Publications de l'équipe BAMBOO

2013

Communications avec actes

Titre

Optimal Listing of Cycles and st-Paths in Undirected Graphs

Auteurs

Etienne Birmelé; Rui Ferreira; Roberto Grossi; Andrea Marino; Nadia Pisanti; Romeo Rizzi; Gustavo Sacomoto

Détail

24th Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2013, New Orleans, United States.

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2012

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

ChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.

Auteurs

Milana Frenkel-Morgenstern; Alessandro Gorohovski; Vincent Lacroix; Mark Rogers; Kristina Ibanez; Cesar Boullosa; Eduardo Andres Leon; Asa Ben-Hur; Alfonso Valencia

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, epub ahead of print

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Titre

Navigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.

Auteurs

Nuno D Mendes; Steffen Heyne; Ana T Freitas; Marie-France Sagot; Rolf Backofen

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2012, epub ahead of print

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Titre

Algorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.

Auteurs

Vicente Acuña; Paulo Vieira Milreu; Ludovic Cottret; Alberto Marchetti-Spaccamela; Leen Stougie; Marie-France Sagot

Détail

Bioinformatics, Oxfourd University Press, 2012, 28 (19), pp. 2474-2483

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Titre

Modelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.

Auteurs

Thasso Griebel; Benedikt Zacher; Paolo Ribeca; Emanuele Raineri; Vincent Lacroix; Roderic Guigó; Michael Sammeth

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, epub ahead of print

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Titre

Chimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.

Auteurs

Milana Frenkel-Morgenstern; Vincent Lacroix; Iakes Ezkurdia; Yishai Levin; Alexandra Gabashvili; Jaime Prilusky; Angela Del Pozo; Michael Tress; Rory Johnson; Roderic Guigo; Alfonso Valencia

Détail

Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, 22 (7), pp. 1231-42

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Titre

Sampling Solution Traces for the Problem of Sorting Permutations by Signed Reversals.

Auteurs

Christian Baudet; Zanoni Dias; Marie-France Sagot

Détail

Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2012, 7 (1), pp. 18

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Titre

KisSplice: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data

Auteurs

Gustavo Akio Tominaga Sacomoto; J. Kielbassa; Rayan Chikhi; Raluca Uricaru; Pavlos Antoniou; Marie-France Sagot; Pierre Peterlongo; Vincent Lacroix

Détail

BMC Bioinformatics, Biomed Central, 2012

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Titre

UniPathway: a resource for the exploration and annotation of metabolic pathways.

Auteurs

Anne Morgat; Eric Coissac; Elisabeth Coudert; Kristian B Axelsen; Guillaume Keller; Amos Bairoch; Alan Bridge; Lydie Bougueleret; Ioannis Xenarios; Alain Viari

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford Journals, 2012, 40 (Database issue), pp. D761-9

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Titre

Rhea--a manually curated resource of biochemical reactions.

Auteurs

Rafael Alcántara; Kristian B Axelsen; Anne Morgat; Eugeni Belda; Elisabeth Coudert; Alan Bridge; Hong Cao; Paula De Matos; Marcus Ennis; Steve Turner; Gareth Owen; Lydie Bougueleret; Ioannis Xenarios; Christoph Steinbeck

Détail

Nucleic Acids Research, PubMed Central, 2012, 40 (Database issue), pp. D754-60

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Titre

BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

Auteurs

Julien Allali; Cédric Saule; Cedric Chauve; Yves D'Aubenton-Carafa; Alain Denise; Christine Drevet; Pascal Ferraro ; Daniel Gautheret; Claire Herrbach; Fabrice Leclerc; Antoine De Monte; Aida Ouangraoua; Marie-France Sagot; Michel Termier; Claude Thermes; Hélène Touzet

Détail

Advances in Bioinformatics, 2012, accepted for publication (Feb, 2012)

