Publications de l'équipe MAGNOME

2012

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

A genome-scale metabolic model of the lipid-accumulating yeast Yarrowia lipolytica.

Auteurs

Nicolas Loira; Thierry Dulermo; Jean-Marc Nicaud; David J Sherman

Détail

BMC Systems Biology, BioMed Central, 2012, 6 (1), pp. 35

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Titre

Reusing and composing models of cell fate regulation of human bone precursor cells.

Auteurs

Rodrigo Assar; Andrea V Leisewitz; Alice Garcia; Nibaldo C Inestrosa; Martín A Montecino; David James Sherman

Détail

BioSystems, Elsevier, 2012, 108 (1-3), pp. 63-72

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Titre

Pichia sorbitophila, an Interspecies Yeast Hybrid, Reveals Early Steps of Genome Resolution After Polyploidization

Auteurs

Veronique Leh Louis; Laurence Despons; Anne Friedrich; Tiphaine Martin; Pascal Durrens; Serge Casaregola; Cécile Neuvéglise; Cécile Fairhead; Christian Marck; José Almeida Cruz; Marie-Laure Straub; Valerie Kugler; Christine Sacerdot; Zlatyo Uzunov; Agnès Thierry; Stéphanie Weiss; Claudine Bleykasten; Jacky De Montigny; Noémie Jacques; Paul Jung; Marc Lemaire; Sandrine Mallet; Guillaume Morel; Guy-Franck Richard; Anasua Sarkar; Guilhem Savel; Joseph Schacherer; Marie-Line Seret; Emmanuel Talla; Gaelle Samson; Claire Jubin; Julie Poulain; Benoit Vacherie; Valérie Barbe; Eric Pelletier; David James Sherman; Eric Westhof; Jean Weissenbach; Philippe Baret; Patrick Wincker; Claude Gaillardin; Bernard Dujon; Jean-Luc Souciet

Détail

Genes|Genomes|Genetics, Genetics Society of America, 2012, 2 (2), pp. 299-311

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Communications avec actes

Titre

Feedback in the management of genomic data in the GDR Génolevures

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens

Détail

ICY2012 13th International Congress on Yeasts, Aug 2012, Madison, United States.

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Titre

PSEUDOE: A computational method to detect Psi-genes and explore PSEUDome dynamics in wine bacteria from the Oenococcus genus.

Auteurs

Laetitia Bourgeade; Tiphaine Martin; Elisabeth Bon

Détail

François Cost, Denis Tagu. JOBIM2012- 13ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. SFBI, INRIA, pp. 435-436

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Titre

Cracking the Pseudome Code: Inside the "silent" Psi-genes language to reconstruct Oenococcus oeni evolutionary adaptation to wine

Auteurs

Laetitia Bourgeade; Tiphaine Martin; Aurélie Goulielmakis; Aline Lonvaud-Funel; Patrick Lucas; Elisabeth Bon

Détail

UR CALITYSS - VetAgroSup. 18th CBL-Club des Bactéries Lactiques Meeting, May 2012, Clermont-Ferrand, France. page 82

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Titre

Retour d'expérience dans la gestion des données génomiques au sein du GDR Génolevures.

Auteurs

Tiphaine Martin

Détail

10e rencontre Levures Modèles & Outils, Apr 2012, Toulouse, France.

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Titre

Génolevures : Politique d'annotation automatique des génomes de levures (YAGA)

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens

Détail

10e rencontre Levures Modèles & Outils, Apr 2012, Toulouse, France.

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Titre

How does Oenococcus oeni adapt to its environment? A pangenomic oligonucleotide microarray for analysis O. oeni gene expression under wine shock.

Auteurs

Aurélie Gouliemakis; Julen Bridier; Aurélien Barré; Olivier Claisse; David Sherman; Pascal Durrens; Aline Lonvaud-Funel; Elisabeth Bon

Détail

Univ. Bordeaux Segalen (P. Darriet, L. Geny, P. Lucas, A. Lonvaud, G. de Revel, P.L. Teissedre). OENO2011- 9th International Symposium of Oenology, Jun 2011, Bordeaux, France. Dunod, Paris, pp. 358-363, 2012

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Titre

Stochastic Modeling of Complex Systems and Systems Biology: From Stochastic Transition Systems to Hybrid Systems

Auteurs

Rodrigo Assar; Martín A Montecino; David James Sherman

Détail

XII Latin American Congress of Probability and Mathematical Statistics, Mar 2012, Viña del Mar, Chile.

