre
On the Pisot Substitution Conjecture
auteur
S Akiyama, M Barge, V Berthé, J.-Y Lee, A Siegel
article
Mathematics of Aperiodic Order, 309, Springer, pp.33-72, 2015, Progress in mathematics, 978-3-0348-0903-0. ⟨10.1007/978-3-0348-0903-0_2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01196318/file/AkiyamaBargeBertheLeeSiegel.pdf BibTex

Master thesis

titre
Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales
auteur
Maud Jusot
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01246372/file/Maud_JUSOT_rapport_de_stage_M2BI_2015%20%281%29.pdf BibTex

Poster communications

titre
Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways
auteur
Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret
article
JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01242893/file/posterjobim.pdf BibTex
titre
Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics
auteur
Mélanie Petera, Gildas Le Corguille, Marion Landi, Misharl Monsoor, Marie Tremblay Franco, Christophe Duperier, Jean-François Martin, Daniel Jacob, Yann Guitton, Marie Lefebvre, Estelle Pujos-Guillot, Franck Giacomoni, Etienne Thévenot, Christophe Caron
article
JOBIM 2015 (16. édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015, ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01214152/file/2015_P%C3%A9t%C3%A9ra_workflow_Jobim_Clermont_%7BC263FB02-D99C-4EA7-B77F-3893D2C975F9%7D.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01214152/file/2015_programme_JOBIM_%7BCDBDCDC0-4066-4190-AC53-28543644E262%7D.pdf BibTex
titre
Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility
auteur
Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, David Causeur, Isabelle Louveau
article
ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. 2015
Accès au bibtex
BibTex

Theses

titre
Réseaux de réactions : de l’analyse probabiliste à la réfutation
auteur
Vincent Picard
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S093⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01246180/file/PICARD_Vincent.pdf BibTex
titre
Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l'identification de protéines de virus
auteur
Clovis Galiez
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01328182/file/GALIEZ_Clovis.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network
auteur
Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard
article
2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01244179/file/jlaniau.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
The genome-scale metabolic network of Ectocarpus siliculosus (EctoGEM): a resource to study brown algal physiology and beyond.
auteur
Sylvain Prigent, Guillaume Collet, Simon M Dittami, Ludovic Delage, Floriane Ethis de Corny, Olivier Dameron, Damien Eveillard, Sven Thiele, Jeanne Cambefort, Catherine Boyen, Anne Siegel, Thierry Tonon
article
Plant Journal, Wiley, 2014, 80 (2), pp.367-381. ⟨10.1111/tpj.12627⟩
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titre
La bioinformatique avec Biopython
auteur
Olivier Dameron, Gregory Farrant
article
GNU/Linux Magazine France, Diamond Editions, 2014, pp.13
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https://hal.inria.fr/hal-01095475/file/biopython_dameron-farrant_AVEC_FIGURES.pdf BibTex
titre
Le langage des molécules du vivant
auteur
Jacques Nicolas, Catherine Belleannée, François Coste
article
Bibliothèque Tangente, Editions Pôle Paris, 2014, pp.8
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https://hal.inria.fr/hal-01100051/file/LangageGenomev4.pdf BibTex
titre
Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive
auteur
Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, Virginie Glippa, Jérémie Bourdon, Pauline Gosselin, Anne Siegel, Patrick Cormier, Robert Bellé
article
Frontiers in Genetics, Frontiers, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117 ⟩
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titre
Genome and metabolic network of "Candidatus Phaeomarinobacter ectocarpi" Ec32, a new candidate genus of Alphaproteobacteria frequently associated with brown algae
auteur
Simon M Dittami, Tristan Barbeyron, Catherine Boyen, Jeanne Cambefort, Guillaume Collet, Ludovic Delage, A. Gobet, Agnès Groisillier, Catherine Leblanc, Gurvan Michel, Delphine Scornet, Anne Siegel, Javier E. Tapia, Thierry Tonon
article
Frontiers in Genetics, Frontiers, 2014, 5, pp.241. ⟨10.3389/fgene.2014.00241⟩
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BibTex
titre
Semantic particularity measure for functional characterization of gene sets using gene ontology
auteur
Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (1), pp.e86525. ⟨10.1371/journal.pone.0086525⟩
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titre
Connectedness of fractals associated with Arnoux–Rauzy substitutions
auteur
Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel
article
RAIRO - Theoretical Informatics and Applications (RAIRO: ITA), EDP Sciences, 2014, 48 (3), pp.249-266. ⟨10.1051/ita/2014008⟩
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titre
The longissimus and semimembranosus muscles display marked differences in their gene expression profiles in pig.
auteur
Frederic Herault, Annie Vincent, Olivier Dameron, Pascale Le Roy, Pierre Cherel, Marie Damon
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (5), pp.e96491. ⟨10.1371/journal.pone.0096491⟩
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BibTex
titre
Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL
auteur
Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Wiktoria Golik, Jean-François Hocquette, Catherine Hurtaud, Isabelle Hue, Catherine Jondreville, Léa Joret, Marie-Christine Salaun, Jean Vernet, Claire Nédellec, Matthieu Reichstadt, Philippe Chemineau
article
Productions animales, Institut National de la Recherche Agronomique, 2014, 27 (3), pp.195-208
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BibTex
titre
A controlled vocabulary for livestock phenotyping: the ATOL ontology
auteur
Pierre-Yves Le Bail, J. Bugeon, Olivier Dameron, A. Fatet, W. Golik, J. -F. Hocquette, C. Hurtaud, I. Hue, C. Jondreville, L. Joret, M. -C. Meunier-Salauen, J. Vernet, C. Nedellec, M. Reichstadt, P. Chemineau
article
Productions animales, Institut National de la Recherche Agronomique, 2014, 27 (3), pp.195-207
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titre
An integrative modeling framework reveals plasticity of TGF-β signaling.
auteur
Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.30. ⟨10.1186/1752-0509-8-30⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00978313/file/1752-0509-8-30.pdf BibTex
titre
Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap van Milgen, Anne Siegel
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.32. ⟨10.1186/1752-0509-8-32⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00980499/file/1752-0509-8-32.pdf BibTex
titre
Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs
auteur
Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap Van Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00947219/file/1752-0509-8-8.pdf BibTex

