Publications de l'équipe BEAGLE

2012

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Genome-scale coestimation of species and gene trees.

Auteurs

Bastien Boussau; Gergely J Szöllosi; Laurent Duret; Manolo Gouy; Eric Tannier; Vincent Daubin

Détail

Genome Research, 2012, epub ahead of print

Accès au bibtex

Titre

Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.

Auteurs

Gergely J Szöllosi; Bastien Boussau; Sophie S Abby; Eric Tannier; Vincent Daubin

Détail

Proceedings- National Academy of Sciences Usa, 2012, 109 (43), pp. 17513-17518

Accès au bibtex

Titre

Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies.

Auteurs

Sèverine Bérard; Coralie Gallien; Bastien Boussau; Gergely J Szöllosi; Vincent Daubin; Eric Tannier

Détail

Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp. i382-i388

Accès au bibtex

Titre

ANGES: reconstructing ANcestral GEnomeS maps.

Auteurs

Bradley R Jones; Ashok Rajaraman; Eric Tannier; Cedric Chauve

Détail

Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp. 2388-90

Accès au bibtex

Titre

Efficient Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring

Auteurs

Andreea Julea; Nicolas Méger; Christophe Rigotti; Emmanuel Trouvé; Romain Jolivet; Philippe Bolon

Détail

Transactions on Machine Learning and Data Mining, 2012, 5 (1), pp. 23-44

Accès au bibtex

Titre

Approximating the number of Double Cut-and-Join scenarios

Auteurs

Istvan Miklos; Eric Tannier

Détail

Theoretical Computer Science, 2012, 439, pp. 30-40

Accès au bibtex

Titre

Chance at the heart of the cell.

Auteurs

Olivier Gandrillon; Delphine Kolesnik-Antoine; Jean-Jacques Kupiec; Guillaume Beslon

Détail

Prog Biophys Mol Biol, 2012, epub ahead of print

Accès au bibtex

Titre

Towards experimental manipulation of stochasticity in gene expression.

Auteurs

José Viñuelas; Gaël Kaneko; Antoine Coulon; Guillaume Beslon; Olivier Gandrillon

Détail

Prog Biophys Mol Biol, 2012, epub ahead of print

Accès au bibtex

Titre

Lateral gene transfer as a support for the tree of life.

Auteurs

Sophie S Abby; Eric Tannier; Manolo Gouy; Vincent Daubin

Détail

Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109 (13), pp. 4962-4967

Accès au bibtex

Titre

Lateral gene transfer as a support for the tree of life.

Auteurs

Sophie S Abby; Eric Tannier; Manolo Gouy; Vincent Daubin

Détail

Proceedings of the National Academy of Sciences, National Academy of Sciences, 2012, 109 (13), pp. 4962-7

Accès au bibtex

Titre

Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity

Auteurs

Sebastian Grauwin ; Guillaume Beslon; Eric Fleury ; Sara Franceschelli; Céline Robardet; Jean-Baptiste Rouquier; Pablo Jensen

Détail

Journal of the American Society for Information Science and Technology, ASIS&T, 2012

Accès au bibtex

Titre

New insights into bacterial adaptation through in vivo and in silico experimental evolution

Auteurs

Thomas Hindré; Carole Knibbe; Guillaume Beslon; Dominique Schneider

Détail

Nature Reviews Microbiology, nature publishing group, 2012, 10, pp. 352-365

Accès au bibtex

Titre

Membrane microdomains emergence through non-homogeneous diffusion

Auteurs

Hédi Soula; Antoine Coulon; Guillaume Beslon

Détail

BMC Biophysics, BioMedCentral, 2012, 5 (1), pp. 6

Accès au bibtex

Titre

Complex Systems Science: Dreams of Universality, Reality of Interdisciplinarity

Auteurs

Sebastian Grauwin ; Guillaume Beslon; Eric Fleury; Sara Franceschelli; Céline Robardet; Jean-Baptiste Rouquier; Pablo Jensen

Détail

Journal of the American Society for Information Science and Technology, 2012, pp. 10.1002/asi.22644

Accès au texte intégral et bibtex

Titre

The acoustic expression of stress in a songbird: does corticosterone drive isolation-induced modifications of zebra finch calls?