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Titre

Reconciling competing models: a case study of wine fermentation kinetics

Auteurs

Rodrigo Assar; Felipe Vargas; David James Sherman

Détail

Katsuhisa Horimoto and Masahiko Nakatsui and Nikolaj Popov. Algebraic and Numeric Biology 2010, Jul 2010, Hagenberg, Austria. Springer, Algebraic and Numeric Biology, 6479, pp. 68-83, 2012, Lecture Notes in Computer Science

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Conférences invitées

Titre

Retour d'expérience : assemblage

Auteurs

Tiphaine Martin

Détail

Ecole NGS 2012 : De la production à l'analyse des données " Next Generation Sequencing ", Jan 2012, Lyon, France.

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Thèses

Titre

Scaffold-based Reconstruction Method for Genome-Scale Metabolic Models

Auteurs

Nicolas Loira

Détail

informatique. Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, Jan. 2012. English

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2011

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Rapid Discrimination between Candida glabrata, Candida nivariensis, and Candida bracarensis by Use of a Singleplex PCR

Auteurs

Adela Enache-Angoulvant; Juliette Guitard; Frédéric Grenouillet; Tiphaine Martin; Pascal Durrens; Cécile Fairhead; Christophe Hennequin

Détail

Journal of Clinical Microbiology, American Society for Microbiology, 2011, 49 (9), pp. 3375-3379

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Titre

The Génolevures database

Auteurs

Pascal Durrens; Tiphaine Martin; David James Sherman

Détail

Comptes Rendus de l'Académie des Sciences, Série Biologies, Elsevier, 2011, 334 (8-9), pp. 585-589

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Communications avec actes

Titre

Comparative genomics of the Nakaseomyces clade: Candida glabrata and enew merging pathogens

Auteurs

Cécile Fairhead; Toni Gabaldón; Tiphaine Martin; Pascal Durrens; Olivier Lespinet; Christophe Hennequin; Monique Bolotin-Fukuhara; Patrick Wincker

Détail

Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms,, Oct 2011, Sant Feliu de Guixols, Spain.

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Titre

Genolevures : automated annotation of yeast genome sequences

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens

Détail

Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms, Oct 2011, Sant Feliu de Guixols, Spain.

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Titre

Modeling Stochastic Switched Systems with BioRica

Auteurs

Rodrigo Assar; Alice Garcia; David James Sherman

Détail

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France. Actes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2011, pp. 297-304

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Titre

RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique

Auteurs

Christophe Blanchet; Clément Gauthey; Christophe Caron; Olivier Collin; Stephane Delmotte; Tiphaine Martin; Aurelien Roult; Franck Samson; Bruno Spataro

Détail

JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France.

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Titre

Génolevures: Policy for Automated Annotation of Genome Sequences

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens

Détail

JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France.

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Communications sans actes

Titre

Rethinking global analyses and algorithms for comparative genomics in a functional MapReduce style

Auteurs

Natalia Golenetskaya; David James Sherman

Détail

SeqBio 2011, Dec 2011, Lille, France.

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Titre

Genome-wide annotation of human Wnt target genes using CART: toward treatments of degenerative diseases

Auteurs

Rodrigo Assar

Détail

European Neurodegenerative Diseases & European Genomics Meeting, Oct 2011, Rome, Italy.

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Titre

Comparative annotation and scaling-out challenges for paraphyletic strategies

Auteurs

David James Sherman; Natalia Golenetskaya; Tiphaine Martin; Pascal Durrens

Détail

EMBO Symposium on Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms: Understanding the Complexity of Diversity, Oct 2011, San Feliu de Guixols, Spain.

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Titre

Un polymorphisme suspect

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens

Détail

Unithé ou Café, Jun 2011, Talence, France.

