Equipe de recherche VIRTUAL PLANTS

Publications de l'équipe VIRTUAL PLANTS

2012

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
L-Py: an L-system simulation framework for modeling plant architecture development based on a dynamic language
Auteurs
Frédéric Boudon; Christophe Pradal; Thomas Cokelaer; Przemyslaw Prusinkiewicz; Christophe Godin
Détail
Frontiers in technical advances in plant science, 2012, 3 (76), doi: 10.3389/fpls.2012.00076
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Understanding patchy landscape dynamics: Towards a landscape language
Auteurs
Cédric Gaucherel; Frédéric Boudon; Thomas Houet; Mathieu Castets; Christophe Godin
Détail
PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp. 16
Accès au texte intégral et bibtex
Gaucherel_al-PONE.pdf BibTex
Titre
Characteristics of Acacia mangium shoot apical meristems in natural and in vitro conditions in relation to heteroblasty
Auteurs
Clémence Hatt; François Mankessi; Jean-Baptiste Durand url; Frédéric Boudon; Fabienne Montes; Marc Lartaud; Jean-Luc Verdeil; Olivier Monteeuis
Détail
Trees - Structure and Function, Springer, 2012, 26 (3), pp. 1031-1044
Accès au bibtex
BibTex

Communications avec actes

Titre
NMR investigations of functionalized magnetic nanoparticles Fe3O4 as T1 - T2 contrast agents
Auteurs
Samir KENOUCHE; Joulia Larionova; Nacer Bezzi; Yannick Guari; Nadia Bertin; Michel ZANCA; Lénaic Lartigue; Mikolaj Cieslak; C. Godin; Gil MORROT; CHRISTOPHE GOZE-BAC
Détail
7ème colloque Science et Technologie des poudres, Jul 2012, France. pp. 33
Accès au bibtex
BibTex

Autres publications

Titre
Final Report of the ModSysC2020 Working Group - Data, Models and Theories for Complex Systems: new challenges and opportunities
Auteurs
Patrick Valduriez url; Nicolas Arnaud; François Briand; Olivier Gascuel url; Olivier Gimenez; Christophe Godin; Hervé Jourde; Pascal Kosuth; Pascal Neveu; Esther Pacitti; Andrea Parmeggiani
Détail
Jan. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
ModSiCS2020_Rapport_Final_-_30_janvier_2012.pdf BibTex

2011

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
A novel profile based model for virtual representation of quasi-symmetric plant organs
Auteurs
H. k. Mebatsion; F. Boudon; C. Godin; C. Pradal; M. Genard; Christophe Goze-Bac; N. Bertin
Détail
Computers and Electronics in Agriculture, 2011, 75, pp. 113-124
Accès au bibtex
BibTex

Communications avec actes

Titre
Reconstruction de modèles virtuels de vignes à partir d'images
Auteurs
Jérôme Guénard; Géraldine Morin; Frédéric Boudon; Pierre Gurdjos; Vincent Charvillat
Détail
ORASIS - Congrès des jeunes chercheurs en vision par ordinateur, Jun 2011, Praz-sur-Arly, France.
Accès au texte intégral et bibtex
paper24.pdf BibTex

