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Bio-informatique et outils numériques pour la santé

25 démonstrations de technologies issues d'Inria, de ses partenaires industriels et de PME seront présentées sur le shoowrom dès 13h00.

analyse de données intégrative pour les sciences de la vie

Société ALTRABIO -

L’intégration de connaissances et données hétérogènes est l’un des challenges clefs des problématiques complexes rencontrées dans la recherche académique et industrielle en sciences de la vie. Afin de relever ce challenge, AltraBio a développé une approche originale basée sur son expertise multidisciplinaire croisant médecine, biologie, statistique, data-mining et informatique. Nous aborderons les outils, compétences et expertises clefs d’AltraBio en nous concentrant plus particulièrement sur deux points :

1 - l’analyse de données d’expression génique et son application dans le cadre de la stratification de population en pharmaco-génomique et recherche de bio-marqueur (cf. application web WikiBioPath (WBP) qui est une plateforme intégrant base de connaissances et outils spécifiques afin de permettre l’interprétation contextuelle de données expérimentales d’expression génique.

2 - l’analyse de données de cytométrie de flux.

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Dimovo

Equipe de recherche AMIB (Inria Saclay - Île-de-France) -

Dimovo est un outil qui permet la discrimination entre complexes biologiques et contacts cristallographiques simples pour les structures 3D des complexes protéiques.

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© INRIA Sophie Auvin - A comme Algorithme

Exploitation du contenu des sources données biologiques publiques

Equipe de recherche AMIB (Inria Saclay - Île-de-France) -

Cette démonstration mettra en jeu deux outils : BioGuide et GeneValorization. Avec BioGuide, nous interrogerons les sources de données publiques du web (e.g., "quels sont les gènes connus pour être associés au cancer du sein"?). Nous montrerons comment BioGuide est capable d'exploiter la très grande complémentarité de ces sources hétérogènes. Avec GeneValorization, nous montrerons comment très rapidement obtenir une vision synthétique des connaissances existantes (publications) sur un ensemble de gènes relativement à un contexte d'étude.

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© INRIA Sophie Auvin - A comme Algorithme

CloudPower : service Cloud de calcul intensif pour les PME/PMI

Equipe de recherche AVALON (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) -

Notre projet met en oeuvre une technologie issue de la recherche (CNRS, Inria) afin de proposer aux PMI/PME un accès facile et à la demande, aux ressources de calcul dont elles ont besoin. Cette technologie s'appuie sur le logiciel XtremWeb-HEP et permet de collecter les ressources informatiques sous-exploitées sur Internet pour construire une offre de supercalculateur virtuel permettant de fournir des services de calcul haute performance à la demande.

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KisSplice : Assemblage local de transcriptomes (vidéo)

Equipe de recherche BAMBOO (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) -

KisSplice est un logiciel qui permet d'analyser des données RNAseq avec ou sans génome de référence. C'est un assembleur local de transcriptome. Il permet d'identifier des SNPs, des indels et des évènements d'épissage alternatif. Il permet de traiter plusieurs conditions expérimentales, et ainsi quantifier chaque variant dans chaque condition. Il a de très bonnes performances mémoire (5Go pour 100M lectures).

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Simuler l'organisation des tissus sur des échelles histologiques (vidéo)

Equipe de recherche MAMBA (Inria Paris - Rocquencourt) -

Certain processus d’organisation tissulaire et de régénération sont simulés par un modèle à base d’agents dans lequel chaque cellule est présentée comme un individu. Ces modèles rendent compte de l’architecture spatiale à des échelles histologiques, et peuvent être directement exécutés à partir de reconstructions d’images 3D. Ainsi, ils permettent de lier l’architecture des tissus à leur fonction, et de représenter la variabilité intercellulaire. Les simulations peuvent être utilisées pour raffiner les modèles PKPD et PBPK.

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FluoBacTracker, un outil intégré pour l'analyse d'image automatique de bactéries en croissance (vidéo)

Equipe de recherche BEAGLE (Inria Grenoble - Rhône-Alpes) -

FluoBacTracker est un outil intégré pour l’indentification et le suivi (tracking) automatique des bactéries en croissance et leur lignage dans des films de microscopie. D’autre part, les marqueurs fluorescents intracellulaires éventuels sont identifiés et leur dynamique spatiale est caractérisée.

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Jeu sérieux pour enseigner l'évolution de résistance aux antibiotiques (vidéo)

Equipe de recherche BEAGLE ( Inria Grenoble - Rhône-Alpes) -

Sur la base de la plate-forme Aevol, développée par Beagle pour étudier l'évolution des génomes bactériens, nous avons développé un prototype de jeu sérieux destiné à enseigner comment un usage maladapté des antibiotiques conduit à l'émergence de résistances de plus en plus complexes à contrer.

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Logiciels pour le séquençage haut débit et les peptides non-ribosomiques (PNR) (vidéo)

Equipe de recherche BONSAI (Lille - Nord Europe) -

L’équipe de bio-informatique Bonsai développe une offre logicielle complète pour l’analyse de données de séquençage à haut-débit : mapping, RNA-seq, DNA-seq, métagénomique, métatranscriptome, quantification de recombinaisons lymphocytaires. Bonsai propose également une ressource unique dédiée aux peptides non-ribosomiques : Norine.
Norine comprend une base de données et des outils d'analyse qui facilitent la découverte de nouveaux peptides et médicaments potentiels. La pénicilline et l'anti-cancéreux actinomycine sont des exemples connus de PNR déjà commercialisés avec succès.

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© INRIA Sophie Auvin - L comme Langage

Une plateforme pour le contrôle temps-réel de processus cellulaires (vidéo)

Equipe de recherche LIFEWARE (Inria Paris - Rocquencourt) -

Cette démonstration présentera une plateforme expérimentale intégrant un microscope à épifluorescence, des dispositifs microfluidiques et logiciels pour la commande temporelle précise de l'expression génique dans des cellules de levure.

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