Présentation de l’équipe

AMIB poursuit 3 buts biologiques principaux.

• les modèles structuraux pour les ARN et les protéines ;
• les stratégies d’annotation structurelles et fonctionnelles des séquences ;
• l’ingéniérie des protéines se repliant en un pli donné et des ARN satisfaisant des contraintes.

La modélisation et l’annotation se basent sur des algorithmes combinatoires, l’énumération et les probabilités. Les méthodes d’extraction de connaissance sont aussi adaptées. Le développement de critères quantitatifs rigoureux pour évaluer la qualité des prédictions est au coeur de ce projet. Le projet vise aussi à construire des bibliothèques de séquences artificielles utilisables pour l’ingéniérie structurelle et fonctionnelle.

Axes de recherche

Relations internationales et industrielles

• NIIGenetika (Moscow) : Equipe associée de l’Inria MIGEC
• Boston College
• Wuhan University

Collaborations en cours avec des universitaires et chercheurs de : MPI-Berlin, UPenn, UQAM-Montreal, Swiss Institute of Bioinformatics (Geneva), UCBerkeley.