2010

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
Auxin carriers localization drives auxin accumulation in plant cells infected by Frankia in Casuarina glauca actinorhizal nodules.
Auteurs
Francine Perrine-Walker; Patrick Doumas; Mikael Lucas; Virginie Vaissayre; Nicholas J Beauchemin; Leah R Band; Jérome Chopard; Amandine Crabos; Geneviève Conejero; Benjamin Péret; John R King; Jean-Luc Verdeil; Valérie Hocher; Claudine Franche; Malcolm J Bennett; Louis S Tisa; Laurent Laplaze
Détail
Plant Physiol, 2010, 154 (3), pp. 1372-80
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
Auteurs
Christophe Godin; Pascal Ferraro
Détail
IEEE TCBB, 2010, 7 (4), pp. 688-703
Accès au texte intégral et bibtex
IEEE_TCBB.pdf BibTex
Titre
TCR beta allelic exclusion in dynamical models of V(D)J recombination based on allele independence.
Auteurs
Etienne Farcot; Marie Bonnet; Sébastien Jaeger; Salvatore Spicuglia; Bastien Fernandez; Pierre Ferrier
Détail
J Immunol, 2010, 185 (3), pp. 1622-32
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Methodological approach for substantiating disease freedom in a heterogeneous small population. Application to ovine scrapie, a disease with a strong genetic susceptibility.
Auteurs
Marie-José Martinez; Didier Calavas; Christian Ducrot; Durand Benoit
Détail
Preventive Veterinary Medicine, 2010, 95 (1-2), pp. 108-14
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Imaging plant growth in 4D : robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.
Auteurs
R. Fernandez; Pradeep Das; V. Mirabet; E. Moscardi; Jan Traas; J.-L. Verdeil; Grégoire Malandain; Christophe Godin
Détail
Nature Methods, 2010, 7, pp. 547-553
Accès au bibtex
BibTex

Articles de vulgarisation scientifique

Titre
Du gène à la fleur
Auteurs
Christophe Godin; Jan Traas
Détail
La Recherche Les Cahiers de l'Inria, Societé d' éditions scientifiques, 2010, Les 10 découvertes de l'année, 437 janvier 2010
Accès au texte intégral et bibtex
inria-n437-janv10.pdf BibTex

Communications avec actes

Titre
Lossy compression of plant architectures
Auteurs
Anne-Laure Gaillard; Pascal Ferraro; Frédéric Boudon; Christophe Godin
Détail
6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp. 10-13
Accès au texte intégral et bibtex
fspm2010.3.pdf BibTex
Titre
Reconstructing Plant Architecture from 3D Laser scanner data
Auteurs
Chakkrit Preuksakarn; Frédéric Boudon; Pascal Ferraro; Jean-Baptiste Durand; Ekko Nikinmaa; Christophe Godin
Détail
6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, United States. pp. 12-17
Accès au texte intégral et bibtex
Laser-FSPM10-final.pdf BibTex
Titre
Modelling of the airborne dispersal of a pathogen over a structured vegetal cover
Auteurs
Youcef Mammeri; Jean Baptiste Burie; Agnes Calonnec; Thomas Cokelaer; Evelyne Costes; Michel Langlais; Christophe Pradal
Détail
Theodore DeJong and David Da Silva. Functional-Structural Plant Model, Sep 2010, Davis, CA, United States. Proceedings of the 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Model
Accès au bibtex
BibTex

2009

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
Structure from silhouettes: a new paradigm for fast sketch-based design of trees
Auteurs
Jamie Wither; Frédéric Boudon; Marie-Paule Cani; Christophe Godin
Détail
Computer Graphics Forum, 2009, 28 (2), pp. 541-550
Accès au texte intégral et bibtex
tree_sketching.pdf BibTex
Titre
Identifying ontogenetic, environmental and individual components of forest tree growth
Auteurs
Florence Chaubert-Pereira; Yves Caraglio; Christian Lavergne; Yann Guédon
Détail
Annals of Botany, 2009, 104, pp. 883–896
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Markov and semi-Markov switching linear mixed models used to identify forest tree growth components.
Auteurs
Florence Chaubert - Pereira; Yann Guédon; Christian Lavergne; Catherine Trottier
Détail
Biometrics, John Wiley and Sons, 2009
Accès au bibtex
BibTex

Communications avec actes

Titre
Efficient and robust reconstruction of botanical branching structure from laser scanned points
Auteurs
Dong-Ming Yan; Julien Wintz; Bernard Mourrain; Wenping Wang; Frédéric Boudon; Christophe Godin
Détail
D. Thaimann. CAD/Graphics 2009, Aug 2009, Yellow Mountain City, China. IEEE Press, pp. 572-575
Accès au texte intégral et bibtex
main.pdf BibTex