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Titre

Assessing ''last mile'' tools for affinity binder databases

Auteurs

Natalia Golenetskaya; David James Sherman

Détail

5th ESF Workshop on Affinity Proteomics: Ligand Binders against the Human Proteome, Mar 2011, Alpbach, Austria.

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Conférences invitées

Titre

Genolevures: automated annotation of yeast genome sequences

Auteurs

Tiphaine Martin

Détail

Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms, Oct 2011, Sant Feliu de Guixols, Spain.

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Titre

Addressing scaling-out challenges for comparative genomics

Auteurs

David James Sherman ; Natalia Golenetskaya

Détail

Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2011, Moscow, Russian Federation.

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Thèses

Titre

Modeling and simulation of Hybrid Systems and Cell factory applications

Auteurs

Rodrigo Assar

Détail

informatique. Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, Oct. 2011. English

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2010

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Integrated multilaboratory systems biology reveals differences in protein metabolism between two reference yeast strains.

Auteurs

André B Canelas; Nicola Harrison; Alessandro Fazio; Jie Zhang; Juha-Pekka Pitkänen; Joost Van Den Brink; Barbara M Bakker; Lara Bogner; Jildau Bouwman; Juan I Castrillo; Ayca Cankorur; Pramote Chumnanpuen; Pascale Daran-Lapujade; Duygu Dikicioglu; Karen Van Eunen; Jennifer C Ewald; Joseph J Heijnen; Betul Kirdar; Ismo Mattila; Femke I C Mensonides; Anja Niebel; Merja Penttilä; Jack T Pronk; Matthias Reuss; Laura Salusjärvi; Uwe Sauer; David James Sherman ; Martin Siemann-Herzberg; Hans Westerhoff; Johannes De Winde; Dina Petranovic; Stephen G Oliver; Christopher T Workman; Nicola Zamboni; Jens Nielsen

Détail

Nature Communications, Nature Publishing Group, 2010, 1 (9), pp. 145

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Titre

Minimum information about a protein affinity reagent (MIAPAR).

Auteurs

Julie Bourbeillon; Sandra Orchard; Itai Benhar; Carl Borrebaeck; Antoine De Daruvar; Stefan Dübel; Ronald Frank; Frank Gibson; David Gloriam; Niall Haslam; Tara Hiltker; Ian Humphrey-Smith; Michael Hust; David Juncker; Manfred Koegl; Zoltàn Konthur; Bernhard Korn; Sylvia Krobitsch; Serge Muyldermans; Per-Ake Nygren; Sandrine Palcy; Bojan Polic; Henry Rodriguez; Alan Sawyer; Martin Schlapshy; Michael Snyder; Oda Stoevesandt; Michael J Taussig; Markus Templin; Matthias Uhlen; Silvere Van Der Maarel; Christer Wingren; Henning Hermjakob; David James Sherman

Détail

Nature Biotechnology, Nature Publishing Group, 2010, 28 (7), pp. 650-3

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Titre

A community standard format for the representation of protein affinity reagents.

Auteurs

David E Gloriam; Sandra Orchard; Daniela Bertinetti; Erik Björling; Erik Bongcam-Rudloff; Carl A K Borrebaeck; Julie Bourbeillon; Andrew R M Bradbury; Antoine De Daruvar; Stefan Dübel; Ronald Frank; Toby J Gibson; Larry Gold; Niall Haslam; Friedrich W Herberg; Tara Hiltke; Jörg D Hoheisel; Samuel Kerrien; Manfred Koegl; Zoltán Konthur; Bernhard Korn; Ulf Landegren; Luisa Montecchi-Palazzi; Sandrine Palcy; Henry Rodriguez; Sonja Schweinsberg; Volker Sievert; Oda Stoevesandt; Michael J Taussig; Marius Ueffing; Mathias Uhlén; Silvère Van Der Maarel; Christer Wingren; Peter Woollard; David James Sherman; Henning Hermjakob

Détail

Mol Cell Proteomics, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2010, 9 (1), pp. 1-10

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Titre

Evolutionary Rough Parallel Multi-Objective Optimization Algorithm

Auteurs

Ujjwal Maulik; Anasua Sarkar

Détail

Fundamenta Informaticae, IOS Press Amsterdam, 2010, 99 (1), pp. 13-27

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Titre

Genome-wide identification of new Wnt/beta-catenin target genes in the human genome using CART method.

