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Portrait

Isabelle Bellin - 19/07/2011

Un Ecossais passant par la Lorraine

Dave Ritchie a rejoint en 2009 l’équipe de recherche Orpailleur pour poursuivre en France ses recherches sur la modélisation des protéines. Deux ans plus tard, parfaitement intégré, il fait partie des rares britanniques à avoir soutenu avec succès son habilitation à diriger des recherches (HDR) en français dans le texte! Entretien.

Pourquoi avez-vous choisi de venir en France ?

Dave Ritchie :  Pour faire de la recherche ! Je suis écossais et au Royaume-Uni, nous n’avons pas d’organisme comme le CNRS ou bien comme Inria, spécifiquement dédié à la recherche. En Ecosse, depuis 1999, j’étais chargé de cours d’informatique pour des étudiants de premier cycle à l’université d’Aberdeen. Bien que j’apprécie beaucoup l’enseignement, cela ne me laissait pas assez de temps pour la recherche. J’ai été invité au Loria en 2007 et j’y ai rencontré beaucoup de gens intéressés comme moi par la modélisation de molécules biologiques. En 2008, j’ai postulé avec succès pour obtenir une chaire d’excellence* de 33 mois au LORIA sur les algorithmes haute performance pour la biologie structurale. Cela m’a permis de venir m’installer en France et de réunir une petite équipe de doctorants et post-doctorants au sein d’Orpailleur. Nous sommes désormais cinq (un doctorant, trois post-doctorants dont une avec une bourse Marie-Curie).

Quel est votre domaine de recherche  ?

D. R. :  Il concerne une discipline émergente, la biologie structurale des systèmes, dont l’objectif est la compréhension du vivant à l’échelle des systèmes, que ce soit le fonctionnement de la cellule ou l’action de médicaments. Pour cela, nous modélisons les interactions entre biomolécules (ADN, ARN, protéines, etc.) dans les systèmes biologiques. Au sein d’Orpailleur, il y a déjà un groupe de bioinformaticiens qui travaillent sur ces sujets. Ils réunissent des données sur les structures et les fonctions des biomolécules, de sources expérimentales, issues de publications, de bases de données ou encore déduites d’autres données par des traitements informatiques telles que des simulations de dynamique moléculaire. Dans ce cadre, j’apporte mon expérience en matière de structure tridimensionnelle des molécules, un point clé pour comprendre les interactions entre biomolécules. J’ai développé des outils, en particulier concernant l’amarrage entre protéines et la comparaison des petites molécules, ce qu’on appelle le criblage virtuel. Ces deux techniques sont, par exemple, importantes pour la découverte de nouveaux médicaments.

Quels sont vos premiers résultats dans le cadre de cette chaire d’excellence ?

D. R. :  Nous avons développé de nouvelles techniques de calcul pour pouvoir programmer nos modélisations sur des processeurs graphiques programmables (GPU) qui démultiplient la puissance de calcul des ordinateurs. Nous avons ainsi multiplié par 50 la vitesse de calcul, une première ! Ceci sera très utile pour modéliser les millions d’interactions d’une cellule humaine. D’autre part, nous avons construit une nouvelle base de données contenant toutes les interactions protéine-protéine connues et nous avons développé une technique originale  pour regrouper et classer les formes de protéines, la corrélation de Fourier.

Que représente pour vous l’obtention de votre HDR ?

D. R. :  J’en suis très fier. Surtout que j’ai rédigé le mémoire en français ! J’ai néanmoins encore quelques progrès à faire en matière de conversation, j’y attache beaucoup d’importance. Même si l’HDR n’est a priori pas indispensable pour les chercheurs étrangers, ce diplôme français – qui n’a pas d’équivalent au Royaume-Uni – me sera sûrement utile pour poursuivre mes recherches en France, par exemple pour encadrer des doctorants et former une nouvelle équipe. J’ai beaucoup de projets. J’ai eu l’occasion de rencontrer de nombreux spécialistes en biologie structurale et bioinformatique, en particulier au sein d'Inria, qui sont intéressés par mes travaux. Mon équipe, avec celle de Sergei Grudinin de l’équipe-projet Nano-D (Grenoble) vient par exemple de remporter un appel à projets de l’ANR sur la modélisation numérique. De manière plus générale, j’aimerais collaborer avec beaucoup d’équipes tant en infographie, qu’en algorithmique ou en apprentissage automatique.

* Le programme "Chaires d'excellence" de l’Agence nationale de la recherche (ANR) favorise l’accueil de chercheurs et d'enseignants chercheurs étrangers de haut niveau en leur offrant des moyens substantiels pour les aider à réaliser leur projet de recherche dans un laboratoire français. Les candidatures sont retenues après appel à projets.

Mots-clés : INRIA Nancy - Grand Est ORPAILLEUR Dave Ritchie Biologie Protéines Modélisation

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