Auteurs

Emilie C Perez; Julie E Elie; Christophe O Soulage; Hédi A Soula; Nicolas Mathevon; Clémentine Vignal

Détail

Horm Behav, Journal-Full = Hormones and behavior, Elsevier, 2012, 61 (4), pp. 573-81

Accès au bibtex

Titre

Chronic treatment with myo-inositol reduces white adipose tissue accretion and improves insulin sensitivity in female mice

Auteurs

Marine L Croze; Roxane E Vella; Nicolas J Pillon; Hédi A Soula; Lilas Hadji; Michel Guichardant; Christophe O Soulage

Détail

J Nutr Biochem, Journal-Full = The Journal of nutritional biochemistry, Elsevier, 2012

Accès au bibtex

Communications avec actes

Titre

Normalized Mutual Information-based Ranking of Spatio-temporal Maps

Auteurs

Nicolas Méger; Christophe Rigotti; Lionel Gueguen; Felicity Lodge; Catherine Pothier; Andréoli Rémi; Mihai Datcu

Détail

8th Conf. on Image Information Mining: Knowledge Discovery from Earth Observation Data (ESA-EUSC 2012), Oct 2012, German Aerospace Centre (DLR), Oberpfaffenhofen, Germany. 4 p., CD-ROM

Accès au bibtex

Titre

Preserving Inversion Phylogeny Reconstruction

Auteurs

Matthias Bernt; Kun-Mao Chao; Jyun-Wei Kao; Martin Middendorf; Eric Tannier

Détail

WABI, 2012, Slovenia. pp. 1-13

Accès au bibtex

Titre

Finding Collections of k-Clique Percolated Components in Attributed Graphs

Auteurs

Pierre-Nicolas Mougel; Christophe Rigotti ; Olivier Gandrillon

Détail

Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), 2012, Kuala Lumpur, Malaysia. 7302, pp. 181-192, LNCS

Accès au bibtex

Titre

Finding Collections of Protein Modules in Protein-Protein Interaction Networks

Auteurs

Pierre-Nicolas Mougel; Christophe Rigotti ; Olivier Gandrillon

Détail

Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), 2012, Las Vegas, United States. pp. 216-222

Accès au bibtex

Titre

Effects of public good properties on the evolution of cooperation

Auteurs

Dusan Misevic; Antoine Frenoy; David P.; Francois Taddei

Détail

Proceedings of Artificial Life XIII, Jul 2012, East Lansing, United States. pp. 218-225

Accès au bibtex

Titre

The Paradoxical Effects of Allelic Recombination on Fitness.

Auteurs

David P.; Carole Knibbe; Guillaume Beslon

Détail

Proceedings of Artificial Life XIII, Jul 2012, East Lansing, France. pp. 536-537

Accès au bibtex

Titre

The Effect of Membrane Receptor Clustering on Spatio- temporal Cell Signalling Dynamics

Auteurs

Bertrand Caré; Hedi Soula

Détail

Proceedings of the 9th International Conference on Information Processing in Cells and Tissues 2012, 2012, Cambridge, United Kingdom. LNCS, 7723, pp. 50-61

Accès au bibtex

Titre

mpact of Receptor clustering on the membrane-based stage of a signalling pathway

Auteurs

Bertrand Caré; Hedi Soula

Détail

BICOB, Feb 2012, Las Vegas, United States.

Accès au bibtex

Communications sans actes

Titre

Topology drives calcium wave propagation in 3D astrocyte networks

Auteurs

Jules Lallouette; Hugues Berry

Détail

European Conference on Complex Systems 2012, 2012, Bruxelles, Belgium.

Accès au texte intégral et bibtex

Documents sans référence de publication

Titre

Anomalous versus non-homogeneous diffusion in the ligand-binding equilibrium: when size matters

Auteurs

Hédi Soula; Bertrand Caré; Guillaume Beslon; Hugues Berry

Détail

Jul. 2012

Accès au texte intégral et bibtex

Titre

Fine asymptotics of profiles and relaxation to equilibrium for growth-fragmentation equations with variable drift rates

Auteurs

Daniel Balagué; José Cañizo; Pierre Gabriel

Détail

Mar. 2012

Accès au texte intégral et bibtex

Titre

Optimal growth for linear processes with affine control

Auteurs

Vincent Calvez; Pierre Gabriel

Détail

Mar. 2012

Accès au texte intégral et bibtex

2011

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.