Auteurs

Christian Hödar; Rodrigo Assar; Marcela Colombres; Andrés Aravena; Leonardo Pavez; Mauricio González; Servet Martínez; Nibaldo C Inestrosa; Alejandro Maass

Détail

BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11, pp. 348

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Titre

Genome-wide computational prediction of tandem gene arrays: application in yeasts.

Auteurs

Laurence Despons; Philippe Baret; Lionel Frangeul; Véronique Louis; Pascal Durrens; Jean-Luc Souciet

Détail

BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp. 56

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Communications avec actes

Titre

Genome-wide identification of new Wnt/beta-catenin target genes in the human genome using CART method

Auteurs

Rodrigo Assar; Hodar Christian; Colombres Marcela

Détail

Statistical and dynamical models in biology and medicine, Oct 2010, Heidelberg, Germany.

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Titre

Génolevures, knowledge base and annotation of hemiascomycete yeast genomes

Auteurs

Tiphaine Martin; David James Sherman; Pascal Durrens

Détail

Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France.

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Titre

Génolevures : Policy for automated annotation of genome sequences

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens

Détail

Levures, Modèles et Outils IX, Aug 2010, Strasbourg, France.

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Communications sans actes

Titre

Genome-scale Metabolic Reconstruction of the Eukaryote Cell Factory Yarrowia Lipolytica

Auteurs

Nicolas Loira; David James Sherman

Détail

11th International Conference on Systems Biology, Oct 2010, Edinburgh, United Kingdom.

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Conférences invitées

Titre

The Génolevures database

Auteurs

Pascal Durrens

Détail

Pr B. Dujon. 10th anniversary of Génolevures, Nov 2010, Paris, France.

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Titre

Methods for understanding function and history in small eukaryote genomes

Auteurs

David James Sherman

Détail

Mireille Régnier. Colloquium LIX, Nov 2010, Palaiseau, France. inria

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Titre

High-performance comparative annotation

Auteurs

David James Sherman; Nicolas Loira; Natalia Golenetskaya

Détail

Makeev, Vsevolod and Kucherov, Gregory. Bioinformatics after next-generation sequencing, Jun 2010, Zvenigorod, Russian Federation. inria

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Titre

Two examples of evolutionary algorithms in reconstructing genome evolution

Auteurs

David James Sherman

Détail

Workshop on Evolutionary Algorithms - Challenges in Theory and Practice, Mar 2010, Bordeaux, France. inria

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Autres publications

Titre

Reconstruction and validation of the genome-scale metabolic model of Yarrowia lipolytica iNL750

Auteurs

David James Sherman; Nicolas Loira

Détail

Sep. 2010. JOBIM 2010 Poster

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Titre

Databases and Ontologies for Affinity Binders

Auteurs

David James Sherman; Natalia Golenetskaya

Détail

May. 2010. Overview of advances in defining ontologies and building knowledge bases for affinity binders, over the four years of the ProteomeBinders project. Presented at the Affinomics/ProteomeBinders workshop at the Møller Center, Churchill College, Cambridge University.

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Documents associés à des manifestations scientifiques (Tutoriel, poster/prés./préface, papier court, digest de conférence, …)

Titre

Mixed-formalism hierarchical modeling and simulation with BioRica

Auteurs

Alice Garcia; David James Sherman

Détail

[Poster]. 11th International Conference on Systems Biology, Oct 2010, Edimbourg, United Kingdom, P02.446

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2009

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Genolevures: protein families and synteny among complete hemiascomycetous yeast proteomes and genomes.

Auteurs

David James Sherman; Tiphaine Martin; Macha Nikolski; Cyril Cayla; Jean-Luc Souciet; Pascal Durrens

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford Journals, 2009, 37, pp. D550-D554

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Titre

Minimum information requirements : neither bandits in the Attic nor bats in the belfry

Auteurs

David James Sherman

Détail

New Biotechnology, Elsevier, 2009, 25 (4), pp. 173-4

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Titre

Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae.

