Publications de l'équipe AMIB

2012

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution

Auteurs

Damien De Vienne; Jérôme Azé

Détail

PLoS ONE, PLoS One, 2012

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Titre

A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures.

Auteurs

Alex Levin; Mieszko Lis; Yann Ponty; Charles W O'Donnell; Srinivas Devadas; Bonnie Berger; Jérôme Waldispühl

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40 (20), pp. 10041-52

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Titre

Expected distance between terminal nucleotides of RNA secondary structures.

Auteurs

Peter Clote; Yann Ponty; Jean-Marc Steyaert

Détail

Journal of Mathematical Biology, Springer, 2012, 65 (3), pp. 581-99

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Titre

A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)

Auteurs

Johan Oudinet; Alain Denise ; Marie-Claude Gaudel

Détail

Theoretical Computer Science, 2012

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Titre

Multiscale modeling of macromolecular biosystems.

Auteurs

Samuel C Flores; Julie Bernauer; Seokmin Shin; Ruhong Zhou; Xuhui Huang

Détail

Briefings in Bioinformatics, OUP, 2012, 13 (4), pp. 395-405

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Titre

Interactions of intergenic microRNAs with mRNAs of genes involved in carcinogenesis

Auteurs

Assel Issabekova; Olga Berillo; Mireille Regnier ; Anatoly Ivashchenko

Détail

Bioinformation, Biomedical Informatics, 2012, 8 (11), pp. 513-518

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Titre

Evaluating mixture models for building RNA knowledge-based potentials.

Auteurs

Adelene Y L Sim; Olivier Schwander; Michael Levitt; Julie Bernauer

Détail

Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific, 2012, 10 (2), pp. 1241010

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Titre

Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures

Auteurs

Alexis Lamiable; Dominique Barth; Alain Denise ; Franck Quessette; Sandrine Vial; Eric Westhof

Détail

Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2012, 37, pp. 1-5

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Titre

BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

Auteurs

Julien Allali; Cédric Saule; Cedric Chauve; Yves D'Aubenton-Carafa; Alain Denise; Christine Drevet; Pascal Ferraro ; Daniel Gautheret; Claire Herrbach; Fabrice Leclerc; Antoine De Monte; Aida Ouangraoua; Marie-France Sagot; Michel Termier; Claude Thermes; Hélène Touzet

Détail

Advances in Bioinformatics, 2012, accepted for publication (Feb, 2012)

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Titre

A graph-theoretic approach for classification and structure prediction of transmembrane beta-barrel proteins

Auteurs

Saad Sheikh; Phillippe Chassignet; Jean-Marc Steyaert; Thuong Van Du Tran

Détail

BMC Genomics, Biomed central, 2012

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Titre

An algorithmic game-theory approach for coarse-grain prediction of RNA 3D structure

Auteurs

Alexis Lamiable; Franck Quessette; Sandrine Vial; Dominique Barth; Alain Denise

Détail

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2012

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Titre

Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey

Auteurs

Alain Denise ; Philippe Rinaudo

Détail

Transactions on Computational Collective Intelligence, 2012

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Titre

Coverage-biased random exploration of large models and application to testing

Auteurs

Alain Denise; Marie-Claude Gaudel; Sandrine-Dominique Gouraud; Richard Lassaigne; Johan Oudinet; Sylvain Peyronnet

Détail

Software Tools for Technology Transfer (STTT), Springer, 2012, 14 (1), pp. 73-93

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Communications avec actes

Titre

DISTILLING STRUCTURE IN SCIENTIFIC WORKFLOWS

Auteurs

Jiuqiang Chen; Christine Froidevaux; Carole Goble; Alan Williams; Sarah Cohen-Boulakia

Détail

Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. EMBnet.journal, 18, pp. 10-102, Supp B

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Titre

Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance

Auteurs

Sarah Cohen-Boulakia; Christine Froidevaux; Jiuqiang Chen

Détail

Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States. IEEE

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Titre

Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks

Auteurs

Zahira Aslaoui-Errafi; Sarah Cohen-Boulakia ; Christine Froidevaux; Pauline Gloaguen; Anne Poupon; Adrien Rougny; Meriem Yahiaoui

Détail

Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp. 103-110

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Titre

HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology

Auteurs

Patrick Amar; Loïc Paulevé

Détail

The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France.

