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Charlotte Renauld - 22/02/2017

Création de l’action exploratoire InBio avec l’Institut Pasteur

Inria / Grégory Batt

Le 1er février dernier a été créé InBio, fruit de la collaboration entre le centre de recherche Inria Saclay - Île-de-France et l’Institut Pasteur. Grégory Batt devient le responsable de cette action exploratoire hébergée dans l’équipe Lifeware et nous présente son projet : automatiser le processus de découverte en biologie.

De formation initiale en biologie moléculaire et cellulaire, Grégory Batt, membre de l’équipe-projet Lifeware, collabore depuis près d’une dizaine d’années avec Pascal Hersen, biophysicien à l’Université Paris Diderot, afin de mieux comprendre le fonctionnement cellulaire en développant des approches de mesure et de modélisation quantitatives. « Cette étroite collaboration m'a montré l'intérêt, voire la nécessité, de relier de façon très fine travail méthodologique et travail expérimental  », nous explique Grégory Batt.

Dans ce contexte, la création de nouvelles unités de recherches par le centre de bio-informatique, biostatistique et biologie intégrative (C3BI) de l’Institut Pasteur offrait la possibilité - encore très rare en France - de faire au sein d'une même structure à la fois des recherches expérimentales (biologie humide) et des recherches théoriques (biologie sèche).

Spécialistes de l'interface

Le plus souvent, les recherches dans ce domaine sont faites au sein de deux structures différentes, l'une en charge des questions expérimentales et l'autre des questions méthodologiques. Il se met en place une boucle vertueuse dans laquelle les données expérimentales nourrissent le développement de modèles informatiques, qui en retour suggèrent de nouvelles expériences, générant de nouvelles données…

Les efforts de recherches se focalisent naturellement sur l'obtention de réponses aux questions spécifiques posées, plus que sur le processus de mise en place de cette boucle vertueuse.

L'objectif d'InBio est précisément de prendre cette boucle et son automatisation comme objets principaux d’étude.

« L'idée est de faciliter l’identification de systèmes expérimentaux d'observation et de plans d'expériences afin de caractériser de façon optimale le système d'intérêt, de réaliser ces expériences et de les exploiter pour améliorer des modèles du système. Cela permettra alors de suggérer le développement d'un autre système d'observation et/ou la réalisation d'un autre plan expérimental », explique Grégory Batt.

Ceci permet de mieux comprendre l’intitulé complet d’InBio : Experimental and computational methods for modeling cellular processes.  

Recherche interdisciplinaire, une spécialité en soi ?

Le schéma habituel de recherche à l'interface de deux disciplines est celui d'une collaboration entre deux entités distinctes. Il en résulte naturellement une recherche pluridisciplinaire, c’est-à-dire une collaboration entre deux individus spécialisés.

À l’inverse, la structure particulière d'InBio et les recherches qui y seront entreprises devraient faciliter le développement de recherches réellement interdisciplinaires où une seule personne sera en charge de l'ensemble du problème étudié :

« Étant donné la difficulté du défi qui consiste à comprendre le fonctionnement intégré des cellules au niveau moléculaire et de façon quantitative, les approches interdisciplinaires apparaissent aujourd'hui encore difficiles à mettre en œuvre et pourtant plus que jamais nécessaires », souligne Grégory Batt.

Mots-clés : InBio INRIA Saclay - Île-de-France Grégory Batt LifeWare Institut Pasteur

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