Auteurs

Jean-Luc Souciet; Bernard Dujon; Claude Gaillardin; Mark Johnston; Philippe V Baret; Paul Cliften; David James Sherman; Jean Weissenbach; Eric Westhof; Patrick Wincker; Claire Jubin; Julie Poulain; Valerie Barbe; Béatrice Ségurens; Francois Artiguenave; Veronique Anthouard; Benoit Vacherie; Marie-Eve Val; Robert S Fulton; Patrick Minx; Richard Wilson; Pascal Durrens; Geraldine Jean; Christian Marck; Tiphaine Martin; Macha Nikolski; Thomas Rolland; Marie-Line Seret; Serge Casaregola; Laurence Despons; Cecile Fairhead; Gilles Fischer; Ingrid Lafontaine; Veronique Leh; Marc Lemaire; Jacky De Montigny; Cecile Neuveglise; Agnes Thierry; Isabelle Blanc-Lenfle; Claudine Bleykasten; Julie Diffels; Emilie Fritsch; Lionel Frangeul; Adrien Goeffon; Nicolas Jauniaux; Rym Kachouri-Lafond; Celia Payen; Serge Potier; Lenka Pribylova; Christophe Ozanne; Guy-Franck Richard; Christine Sacerdot; Marie-Laure Straub; Emmanuel Talla

Détail

Genome Researchearch, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2009, 19, pp. 1696-1709

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Titre

Unusual composition of a yeast chromosome arm is associated with its delayed replication.

Auteurs

Célia Payen; Gilles Fischer; Christian Marck; Caroline Proux; David James Sherman; Jean-Yves Coppée; Mark Johnston; Bernard Dujon; Cécile Neuvéglise

Détail

Genome Researchearch, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2009, epub ahead of print

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Titre

Mining the semantics of genome super-blocks to infer ancestral architectures

Auteurs

Géraldine Jean; David James Sherman; Macha Nikolski

Détail

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2009, 16 (9), pp. 1267-1284

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Communications avec actes

Titre

The Génolevures website comparative genomic studies on hemiascomycetous yeasts

Auteurs

Tiphaine Martin; David James Sherman; Macha Nikolski; Jean-Luc Souciet; Pascal Durrens

Détail

Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms 2009, Oct 2009, San Feliu de Guixols, Spain.

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Titre

Qualitative Transition Systems for the Abstraction and Comparison of Transient Behavior in Parametrized Dynamic Models

Auteurs

Hayssam Soueidan; Grégoire Sutre; Macha Nikolski

Détail

21. Computational Methods in Systems Biology (CMSB'09), 2009, Bologna, Italy. Springer Verlag, 5688, pp. 313-327, Lecture notes in BioInformatics

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Titre

Base de données Génolevures : génomique comparative des Hemiascomycetes

Auteurs

Tiphaine Martin; David James Sherman; Macha Nikolski; Jean-Luc Souciet; Pascal Durrens

Détail

Eric Rivals and Irena Rusu. Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, JOBIM 2009, Jun 2009, Nantes, France. pp. 181-182

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Titre

Swarming Along the Evolutionary Branches Sheds Light on Genome Rearrangement Scenarios

Auteurs

Nikolay Vyahhi; Adrien Goëffon; David James Sherman; Macha Nikolski

Détail

Franz Rothlauf. ACM SIGEVO Conference on Genetic and evolutionary computation, 2009, Montréal, Canada. ACM

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Titre

The Génolevures online database

Auteurs

Tiphaine Martin; Macha Nikolski; David James Sherman; Jean-Luc Souciet; Pascal Durrens

Détail

Second German/ French/European/ Meeting Yeast and Filamentous Fungi, May 2009, Strasbourg, France.

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Communications sans actes

Titre

Extending Discrete Event Systems for the Hierarhical Specification, Analysis and Simulation of Systems Biology Models

Auteurs

Hayssam Soueidan

Détail

Séminaire équipe INRIA IBIS, 2009, France.

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Conférences invitées

Titre

Hierarchical study of Guyton Circulatory Model

Auteurs

Rodrigo Assar; Hayssam Soueidan; David James Sherman

Détail

Eric Rivals, Irena Rusu. Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2009, Jun 2009, Nantes, France. Eric Rivals, Irena Rusu

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2008

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Fusion and fission of genes define a metric between fungal genomes.

