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- Publications HAL
- Rapports d'activité
Equipe de recherche VIRTUAL PLANTS
Publications de l'équipe VIRTUAL PLANTS
2012
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- L-Py: an L-system simulation framework for modeling plant architecture development based on a dynamic language
- Auteurs
- Frédéric Boudon; Christophe Pradal; Thomas Cokelaer; Przemyslaw Prusinkiewicz; Christophe Godin
- Détail
- Frontiers in technical advances in plant science, 2012, 3 (76), doi: 10.3389/fpls.2012.00076
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-
- Titre
- Understanding patchy landscape dynamics: Towards a landscape language
- Auteurs
- Cédric Gaucherel; Frédéric Boudon; Thomas Houet; Mathieu Castets; Christophe Godin
- Détail
- PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp. 16
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-
- Titre
- Characteristics of Acacia mangium shoot apical meristems in natural and in vitro conditions in relation to heteroblasty
- Auteurs
- Clémence Hatt; François Mankessi; Jean-Baptiste Durand
; Frédéric Boudon; Fabienne Montes; Marc Lartaud; Jean-Luc Verdeil; Olivier Monteeuis - Détail
- Trees - Structure and Function, Springer, 2012, 26 (3), pp. 1031-1044
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-
Communications avec actes
- Titre
- NMR investigations of functionalized magnetic nanoparticles Fe3O4 as T1 - T2 contrast agents
- Auteurs
- Samir KENOUCHE; Joulia Larionova; Nacer Bezzi; Yannick Guari; Nadia Bertin; Michel ZANCA; Lénaic Lartigue; Mikolaj Cieslak; C. Godin; Gil MORROT; CHRISTOPHE GOZE-BAC
- Détail
- 7ème colloque Science et Technologie des poudres, Jul 2012, France. pp. 33
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-
Autres publications
- Titre
- Final Report of the ModSysC2020 Working Group - Data, Models and Theories for Complex Systems: new challenges and opportunities
- Auteurs
- Patrick Valduriez
; Nicolas Arnaud; François Briand; Olivier Gascuel
; Olivier Gimenez; Christophe Godin; Hervé Jourde; Pascal Kosuth; Pascal Neveu; Esther Pacitti; Andrea Parmeggiani - Détail
- Jan. 2012
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-
2011
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- A novel profile based model for virtual representation of quasi-symmetric plant organs
- Auteurs
- H. k. Mebatsion; F. Boudon; C. Godin; C. Pradal; M. Genard; Christophe Goze-Bac; N. Bertin
- Détail
- Computers and Electronics in Agriculture, 2011, 75, pp. 113-124
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-
Communications avec actes
- Titre
- Reconstruction de modèles virtuels de vignes à partir d'images
- Auteurs
- Jérôme Guénard; Géraldine Morin; Frédéric Boudon; Pierre Gurdjos; Vincent Charvillat
- Détail
- ORASIS - Congrès des jeunes chercheurs en vision par ordinateur, Jun 2011, Praz-sur-Arly, France.
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-
2010
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Auxin carriers localization drives auxin accumulation in plant cells infected by Frankia in Casuarina glauca actinorhizal nodules.
- Auteurs
- Francine Perrine-Walker; Patrick Doumas; Mikael Lucas; Virginie Vaissayre; Nicholas J Beauchemin; Leah R Band; Jérome Chopard; Amandine Crabos; Geneviève Conejero; Benjamin Péret; John R King; Jean-Luc Verdeil; Valérie Hocher; Claudine Franche; Malcolm J Bennett; Louis S Tisa; Laurent Laplaze
- Détail
- Plant Physiol, 2010, 154 (3), pp. 1372-80
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-
- Titre
- Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
- Auteurs
- Christophe Godin; Pascal Ferraro
- Détail
- IEEE TCBB, 2010, 7 (4), pp. 688-703
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-
- Titre
- TCR beta allelic exclusion in dynamical models of V(D)J recombination based on allele independence.
- Auteurs
- Etienne Farcot; Marie Bonnet; Sébastien Jaeger; Salvatore Spicuglia; Bastien Fernandez; Pierre Ferrier
- Détail
- J Immunol, 2010, 185 (3), pp. 1622-32
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-
- Titre
- Methodological approach for substantiating disease freedom in a heterogeneous small population. Application to ovine scrapie, a disease with a strong genetic susceptibility.
- Auteurs
- Marie-José Martinez; Didier Calavas; Christian Ducrot; Durand Benoit
- Détail
- Preventive Veterinary Medicine, 2010, 95 (1-2), pp. 108-14
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-
- Titre
- Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.