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Titre

Evidence for Transcript Networks Composed of Chimeric RNAs in Human Cells

Auteurs

Sarah Djebali; julien lagarde; Philipp Kapranov; Vincent Lacroix; Christelle Borel; Jonathan M. Mudge; Cedric Howald; Sylvain Foissac; Catherine Ucla; Jacqueline Chrast; Paolo Ribeca; David Martin; Ryan R. Murray; Xinping Yang; Lila Ghamsari; Chenwei Lin; Ian Bell; Erica Dumais; Jorg Drenkow; Michael L. Tress; Josep L. Gelpi; Modesto Orozco; Alfonso Valencia; Nynke L. Van Berkum; Bryan R. Lajoie; Marc Vidal; John Stamatoyannopoulos; Philippe Batut; Alex Dobin; Jennifer Harrow; Tim Hubbard; Job Dekker; Adam Frankish; Kourosh Salehi-Ashtiani; Alexandre Reymond; Stylianos E. Antonarakis; Roderic Guigo; Thomas R. Gingeras

Détail

PLoS ONE, 2012, 7, pp. 1-22

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Titre

Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria.

Auteurs

Cecilia Klein; Ludovic Cottret; Janice Kielbassa; Hubert Charles; Christian Gautier; Ana Tereza Vasconcelos; Vincent Lacroix; Marie-France Sagot

Détail

BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1)

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Titre

Structural and dynamical analysis of biological networks.

Auteurs

Cecilia Klein; Andrea Marino; Marie-France F. Sagot; Paulo Vieira Milreu; Matteo Brilli

Détail

Briefings in functional genomics, Oxford University Press, 2012

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Communications avec actes

Titre

Efficient Bubble Enumeration in Directed Graphs

Auteurs

Etienne Birmelé; Pierluigi Crescenzi; Rui Ferreira; Roberto Grossi; Vincent Lacroix; Andrea Marino; Nadia Pisanti; Gustavo Sacomoto; Marie-France Sagot

Détail

SPIRE, Oct 2012, Cartagena, Colombia. pp. 118-129

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Ouvrages scientifiques

Titre

Analysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing

Auteurs

Paolo Ribeca; Vincent Lacroix; Michael Sammeth; Roderic Guigó

Détail

Wiley-VCH Verlag GmbH \& Co. KGaA, pp. 544-554, 2012, 9783527636778

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2011

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

ecoPrimers: inference of new DNA barcode markers from whole genome sequence analysis.

Auteurs

Tiayyba Riaz; Wasim Shehzad; Alain Viari; François Pompanon; Pierre Taberlet; Eric Coissac

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford Journals, 2011, 39 (21), pp. e145

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Titre

Biased mutational pattern and quasispecies hypothesis in H5N1 virus.

Auteurs

Ramona Alikiiteaga Gutiérrez; Alain Viari; Bernard Godelle; Roger Frutos; Philippe Buchy

Détail

Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2011, epub ahead of print

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Titre

Wolbachia detection: an assessment of standard PCR protocols.

Auteurs

P. M. Simões; G. Mialdea; D. Reiss; Marie-France Sagot; S. Charlat

Détail

Mol Ecol Resour, Molecular Ecology, 2011, 11 (3), pp. 567-72

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Titre

Does a parthenogenesis-inducing Wolbachia induce vestigial cytoplasmic incompatibility?

Auteurs

Ken Kraaijeveld; Barbara M Reumer; Laurence Mouton; Natacha Kremer; Fabrice Vavre; Jacques J M Van Alphen

Détail

Naturwissenschaften, Springer, 2011, 98 (3), pp. 175-80

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Titre

Intraspecific specialization of the generalist parasitoid Cotesia sesamiae revealed by polyDNAvirus polymorphism and associated with different Wolbachia infection.

Auteurs

Antoine Branca; Bruno Pierre Le Ru; Fabrice Vavre; Jean-François Silvain; Stéphane Dupas

Détail

Molecular Ecology, Blackwell Publishing Ltd, 2011, 20 (5), pp. 959-71

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Titre

PhEVER: a database for the global exploration of virus-host evolutionary relationships.

Auteurs

Leonor Palmeira; Simon Penel; Vincent Lotteau; Chantal Rabourdin-Combe; Christian Gautier

Détail

Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Database issue), pp. D569-75

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Titre

CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Auteurs

Augusto F Vellozo; Amélie S Véron; Patrice Baa-Puyoulet; Jaime Huerta-Cepas; Ludovic Cottret; Gérard Febvay; Federica Calevro; Yvan Rahbé; Angela E Douglas; Toni Gabaldón; Marie-France Sagot; Hubert Charles; Stefano Colella

Détail

Database (Oxford), 2011, 2011, pp. bar008

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Titre

Bacterial syntenies: an exact approach with gene quorum.

