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Transfert technologique

Nathalie Lacaux - 18/06/2012

Collaboration réussie entre Korilog et le centre Inria de Rennes

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La société bretonne Korilog vient d’intégrer dans sa plate-forme logicielle la technologie PLAST, fruit de sa collaboration avec l’équipe de recherche Genscale du centre Inria de Rennes. Le plus de cet outil : une recherche de similarités de séquences génomiques banque-à-banque à la fois rapide et précis.

Il y a dix-huit mois, Korilog et l'équipe Genscale d’Inria ont étroitement collaboré dans le cadre d’un projet R&D et ont ainsi créé KLAST, une nouvelle implémentation optimisée de l'algorithme PLAST récemment publiée dans BMC Bioinformatics.
« Une question clé dans les recherches de similarités entre des banques de séquences est de réduire considérablement le temps d'exécution, tout en gardant une grande qualité dans les données qui en résultent  », explique Patrick Durand, directeur de Korilog. « KLAST répond non seulement à ces deux objectifs, mais sa mise en œuvre innovante prend en compte l'infrastructure informatique existante des laboratoires. En effet, il atteint des accélérations sans avoir besoin de matériels périphériques supplémentaires, car il tire pleinement parti des processeurs multi cœurs disponibles dans les ordinateurs de bureau ordinaires ou les nœuds de cluster. » Les performances de KLASTp ont montré une accélération d’un facteur 24 par rapport à BLASTp, l’outil de référence. Ces résultats ont été obtenus en faisant tourner les deux algorithmes sur les 8 cœurs d'un ordinateur Apple MacPro, lors de la comparaison de 2327 protéines de l’espèce du peuplier noir Populus trichocarpa avec 2,9 millions de protéines de la banque de données NCBI RefSeq. Par rapport à BLAST et SSearch, KLAST est aussi sensible et sélectif que ces outils de référence.

Pour Dominique Lavenier, directeur scientifique de PLAST et responsable de l’équipe de recherche Genscale, le transfert de PLAST dans une société de haute technologie comme Korilog est une étape très gratifiante et importante pour son équipe de recherche. « Il nous permet de contribuer directement à de nouvelles avancées dans des domaines biologiques émergents, allant de la santé à l'agriculture et à l'environnement  », raconte-t-il. « Et les commentaires des utilisateurs finaux sont très précieux pour garder PLAST comme un leader technologique dans la comparaison intensive de séquences.  »

Pour fournir aux utilisateurs une plateforme avancée de recherche de similarités de séquences, le moteur KLAST a été intégré dans le Korilog Bioinformatics Extensions pour la plate-forme d’analyse de données KNIME. En conséquence, les utilisateurs bénéficient des fonctionnalités du plugin de Korilog et d'une grande variété de méthodes d'analyses de données accompagnant la plateforme KNIME. KLAST est disponible pour les différentes versions de KNIME, de Desktop à Cluster Execution. L’exécution en ligne de commande est également possible. « L’intégration de KLAST dans KNIME va permettre aux chercheurs de bénéficier d’une plateforme d’analyse de données génomiques très polyvalente pour la recherche de similitudes, l’analyse statistique, l’étude des classifications biologiques des séquences, le filtrage d’information ou encore la visualisation interactive des résultats  », commente Michael Berthold, PDG de la société KNIME.AG.

Pendant l'été et l'automne 2012, Korilog publiera de nouvelles versions de son Plugin pour KNIME, de KoriBlast et du Serveur KoriBlast intégrant le nouvel outil de recherche haute performance KLAST. D'autres améliorations sont en cours pour accélérer KLAST encore davantage.

Le projet KLAST fait partie du programme de recherche collaboratif KoriPlast mené par Korilog, financé par la Région Bretagne et accompagné par le CRITT Santé Bretagne.

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