Auteurs

Haris Gavranović; Cedric Chauve; Jérôme Salse; Eric Tannier

Détail

Bioinformatics, 2011, 27 (13), pp. i257-65

Accès au texte intégral et bibtex

Titre

Les complexités : point de vue d'un institut des systèmes complexes

Auteurs

Eric Bertin; Guillaume Beslon; Olivier Gandrillon; Sébastian Grauwin; Pablo Jensen; Nicolas Schabanel

Détail

Hermes, 2011, 60, pp. 145-150

Accès au bibtex

Titre

Unsupervised Spatiotemporal Mining of Satellite Image Time Series Using Grouped Frequent Sequential Patterns

Auteurs

Andreea Julea; Nicolas Méger; Philippe Bolon; Christophe Rigotti; Marie-Pierre Doin; Cécile Lasserre; Emmanuel Trouvé; Vasile N. Lazarescu

Détail

IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2011, 49 (4), pp.1417-1430

Accès au bibtex

Titre

Application of Hybrid Models to Blood Cell Production in the Bone Marrow

Auteurs

Nikolai Bessonov; Fabien Crauste ; Stephan Fisher; Polina Kurbatova; Vitaly Volpert

Détail

Math. Model. Nat. Phenom., 2011, 6 (7), pp. 2-12

Accès au bibtex

Titre

Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.

Auteurs

Aïda Ouangraoua; Eric Tannier; Cedric Chauve

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2011, 27, 19, pp. 2664-2671

Accès au bibtex

Titre

Impact of receptor clustering on ligand binding.

Auteurs

Bertrand Caré; Hédi Soula

Détail

BMC Systems Biology, 2011, 5 (1), pp. 48

Accès au texte intégral et bibtex

Communications avec actes

Titre

Mining Pixel Evolutions in Satellite Image Time Series for Agricultural Monitoring

Auteurs

Andreea Julea; Nicolas Méger; Christophe Rigotti; Emmanuel Trouvé; Philippe Bolon; Vasile Lazarescu

Détail

11th Industrial Conference on Data Mining ICDM 2011, Aug 2011, New-York, United States. pp. 189-203

Accès au bibtex

Titre

Spatio-Temporal Mining of ENVISAT SAR Interferogram Time Series over the Haiyuan Fault in China

Auteurs

Nicolas Méger; Romain Jolivet; Cécile Lasserre; Emmanuel Trouvé; Christophe Rigotti; Felicity Lodge; M.P. Doin; Stéphane Guillaso; Andreea Julea; Philippe Bolon

Détail

2011 6th International Workshop on the Analysis of Multi-temporal Remote Sensing Images (Multi-Temp), Jul 2011, Trento, Italy. 10.1109/Multi-Temp.2011.6005067

Accès au bibtex

Titre

Polsar Radarsat-2 Satellite Image Time Series Mining Over the Chamonix Mont-Blanc Test Site

Auteurs

Andreea Julea; Ledo Fernanda; Nicolas Méger; Emmanuel Trouvé; Philippe Bolon; Christophe Rigotti; Renaud Fallourd; Jean-Marie Nicolas; Gabriel Vasile; Olivier Harant; Laurent Ferro-Famil

Détail

IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS 2011), Jul 2011, Vancouver, Canada. pp 1191-1194

Accès au bibtex

Titre

Parsimonious modeling of scaling laws in genomes and transcriptomes

Auteurs

Carole Knibbe; David P. Parsons; Guillaume Beslon

Détail

Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), Aug 2011, Paris, France. MIT Press, pp. 414-415

Accès au bibtex

Titre

Homologous and Nonhomologous Rearrangements: Interactions and Effects on Evolvability.