Auteurs

Pascal Durrens; Macha Nikolski; David James Sherman

Détail

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2008, 4 (10), pp. e1000200

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Titre

Exploratory Simulation of Cell Ageing Using Hierarchical Models

Auteurs

Maria Cvijovic; Hayssam Soueidan; Edda Klipp; David James Sherman; Macha Nikolski

Détail

Genome Informatics, 2008, 21, pp. 114-125

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Titre

Extrapolation of metabolic pathways as an aid to modelling completely sequenced nonSaccharomyces yeasts.

Auteurs

Florian Iragne; Macha Nikolski; David James Sherman

Détail

FEMS Yeast Research, Elsevier;Blackwell Publishing, 2008, 8 (1), pp. 132-9

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Titre

Progressive Tree Neighborhood Applied to the Maximum Parsimony Problem

Auteurs

Adrien Goëffon; Jean-Michel Richer; Jin-Kao Hao

Détail

IEEE/ACM IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, IEEE Computer Science Press, 2008, 5 (1), pp. 136-145

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Communications avec actes

Titre

An Efficient Probabilistic Population-Based Descent for the Median Genome Problem

Auteurs

Adrien Goëffon; Macha Nikolski; David James Sherman

Détail

GECCO: Genetic And Evolutionary Computation Conference, Aug 2008, Atlanta, United States. ACM, pp. 315-322

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Titre

Recherches locales à voisinages probabilistes et applications à la bio-informatique

Auteurs

Adrien Goëffon

Détail

ROADEF '08 - Neuvième congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, Feb 2008, Clermont-Ferrand, France. pp. 211-2

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Titre

The Génolevures website is designed around comparative genomic studies of hemiascomycetous yeasts

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens; Emmanuelle Beyne; Macha Nikolski; Florian Iragne; David James Sherman; Jean-Luc Souciet

Détail

First German/French/European/ Meeting Yeast and Filamentous Fungi, May 2008, Strasbourg, France.

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Communications sans actes

Titre

Reconstruction and visualization of genome rearrangements within the Kluyveromyces

Auteurs

Géraldine Jean

Détail

First German / French / European Meeting on Yeast and Filamentous Fungi, May 2008, Strasbourg, France.

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Titre

Projection and FBA of Metabolic Networks in Hemiascomycetous yeasts

Auteurs

Nicolas Loira

Détail

First German / French / European Meeting on Yeast and Filamentous Fungi, May 2008, Strasbourg, France.

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Titre

Exploratory simulation of cell ageing using hierarchical models

Auteurs

Hayssam Soueidan

Détail

First German / French / European Meeting on Yeast and Filamentous Fungi, May 2008, Strasbourg, France.

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Titre

Projecting S.cerevisiae models to Hemiascomycetous Yeasts

Auteurs

Nicolas Loira

Détail

3rd International Course in Yeast Systems Biology (2008), Jun 2008, Göteborg, Sweden.

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Conférences invitées

Titre

La banque de données en ligne Génolevures : les levures hémiascomycètes

Auteurs

Pascal Durrens

Détail

7ème colloque du BRG, Oct 2008, Strasbourg, France.

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Titre

Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts

Auteurs

David James Sherman

Détail

3rd Workshop on Algorithms in bioinformatics, Oct 2008, Moscow, Russian Federation.

Accès au bibtex

Titre

Mining the semantics of of genome super-blocks

Auteurs

Macha Nikolski

Détail

3rd Workshop on Algorithms in bioinformatics, Oct 2008, Moscow, Russian Federation.

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Thèses

Titre

Méthodes in silico pour l'étude des réarrangements génomiques : de l'identification de marqueurs communs à la reconstruction ancestrale.

Auteurs

Géraldine Jean

Détail

informatique. Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, Dec. 2008. English

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Titre

Règles de cohérence pour l'annotation génomique : développement et mise en oeuvre in silico et in vivo

Auteurs

Emmanuelle Beyne

Détail

informatique. Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, Jan. 2008. French

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2007

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Single QTL mapping and nucleotide-level resolution of a physiologic trait in wine Saccharomyces cerevisiae strains.