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Titre

Optimisation of reconstruction for the registration of CT liver perfusion sequences

Auteurs

B. Romain; Veronique Letort; Olivier Lucidarme; Florence D'Alché-Buc; Laurence Rouet

Détail

SPIE Medical Imaging 2012, Feb 2012, San Diego, CA, United States. 8314, (elec. proc), Progress in Biomedical Optics and Imaging

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Titre

On the diversity of pattern distributions in combinatorial systems

Auteurs

Cyril Banderier; Olivier Bodini; Yann Ponty ; Hanane Tafat

Détail

ANALCO'12, Jan 2012, Kyoto, Japan. Omnipress, pp. 107-116

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Titre

The weighted words collector

Auteurs

Jérémie Du Boisberranger; Danièle Gardy; Yann Ponty

Détail

Nicolas, Broutin (INRIA, France) and Luc, Devroye (McGill, Cana. AOFA - 23rd International Meeting on Probabilistic, Combinatorial and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms - 2012, Jun 2012, Montreal, Canada. DMTCS, Proceedings of 23rd Intern. Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods for the Analysis of Algorithms (AofA'12), dmAQ01, pp. 243-264, DMTCS Proceedings

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Titre

Impact Of The Energy Model On The Complexity Of RNA Folding With Pseudoknots

Auteurs

Saad Sheikh; Rolf Backofen; Yann Ponty

Détail

Juha Kärkkäinen and Jens Stoye. CPM - 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching - 2012, Jul 2012, Helsinki, Finland. Springer, Combinatorial Pattern Matching, 7354, pp. 321-333

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Titre

Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots

Auteurs

Philippe Rinaudo; Yann Ponty ; Dominique Barth; Alain Denise

Détail

Ben Raphael and Jijun Tang. WABI - 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics - 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. tba

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Titre

Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?

Auteurs

Stefan Janssen; Loïc Paulevé ; Yann Ponty; Balaji Raman; Matthias Zytnicki

Détail

IWBDA - 4th International Workshop on Bio-Design Automation - 2012, Jun 2012, San Francisco, United States.

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Titre

(Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories

Auteurs

Johannes Starlinger; Sarah Cohen-Boulakia; Ulf Leser

Détail

Anastasia Ailamaki. Scientific and Statistical Database Management - 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. Springer, 7338, pp. 361-378, LNCS

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Titre

Réécriture de workflows scientifiques et provenance

Auteurs

Sarah Cohen-Boulakia; Christine Froidevaux; Jiuqiang Chen

Détail

Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France.

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Titre

Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling

Auteurs

Fabrice Jossinet; Alexis Lamiable; Philippe Rinaudo; Liza Al-Shikhley; Franck Quessette; Sandrine Vial; Dominique Barth; Eric Westhof; Alain Denise

Détail

Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques - JOBIM'12, Jul 2012, Rennes, France. pp. 475-476

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Conférences invitées

Titre

Visualizing 2D & 3D Structures of RNA

Auteurs

Yann Ponty

Détail

VIZBI - 3rd international meeting on Visualizing Biological Data - 2012, Mar 2012, Heidelberg, Germany.

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Titre

Efficient Algorithms to Explore the RNA Mutational Landscape

Auteurs

Jérôme Waldispühl; Bonnie Berger; Srinivas Devadas; Peter Clote; Yann Ponty

Détail

DM - SIAM Conference on Discrete Mathematics - 2012, Jun 2012, Halifax, Canada.

