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Biologie computationnelle

Citizen Press - 26/01/2016

Blérina Sinaimeri, chargée de recherche de l'équipe ERABLE

Blérina Sinaimeri

Blérina Sinaimeri est spécialisée en biologie computationnelle : l’informatique appliquée aux sciences du vivant. Membre de l’équipe ERABLE*, elle est, depuis octobre 2015, chargée de recherche dans ce même laboratoire. La jeune chercheuse est également passionnée de médiation scientifique.

Pourriez-vous retracer votre parcours ? Comment en êtes-vous venue à faire de la recherche en informatique ?

Blérina Sinaimeri : Mes parents sont tous deux professeurs de philosophie. Ils m’ont probablement inculqué ce goût du questionnement qui guide mon travail. Ensuite, c’est un professeur d’école élémentaire qui m’a initiée à la beauté des mathématiques et ma passion n’a jamais faibli depuis. À l’époque où j’ai commencé mes études, la situation politique albanaise n’était pas stable, c’est la raison pour laquelle je suis allée étudier en Italie. J’ai choisi l’informatique car j’étais attirée par la nouveauté. Ce domaine me fascine car il couvre à la fois des aspects théoriques et pratiques. C’est une discipline qui permet de penser à la fois dans l’abstrait et le concret. J’ai eu la chance de travailler avec le Professeur János Körner pour ma thèse, à l’université Sapienza de Rome : elle portait sur la théorie des graphes. J’ai intégré l’équipe ERABLE d’Inria (qui à l’époque s’appelait BAMBOO*) en 2012 pour un postdoc. Nous sommes spécialisés dans la conception d’algorithmes appliqués à l’étude des phénomènes biologiques. En octobre 2015, j’ai été nommée chargée de recherche au sein du même laboratoire.

Sur quels sujets portent vos recherches aujourd’hui ?

Blérina Sinaimeri : Je travaille sur les relations symbiotiques entre les organismes vivants, c’est-à-dire les rapports qu’entretiennent les espèces qui vivent de façon durable dans le même écosystème. Les interactions symbiotiques peuvent être de différents types : mutualistes (les deux espèces bénéficient de la relation), commensales (un organisme bénéficie de l’autre sans l’affecter) ou parasitaires (l’un profite tandis que l’autre est lésé). Ces relations influencent parfois l’évolution de l’une ou l’autre des espèces. Grâce à nos algorithmes, nous pouvons analyser de très grandes quantités de données pour modéliser ces phénomènes, les comprendre et même parfois les prévoir.
Mes recherches peuvent trouver des applications en médecine. On estime par exemple que près de 75% des maladies humaines émergentes sont des "zoonoses", c’est-à-dire des maladies qui se transmettent naturellement des animaux à l’humain. Reconstruire l’histoire évolutive des relations symbiotiques de l’Homme avec d’autres espèces nous permet de comprendre la provenance de ces pathologies, et nous aide à les combattre.

Vous avez participé à la dernière Fête de la science à Inria Grenoble – Rhône-Alpes, pourquoi vous intéressez-vous à la médiation scientifique ?

Je crois que la curiosité se cultive, que le désir s’encourage et que les passions se stimulent.

Blérina Fête de la Science

Blérina Sinaimeri : J’ai toujours aimé parler de science. Je crois que la curiosité se cultive, que le désir s’encourage et que les passions se stimulent. C’est pourquoi les enseignants ont une grande responsabilité. Lorsque j’évoque mes recherches, j’aime parler de ce que nous ne savons pas…. J’espère ainsi susciter la curiosité des jeunes. Être chercheur requiert beaucoup de travail et de persévérance. Il y a des moments de frustration où rien ne semble faire sens. Mais il y a également des moments où l’on parvient à élucider une question qui était ouverte depuis longtemps. C’est exaltant !

Mots-clés : Biologie computationnelle - Relations symbiotiques - Equipe ERABLE - Blérina Sinaimeri

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