Conference papers

titre
COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
auteur
Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
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https://hal.inria.fr/hal-01080050/file/commet_camera_ready.pdf BibTex
titre
A bottom-up efficient algorithm learning substitutable languages from positive examples
auteur
François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
article
ICGI (International Conference on Grammatical Inference), Sep 2014, Kyoto, Japan. pp.49--63
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BibTex
titre
Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem
auteur
Hugo Bazille, Jacques Nicolas
article
10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01063030/file/main.pdf BibTex
titre
Identifying distant homologous viral sequences in metagenomes using protein structure information
auteur
Martine Boccara, Mathilde Carpentier, Jacques Chomilier, François Coste, Clovis Galiez, Joël Pothier, Alaguraj Veluchamy
article
ECCB'14 Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, Sep 2014, Strasbourg, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01090987/file/VAG_ECCB14.pdf BibTex
titre
Improving robustness in the study of logical model of signalling networks with answer set programming
auteur
Anne Siegel, Carito Guziolowski, Santiago Videla, Torsten Schaub
article
ECCB 2014 - Workshop on Logical Modelling and Analysis of Cellular Networks, Sep 2014, Strasbourg, France
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BibTex
titre
From analogical proportions in lattices to proportional analogies in formal concepts
auteur
Laurent Miclet, Nelly Barbot, Henri Prade
article
ECAI - 21th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2014, Prague, Czech Republic
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BibTex
titre
Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling
auteur
Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas
article
PRIB2014 - Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01059506/file/PRIB_logol2014_FINAL_LNCS-color.pdf BibTex
titre
Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment
auteur
Francois Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin
article
Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
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BibTex
titre
Using ASP to integrate large-scale heterogeneous information about the response of a biological system
auteur
Anne Siegel
article
5th Workshop on Logic and Systems Biology (associated with CSL/LICS 2014), Jul 2014, VIenna, Austria
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BibTex
titre
Long non-­‐coding RNA in the pea aphid; identification and comparative expression in sexual and asexual embryos
auteur
Fabrice Legeai, Thomas Derrien, Valentin Wucher, David Audrey, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
article
Arthropod Genomics Symposium, Jun 2014, Urbana, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01091304/file/abstract_ArthropodGenomics_final.pdf https://hal.inria.fr/hal-01091304/file/lncRNA_AG14.pdf BibTex
titre
Automated Enzyme classification by Formal Concept Analysis
auteur
François Coste, Gaëlle Garet, Agnès Groisillier, Jacques Nicolas, Thierry Tonon
article
ICFCA - 12th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2014, Cluj-Napoca, Romania
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https://hal.inria.fr/hal-01063727/file/main.pdf BibTex
titre
Integration of miRNAs data into a gene network of the pea aphid.
auteur
Valentin Wucher, Jacques Nicolas, Fabrice Legeai, Hervé Seitz, Denis Tagu
article
7th International Symposium on Molecular Insect Science., 2014, Amsterdam, Netherlands
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BibTex
titre
Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany
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https://hal.inria.fr/hal-01079768/file/sasb2014_picard_et_al_rev1.pdf BibTex
titre
Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach
auteur
Vicente Acuña, Andrés Aravena, Alejandro Maass, Anne Siegel
article
15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, 2014, San Diego, United States. pp.322-336, ⟨10.1007/978-3-642-54013-4_18⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00926477/file/complex.pdf BibTex

