Sites Inria

English version

Bio-informatique et outils numériques pour la santé

25 démonstrations de technologies issues d'Inria, de ses partenaires industriels et de PME seront présentées sur le shoowrom dès 13h00.

DIYABC : méthodes bayésiennes approchées pour la génétique de populations

Institut de Mathématiques et Modélisation de Montpellier - I3M - Université Montpellier 2 -

DIYABC est un logiciel pour une analyse globale de l'histoire démographique des populations à partir de données de polymorphisme génétique. L'utilisateur peut étudier ou comparer différents scénarios d'évolution combinant des événements de divergences, rencontre (admixtures) ou changement de taille de populations. La dernière version (Cornuet et al. 2014) permet d'exploiter des données de type microsatellites, portion de séquence ADN ou SNP (single nucleotide polymorphism). Ce logiciel équipé d'une interface graphique conviviale a été conjointement développé avec le Centre de biologie pour la gestion des populations (INRA), fonctionne sur de nombreux systèmes d'exploitation et facilite le déplacement de la partie calculatoire sur un cluster de calcul.

Mots-clés :

Lire la suite

© INRIA Sophie Auvin - D comme Données

Modèles multi-échelles en immunologie et dynamique des populations (vidéo)

Equipe de recherche DRACULA (Inria - Grenoble - Rhône-Alpes) -

Nous présenterons plusieurs outils computationnels développés par notre équipe pour modéliser la dynamique d'une population de cellules proliférantes en interactions, cellules caractérisées par un état intra-cellulaire également dynamique. L'activation de lymphocytes T CD8 en présence du virus de la grippe sera illustrée, ainsi que certaines étapes de la différenciation des cellules hématopoïétiques.

Mots-clés :

Lire la suite

Modélisation de réseaux, signatures de protéines et motifs à partir de données et connaissances incomplètes (vidéo)

Equipe de recherche DYLISS (Inria Rennes - Bretagne Atlantique) -

Nous présentons différents outils pour exhiber des modèles robustes synthétisant données et connaissances incomplètes (par exemple, venant d'espèces non modèles).  BioASP permet la confrontation efficace de connaissances et données "omiques". caspo est dédié à la reconstruction exhaustive de réseaux de signalisation. Protomata learner vise l'apprentissage de signature de familles de protéines. Logol est un couteau suisse très expressif pour l'identification de motifs.

Mots-clés :

Lire la suite

Genetic Network Analyzer : modélisation et simulation qualitative de réseaux de régulation

Equipe de recherche IBIS (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) et société GENOSTAR -

Genetic Network Analyzer (GNA) est un outil informatique pour la modélisation et la simulation de réseaux de régulation génique. L'objectif de GNA est d'assister les biologistes et les bio-informaticiens dans la construction d'un modèle d'un réseau de régulation génique et d'analyser le comportement dynamique de ce réseau de façon qualitative. GNA a été intégré dans l'environnement d'analyse comparative de génomes, protéomes et métabolomes bactériens développé par Genostar SA.

Mots-clés :

Lire la suite

Bibliothèques et logiciels open-source pour le traitement d'image et la visualisation de données

Société KITWARE -

Le développement de logiciels de traitement d’images et de visualisation 3D est souvent complexe et couteux. Nous présentons ici des outils libres développés et supportés par Kitware pour le traitement d’images, la modélisation et la visualisation de données. Ces outils sont reconnus internationalement et utilisés par de grands groupes, des PME et des centres de recherche à travers le monde. Ces bibliothèques open source s’intègrent rapidement tout en apportant des algorithmes de pointe dans les applications logicielles, à moindre coût.

Mots-clés :

Lire la suite

KLAST : une nouvelle technologie de comparaison de séquences à haute performance (vidéo)

Equipe de recherchde GENSCALE (Inria Rennes - Bretagne Atlantique) et Korilog Sarl -

Korilog et Genscale feront une présentation de KLAST, depuis les fondements algorithmiques, jusqu'à ses applications en analyse de données de séquençage de nouvelle génération.

Mots-clés :

Lire la suite

© INRIA Sophie Auvin - M comme Multimédia

Génomique comparée, exploration et analyse (vidéo)

Equipe de recherche MAGNOME (Inria Bordeaux - Sud-Ouest) -

Les génomes d'organismes apparentés sont séquencés et comparés en routine pour des applications en biotechnologies et en santé. Magus est un système intégré pour gérer l'annotation, la comparaison et l'analyse de génomes similaires. Sa base de connaissances est reliée à des outils d'exploration et à des environnements d'analyse interactive comme Galaxy. Magus propose une API et un système de plug-ins pour l’intégration de développements à façon.

Mots-clés :

Lire la suite

Modèles mathématiques classiques pour la description et la prédiction de la croissance tumorale en pré-clinique

Equipe de recherche MC2 (Inria Bordeaux - Sud-Ouest) -

Présentation d'une étude méthodique et quantitative des propriétés descriptives et prédictives d'un large spectre de modèles mathématiques pour la croissance tumorale. L'étude est fondée sur des données de croissance tumorale syngénétique chez la souris ainsi que sur une analyse précise de l'erreur de mesure. Ces résultats permettent de révéler des lois générales sur la croissance tumorale ainsi que de déterminer quel(s) modèle(s) est(sont) le(s) mieux adapté(s) à une situation donnée. Une démonstration pratique des capacités prédictives sera proposée dans différentes situations pertinentes

Mots-clés :

Lire la suite

SAMSON : Software for Adaptive Modeling and Simulation Of Nanosystems (vidéo)

Equipe de recherche NANO-D (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) -

SAMSON est une plateforme logicielle générique pour la conception et l’étude de nanosystèmes. Les applications à la biologie, en particulier la biologie structurale, sont nombreuses, et nous présenterons par exemple la modification interactive de la structure de protéines, les possibilités d’alignement dans les cartes de densité, les algorithmes permettant la prédiction d’appariement de protéines.

Mots-clés :

Lire la suite

Structures et Intereactions des Protéines (vidéo)

Equipe de recherche ORPAILLEUR (Inria Nancy - Grand Est) -

Cette démonstration présente des algorithmes et des logiciels (notamment Hex, Kpax, Kbdock) développés par l'équipe Orpailleur pour l'amarrage rapide en 3D des protéines et l'alignement rapide des structures de protéines :
- Hex est un logiciel graphique et interactif en 3D pour l'amarrage rigide de pairs de protéines ;
- Kpax est un logiciel pour l'alignement des structures 3D de protéines et pour des recherches rapides des bases de données structurales.
- Kbdock est une approche fondée sur le raisonnement à partir de cas pour la modélisation des interactions protéine-protéine. Les solutions peuvent être affinées et classées en utilisant notre logiciel de docking "Hex".

Mots-clés :

Lire la suite

Haut de page

Suivez Inria