Auteurs

Yves-Pol Deniélou; Marie-France Sagot; Frédéric Boyer; Alain Viari

Détail

BMC Bioinformatics, PubMed Central, 2011, 12, pp. 193

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Titre

Exploring the symbiotic pangenome of the nitrogen-fixing bacterium Sinorhizobium meliloti.

Auteurs

Marco Galardini; Alessio Mengoni; Matteo Brilli; Francesco Pini; Antonella Fioravanti; Susan Lucas; Alla Lapidus; Jan-Fang Cheng; Lynne Goodwin; Samuel Pitluck; Miriam Land; Loren Hauser; Tanja Woyke; Natalia Mikhailova; Natalia Ivanova; Hajnalka Daligault; David Bruce; Chris Detter; Roxanne Tapia; Cliff Han; Hazuki Teshima; Stefano Mocali; Marco Bazzicalupo; Emanuele G Biondi

Détail

BMC Genomics, BMC Genomics, 2011, 12, pp. 235

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Titre

A dynamic programming algorithm for the tree mapping problem

Auteurs

C.E. Ferreira; A. S. Freire; G. A. Puglia

Détail

Electronic Notes in Discrete Mathematics, Elsevier, 2011, pp. 147-152

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Titre

Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome.

Auteurs

Aïda Ouangraoua; Eric Tannier; Cedric Chauve

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2011, 27, 19, pp. 2664-2671

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Titre

Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny

Auteurs

Amélie Véron; Claire Lemaitre; Christian Gautier; Vincent Lacroix; Marie-France Sagot

Détail

BMC Genomics, 2011, 12 (1), pp. 303

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Communications avec actes

Titre

Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance

Auteurs

Maria Federico; Pierre Peterlongo; Nadia Pisanti; Marie-France Sagot

Détail

The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic.

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Titre

Partial enumeration of solutions traces for the problem of sorting by signed reversals

Auteurs

Christian Baudet; Zanoni Dias

Détail

Proceedings of the 2nd ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, Aug 2011, Chicago, United States. ACM, pp. 505-507

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Titre

RNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches

Auteurs

M.-C. Carpentier; J. Charif; Vincent Lacroix; Marie-France Sagot; Fabrice Vavre

Détail

JOBIM, 2011, Paris, France.

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Titre

Initial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil

Auteurs

P. Ivan; Cecilia Klein; Ludovic Cottret; Ana T Vasconcelos; Ac Gales; Marie-France Sagot; M. Nicolas

Détail

X-meeting, 2011, Florianópolis, Brazil.

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Titre

Metabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis

Auteurs

Cecilia Klein; Ludovic Cottret; Hubert Charles; Christian Gautier; Ana T Vasconcelos; Vincent Lacroix; Marie-France Sagot

Détail

Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics, 2011, Berlin, Germany.

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Titre

A New Algorithm for Sparse Suffix Trees

Auteurs

Gustavo Akio Tominaga Sacomoto; Alair Pereira Do Lago

Détail

Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2011, Brasília, Brazil.

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Titre

Telling Stories

Auteurs

Vicente Acuña; Etienne Birmele; Ludovic Cottret; Pierluigi Crescenzi; Fabien Jourdan; Vincent Lacroix; Alberto Marchetti-Spaccamela; Andrea Marino; Paulo Vieira Milreu; Marie-France Sagot; Leen Stougie

Détail

CALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA), 2011, Zurich, Switzerland.

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Communications sans actes

Titre

ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods

Auteurs

Marie-France Sagot; Patrice Baa-Puyoulet; Augusto F Vellozo; Jaime Huerta-Cepas; Gérard Febvay; T. Gabaldon; Hubert Charles; Stefano Colella

Détail

5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity", Jun 2011, Kansas City, United States.

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Titre

NGS without a reference genome, comparison and visualisation of non assembled data

Auteurs

Vincent Lacroix

Détail

Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), 2011, Paris, France.

