Inria
Inria.fr
Inria Channel
- Présentation
- Publications HAL
- Rapports d'activité
Equipe de recherche BONSAI
Publications de l'équipe BONSAI
2012
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.
- Auteurs
- Evguenia Kopylova
; Laurent Noé ; Helene Touzet - Détail
- Bioinformatics, Oxford journals, 2012, epub ahead of print
- Accès au bibtex
-
- Titre
- A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.
- Auteurs
- Ammar Abdo; Ségolène Caboche; Valérie Leclère; Philippe Jacques; Maude Pupin
- Détail
- Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2012, 26 (10), pp. 1187-94
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Structure, biosynthesis, and properties of kurstakins, nonribosomal lipopeptides from Bacillus spp.
- Auteurs
- Max Béchet; Thibault Caradec; Walaa Hussein; Ahmed Abderrahmani; Marlène Chollet; Valérie Leclère; Thomas Dubois; Didier Lereclus; Maude Pupin; Philippe Jacques
- Détail
- Applied Microbiology and Biotechnology, 2012, 95 (3), pp. 593-600
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections
- Auteurs
- Eric Rivals ; Nicolas Philippe; Mikael Salson; Martine Léonard; Thérèse Commes; Thierry Lecroq
- Détail
- ERCIM News, European Research Consortium for Informatics and Mathematics (ERCIM), 2012, 2012 (89), pp. 20-21
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- On the number of elements to reorder when updating a suffix array
- Auteurs
- Martine Léonard; Laurent Mouchard; Mikaël Salson
- Détail
- Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2012, 11, pp. 87-99
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
- Auteurs
- Julien Allali; Cédric Saule; Cedric Chauve; Yves D'Aubenton-Carafa; Alain Denise; Christine Drevet; Pascal Ferraro ; Daniel Gautheret; Claire Herrbach; Fabrice Leclerc; Antoine De Monte; Aida Ouangraoua; Marie-France Sagot; Michel Termier; Claude Thermes; Hélène Touzet
- Détail
- Advances in Bioinformatics, 2012, accepted for publication (Feb, 2012)
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Efficient alternatives to PSI-BLAST
- Auteurs
- Michal Startek ; Slawomir Lasota ; Maciej Sykulski ; Adam Bulak; Anna Gambin ; Laurent Noé ; Gregory Kucherov
- Détail
- bulletin of the polish academy of sciences: technical sciences, POLISH ACADEMY of SCIENCES, 2012
- Accès au bibtex
-
- Titre
- RNA Locally Optimal Secondary Structures
- Auteurs
- Azadeh Saffarian; Mathieu Giraud ; Antoine De Monte; Hélène Touzet
- Détail
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2012, 19 (10), pp. 1120-1133
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Communications avec actes
- Titre
- Subject and counter-subject detection for analysis of the Well-Tempered Clavier fugues
- Auteurs
- Mathieu Giraud; Richard Groult; Florence Levé
- Détail
- International Symposium on Computer Music Modelling and Retrieval (CMMR 2012), 2012, United Kingdom. pp. 661-673
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Detecting Episodes with Harmonic Sequences for Fugue Analysis
- Auteurs
- Mathieu Giraud ; Richard Groult ; Florence Levé
- Détail
- ISMIR - International Society for Music Information Retrieval Conference - 2012, 2012, Porto, Portugal.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases
- Auteurs
- Maude Pupin; Malika Smail-Tabbone ; Philippe Jacques; Marie-Dominique Devignes; Valérie Leclère
- Détail
- François Coste et Denis Tagu. Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp. 89-93
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Tandem Halving Problems by DCJ
- Auteurs
- Antoine Thomas; Aïda Ouangraoua; Jean-Stéphane Varré
- Détail
- Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. Springer Berlin Heidelberg, 7534, pp. 417-429
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Genome Halving by Block Interchange
- Auteurs
- Antoine Thomas; Aïda Ouangraoua; Jean-Stéphane Varré
- Détail
- Jan Schier and Carlos Manuel B. A. Correia and Ana L. N. Fred and Hugo Gamboa. BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. SciTePress, pp. 58-65
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Faster and Simpler Minimal Conflicting Set Identification.
- Auteurs
- Aida Ouangraoua; Mathieu Raffinot
- Détail
- Combinatorial Pattern Matching, 2012, Helsinki, Finland. Springer, LNCS, 7354, pp. 41-55
- Accès au bibtex
-
- Titre
- On the comparison of sets of alternative transcripts
- Auteurs
- Aïda Ouangraoua; Krister Swenson; Anne Bergeron
- Détail
- International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, 2012, Dallas, Germany. Springer, LNCS, 7292, pp. 201-212
- Accès au bibtex
-
2011
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Querying Large Read Collections in Main Memory: A Versatile data Structure
- Auteurs
- Nicolas Philippe; Mikael Salson; Thierry Lecroq; Martine Léonard; Thérèse Commes; Eric Rivals
- Détail
- BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp. 242+
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Mitochondrial genes support a common origin of Plasmodium falciparum and relatives with rodent malaria parasites.