Auteurs

David P. Parsons; Carole Knibbe; Guillaume Beslon

Détail

Proceedings of the Eleventh European Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ECAL 11), Aug 2011, Paris, France. pp. 622-629

Accès au bibtex

Titre

Extraction sous Contraintes d'Ensembles de Cliques Homogènes

Auteurs

Pierre-Nicolas Mougel; Marc Plantevit; Christophe Rigotti ; Olivier Gandrillon; Jean-Francois Boulicaut

Détail

11eme Conference Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC'11), 2011, France. pp. 1-12

Accès au bibtex

HDR

Titre

Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes

Auteurs

Eric Tannier

Détail

Université Claude Bernard - Lyon I, Jul. 2011. French

Accès au texte intégral et bibtex

Ouvrages scientifiques

Titre

L'époque romantique contre la peine de mort

Auteurs

Eric Tannier

Détail

Editions Universitaires Européennes, pp. 176, 2011

Accès au bibtex

2010

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Bayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join.

Auteurs

István Miklós; Eric Tannier

Détail

Bioinformatics, 2010, 26 (24), pp. 3012-9

Accès au bibtex

Titre

Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.

Auteurs

Florent Murat; Jian-Hong Xu; Eric Tannier; Michael Abrouk; Nicolas Guilhot; Caroline Pont; Joachim Messing; Jérôme Salse

Détail

Genome Research, 2010, 20 (11), pp. 1545-57

Accès au bibtex

Titre

Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.

Auteurs

Cedric Chauve; Haris Gavranovic; Aida Ouangraoua; Eric Tannier

Détail

Journal of Computational Biology, 2010, 17 (9), pp. 1097-112

Accès au bibtex

Titre

Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.

Auteurs

Michael Abrouk; Florent Murat; Caroline Pont; Joachim Messing; Scott Jackson; Thomas Faraut; Eric Tannier; Christophe Plomion; Richard Cooke; Catherine Feuillet; Jérôme Salse

Détail

Trends Plant Sci, 2010, 15 (9), pp. 479-87

Accès au bibtex

Titre

Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.

Auteurs

Christian Baudet; Claire Lemaitre; Zanoni Dias; Christian Gautier; Eric Tannier; Marie-France Sagot

Détail

Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp. 1897-8

Accès au bibtex

Titre

Quantitative structure-activity relationship for 4-hydroxy-2-alkenal induced cytotoxicity in L6 muscle cells

Auteurs

Nicolas J Pillon; Laurent Soulère; Roxane E Vella; Marine Croze; Bertrand R Caré; Hedi A Soula; Alain Doutheau; Michel Lagarde; Christophe O Soulage

Détail

Chem Biol Interact, Journal-Full = Chemico-biological interactions, Elsevier, 2010, 188 (1), pp. 171-80

Accès au bibtex

Titre

Cirsimarin, a potent antilipogenic flavonoid, decreases fat deposition in mice intra-abdominal adipose tissue

Auteurs

B. Zarrouki; N J Pillon; E Kalbacher; H. A. Soula; G Nia N'Jomen; L Grand; S. Chambert; A Geloen; C O Soulage

Détail

Int J Obes (Lond), Journal-Full = International journal of obesity (2005), Elsevier, 2010, 34 (11), pp. 1566-75

Accès au bibtex

Titre

Guided genome halving: provably optimal solutions provide good insights into the preduplication ancestral genome of Saccharomyces cerevisiae.

Auteurs

Haris Gavranović; Eric Tannier

Détail

Pacific Symposium on Biocomputing, 2010, pp. 21-30

Accès au bibtex

Communications avec actes

Titre

Extraction of Frequent Grouped Sequential Patterns from Satellite Image Time Series

Auteurs

Andreea Julea; Nicolas Méger; Christophe Rigotti; M.-P. Doin; Cécile Lasserre; Emmanuel Trouvé; Philippe Bolon; Vasile Lazarescu

Détail

International Geoscience and Remote Sensing Symposium, 2010. IGARSS 2010., Jul 2010, Honolulu, United States. pp. 4

Accès au bibtex

Ouvrages scientifiques

Titre

RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics

Auteurs

Eric Tannier

Détail

Springer, pp. 303, Nov. 2010

Accès au bibtex

2006

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Stochastic dynamics of a finite-size spiking neural network

Auteurs

Hédi Soula; Carson C Chow

Détail

Neural Comput, Journal-Full = Neural computation, MIT Press, 2006, 19 (12), pp. 3262-92

Accès au bibtex