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HDR

Titre

Etude structurelle des réseaux : modèles aléatoires, motifs et cycles.

Auteurs

Etienne Birmele

Détail

Université d'Evry-Val d'Essonne, Nov. 2011. French

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Rapports

Titre

kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq

Auteurs

Gustavo Akio Tominaga Sacomoto; J. Kielbassa; Pavlos Antoniou; Rayan Chikhi; Raluca Uricaru; Marie-France Sagot; Pierre Peterlongo; Vincent Lacroix

Détail

[Research Report], 2011, pp. 12. RR-7852

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Titre

Importance of Metabolic Coupling for the Dynamics of Gene Expression Following a Diauxic Shift in E. coli

Auteurs

Valentina Baldazzi; Delphine Ropers; Johannes Geiselmann; Daniel Kahn; Hidde De Jong

Détail

[Research Report], 2011. RR-7617

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Thèses

Titre

Expression et évolution du phénotype étendu dans une association parasitoïde-virus

Auteurs

Julien Martinez

Détail

Université Claude Bernard - Lyon I, Dec. 2011. French

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Titre

The evolution of recombination and genomic structures: a modeling approach.

Auteurs

Alexandra Popa

Détail

Université Claude Bernard - Lyon I, May. 2011. English

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2010

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints

Auteurs

Christian Baudet; Claire Lemaitre; Zanoni Dias; Christian Gautier; Eric Tannier; Marie-France Sagot

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2010, 26 (15), pp. 1897–1898

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Titre

Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.

Auteurs

Christian Baudet; Claire Lemaitre; Zanoni Dias; Christian Gautier; Eric Tannier; Marie-France Sagot

Détail

Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp. 1897-8

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Titre

MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.

Auteurs

Ludovic Cottret; David Wildridge; Florence Vinson; Michael P Barrett; Hubert Charles; Marie-France Sagot; Fabien Jourdan

Détail

Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Web Server issue), pp. W132-7

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Titre

The Carbon Assimilation Network in Escherichia coli Is Densely Connected and Largely Sign-Determined by Directions of Metabolic Fluxes

Auteurs

Valentina Baldazzi; Delphine Ropers; Yves Markowicz; Daniel Kahn; Johannes Geiselmann; Hidde De Jong

Détail

PLoS Computational Biology, PLoS, 2010, 6 (6), pp. e1000812

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Titre

Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Auteurs

Iagc The International Aphid Genomics Consortium; Federica Calevro; Hubert Charles; Stefano Colella; Gérard Febvay; Caroline Anselme; Abdelaziz Heddi; Carole Vincent-Monégat; Yvan Rahbé; A. Vellozo; Marie-France Sagot

Détail

Plos Biology, 2010, 8 (2), pp. e1000313

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Titre

The diversity and evolution of cell cycle regulation in alpha-proteobacteria: a comparative genomic analysis.

Auteurs

Matteo Brilli; Marco Fondi ; Renato Fani; Alessio Mengoni; Lorenzo Ferri; Marco Bazzicalupo; Emanuele G Biondi

Détail

BMC Systems Biology, 2010, 4, pp. 52

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Titre

Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.

Auteurs

Ludovic Cottret; Paulo Vieira Milreu; Vicente Acuña; Alberto Marchetti-Spaccamela; Leen Stougie; Hubert Charles; Marie-France Sagot

Détail

PLoS Computational Biology, 2010, 6 (9), epub ahead of print

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Titre

The diversity and evolution of cell cycle regulation in alpha-proteobacteria: a comparative genomic analysis.

Auteurs

Matteo Brilli; Marco Fondi; Renato Fani; Alessio Mengoni; Lorenzo Ferri; Marco Bazzicalupo; Emanuele G Biondi

Détail

BMC Syst Biol, BioMed Central, 2010, 4, pp. 52

Accès au bibtex

Titre

Combination of measures distinguishes pre-miRNAs from other stem-loops in the genome of the newly sequenced Anopheles darlingi.

