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27/10/2016

Damien Woods, responsable de la nouvelle équipe Tapdance

Damien Woods

L’équipe Tapdance a été créée au 1er juillet 2016 au sein du centre de recherche ; elle est dirigée par Damien Woods.

Que signifie Tapdance ? Quels sont vos principaux thèmes de recherche ?

Tapdance est un acronyme approximatif de Theory And Practice of Nanoscale Computing Engines (Théorie et pratique des nanocalculateurs) et c’est le nom de la danse de claquettes en anglais.

Notre principale direction de recherche consiste à concevoir, analyser et mettre en œuvre des systèmes moléculaires qui calculent. Comme substrat d’implémentation, nous utilisons l’ADN, une molécule polyvalente de codage d’information, pour créer des ordinateurs moléculaires qui effectuent des tâches telles que la simulation de circuits booléens, l’autoréplication autonome et même de la robotique sophistiquée, toujours au niveau nano. Du côté théorique nous développons de nouveaux modèles de calcul, ou nous examinons des modèles existants et nous les analysons théoriquement pour situer exactement leur pouvoir computationnel. Parfois les questions que nous nous posons sur les ordinateurs moléculaires sont inspirées de celles que nous pourrions nous poser à propos de modèles de calcul plus classiques, mais le plus souvent nous devons trouver de nouvelles questions et de nouvelles techniques de preuve pour explorer leurs capacités.

Est-ce une recherche plutôt fondamentale ou plutôt appliquée ? Y a-t-il des applications ?

Notre ordre du jour de recherche est très vaste ; il associe la théorie à l’expérience en laboratoire, mais en fait nous considérons notre travail comme de la recherche fondamentale. Notre équipe est nouvelle chez Inria et nous attendons l’arrivée de nouveaux membres pour couvrir tout cet ordre du jour, en travaillant certains jours au tableau blanc et d’autres en portant des gants de laboratoire. Pour comprendre les capacités des ordinateurs moléculaires, nous pensons que les deux approches sont utiles et parfois même nécessaires ensemble. Heureusement, nous sommes à un stade précoce d’un nouveau domaine de la programmation moléculaire où il est possible à une même personne de proposer de nouveaux modèles théoriques du calcul puis d’aller les mettre en pratique dans le laboratoire.

Avez-vous des partenariats industriels ou universitaires ?

En France, notre travail experimental est effectué avec André-Estevez Torres et Jean-Christophe Galas (tous les deux du CNRS) à Paris 6, et avec Yannick Rondelez à l’ESPCI. Nous menons des travaux théoriques avec Nicolas Schabanel (CNRS, Paris 7 et ENS Lyon) et d’autres. Pierre-Étienne Meunier rejoindra bientôt notre équipe en provenance d’Aalto en Finlande. Nous avons actuellement des collaborations avec diverses personnes dont Erik Winfree (Caltech), Bernard Yurke (Boise State), David Doty (UC Davis), Peng Yin (Harvard), Cameron Myrhold (Harvard), Matthew Patitz (Arkansas), Robert Schweller et Andrew Winslow (tous les deux de la Texas Río Grande Valley), Erik Demaine (MIT), Martin Demaine (MIT), Sándor Fekete (TU Brunswick), Jack Lutz (Iowa State), Chris Thachuk (Caltech), David Soloveichik (UT Austin), Trent Rogers (Arkansas), Ashwin Gopinath (Caltech), Ho-Lin Chen (Université Nationale de Taiwan), Rizal Hariadi (Arizona State), Turlough Neary (ETH Zurich et Université de Zurich), Niall Murphy (Cambridge) et ne nombreux autres collègues et anciens élèves. Souvent je suis prêt à interrompre ce que je fais pour pouvoir discuter de science au tableau blanc. Écrivez-moi si vous voulez tchatter !

Mots-clés : Damien Woods Equipe Tapdance Inria de Paris Theory Practice Nanoscale Computing Engines

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