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Documents sans référence de publication

Titre

Rule-weighted and terminal-weighted context-free grammars have identical expressivity

Auteurs

Yann Ponty

Détail

May. 2012

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2011

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Toxicity of carbon dioxide: a review.

Auteurs

Adeline Guais; Gerard Brand; Laurence Jacquot; Mélanie Karrer; Sam Dukan; Georges Grévillot; Thierry Jo Molina; Jacques Bonte; Mireille Regnier; Laurent Schwartz

Détail

Chemical Research in Toxicology, 2011, 24 (12), pp. 2061-70

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Titre

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure.

Auteurs

Jérôme Waldispühl; Yann Ponty

Détail

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (11), pp. 1465-79

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Titre

Counting RNA pseudoknotted structures

Auteurs

Cédric Saule; Mireille Regnier; Jean-Marc Steyaert ; Alain Denise

Détail

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (10), pp. 1339-1351

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Titre

Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology.

Auteurs

Sarel J Fleishman; Timothy A Whitehead; Eva-Maria Strauch; Jacob E Corn; Sanbo Qin; Huan-Xiang Zhou; Julie C Mitchell; Omar N A Demerdash; Mayuko Takeda-Shitaka; Genki Terashi; Iain H Moal; Xiaofan Li; Paul A Bates; Martin Zacharias; Hahnbeom Park; Jun-Su Ko; Hasup Lee; Chaok Seok; Thomas Bourquard; Julie Bernauer; Anne Poupon; Jérôme Azé; Seren Soner; Sefik Kerem Ovalı; Pemra Ozbek; Nir Ben Tal; Türkan Haliloglu; Howook Hwang; Thom Vreven; Brian G Pierce; Zhiping Weng; Laura Pérez-Cano; Carles Pons; Juan Fernández-Recio; Fan Jiang; Feng Yang; Xinqi Gong; Libin Cao; Xianjin Xu; Bin Liu; Panwen Wang; Chunhua Li; Cunxin Wang; Charles H Robert; Mainak Guharoy; Shiyong Liu; Yangyu Huang; Lin Li; Dachuan Guo; Ying Chen; Yi Xiao; Nir London; Zohar Itzhaki; Ora Schueler-Furman; Yuval Inbar; Vladimir Patapov; Mati Cohen; Gideon Schreiber; Yuko Tsuchiya; Eiji Kanamori; Daron M Standley; Haruki Nakamura; Kengo Kinoshita; Camden M Driggers; Robert G Hall; Jessica L Morgan; Victor L Hsu; Jian Zhan; Yuedong Yang; Yaoqi Zhou; Panagiotis L Kastritis; Alexandre M J J Bonvin; Weiyi Zhang; Carlos J Camacho; Krishna P Kilambi; Aroop Sircar; Jeffrey J Gray; Masahito Ohue; Nobuyuki Uchikoga; Yuri Matsuzaki; Takashi Ishida; Yutaka Akiyama; Raed Khashan; Stephen Bush; Denis Fouches; Alexander Tropsha; Juan Esquivel-Rodríguez; Daisuke Kihara; P Benjamin Stranges; Ron Jacak; Brian Kuhlman; Sheng-You Huang; Xiaoqin Zou; Shoshana J Wodak; Joel Janin; David Baker

Détail

Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2011, in press

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Titre

Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing

Auteurs

Vic Norris; Abdallah Zemirline; Patrick Amar; Jean Nicolas Audinot; Pascal Ballet; Eshel Ben-Jacob; Gilles Bernot; Guillaume Beslon; Armelle Cabin; Eric Fanchon; Jean-Louis Giavitto; Nicolas Glade; Patrick Greussay; Yohann Grondin; James A Foster; Guillaume Hutzler; Jürgen Jost; Francois Kepes; Olivier Michel; Franck Molina; Jacqueline Signorini; Pasquale Stano; Alain R Thierry

Détail

Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer, 2011, 130 (3), pp. 211-228

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Titre

Toxicity of Carbon Dioxide: A Review.