Rapports

Titre
Quantifying the degree of self-nestedness of trees. Application to the structural analysis of plants
Auteurs
Christophe Godin; Pascal Ferraro
Détail
[Research Report], 2009, pp. 42. RR-6800
Accès au texte intégral et bibtex
RR-6800.pdf BibTex
Titre
Limit cycles in piecewise-affine gene network models with multiple interaction loops
Auteurs
Etienne Farcot; Jean-Luc Gouzé
Détail
[Research Report], 2009. RR-6875
Accès au texte intégral et bibtex
RR-6875.pdf BibTex

Documents sans référence de publication

Titre
Qualitative control of periodic solutions in piecewise affine systems; application to genetic networks
Auteurs
Etienne Farcot; Jean-Luc Gouzé
Détail
Dec. 2009, RR-7130
Accès au texte intégral et bibtex
RR-7130.pdf RR-7130.ps BibTex

2008

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
Flux based transport enhancement as a plausible unifying mechanism for Auxin transport in meristem development
Auteurs
S. Stoma; M. Lucas; Jérôme Chopard; Marianne Schaedel; Jan Traas; Christophe Godin
Détail
PLoS Computational Biology, 2008, 4 (10), pp. 1000207
Accès au bibtex
BibTex

Rapports

Titre
Markov and semi-Markov switching linear mixed models for identifying forest tree growth components.
Auteurs
Florence Chaubert-Pereira; Yann Guédon; Christian Lavergne; Catherine Trottier
Détail
[Research Report], 2008. RR-6618
Accès au texte intégral et bibtex
RR-6618.pdf BibTex
Titre
Exploring the segmentation space for the assessment of multiple change-point models
Auteurs
Yann Guédon
Détail
[Research Report], 2008, pp. 37. RR-6619
Accès au texte intégral et bibtex
RR-6619.pdf BibTex

Thèses

Titre
Combinaisons markoviennes et semi-markoviennes de modèles de régression. Application à la croissance d'arbres forestiers.
Auteurs
Florence Chaubert-Pereira
Détail
mathématiques appliquées. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, Nov. 2008. French
Accès au texte intégral et bibtex
These_Chaubert_Pereira.pdf BibTex
Titre
Flux d'auxine et ramification racinaire chez Arabidopsis thaliana: Vers une racine virtuelle
Auteurs
Mikael Lucas
Détail
Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, Jul. 2008. English
Accès au texte intégral et bibtex
theseMLucas.pdf BibTex

2007

Communications avec actes

Titre
Self-similar Analysis of Plant Architecture Reveals Hierachical Classes of Meristem States
Auteurs
Christophe Godin; Pascal Ferraro
Détail
5th International Workshop on Functional Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp. 481-484
Accès au texte intégral et bibtex
selfsimilarity.pdf BibTex
Titre
A statistical model for analyzing jointly growth phases, the influence of environmental factors and inter-individual heterogeneity. Applications to forest trees
Auteurs
Florence Chaubert; Yves Caraglio; Christian Lavergne; Catherine Trottier; Yann Guédon
Détail
5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp. 00
Accès au bibtex
BibTex

Rapports

Titre
Finite mixture models for exponential repeated data
Auteurs
Christian Lavergne; Marie-José Martinez; Catherine Trottier
Détail
[Research Report], 2007. RR-6119
Accès au texte intégral et bibtex
RR-6119.pdf RR-6119.ps BibTex
Titre
PlantGL : a Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales
Auteurs
Christophe Pradal; Frédéric Boudon; Christophe Nouguier; Jérôme Chopard; Christophe Godin
Détail
[Research Report], 2007. RR-6367
Accès au texte intégral et bibtex
RR-6367.pdf BibTex