Book sections

titre
Bioinformatique
auteur
François Coste, Claire Nédellec, Thomas Schiex, Jean-Philippe Vert
article
Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l'intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 2014
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BibTex
titre
Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis – Application to a Genomic Network
auteur
Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas
article
Lausen, Berthold; Krolak-Schwerdt, Sabine; Böhmer, Matthias. Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, Springer, pp.550, 2014, 978-3-662-44982-0
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BibTex
titre
Reasoning on the response of logical signaling networks with Answer Set Programming
auteur
Torsten Schaub, Anne Siegel, Santiago Videla
article
Logical Modeling of Biological Systems, Wiley Online Librairy, pp.49-92, 2014, ⟨10.1002/9781119005223.ch2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01079762/file/SchaubSiegelVidela.pdf BibTex
titre
Analogical Proportions in a Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subwords in a Finite Language
auteur
Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
article
Prade, Henri and Richard, Gilles. Computational Approaches to Analogical Reasoning: Current Trends, Studies in Computational Intelligence, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, pp.245-260, 2014, 978-3-642-54515-3. ⟨10.1007/978-3-642-54516-0_10⟩
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Master thesis

titre
Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques
auteur
Léa Fléchon, Stéphanie Mottier, Aymeric Antoine-Lorquin, Catherine Belleannée
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014
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https://hal.inria.fr/hal-01150890/file/Rapport_final_13_06_14_LeaFlechon.pdf BibTex
titre
Protein design: a NP-hard problem in bioinformatics
auteur
Hugo Bazille
article
Computer Science [cs]. 2014
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01088787/file/mri20132014_submission_45.pdf BibTex

Poster communications

titre
Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry
auteur
Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino
article
Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014
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BibTex
titre
e-Science in France, a Life science Western story
auteur
Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin
article
Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
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Theses

titre
Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles
auteur
Gaëlle Garet
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S082⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01096916/file/These_Gaelle_Garet.pdf BibTex
titre
Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus
auteur
Sylvain Prigent
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S077⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01093287/file/Prigent_Sylvain.pdf https://hal.inria.fr/tel-01093287/file/presentation_Sylvain_Prigent.pdf BibTex
titre
Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois
auteur
Valentin Wucher
article
Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S076⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01135870/file/WUCHER_Valentin.pdf BibTex
titre
Reasoning on the response of logical signaling networks with answer set programming
auteur
Santiago Videla
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. English. ⟨NNT : 2014REN1S035⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01070436/file/VIDELA_Santiago.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
auteur
Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2013, ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩
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BibTex
titre
Minimal Intervention Strategies in Logical Signaling Networks with ASP
auteur
Roland Kaminski, Anne Siegel, Torsten Schaub, Santiago Videla
article
Theory and Practice of Logic Programming, Cambridge University Press (CUP), 2013, 29th International Conference on Logic Programming, 13 (Special issue 4-5.), pp.675-690. ⟨10.1017/S1471068413000422⟩
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BibTex
titre
Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming
auteur
Carito Guziolowski, Santiago Videla, Federica Eduati, Sven Thiele, Thomas Cokelaer, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (18), pp.2320-2326. ⟨10.1093/bioinformatics/btt393⟩
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titre
Measuring the evolution of ontology complexity: the gene ontology case study
auteur
Olivier Dameron, Charles Bettembourg, Nolwenn Le Meur
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (10), pp.e75993. ⟨10.1371/journal.pone.0075993⟩
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BibTex
titre
An Extended Network of Genomic Maintenance in the Archaeon Pyrococcus abyssi Highlights Unexpected Associations between Eucaryotic Homologs
auteur
Pierre-François Pluchon, Thomas Fouqueau, Christophe Crezé, Sébastien Laurent, Julien Briffotaux, Gaëlle Hogrel, Adeline Palud, Ghislaine Henneke, Anne Godfroy, Winfried Hausner, Michael Thomm, Jacques Nicolas, Didier Flament
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (11), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0079707⟩
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Conference papers