Auteurs

Nuno D Mendes; Ana T Freitas; Ana T Vasconcelos; Marie-France Sagot

Détail

BMC Genomics, PubMed Central, 2010, 11, pp. 529

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Communications avec actes

Titre

Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads

Auteurs

Pierre Peterlongo; Nicolas Schnel; Nadia Pisanti; Marie-France Sagot; Vincent Lacroix

Détail

String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico.

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Titre

An improved algorithm to enumerate all traces that sort a signed permutation by reversals

Auteurs

Christian Baudet; Zanoni Dias

Détail

SAC, Mar 2010, Sierre, Switzerland. pp. 1521-1525

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Titre

Chronological order of reversal events on Rickettsia genus

Auteurs

Christian Baudet; Zanoni Dias

Détail

Proceedings of the International Symposium on Biocomputing, Feb 2010, Calicut, Kerala, India. ACM, pp. 1:1-1:5

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Chapitres d'ouvrages scientifiques

Titre

Enumerating Chemical Organisations in Consistent Metabolic Networks: Complexity and Algorithms

Auteurs

Paulo Milreu; Vicente Acuña; Etienne Birmelé; Pierluigi Crescenzi; Alberto Marchetti-Spaccamela; Marie-France Sagot; Leen Stougie; Vincent Lacroix

Détail

Moulton, Vincent and Singh, Mona. Algorithms in Bioinformatics, 6293, Springer Berlin Heidelberg, pp. 226-237, 2010, 978-3-642-15293-1

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Ouvrages scientifiques

Titre

Mod/Resc Parsimony Inference

Auteurs

Igor Nor; Danny Hermelin; Sylvain Charlat; Jan Engelstadter; Max Reuter; Olivier Duron; Marie-France Sagot

Détail

Springer Verlag, pp. 202-213, 2010

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Thèses

Titre

Alignement Multiple de Données Génomiques et Post-Génomiques : Approches Algorithmiques

Auteurs

Yves-Pol Denielou

Détail

informatique. Université de Grenoble, Nov. 2010. French

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2009

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

Auteurs

Lilia Brinza; José Viñuelas; Ludovic Cottret; Federica Calevro; Yvan Rahbé; Gérard Febvay; Gabrielle Duport; Stefano Colella; Andréane Rabatel; Christian Gautier; Jean-Michel Fayard; Marie-France Sagot; Hubert Charles

Détail

Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp. 1034-49

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Titre

Student's Performance and Satisfaction with Web vs. paper-based practice quizzes and lecture notes

Auteurs

Mônica Macedo-Rouet; Muriel Ney; Sandrine Charles; Geneviève Lallich-Boidin

Détail

Computers and Education, 2009, 53 (2), pp. 375-384

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Titre

Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance.

Auteurs

Pierre Peterlongo; Gustavo Akio Tominaga Sacomoto; Alair Pereira Do Lago; Nadia Pisanti; Marie-France Sagot

Détail

Algorithms for Molecular Biology :: Amb, BioMed Central, 2009, 4, pp. 3

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Communications sans actes

Titre

The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism

Auteurs

Stefano Colella; A. Vellozo; Ludovic Cottret; Gérard Febvay; Federica Calevro; Yvan Rahbé; A.E. Douglas; Marie-France Sagot; Hubert Charles

Détail

5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France.

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Titre

CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases

Auteurs

A. Vellozo; Patrice Baa-Puyoulet; A. Veron; Jaime Huerta-Cepas; Ludovic Cottret; Gérard Febvay; Federica Calevro; Yvan Rahbé; Toni Gabaldón; Marie-France Sagot; Hubert Charles; Stefano Colella

Détail

1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France.

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Conférences invitées

Titre

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Auteurs

S. Colella; A. Vellozo; L. Cottret; G. Febvay; F. Calevro; Y. Rahbé; M.F. Sagot; H. Charles

Détail

8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp. 1-1

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Titre

A model aphid bacterial pathogen: the phytopathogen Dickeya dadantii (Erwinia chrysanthemi) and its insect-specific virulence factors

Auteurs

Y. Rahbé; D. Costechareyre; S. Balmand; G. Condemine

Détail

8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp. 1-1

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2008

Conférences invitées

Titre

Transcriptomique

Auteurs

J.F. Boulicaut; F. Calevro; H. Charles; J.M. Fayard; G. Febvay; O. Gandrillon; C. Gautier; Y. Rahbé; C. Robardet; S. Rome; M.F. Sagot