2006

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
Intraspecific diversity of Oenococcus oeni strains determined by sequence analysis of target genes.
Auteurs
Arnaud Delaherche; Elisabeth Bon; Aurelien Dupé; Megumi Lucas; Benoit Arveiler; Antoine De Daruvar; Aline Lonvaud-Funel
Détail
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Berlin / Heidelberg, 2006, 73 (2), pp. 394-403
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Estimating the fractal dimension of plants using the two-surface method: An analysis based on 3D-digitized tree foliage
Auteurs
Frédéric Boudon; Christophe Godin; Christophe Pradal; Olivier Puech; H. Sinoquet
Détail
Fractals, 2006, 14 (3), pp. 1577-1587
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Sensitivity Analysis in presence of Model Uncertainty and Correlated Inputs.",
Auteurs
Nicolas Devictoc; Julien Jacques; Christian Lavergne
Détail
Reliability Engineering and System Safety, 2006, pp. 1126-1134
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Modèles à Facteurs Dynamiques et à Structure Markovienne Cachée pour les Séries Financières Conditionnellement Hétéroscédastiques
Auteurs
Christian Lavergne; Mohamed Saidane
Détail
Les Cahiers de la Recherche de ISC Paris, Section Formalisation et Modélisation, 2006, pp. 273-300
Accès au bibtex
BibTex

Rapports

Titre
Factor Analysed Hidden Markov Models for Conditionally Heteroscedastic Financial Time Series
Auteurs
Christian Lavergne; Mohamed Saidane
Détail
[Research Report], 2006, pp. 48. RR-5862
Accès au texte intégral et bibtex
RR-5862.pdf RR-5862.ps BibTex
Titre
Multivariate dynamic model for ordinal outcomes
Auteurs
Florence Chaubert; Frédéric Mortier; Laurent Saint André
Détail
[Research Report], 2006. RR-5999
Accès au texte intégral et bibtex
RR-5999.pdf RR-5999.ps BibTex

2004

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
Statistical Inference for Hidden Markov Tree Models and Application to Wavelet Trees
Auteurs
Jean-Baptiste Durand; Paulo Goncalves; Yann Guédon
Détail
IEEE Transactions on Signal Processing, IEEE, 2004, 52 (9), pp. 2551-2560
Accès au bibtex
BibTex

Communications avec actes

Titre
Analysis of longitudinal data applied to plant architecture study
Auteurs
Carine Véra; Yann Guédon; Christian Lavergne; Yves Caraglio
Détail
4th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2004, Montpellier, France. pp. 00
Accès au bibtex
BibTex
Titre
Arbres de Markov cachés : inférence et applications
Auteurs
Jean-Baptiste Durand; Paulo Goncalves; Yann Guédon
Détail
Proceedings of XXXVI èmes Journées de Statistique, May 2004, Montpellier, France.
Accès au bibtex
BibTex

Thèses

Titre
Représentation géométrique multi-échelles de l'architecture des plantes
Auteurs
Frédéric Boudon
Détail
informatique. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, Feb. 2004. French
Accès au texte intégral et bibtex
these.pdf BibTex

2003

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
An edit distance between quotiented graphs
Auteurs
Pascal Ferraro; Christophe Godin
Détail
Algorithmica, 2003, 36, pp. 1-39
Accès au texte intégral et bibtex
s00453-002-1002-5-1.pdf BibTex

2002

Communications avec actes

Titre
Une méthode structurelle pour évaluer les propriétés d autosimilarité des plantes
Auteurs
Pascal Ferraro; Christophe Godin; Przemyslaw Prusinkiewicz; Lars Mundermann
Détail
Self Similarity And Applications Workshop, 2002, Clermont-Ferrand, France. pp. electronique
Accès au texte intégral et bibtex
autosimilarite_plantes.pdf BibTex

2000

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre
A Distance Measure Between Plant Architecture
Auteurs
Pascal Ferraro; Christophe Godin
Détail
Annals of Forest Science, 2000, 57, pp. 445-461
Accès au bibtex
BibTex