Auteurs

Philippe Marullo; Michel Aigle; Marina Bely; Isabelle Masneuf-Pomarede; Pascal Durrens; Denis Dubourdieu; Gaël Yvert

Détail

FEMS Yeast Research, 2007, 7, pp. 941-952

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Titre

A complexomic study of Escherichia coli using two-dimensional blue native/SDS polyacrylamide gel electrophoresis

Auteurs

J. Lasserre; Emmanuelle Beyne; S. Pyndiah; D. Lapaillerie; Marc Bonneu

Détail

Electrophoresis, 2007, 27, pp. 3306-3321

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Titre

ProteomeBinders: planning a European resource of affinity reagents for analysis of the human proteome

Auteurs

Michael J. Taussing; Oda Stoevesandt; Carl A K Borrebaeck; Andrew R Bradbury; Dolores Cahill; Christian Cambillau; Antoine De Daruvar; Stefan Dübel; Jutta Eichler; Ronald Frank; Toby J. Gibson; David Gloriam; Larry Gold; Friedrich W. Herberg; Henning Hermjakob; Jörg D. Hoheisel; Thomas O. Joos; Olli Kallioniemi; Manfred Koegl; Zoltán Konthur; Bernhard Korn; Elisabeth Kremmer; Sylvia Krobitsch; Ulf Landegren; Silvère Van Der Maarel; Serge Muyldermans; John Mccafferty; Per-Åke Nygren; Sandrine Palcy; Andreas Plückthun; Bojan Polic; Michael Przybylski; Petri Saviranta; Alan Sawyer; David James Sherman; Arne Skerra; Markus Templin; Marius Ueffing; Mathias Uhlén

Détail

Nature Methods, 2007, 4, pp. 13-17

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Titre

Molecular typing of wine yeast strains Saccharomyces uvarum using microsatellite markers

Auteurs

Isabelle Masneuf-Pomarède; C. Lejeune; Pascal Durrens; M. Lollier; Michel Aigle; al. et

Détail

Systematic and Applied Microbiology, 2007, 30, pp. 75-82

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Titre

Single nucleotide resolution QTL mapping of an enological trait from derived wild Saccharomyces cerevisiae strains

Auteurs

Philippe Marullo; Gael Yvert; M. Bely; Isabelle Masneuf-Pomarède; Pascal Durrens; al. et

Détail

FEMS Yeast Research, 2007, in press, pp. 1295-1306

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Titre

Family relationships: should consensus reign?- consensus clustering for protein families

Auteurs

Macha Nikolski; David James Sherman

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2007, 23, pp. e71-e76

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Titre

How to decide which are the most pertinent overly-represented features during gene set enrichment analysis

Auteurs

Roland Barriot; David James Sherman; Isabelle Dutour

Détail

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2007, 8 (1)

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Titre

Genome rearrangements: a correct algorithm for optimal capping

Auteurs

Géraldine Jean; Macha Nikolski

Détail

Information Processing Letters, Elsevier, 2007, 104 (1), pp. 14-20

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Communications avec actes

Titre

BioRica: A multi model description and simulation system

Auteurs

Hayssam Soueidan; David James Sherman; Macha Nikolski

Détail

F0SBE, 2007, Germany. pp. 279-287

Accès au bibtex

Titre

The Génolevures online database

Auteurs

Tiphaine Martin; Pascal Durrens; Emmanuelle Beyne; Macha Nikolski; Florian Iragne; David James Sherman; Jean-Luc Souciet

Détail

J.Micheal Cherry and Ian G. Macreadie. XXIIIrd International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology, Jul 2007, Melbourne, Australia. Yeast, 24, pp. S135, Number S1

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Titre

Gene fusion and fission events in fungus genomes

Auteurs

Pascal Durrens; Macha Nikolski; David James Sherman

Détail

23rd international conference on yeast genetics and molecular biology, Jul 2007, Melbourne, Australia. Wiley, 24-S1, pp. S132, Yeast

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Titre

The Génolevures website is designed around comparative genomic studies on hemiascomycetous yeasts

Auteurs

Tiphaine Martin

Détail

COMPARATIVE GENOMICS OF EUKARYOTIC MICROORGANISMS, Oct 2007, Sant Feliu de Guixols, Spain.