Détail

Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp. 1-1

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Titre

Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels

Auteurs

F. Calevro; H. Charles; J.M. Fayard; G. Febvay; Y. Rahbé; G. Duport; J. Vinuelas; A. Rabatel; S. Colella; S. Laroche; L. Brinza; L. Cottret

Détail

Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2008, Paris (France), janvier 2008, France. pp. 1-1

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Titre

Les réseaux métaboliques et génétiques

Auteurs

H. Charles; G. Beslon; F. Calevro; J.F. Boulicaut; J.M. Fayard; G. Febvay; C. Gautier; Y. Rahbé; M.F. Sagot

Détail

Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp. 1-1

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Titre

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Auteurs

H. Charles; F. Calevro; S. Colella; J.M. Fayard; G. Febvay; Y. Rahbé; G. Duport; S. Laroche; J. Vinuelas; L. Brinza; A. Rabatel; A. Vellozo; A. Ahmed; M.F. Sagot; L. Cottret; C. Gautier; V. Lacroix; S. Genieys; V. Volpert; L. Pujo-Menjouet

Détail

Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux (France), décembre 2008, France. pp. 1-1

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Titre

Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Auteurs

S. Colella; A. Vellozo; L. Cottret; G. Febvay; F. Calevro; Y. Rahbé; S.J. Macdonald; P. Ashton; A.E. Douglas; G.H. Thomas; M.F. Sagot; H. Charles

Détail

4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp. 1-1

Accès au bibtex

Titre

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

Auteurs

A. Vellozo; S. Colella; L. Cottret; G. Febvay; F. Calevro; Y. Rahbé; M.F. Sagot; H. Charles

Détail

Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp. 1-1

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2007

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Metabolic network visualization eliminating node redundance and preserving metabolic pathways

Auteurs

R. Bourqui; L. Cottret; V. Lacroix; D. Auber; M. Mary; M.F. Sagot; F. Jourdan

Détail

BMC Systems Biology, 2007, pp. 1-29

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Titre

Enumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network

Auteurs

L. Cottret; P.V. Milreu; V. Acuna; A. Marchetti-Spaccamela; F. Viduani Martinez; M.F. Sagot; L. Stougie

Détail

Lecture Notes in Bioinformatics, 2007, 5251, pp. 233-244

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Conférences invitées

Titre

Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?"

Auteurs

Y. Rahbé; H. Charles; J. Vinuelas; N. Reymond; F. Calevro; J.M. Fayard; G. Febvay; J. Bernillon; F. Laforest; M.F. Sagot; L. Cottret; V. Lacroix

Détail

Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP), 2007, Valencia (Espagne), juin 2007, France. pp. 1-1

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2006

Conférences invitées

Titre

Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)

Auteurs

L. Cottret; L. Brinza; J. Vinuelas; G. Duport; F. Calevro; G. Febvay; Y. Rahbé; J.M. Fayard; H. Charles

Détail

Journée INRA-INRIA "Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l'organisme", 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp. 1-1

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2003

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Orphan gene finding - An exon assembly approach

Auteurs

Philippe Blayo; Pierre Rouzé; Marie-France Sagot

Détail

Theoretical Computer Science, 2003, 290 (1), pp. 1407-1431

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2002

Chapitres d'ouvrages scientifiques

Titre

Gene finding in eukaryotes

Auteurs

C. Mathé; T. Schiex; Pierre Rouzé; Philippe Blayo; Marie-France Sagot

Détail

Lu Q., Weiner M.. Cloning and expression technologies, Eaton Publishing, pp. 27-43, 2002

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2001

Communications avec actes

Titre

Some approximation results for the maximum agreement forest problem

Auteurs

E. M. Rodrigues; Marie-France Sagot; Y. Wakabayashi

Détail

Goemans M. and Jansen K. and Rolim J.D.P. and Trevisan L.. Approximation, Randomization and Combinatorial Optimization: Algorithms and Techniques (APPROX RANDOM 2001), 2001, Berkeley, Californie, USA, United States. Springer-Verlag, 2129, pp. 159-169, LNCS

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