Auteurs

Adeline Guais; Gerard Brand; Laurence Jacquot; Mélanie Karrer; Sam Dukan; Georges Grévillot; Thierry Jo Molina; Jacques Bonte; Mireille Regnier; Laurent Schwartz

Détail

Chemical Research in Toxicology, ACS Publications, 2011, epub ahead of print

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Titre

Fully differentiable coarse-grained and all-atom knowledge-based potentials for RNA structure evaluation.

Auteurs

Julie Bernauer; Xuhui Huang; Adelene Y L Sim; Michael Levitt

Détail

RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011, 17 (6), pp. 1066-75

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Titre

Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.

Auteurs

Bryan Brancotte; Anne Biton; Isabelle Bernard-Pierrot; François Radvanyi; Fabien Reyal; Sarah Cohen-Boulakia

Détail

Bioinformatics, Oxford, 2011, 27 (8), pp. 1187-9

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Titre

The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.

Auteurs

Nicolas Seghezzi; Patrick Amar; Brian Koebmann; Peter R Jensen; Marie-Joëlle Virolle

Détail

Applied Microbiology and Biotechnology, Springer, 2011, 90 (2), pp. 615-23

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Titre

ACoM: A classification method for elementary flux modes based on motif finding

Auteurs

Sabine Pérès; F. Vallée; Marie Beurton-Aimar; Jean-Pierre Mazat

Détail

BioSystems, Elsevier, 2011, 103 (3), pp. 410-419

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Titre

MULTI-SCALE MODELLING OF BIOSYSTEMS: FROM MOLECULAR TO MESOCALE - Session Introduction.

Auteurs

Julie Bernauer; Samuel Flores; Xuhui Huang; Seokmin Shin; Ruhong Zhou

Détail

Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2011, pp. 177-80

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Titre

A collaborative filtering approach for protein-protein docking scoring functions.

Auteurs

Thomas Bourquard; Julie Bernauer; Jérôme Azé; Anne Poupon

Détail

PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (4), pp. e18541

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Titre

Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows

Auteurs

Sarah Cohen-Boulakia; Ulf Leser

Détail

Sigmod Record, Association for Computing Machinery (ACM), 2011

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Communications avec actes

Titre

Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint

Auteurs

Thomas Bourquard; Jérôme Azé; Anne Poupon; David Ritchie

Détail

Emmanuel BARILLOT, Christine F ROIDEVAUX, Eduardo PC ROCHA. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. Institut Pasteur, JOBIM 2011, pp. 9-16

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Titre

Next Generation Data Integration for the Life Sciences

Auteurs

Sarah Cohen-Boulakia; Ulf Leser

Détail

IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany.

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Titre

Energy-based Classification and Structure Prediction of Transmembrane Beta-Barrel Proteins

Auteurs

Thuong Van Du Tran; Phillippe Chassignet; Saad Sheikh; Jean-Marc Steyaert

Détail

1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences (ICCABS), Feb 2011, Orlando, FL, United States.

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Titre

Constant time estimation of ranking statistics by analytic combinatorics

Auteurs

Cyril Banderier; Pierre Nicodeme

Détail

Statistical Methods for Post-Genomic Data, Jan 2011, Paris, France. no page numbering

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Titre

An unbiased adaptive sampling algorithm for the exploration of RNA mutational landscapes under evolutionary pressure

Auteurs

Jérôme Waldispühl; Yann Ponty

Détail

Bafna, Vineet and Sahinalp, S.. RECOMB, Mar 2011, Vancouver, Canada. Springer Berlin / Heidelberg, 6577, pp. 501-515, Lecture Notes in Computer Science

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Titre

Uniform Monte-Carlo Model Checking

Auteurs

Johan Oudinet; Alain Denise; Marie-Claude Gaudel; Richard Lassaigne; Sylvain Peyronnet

Détail

FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany.