- Auteurs
- R. Fernandez; Pradeep Das; V. Mirabet; E. Moscardi; Jan Traas; J.-L. Verdeil; Grégoire Malandain; Christophe Godin
- Détail
- Nature Methods, 2010, 7, pp. 547-553
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-
Articles de vulgarisation scientifique
- Titre
- Du gène à la fleur
- Auteurs
- Christophe Godin; Jan Traas
- Détail
- La Recherche Les Cahiers de l'Inria, Societé d' éditions scientifiques, 2010, Les 10 découvertes de l'année, 437 janvier 2010
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-
Communications avec actes
- Titre
- Lossy compression of plant architectures
- Auteurs
- Anne-Laure Gaillard; Pascal Ferraro; Frédéric Boudon; Christophe Godin
- Détail
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp. 10-13
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-
- Titre
- Reconstructing Plant Architecture from 3D Laser scanner data
- Auteurs
- Chakkrit Preuksakarn; Frédéric Boudon; Pascal Ferraro; Jean-Baptiste Durand; Ekko Nikinmaa; Christophe Godin
- Détail
- 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp. 12-17
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Modelling of the airborne dispersal of a pathogen over a structured vegetal cover
- Auteurs
- Youcef Mammeri; Jean Baptiste Burie; Agnes Calonnec; Thomas Cokelaer; Evelyne Costes; Michel Langlais; Christophe Pradal
- Détail
- Theodore DeJong and David Da Silva. Functional-Structural Plant Model, Sep 2010, Davis, CA, United States. Proceedings of the 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Model
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-
2009
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Structure from silhouettes: a new paradigm for fast sketch-based design of trees
- Auteurs
- Jamie Wither; Frédéric Boudon; Marie-Paule Cani; Christophe Godin
- Détail
- Computer Graphics Forum, 2009, 28 (2), pp. 541-550
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Identifying ontogenetic, environmental and individual components of forest tree growth
- Auteurs
- Florence Chaubert-Pereira; Yves Caraglio; Christian Lavergne; Yann Guédon
- Détail
- Annals of Botany, 2009, 104, pp. 883–896
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Markov and semi-Markov switching linear mixed models used to identify forest tree growth components.
- Auteurs
- Florence Chaubert - Pereira; Yann Guédon; Christian Lavergne; Catherine Trottier
- Détail
- Biometrics, John Wiley and Sons, 2009
- Accès au bibtex
-
Communications avec actes
- Titre
- Efficient and robust reconstruction of botanical branching structure from laser scanned points
- Auteurs
- Dong-Ming Yan; Julien Wintz; Bernard Mourrain; Wenping Wang; Frédéric Boudon; Christophe Godin
- Détail
- D. Thaimann. CAD/Graphics 2009, Aug 2009, Yellow Mountain City, China. IEEE Press, pp. 572-575
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-
Rapports
- Titre
- Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
- Auteurs
- Christophe Godin; Pascal Ferraro
- Détail
- [Research Report], 2009, pp. 42. RR-6800
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-
- Titre
- Limit cycles in piecewise-affine gene network models with multiple interaction loops
- Auteurs
- Etienne Farcot; Jean-Luc Gouzé
- Détail
- [Research Report], 2009. RR-6875
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Documents sans référence de publication
- Titre
- Qualitative control of periodic solutions in piecewise affine systems; application to genetic networks
- Auteurs
- Etienne Farcot; Jean-Luc Gouzé
- Détail
- Dec. 2009, RR-7130
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2008
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Flux based transport enhancement as a plausible unifying mechanism for Auxin transport in meristem development
- Auteurs
- S. Stoma; M. Lucas; Jérôme Chopard; Marianne Schaedel; Jan Traas; Christophe Godin
- Détail
- PLoS Computational Biology, 2008, 4 (10), pp. 1000207
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-
Rapports
- Titre
- Markov and semi-Markov switching linear mixed models for identifying forest tree growth components.
- Auteurs
- Florence Chaubert-Pereira; Yann Guédon; Christian Lavergne; Catherine Trottier
- Détail
- [Research Report], 2008. RR-6618
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Exploring the segmentation space for the assessment of multiple change-point models
- Auteurs
- Yann Guédon
- Détail
- [Research Report], 2008, pp. 37. RR-6619
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Thèses
- Titre
- Combinaisons markoviennes et semi-markoviennes de modèles de régression. Application à la croissance d'arbres forestiers.