- Auteurs
- Samuel Blanquart
- Détail
- BMC Evolutionary Biology, BMC, 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Mitochondrial Genes Support a Common Origin of Rodent Malaria Parasites and Plasmodium Falciparum's Relatives Infecting Great Apes
- Auteurs
- Samuel Blanquart; Olivier Gascuel
- Détail
- BMC Evolutionary Biology, 2011, 11, pp. 70
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Parallel Position Weight Matrices Algorithms
- Auteurs
- Mathieu Giraud; Jean-Stéphane Varré
- Détail
- Parallel Computing, 2011, 37, pp. 466-478
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA
- Auteurs
- Helene Touzet ; Marie-Josée Cros; Antoine De Monte; Mariette Jerome; Philippe Bardou; Benjamin Grenier-Boley; Daniel Gautheret; Christien Gaspin
- Détail
- RNA, RNA society, 2011, 17, pp. 1947-1956
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
- Auteurs
- Antoine Thomas; Jean-Stéphane Varré; Ouangraoua Aïda
- Détail
- BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (Suppl 9), pp. S20
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.
- Auteurs
- Aïda Ouangraoua; Eric Tannier; Cedric Chauve
- Détail
- Bioinformatics, Oxford University Press, 2011, 27, 19, pp. 2664-2671
- Accès au bibtex
-
- Titre
- A 2-Approximation for the Minimum Duplication Speciation Problem
- Auteurs
- Aïda Ouangraoua; Krister Swenson; Cedric Chauve
- Détail
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Lieber, 2011, 18 (9), pp. 1041-1053
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Theory and practice of ultra-perfection
- Auteurs
- Aïda Ouangraoua; Anne Bergeron; Krister Swenson
- Détail
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (9), pp. 1219-1230
- Accès au bibtex
-
- Titre
- A new algorithm for aligning nested arc-annotated sequences under arbitrary weight schemes
- Auteurs
- Aïda Ouangraoua; Guignon Valentin; Hamel Sylvie; Cedric Chauve
- Détail
- Theoretical Computer Science, Elsevier, 2011, 412 (8-10), pp. 753-764
- Accès au bibtex
-
Communications avec actes
- Titre
- Rhythm extraction from polyphonic symbolic music
- Auteurs
- Florence Levé; Richard Groult; Guillaume Arnaud; Cyril Séguin; Rémi Gaymay; Mathieu Giraud
- Détail
- 12th International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2011), Oct 2011, United States. pp. 375-380
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Subset seed extension to Protein BLAST
- Auteurs
- Anna Gambin ; Slawomir Lasota ; Michal Startek ; Maciej Sykulski ; Laurent Noé ; Gregory Kucherov
- Détail
- Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. SciTePress, pp. 149-158
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
- Auteurs
- Mathieu Giraud; Stéphane Janot; Jean-Frédéric Berthelot; Charles Deltel; Laetitia Jourdan; Dominique Lavenier; Helene Touzet ; Jean-Stéphane Varré
- Détail
- Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- Titre
- Bit-Parallel Multiple Pattern Matching
- Auteurs
- Tuan Tu Tran; Mathieu Giraud; Jean-Stéphane Varré
- Détail
- Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Communications sans actes
- Titre
- biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics
- Auteurs
- Jean-Frédéric Berthelot; Charles Deltel; Mathieu Giraud; Stéphane Janot; Laetitia Jourdan; Dominique Lavenier; Helene Touzet ; Jean-Stéphane Varré
- Détail
- JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France.
- Accès au bibtex
-
Chapitres d'ouvrages scientifiques
- Titre
- Manycore high-performance computing in bioinformatics
- Auteurs
- Jean-Stéphane Varré; Bertil Schmidt; Stéphane Janot; Mathieu Giraud
- Détail
- Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2010
Articles dans des revues avec comité de lecture
- Titre
- Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.
- Auteurs
- Cedric Chauve; Haris Gavranovic; Aida Ouangraoua; Eric Tannier
- Détail
- Journal of Computational Biology, 2010, 17 (9), pp. 1097-112
- Accès au bibtex
-
- Titre
- Computational and experimental evidence for the evolution of a (beta alpha)8-barrel protein from an ancestral quarter-barrel stabilised by disulfide bonds.
- Auteurs
- Markus Richter; Manal Bosnali; Linn Carstensen; Tobias Seitz; Helmut Durchschlag; Samuel Blanquart; Rainer Merkl; Reinhard Sterner
- Détail
- Journal of Molecular Biology, elsevier, 2010, 398 (5), pp. 763-73
- Accès au bibtex
-
Archives
En savoir plus
Retrouvez toutes les publications scientifiques de nos équipes de recherche sur HAL Inria
Voir aussi