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Titre

On Armstrong-compliant Logical Query Languages

Auteurs

Marie Agier ; Christine Froidevaux ; Jean-Marc Petit ; Yoan Renaud ; Jef Wijsen

Détail

George H. L. Fletcher and Slawek Staworko. 4th International Workshop on Logic in Databases, (EDBT/ICDT '10 joint conference), 2011, Uppsala, Sweden. ACM, LID, pp. 33-40

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Titre

Using medians to generate consensus rankings for biological data

Auteurs

Sarah Cohen-Boulakia; Alain Denise; Sylvie Hamel

Détail

SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States.

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Titre

A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment

Auteurs

Peter Clote; Lou Feng; Alain Denise

Détail

CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom.

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Titre

A Combinatorial Framework for Designing (Pseudoknotted) RNA Algorithms

Auteurs

Yann Ponty; Cédric Saule

Détail

11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI'11), 2011, Saarbrucken, Germany.

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Titre

Using Kendall-Tau Meta-Bagging to Improve Protein-Protein Docking Predictions

Auteurs

Jérôme Azé; Thomas Bourquard; Sylvie Hamel; Anne Poupon; David Ritchie

Détail

M. Loog et al.. PRIB 2011, Nov 2011, DELFT, Netherlands. pp. 284-295

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Communications sans actes

Titre

Investigating the RFAM paradox: The pseudoknot explanation

Auteurs

Stefan Janssen; Yann Ponty; Balaji Raman; Saad Sheikh; Jean-Marc Steyaert; Peter Clote

Détail

Fifth Indo-French Bioinformatics Meeting, Mar 2011, Hyderabad, India.

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Thèses

Titre

Modeling and predicting super-secondary structures of transmembrane beta-barrel proteins

Auteurs

Thuong Van Du Tran

Détail

informatique. Ecole Polytechnique X, Dec. 2011. English

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Titre

Un modèle mathématique de la biosynthèse des phospholipides

Auteurs

Mahsa Behzadi

Détail

informatique. Ecole Polytechnique X, Jul. 2011. English

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Documents sans référence de publication

Titre

Non-redundant random generation algorithms for weighted context-free languages

Auteurs

Andy Lorenz; Yann Ponty

Détail

Jul. 2011

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2010

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures

Auteurs

Wei Liu; Yu Zhou; Zexi Hu; Tao Sun; Alain Denise; Xiang-Dong Fu; Yi Zhang

Détail

FEBS Lett, 2010, 584 (21), pp. 4401-7

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Titre

Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures

Auteurs

Liu Wei; Hu Zexi; Sun Tao; Alain Denise; Fu Xiang-Dong; Zhang Yi

Détail

FEBS-Letters, elsevier, 2010, 584 (21), pp. 4401-4407

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Titre

BioNetCAD: design, simulation and experimental validation of synthetic biochemical networks.

Auteurs

Stéphanie Rialle; Liza Felicori; Camila Dias-Lopes; Sabine Pérès; Sanaâ El Atia; Alain R Thierry; Patrick Amar; Franck Molina

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2010, 26 (18), pp. 2298-304

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Titre

Paternity analysis in a litter of whale shark embryos

Auteurs

Jennifer Schmidt; Chen Chien-Chi; Saad Sheikh; Mark Meekan; Bradley Norman; Shoou-Jeng Joung

Détail

Endangered Species Research, Inter-Research, 2010, 12 (2), pp. 117-124

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Titre

Computing biological functions using BioPsi, a formal description of biological processes based on elementary bricks of actions.

Auteurs

Sabine Pérès; Liza Felicori; Stéphanie Rialle; Elodie Jobard; Franck Molina

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2010, 26 (12), pp. 1542-7

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Titre

ESBTL: efficient PDB parser and data structure for the structural and geometric analysis of biological macromolecules.

