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Evénement

26/06/2017

JOBIM : la bio-informatique a rendez-vous à Lille

Du 3 au 6 juillet, Lille Grand Palais accueille les 18e Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM). 300 personnes sont attendues pour échanger sur les nouveautés en matière de bio-informatique et biostatistique. Un rendez-vous dans lequel sont impliquées deux équipes du centre Inria Lille – Nord Europe : Bonsai et Modal.

« La toute première rencontre JOBIM1 a eu lieu en 2000 à Montpellier. À l’époque, la bio-informatique était relativement récente et les chercheurs avaient besoin de se rencontrer et d’échanger », se souvient Jean-Stéphane Varré, professeur à l’université Lille – sciences et technologies, chercheur au sein de l’équipe-projet Bonsai2 et coorganisateur de la conférence. Dix-sept ans plus tard, la discipline est en plein essor, mais la conférence a gardé son objectif premier : réunir les chercheurs liés à la bio-informatique, qu’ils soient mathématiciens, statisticiens, biologistes, informaticiens… Et faire le point sur l’état de l’art et les grandes nouveautés.

La bio-informatique, c’est l’art d’étudier des objets biologiques avec des outils informatiques ou mathématiques. On la retrouve dans de nombreux domaines d’application : la santé, la génétique, l’environnement, l’étude de la biodiversité…  « On a commencé à faire de la bio-informatique dans les années quatre-vingt-dix. Depuis, les outils technologiques pour produire les données ont évolué à une vitesse fulgurante. Aujourd’hui, nous traitons des masses de données biologiques de plus en plus grandes et, pour y parvenir, nous avons besoin de nouvelles méthodes informatiques.  » Parmi les ʺsous-domainesʺ de la bio-informatique, nous pouvons citer la biologie intégrative dont l’objet est d’observer les données dans leur globalité ou encore la biologie des systèmes qui a des applications multiples, aussi bien dans la santé que dans la conception de biocarburants.

À Lille, une communauté bio-informatique dynamique

Dans le centre de recherche Inria Lille - Nord Europe, deux équipes-projets travaillent sur les problématiques de bio-informatique. C’est le cas de Modal3 et de Bonsai, spécialisée dans l’analyse de données issues du séquençage haut-débit. Deux représentants de ces équipes président le comité d’organisation de cette 18e édition : Guillemette Marot et Jean-Stéphane Varré. On y trouve l’université de Lille, le CNRS notamment avec le laboratoire CRIStAL, mais aussi l’institut Pasteur de Lille, l’institut de biologie de Lille, l’institut de recherche contre le cancer, le CHRU, la plate-forme de services bilille, qui, à non seulement se servent des outils mais travaillent également à leur développement. « Depuis quinze ans, la recherche lilloise en bio-informatique est plutôt bien reconnue sur le plan national » , reconnaît Jean-Stéphane Varré.

Les 300 participants attendus sont enseignants-chercheurs, doctorants, postdoctorants, ingénieurs et quelques industriels, comme la société Genoscreen. « De grandes sociétés informatiques seront présentes également pour présenter et vendre de nouvelles solutions de calculs utiles aux bio-informaticiens.  »

Les jeunes à l’honneur

En trois jours, pas moins de trente-huit communications et démonstrations seront proposées. « Les bio-informaticiens et biostatisticiens utilisent des outils qui sont développés par des équipes de recherche. Ce rendez-vous sera donc aussi l’occasion de montrer les nouveautés. » Si l’objectif est de faire un tour d’horizon de la discipline, deux champs récents de la bio-informatique seront plus spécifiquement représentés : le séquençage haut débit et la métagénomique, qui sera au centre de pas moins de quatre interventions. « Il s’agit de l’analyse des données de séquençage, non pas d’un individu mais d’un environnement entier, explique Jean-Stéphane Varré. On prend par exemple un échantillon de sol, dont on va séquencer l’intégralité pour regarder quels sont les organismes et les populations qui s’y trouvent. C’est très en vogue.  »

Enfin, le rendez-vous mettra aussi à l’honneur les jeunes doctorants bio-informaticiens. Ces derniers organisent les journées JeBiF, qui se tiendront juste après JOBIM les 6 et 7 juillet. Au programme notamment, des tables rondes sur l’emploi des jeunes bio-informaticiens français. Cette année, les jeunes lillois ont aussi invité leurs homologues des pays voisins au 3e symposium Benelux Fra. « L’objectif premier de cet événement c’est vraiment de faire en sorte que les gens se rencontrent. C’est un événement convivial avant tout  », conclut Jean-Stéphane Varré.


1 Trois acteurs de la bio-informatique française assurent conjointement la tenue annuelle de la conférence JOBIM : la SFBI (Société française de la bio-informatique), le GDR BIM (Groupement de recherche en bio-informatique moléculaire) du CNRS, et l’IFB (Institut français de bio-informatique).
2 Commune avec le CNRS et l'université de Lille − sciences et technologies. Au sein de l'UMR 9189 CNRS-Centrale Lille-université de Lille − sciences et technologies, CRIStAL.
3 Commune avec le CNRS, l'université de Lille − sciences et technologies et l'université de Lille − droit et santé. Au sein de l'UMR 8524 CNRS-université de Lille − sciences et technologies, Laboratoire Paul Painlevé, et de l'EA 2694 "Santé Publique : épidémiologie et qualité des soins" de l'université de Lille − droit et santé.


Mots-clés : JOBIM JeBiF Bio-informatique Bio-statistique Méta-génomique

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