RR-4382 : Représentation des interactions protéine/protéine dans la cadre d'une méthode de modélisation de réseaux géniques

Abstract : Most interesting properties of biological organisms emerge from the interactio- ns between its genes, proteins, messenger molecules, and other components. The structure of these networks of interactions is often complex, as they include positive and negative feedback loops. In order to deduce the global properties of the systems under study it is necessary to integrate the interactions in a formalism by means of which the dynamic behavior of the network of interactions can be simulated. To this end, a method for modeling and simulating genetic regulatory networks, as well as a computer tool (GNA) based on this method, have been developed in the HELIX group. This method has been directed at the analysis of a specific kind of genetic networks, in which only DNA/protein interactions occur. We will show that the method can also be used for analysing genetic networks additionnally including protein/protein interactions. The analysis of a complex example in which both types of interactions occur -the initiation of sporulation in B. subtilis- was performed.

Résumé : Il est communément accepté que la plupart des propriétés intéressantes d'un organisme biologique émerge des interactions entre ses gènes, protéines, molécules messagères et autres constituants. En général, les interactions entre gènes sont complexes, faisant souvent intervenir des boucles de rétroactions positives et négatives. La simple juxtaposition de ces interactions ne permet pas de connaitre les propriétés globales des systèmes étudiés. Il est alors necessaire d'intégrer ces données dans un formalisme permettant la simulation du comportement dynamique du réseau d'interactions considéré. Dans ce contexte, une méthode de simulation et un outil informatique (GNA) basé sur cette méthode, ont étés développés au sein de l'équipe HELIX. Cette méthode a été développée dans le but d'analyser un certain type de réseaux de gènes, ne contenant que des interactions ADN/protéine. Nous montrerons qu'il est également possible d'utiliser cette méthode pour analyser un autre type de réseaux de gènes, contenant également des interactions protéine/protéine. L'analyse d'un système de régulation complexe faisant intervenir ces deux types d'interactions, concernant l'initiation de la sporulation chez B. subtilis, a été réalisée.

RR-4382 - Représentation des interactions protéine/protéine dans la cadre d'une méthode de modélisation de réseaux géniques