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Communications sans actes

Titre

Reconstruction and visualization of genome rearrangements within the Kuyveromyces

Auteurs

Géraldine Jean; David James Sherman; Macha Nikolski

Détail

ESF-EMBO Symposium on Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms, Oct 2007, San Feliu de Guixols, Spain. pp. 44

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Titre

Méthode in silico pour la reconstruction d'une architecture ancestrale de génome

Auteurs

Géraldine Jean

Détail

JOBIM satellite meeting, Jul 2007, Marseille, France.

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Titre

Gene Fusion and Fission Events in Fungal Genomes

Auteurs

Pascal Durrens; Macha Nikolski; David James Sherman

Détail

XXIIIrd International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology, Jul 2007, Melbourne, Australia. pp. S132

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Titre

Extensions Alta Rica pour la modélisation en biologie intégrative

Auteurs

Hayssam Soueidan

Détail

Troisième journées Alta Rica, Nov 2007, Talence, France.

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Conférences invitées

Titre

Bases de données et fouille de données chez les levures hémiascomycètes

Auteurs

David James Sherman

Détail

Conférence FungEffector, May 2007, Bordeaux, France.

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Titre

La comparaison de génomes de levures illustre les mécanismes d'évolution et d'adaptation

Auteurs

Pascal Durrens

Détail

Conférence FungEffector, May 2007, Bordeaux, France.

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Thèses

Titre

Prédiction de réseaux d'interactions biomoléculaires à partir de données de la génomique comparée

Auteurs

Florian Iragne

Détail

informatique. Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, Jun. 2007. French

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2006

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Genolevures complete genomes provide data and tools for comparative genomics of hemiascomycetous yeasts.

Auteurs

David James Sherman; Pascal Durrens; Florian Iragne; Emmanuelle Beyne; Macha Nikolski; Jean-Luc Souciet

Détail

Nucleic Acids Res, 2006, 34 (Database issue), pp. D432-5

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Communications avec actes

Titre

Model Checking AllTL Properties for Set Automata

Auteurs

Hayssam Soueidan; Macha Nikolski; Grégoire Sutre

Détail

MOVEP, 2006, Bordeaux, France. pp. 203-209

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Communications sans actes

Titre

Formal Verification of Biological Systems with Highly Dynamic Creation and Destruction

Auteurs

Hayssam Soueidan

Détail

Yeast Systems Biology 1st Workshop, 2006, Vienna, Austria.

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Titre

Annotation transfer based on orthology relationships: reannotation of mycoplasma genomes from the Pneumoniae group

Auteurs

Aurélien Barré; Vincent Jouffe; Macha Nikolski; Antoine De Daruvar; Alain Blanchard; Pascal Sirand-Pugnet

Détail

JOBIM, Jul 2006, Bordeaux, France.

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Titre

The Génolevures database

Auteurs

David James Sherman

Détail

Yeast Genome 10th Anniversary, Sep 2006, Brussels, Belgium.

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Titre

Protein families within Hemiascomycetes

Auteurs

Macha Nikolski

Détail

Yeast Genome 10th Anniversary, Sep 2006, Brussels, Belgium.

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Titre

Reconstruction of ancestral genomes within Hemiascomycetes

Auteurs

Géraldine Jean

Détail

Yeast Genome 10th Anniversary, Sep 2006, Brussels, Belgium.

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Conférences invitées

Titre

Mining the Hemiascomycete Yeasts

Auteurs

David James Sherman

Détail

Yeast Systems Biology 1st Workshop, Nov 2006, Vienna, Austria.

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Titre

Génolevures : database on-line

Auteurs

Tiphaine Martin

Détail

Séminaire du laboratoire Service de Biochimie et de Génétique Moléculaire, Dec 2006, Saclay, France.

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Autres publications

Titre

Protein Families in Yeasts

Auteurs

David James Sherman

Détail

2006. Invited seminar at Georgetown University

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Titre

Consensus clustering for protein families

Auteurs

Macha Nikolski

Détail

2006. Invited seminar at Saint Petersburg State University, Saint Petersburg, Russia

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