titre
Analogical proportions and the factorization of information in distributive lattices
auteur
Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade
article
10th International Conference on Concept Lattices and Their Applications (CLA), Oct 2013, La Rochelle, France
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https://hal.inria.fr/hal-00908005/file/paper_cla_final.pdf BibTex
titre
AphidAtlas : avancées récentes
auteur
Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé
article
BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France
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BibTex
titre
Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus using Answer Set Programming
auteur
Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, Anne Siegel, Sven Thiele
article
LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain
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BibTex
titre
Generating discrete planes with substitutions
auteur
Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
article
WORDS - 9th International Conference on Words - 2013, Sep 2013, Turku, Finland
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BibTex
titre
An ASP application in integrative biology: identification of functional gene units
auteur
Philippe Bordron, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Anne Siegel, Sven Thiele
article
LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain
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BibTex
titre
Under-approximating Cut Sets for Reachability in Large Scale Automata Networks
auteur
Loïc Paulevé, Geoffroy Andrieux, Heinz Koeppl
article
25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings, Jul 2013, Saint Petersburg, Russia. pp.69-84, ⟨10.1007/978-3-642-39799-8_4⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00769447/file/main.pdf BibTex
titre
Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis: Application to a Genomic Network
auteur
Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas
article
ECDA - European Conference on Data Analysis - 2013, Jul 2013, Luxembourg, Luxembourg
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BibTex
titre
Towards a Life Sciences Virtual Research Environment
auteur
Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
article
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
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BibTex
titre
Proportions analogiques et factorisation de l'information dans les treillis distributifs
auteur
Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade
article
Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF), Jun 2013, Aix en Provence, France
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BibTex
titre
Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework
auteur
Anne Siegel
article
PRIB - Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics - 2013, Jun 2013, Nice, France
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BibTex
titre
Développement et évaluation d'un algorithme de représentation des parcours de soins de patientes atteintes d'un cancer du sein à partir des données d'un système d'information régional
auteur
Alexandre Rollet, Gautier Defossez, Olivier Dameron, Poitou-Charentes Corim, Poitou-Charentes Crisap, Pierre Ingrand
article
Proceedings of the conference Évaluation Management Organisation Information Santé (EMOIS2013, Nancy, France), 2013, Nancy, France
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BibTex

Poster communications

titre
Exploring the metabolic flexibility of the mammary gland of dairy cows through flux-balance analysis
auteur
Sophie Lemosquet-Simon, O. Abdou Arbi, Jacob Van Milgen, Anne Siegel, J. Bourdon
article
Meeting of the Animal Science Modelling Group, Jul 2013, Indianapolis, United States. 93 (4), 2013, Canadian Journal of Animal Science
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BibTex

Documents associated with scientific events

titre
MINIA on a Raspberry Pi, Assembling a 100 Mbp Genome on a Credit Card Sized Computer
auteur
Guillaume Collet, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
article
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00842027/file/13_Jobim.pdf BibTex

Theses

titre
Méthodes sémantiques pour la comparaison inter-espèces de voies métaboliques : application au métabolisme des lipides chez l'humain, la souris et la poule
auteur
Charles Bettembourg
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00926498/file/BettembourgThese.pdf BibTex
titre
Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data
auteur
Andrés Octavio Aravena Duarte
article
Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2013. English. ⟨NNT : 2013REN1S151⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00988255/file/ARAVENA_DUARTE_Andres_Octavio.pdf BibTex
titre
Étude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition
auteur
Oumarou Abdou Arbi
article
Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : 2013REN1S119⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01128059/file/2013REN1S119.pdf BibTex
titre
Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer
auteur
Geoffroy Andrieux
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00926487/file/AndrieuxThese.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions
auteur
Anthony Bretaudeau, François Coste, Florian Humily, Laurence Garczarek, Gildas Le Corguillé, Christophe Six, Morgane Ratin, Olivier Collin, Wendy M Schluchter, Frédéric Partensky
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, pp.6. ⟨10.1093/nar/gks1091⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01094087/file/Nucl.%20Acids%20Res.-2013-Bretaudeau-D396-401.pdf BibTex
titre
Environmental factors determining ammonia-oxidizing organism distribution and diversity in marine environments.
auteur
Nicholas J Bouskill, Damien Eveillard, Diana Chien, Amal Jayakumar, Bess B Ward
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2012, 14 (3), pp.714-729. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02623.x⟩
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BibTex
titre
Searching for Smallest Grammars on Large Sequences and Application to DNA
auteur
Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2012, Special issue on Stringology, Bioinformatics and Algorithms, 11, pp.62-72. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570866711000517⟩. ⟨10.1016/j.jda.2011.04.006⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00536633/file/preprint_jda.pdf BibTex
titre
Substitutive Arnoux-rauzy sequences have pure discrete spectrum
auteur
Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel
article
Uniform Distribution Theory, Mathematical Institute of the Slovak Academy of Sciences, 2012, 7 (1), pp.173-197. ⟨http://www.boku.ac.at/MATH/udt/vol07/no1/09BertJolSieg29-11.pdf⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Dynamic regulation of Tgf-B signaling by Tif1γ: a computational approach.
auteur
Geoffroy Andrieux, Laurent Fattet, Michel Le Borgne, Ruth Rimokh, Nathalie Théret
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (3), pp.e33761. ⟨10.1371/journal.pone.0033761⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00851483/file/pone.0033761.pdf BibTex