- Auteurs
- Florence Chaubert-Pereira
- Détail
- mathématiques appliquées. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, Nov. 2008. French
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-
- Titre
- Flux d'auxine et ramification racinaire chez Arabidopsis thaliana: Vers une racine virtuelle
- Auteurs
- Mikael Lucas
- Détail
- Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, Jul. 2008. English
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-
2007
Communications avec actes
- Titre
- Self-similar Analysis of Plant Architecture Reveals Hierachical Classes of Meristem States
- Auteurs
- Christophe Godin; Pascal Ferraro
- Détail
- 5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp. 481-484
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- A statistical model for analyzing jointly growth phases, the influence of environmental factors and inter-individual heterogeneity. Applications to forest trees
- Auteurs
- Florence Chaubert; Yves Caraglio; Christian Lavergne; Catherine Trottier; Yann Guédon
- Détail
- 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp. 00
- Accès au bibtex
-
Rapports
- Titre
- Finite mixture models for exponential repeated data
- Auteurs
- Christian Lavergne; Marie-José Martinez; Catherine Trottier
- Détail
- [Research Report], 2007. RR-6119
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- PlantGL : a Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
- Auteurs
- Christophe Pradal; Frédéric Boudon; Christophe Nouguier; Jérôme Chopard; Christophe Godin
- Détail
- [Research Report], 2007. RR-6367
- Accès au texte intégral et bibtex
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2006
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Intraspecific diversity of Oenococcus oeni strains determined by sequence analysis of target genes.
- Auteurs
- Arnaud Delaherche; Elisabeth Bon; Aurelien Dupé; Megumi Lucas; Benoit Arveiler; Antoine De Daruvar; Aline Lonvaud-Funel
- Détail
- Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Berlin / Heidelberg, 2006, 73 (2), pp. 394-403
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
- Auteurs
- Frédéric Boudon; Christophe Godin; Christophe Pradal; Olivier Puech; H. Sinoquet
- Détail
- Fractals, 2006, 14 (3), pp. 1577-1587
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Sensitivity Analysis in presence of Model Uncertainty and Correlated Inputs.",
- Auteurs
- Nicolas Devictoc; Julien Jacques; Christian Lavergne
- Détail
- Reliability Engineering and System Safety, 2006, pp. 1126-1134
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Modèles à Facteurs Dynamiques et à Structure Markovienne Cachée pour les Séries Financières Conditionnellement Hétéroscédastiques
- Auteurs
- Christian Lavergne; Mohamed Saidane
- Détail
- Les Cahiers de la Recherche de ISC Paris, Section Formalisation et Modélisation, 2006, pp. 273-300
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-
Rapports
- Titre
- Factor Analysed Hidden Markov Models for Conditionally Heteroscedastic Financial Time Series
- Auteurs
- Christian Lavergne; Mohamed Saidane
- Détail
- [Research Report], 2006, pp. 48. RR-5862
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-
- Titre
- Multivariate dynamic model for ordinal outcomes
- Auteurs
- Florence Chaubert; Frédéric Mortier; Laurent Saint André
- Détail
- [Research Report], 2006. RR-5999
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2004
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Statistical Inference for Hidden Markov Tree Models and Application to Wavelet Trees
- Auteurs
- Jean-Baptiste Durand; Paulo Goncalves; Yann Guédon
- Détail
- IEEE Transactions on Signal Processing, IEEE, 2004, 52 (9), pp. 2551-2560
- Accès au bibtex
-
Communications avec actes
- Titre
- Analysis of longitudinal data applied to plant architecture study
- Auteurs
- Carine Véra; Yann Guédon; Christian Lavergne; Yves Caraglio
- Détail
- 4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2004, Montpellier, France. pp. 00
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Arbres de Markov cachés : inférence et applications
- Auteurs
- Jean-Baptiste Durand; Paulo Goncalves; Yann Guédon
- Détail
- Proceedings of XXXVI èmes Journées de Statistique, May 2004, Montpellier, France.
- Accès au bibtex
-
Thèses
- Titre
- Représentation géométrique multi-échelles de l'architecture des plantes
- Auteurs
- Frédéric Boudon
- Détail
- informatique. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, Feb. 2004. French
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-
2003
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- An edit distance between quotiented graphs
- Auteurs
- Pascal Ferraro; Christophe Godin
- Détail
- Algorithmica, 2003, 36, pp. 1-39
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2002
Communications avec actes
- Titre
- Une méthode structurelle pour évaluer les propriétés d autosimilarité des plantes
- Auteurs
- Pascal Ferraro; Christophe Godin; Przemyslaw Prusinkiewicz; Lars Mundermann
- Détail
- Self Similarity And Applications Workshop, 2002, Clermont-Ferrand, France. pp. electronique
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2000
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- A Distance Measure Between Plant Architecture
- Auteurs
- Pascal Ferraro; Christophe Godin
- Détail
- Annals of Forest Science, 2000, 57, pp. 445-461
- Accès au bibtex
-
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