Santé, sciences de la vie, biotechnologie

Logiciels & technologies à suivre

OpenVibe, logiciel pour les interfaces cerveau-ordinateur OpenVibe, logiciel pour les interfaces cerveau-ordinateur - © Inria / Photo Kaksonen

Le transfert industriel en sciences de la vie et de la santé présente une particularité. Il doit composer avec des cycles beaucoup plus longs que dans les autres secteurs. Les réalisations doivent être validées, elles nécessitent des autorisations de mises sur le marché et dépendent de modèles économiques souvent liés au remboursement par les assurances maladies et les mutuelles.

Pourtant les applications potentielles des technologies développées au sein d'Inria sont nombreuses. Le volume et la diversité des informations stockées et transmises en médecine est en progression constante, et la demande d’outils pour les traiter s’est accentuée avec l’accroissement de l’espérance de vie et la légitime exigence de vivre mieux et plus longtemps.

Quelques exemples de technologies et de start-up issues des travaux scientifiques d’Inria à suivre de près !

SAMSON : une plateforme logicielle pour la modélisation et la simulation de nanosystèmes, naturels ou artificiels

Le logiciel SAMSON peut trouver des applications dans tout ce qui touche les nanostructures, notamment dans le domaine de la modélisation des protéines et de leurs interactions avec les médicaments. Il permet de déformer une molécule en temps réel tout en obtenant des informations immédiates sur les conséquences de ces choix de modélisation. « Calculer des champs de force au niveau des atomes requiert beaucoup plus de temps sans la méthode de simulation employée par ce logiciel. Samson est à l’heure actuelle testé par différents industriels de la pharmacie mais nécessite encore une phase développement avant une valorisation prévue pour les années qui viennent ». Cette technologie a fait l'objet d'un dépôt de brevet en juin 2007 délivré sous le n°0704414.

SOFA : une librairie open-source dédiée à la simulation temps réel

SOFA (Simulation Open Framework Architecture) est particulièrement adaptée aux applications médicales, notamment la simulation et la planification d’opérations chirurgicales. Avec plus de 70 000 téléchargements, SOFA est utilisée aussi bien dans des projets industriels que par des partenaires académiques, et est l’un des principaux outils pour la simulation physique. « La technologie est suffisamment mûre puisqu’elle est utilisée par Digital Trainers, une entreprise qui développe des applications commerciales basées sur cette librairie. Distribuée en open source, tout le monde peut utiliser SOFA, et nous travaillons à développer son adoption par une plus large communauté d’utilisateurs et d’entreprises afin qu’elle ait sa vie propre ».

Open-Vibe : un logiciel pour agir par la pensée

Open-Vibe est une interface cerveau-ordinateur. Logiciel libre, gratuit et facile d'utilisation, il est capable d’analyser les ondes cérébrales de manière à commander par la pensée. C’est aujourd’hui un outil académique dont le transfert technologique est à l’étude. Il rencontre beaucoup de succès, notamment auprès d’autres équipes de recherche (dont des équipes Inria) et des industriels du jeu vidéo. « Il peut avoir de nombreuses applications médicales, notamment pour permettre la commande de fauteuils roulants de personnes très handicapées, ou pour des cas extrêmes comme pour les personnes atteintes du Syndrome d'enfermement (Locked-in syndrome), un état neurologique rare dont il est question dans Le scaphandre et le papillon ».

GAZELLE : une plateforme pour tester lʼinteropérabilité et la conformité des systèmes dʼinformation de santé

Gazelle est une plateforme logicielle dont l’objectif est de tester si différents logiciels sont interopérables c’est-à-dire s’ils peuvent échanger de manière fiable des données et des résultats médicaux. La plateforme est utilisée lors de session de tests organisés par l’initiative internationale IHE (Integrating the Healthcare Enterprise) qui regroupe plus de 300 entreprises et institutions de toutes tailles au niveau mondial. « Gazelle est développée et utilisée spécifiquement dans le domaine de la santé mais il n’est pas exclu qu’elle soit déployée prochainement dans tous les domaines où il est nécessaire de tester l’interopérabilité ».

Le DMSP : dossier médico-social portable et sécurisé

Développé par l’équipe-projet SMIS (Systèmes d'informations sécurisés et mobiles), ce serveur personnel de données permet de transporter avec soi un dossier médico-social sécurisé afin de favoriser la coordination des soins auprès des personnes dépendantes. Il est utilisé par les services sociaux et peut être en partie contrôlé par les patients. « Actuellement en expérimentation avec le Conseil général des Yvelines au domicile de 300 personnes qui font appel à divers services (aide-ménagère, soins infirmiers, portage de repas à domicile...), il sert aussi d’interface pour les médecins. Ce projet fait l’objet d’un partenariat avec un industriel français du domaine de la carte à puce et un important hébergeur de données de santé. »

Pantagruel : programmation visuelle d'applications d'assistance à la personne

Issu des travaux de l’équipe-projet Phoenix, l’environnement Pantagruel aide les personnes non spécialistes (professionnels de la santé ou travailleurs sociaux) à programmer l’ensemble des dispositifs d’aide à la personne à domicile. « S’il concerne la domotique, c’est aussi un logiciel d’intégration communiquant avec tous les styles de capteurs mis en place dans la maison et pouvant répondre à des questions à distance telle que « la porte du frigo est-elle ouverte ? » ou « la personne est-elle tombée ? ».

CORON : une plateforme de fouille de données

Utiliser les données collectées systématiquement par les systèmes d'information en santé — souvent très riches et sous-exploités —, tel est l’objectif de ce système basé sur des méthodes de fouilles développées par l’équipe-projet ORPAILLEUR. Il a permis de réaliser plusieurs études pour des ARS (Agences régionales de santé) dont l’objectif était de définir les liens entre établissements dans une optique de planification de l’offre de soins. « Ces outils permettent d’identifier les différents trajets et d’en faire une représentation intelligible à visée statistique. Réaliser de façon automatique un parcours de soin intéresse des organismes comme la CNAM, les mutuelles, les hôpitaux… ».

Projet Vismater : des outils pour représenter des données

Comment arriver à rendre un nombre gigantesque de données différentes et complexes interprétables et analysables par des experts, et ainsi les aider à prendre rapidement des décisions ? C’est ce que vise ce prototype d’interface utilisateur à partir des différentes méthodes d’analyse et de visualisation interactives développées par l’équipe-projet Aviz au sein d’un programme européen. « Ce dispositif très spectaculaire peut, par exemple, croiser des données cartographiques et épidémiologiques afin de circonscrire les origines d’une intoxication alimentaire ».

Visages : un dispositif de traitement d'images amélioré

Cette solution propose un algorithme permettant de supprimer le bruit de  « chatoiement » caractéristique des images ultra-sonores (échographies). Ce pré-traitement facilite la segmentation des structures que le clinicien souhaite isoler pour procéder ensuite à leur analyse. Cette technologie a fait l'objet d'un dépôt de brevet en avril 2008 délivré sous le n° 0802206.

Mots-clés : Biotechnologies Sciences du vivant Santé Assistance médicale Diagnostic Philippe Gesnouin IHE (Integrating the Healthcare Enterprise) Centre National de Référence Santé à Domicile et Autonomie Aide à la personne BioIntelligence Consortium Monolix Industries de la pharmacie PME

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