Conference papers

titre
Revisiting the Training of Logic Models of Protein Signaling Networks with a Formal Approach based on Answer Set Programming
auteur
Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Niels Grabe, Julio Saez-Rodriguez, Anne Siegel
article
CMSB - 10th Computational Methods in Systems Biology 2012, D. Gilbert and M. Heiner, Oct 2012, London, United Kingdom. pp.342-361, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_20⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00737112/file/paper.pdf BibTex
titre
Local Substitutability for Sequence Generalization
auteur
François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
article
ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111
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titre
A Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subword in a Finite Language
auteur
Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
article
International Conference on Grammatical Inference, Sep 2012, United States. pp.164-176
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titre
Analogical proportions in a lattice of sets of alignments built on the common subwords in a finite language
auteur
Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
article
1st International Workshop on Similarity and Analogy-based methods in AI (SAMAI), Aug 2012, Montpellier, France. pp.25-31
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00760722/file/SAMAI.pdf BibTex
titre
Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to the Transforming Growth Factor β (TGFβ) dependent Epithelial-Mesenchymal Transition
auteur
Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
article
ISMB 2012, Jul 2012, Long Beach, United States
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titre
Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1
auteur
Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas
article
JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14
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https://hal.inria.fr/hal-00726791/file/logolPRF_jobim2012.pdf BibTex
titre
Exploitation à large échelle de bases de données de connaissance sur les réactions et régulations pour trouver des régulateurs clés de groupe de gènes
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jacob Van Milgen, Anne Siegel
article
Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170
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titre
Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to Transforming Growth Factor β (TGFβ) signaling
auteur
Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France
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titre
Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network
auteur
Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass
article
Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00740722/file/jobim2012.03.15.pdf BibTex
titre
Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology
auteur
Thierry Tonon, P. Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, Sylvie Rousvoal, Sophie Goulitquer, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Catherine Boyen, Anne Siegel
article
Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France
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titre
Using large scale knowledge database about reactions and regulations to find key regulators of sets of genes
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap Van Milgen, Anne Siegel
article
JOBIM 2012, Inria, 2012, Rennes, France. pp.123-132
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Book sections

titre
To detect and analyze sequence repeats whatever be their origin
auteur
Jacques Nicolas
article
Yves Bigot. Mobile genetic elements : protocols and genomic applications, 859, Springer, pp.69-90, 2012, Springer Protocols, 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00730207/file/Chapter4.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Jobim 2012, 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 3-6 Juillet 2012, Rennes
auteur
François Coste, Denis Tagu
article
François Coste and Denis Tagu. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, pp.558, 2012, 13 978-2-7261-1301-1
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Reports

titre
Recherche d'éléments structurés dans les génomes par modèles logiques
auteur
Antoine Rocheteau, Catherine Belleannée
article
[Rapport de recherche] PI-1994, 2012, pp.30
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https://hal.inria.fr/hal-00684388/file/totalPubli_frameshift_RI1994.pdf BibTex

2005

Journal articles

titre
Tilings Associated with Beta-numeration and Substitutions
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Integers : Electronic Journal of Combinatorial Number Theory, State University of West Georgia, Charles University, and DIMATIA, 2005, Proceedings of the 2004 Number Theoretic Algorithms and Related Topics Workshop, 5 (3), pp.A2
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1999

Journal articles

titre
A pragmatic reconstruction of Lambda-Prolog
auteur
Catherine Belleannee, Pascal Brisset, Olivier Ridoux
article
Journal of Logic Programming, Elsevier, 1999, 41 (1), pp 67-102. ⟨10.1016/S0743-1066(98)10038-9⟩
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