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- Présentation
- Publications HAL
Equipe de recherche GENSCALE
Publications de l'équipe GENSCALE
2012
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Genome scans reveal candidate regions involved in the adaptation to host plant in the pea aphid complex.
- Auteurs
- J. Jaquiéry; S. Stoeckel; P. Nouhaud; L. Mieuzet; F. Mahéo; F. Legeai; N. Bernard; A. Bonvoisin; R. Vitalis; J.-C. Simon
- Détail
- Molecular Ecology, Oxford, 2012, 21 (21), pp. 5251-64
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- Titre
- Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution.
- Auteurs
- Cathy Charlier; Jérôme Montfort; Olivier Chabrol; Daphné Brisard; Thaovi Nguyen; Aurélie Le Cam; Laurent Richard-Parpaillon; Pierre Pontarotti; Francois Moreews; Svetlana Uzbekova; Franck Chesnel; Julien Bobe
- Détail
- BMC Genomics, BioMed Central, 2012
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- Titre
- Transcriptomic profiling of the reproductive mode switch in the pea aphid in response to natural autumnal photoperiod.
- Auteurs
- Gaël Le Trionnaire; Stéphanie Jaubert-Possamai; Joël Bonhomme; Jean-Pierre Gauthier; Grégory Guernec; Aurélie Le Cam; Fabrice Legeai; Jérôme Monfort; Denis Tagu
- Détail
- Journal of Insect Physiology, Oxford, 2012, epub ahead of print
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- Titre
- Characterization of rainbow trout gonad, brain and gill deep cDNA repertoires using a Roche 454-Titanium sequencing approach
- Auteurs
- Aurélie Le Cam; Julien Bobe; Olivier Bouchez; Cédric Cabau; Olivier Kah; Christophe Klopp; Jean-Jacques Lareyre; Isabelle Le Guen; Jérôme Lluch; Jérôme Montfort; Francois Moreews; Barbara Nicol; Patrick Prunet; Pierre-Yves Rescan; Arianna Servili; Yann Guiguen
- Détail
- Gene, Elsevier, 2012, 500 (1), pp. 32-39
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- Titre
- Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer
- Auteurs
- Pierre Peterlongo; Rayan Chikhi
- Détail
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (48)
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- Titre
- KisSplice: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
- Auteurs
- Gustavo Akio Tominaga Sacomoto; J. Kielbassa; Rayan Chikhi; Raluca Uricaru; Pavlos Antoniou; Marie-France Sagot; Pierre Peterlongo; Vincent Lacroix
- Détail
- BMC Bioinformatics, Biomed Central, 2012
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- Titre
- Comparison of gene repertoires and patterns of evolutionary rates in eight aphid species that differ by reproductive mode.
- Auteurs
- M. Ollivier; T. Gabaldón; J. Poulain; F. Gavory; N. Leterme; J.-P. Gauthier; Fabrice Legeai; D. Tagu; J. C. Simon; C. Rispe
- Détail
- Genome Biol Evol, Oxford Journals, 2012, 4 (2), pp. 155-67
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- Titre
- TriAnnot: A Versatile and High Performance Pipeline for the Automated Annotation of Plant Genomes.
- Auteurs
- Philippe Leroy; Nicolas Guilhot; Hiroaki Sakai; Aurélien Bernard; Frédéric Choulet; Sébastien Theil; Sébastien Reboux; Naoki Amano; Timothée Flutre; Céline Pelegrin; Hajime Ohyanagi; Michael Seidel; Franck Giacomoni; Mathieu Reichstadt; Michael Alaux; Emmanuelle Gicquello; Fabrice Legeai; Lorenzo Cerutti; Hisataka Numa; Tsuyoshi Tanaka; Klaus Mayer; Takeshi Itoh; Hadi Quesneville; Catherine Feuillet
- Détail
- Front Plant Sci, Frontiers, 2012, 3, pp. 5
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- Titre
- Candidate chemosensory genes in female antennae of the noctuid moth Spodoptera littoralis.
- Auteurs
- Emmanuelle Jacquin-Joly; Fabrice Legeai; Nicolas Montagné; Christelle Monsempes; Marie-Christine François; Julie Poulain; Frédéric Gavory; William B Walker; Bill S Hansson; Mattias C Larsson
- Détail
- Int J Biol Sci, Ivyspring, 2012, 8 (7), pp. 1036-50
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- Titre
- Exploiting Symmetry Properties of the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
- Auteurs
- Antonio Mucherino
; Lavor Carlile; Liberti Leo - Détail
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific, 2012, 10 (3), pp. 1242009(1-15)
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- Titre
- The Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Lavor Carlile; Leo Liberti; Nelson Maculan
- Détail
- Computational Optimization and Applications, Springer, 2012, 52, pp. 115-146
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- Titre
- Discretization Orders for Distance Geometry Problems
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Carlile Lavor; Lee Jon; John Lee S.; Leo Liberti; Maxim Sviridenko
- Détail
- Optimization Letters, Springer, 2012, 6 (4), pp. 783-796
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- Titre
- Recent Advances on the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Carlile Lavor; Leo Liberti; Nelson Maculan
- Détail
- European Journal of Operational Research, Elsevier, 2012, 219, pp. 698-706
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- Titre
- The Discretizable Distance Geometry Problem
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Lavor Carlile; Liberti Leo
- Détail
- Optimization Letters, Springer, 2012, 6 (8), pp. 1671-1686
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Communications avec actes
- Titre
- Compareads: comparing huge metagenomic experiments
- Auteurs
- Nicolas Maillet; Claire Lemaitre; Rayan Chikhi; Dominique Lavenier; Pierre Peterlongo
- Détail
- RECOMB Comparative Genomics 2012, Oct 2012, Niterói, Brazil.
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- Titre
- Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter
- Auteurs
- Rayan Chikhi; Guillaume Rizk
- Détail
- WABI 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. 7534, pp 236-248
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- Titre
- On Suitable Orders for Discretizing Molecular Distance Geometry Problems related to Protein Side Chains
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Costa Virginia; Carvalho Luiz Mariano; Lavor Carlile; Nelson Maculan
- Détail
- IEEE Conference Proceedings, Federated Conference on Computer Science and Information Systems (FedCSIS12), Workshop on Computational Optimization (WCO12), 2012, Warsaw, Poland.
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- Titre
- On the Discretization of Distance Geometry Problems
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Lavor Carlile; Liberti Leo; Nelson Maculan
- Détail
- Mathematics of Distances and Applications 2012 (MDA12), 2012, Varna, Bulgaria.
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- Titre
- Finding Low-Energy Homopolymer Conformations by a Discrete Approach
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Lavor Carlile; Liberti Leo; Nelson Maculan
- Détail
- Global Optimization Workshop 2012 (GOW12), 2012, Natal, Brazil.
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- Titre
- A Parallel BP Algorithm for the Discretizable Distance Geometry Problem
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Gramacho Warley; Lavor Carlile; Nelson Maculan
- Détail
- Workshop on Parallel Computing and Optimization (PCO12), 26th IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium (IPDPS12), 2012, Shanghai, China.
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- Titre
- Variable Neighborhood Search for Robust Optimization and Applications to Aerodynamics
- Auteurs
- Antonio Mucherino ; Fuchs Martin; Gratton Serge; Vasseur Xavier
- Détail
- 8th International Conference on Large-Scale Scientific Computations (LSSC11), 2012, Sozopol, Bulgaria. Springer, 7116, pp. 230-237, Lecture Notes in Computer Science
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- Titre
- Modeling protein flexibility by distance geometry
- Auteurs
- Mathilde Le Boudic-Jamin; Antonio Mucherino; Rumen Andonov
- Détail
- ROADEF 2012, Apr 2012, Angers, France. Université d'Angers
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Communications sans actes
- Titre
- BlastGraph: intensive approximate pattern matching in string graphs and de-Bruijn graphs
- Auteurs
- Guillaume Holley; Pierre Peterlongo
- Détail
- PSC 2012, Aug 2012, Prague, Czech Republic.
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Rapports
- Titre
- Optimal DALI protein structure alignment
- Auteurs
- Inken Wohlers; Rumen Andonov; Gunnar W. Klau
- Détail
- [Research Report], 2012, pp. 20. RR-7915
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- Titre
- CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments
- Auteurs
- Inken Wohlers; Noël Malod-Dognin; Rumen Andonov; Gunnar W. Klau
- Détail
- [Research Report], 2012, pp. 12. RR-7874
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Thèses
- Titre
- Computational methods for de novo assembly of next-generation genome sequencing data
- Auteurs
- Rayan Chikhi
- Détail
- École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan, Jul. 2012. English
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