Auteurs

Sébastien Loriot; Frederic Cazals; Julie Bernauer

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (8), pp. 1127-8

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Titre

Controlled non uniform random generation of decomposable structures

Auteurs

Alain Denise; Yann Ponty; Michel Termier

Détail

Journal of Theoretical Computer Science (TCS), 2010, 411 (40-42), pp. 3527-3552

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Titre

Alignments of RNA structures.

Auteurs

Guillaume Blin; Alain Denise; Serge Dulucq; Claire Herrbach; Helene Touzet

Détail

IEEE/ACM IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (2), pp. 309-322

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Titre

Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems

Auteurs

T. Moncion; Patrick Amar; Guillaume Hutzler

Détail

Journal of Biological Physics and Chemistry, Collegium Basilea & AMSI, 2010, 10, pp. 16-23

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Titre

MULTI-RESOLUTION MODELING OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES - Session Introduction.

Auteurs

Samuel Flores; Julie Bernauer; Xuhui Huang; Ruhong Zhou; Seokmin Shin

Détail

Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2010, 15, pp. 201-204

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Titre

Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm

Auteurs

Claire Herrbach; Alain Denise; Serge Dulucq

Détail

Theoretical Computer Science, elsevier, 2010, 411, pp. 2423-2432

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Titre

Thermodynamics of RNA structures by Wang–Landau sampling

Auteurs

Lou Feng; Peter Clote

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2010, 26, pp. 278–286

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Communications avec actes

Titre

Weighted random generation of context-free languages: Analysis of collisions in random urn occupancy models

Auteurs

Danièle Gardy; Yann Ponty

Détail

GASCOM'10, Sep 2010, Montréal, Canada. 14pp

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Titre

Bounded Discrete Walks

Auteurs

Cyril Banderier; Pierre Nicodeme

Détail

DMTCS. AofA2010 - Conference on Analysis of Algorithms 2010, Jun 2010, Vienna, Austria. pp. 35-48

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Titre

Multi-dimensional Boltzmann Sampling of Languages

Auteurs

Olivier Bodini; Yann Ponty

Détail

AOFA'10, Jun 2010, Vienne, Austria. 0, pp. 49-64, AM

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Titre

A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages

Auteurs

Johan Oudinet; Alain Denise; Marie-Claude Gaudel

Détail

GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada.

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Titre

Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots

Auteurs

Cédric Saule; Claire Wallon; Alain Denise

Détail

GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada.

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2009

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.

Auteurs

Kévin Darty; Alain Denise; Yann Ponty

Détail

Bioinformatics, 2009, 25 (15), pp. 1974-5

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Titre

Using profiles based on hydropathy properties to define essential regions for splicing

Auteurs

Anatoly Ivashchenko; Galina Boldina; Aizhan Turmagambetova; Mireille Régnier

Détail

International Journal of Biological Sciences, Ivyspring International Publisher., 2009, 10 p.

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Chapitres d'ouvrages scientifiques

Titre

A Word Counting Graph

Auteurs

Mireille Regnier; Zara Kirakossian; Eugenia Furletova; Mikhail Roytberg

Détail

Joseph Chan, Jacqueline W. Daykin and M. Sohel Rahman. London Algorithmics 2008: Theory and Practice (Texts in Algorithmics), London College Publications, 31 p., Jun. 2009, 978-1904987970

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2008

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

A new method for 2D gel spot alignment: application to the analysis of large sample sets in clinical proteomics.

Auteurs

Sabine Pérès; Laurence Molina; Nicolas Salvetat; Claude Granier; Franck Molina

Détail

BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9, pp. 460

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Titre

From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems

Auteurs

Christophe Lavelle; Hugues Berry; Guillaume Beslon; Francisco Ginelli; Jean-Louis Giavitto; Zoi Kapoula; André Le Bivic; Nadine Peyrieras; Ovidiu Radulescu; Adrien Six; Véronique Thomas-Vaslin; Paul Bourgine

Détail

Theoretical Biology Insights, 2008, 1, pp. 13-22

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Titre

Asymptotics of RNA shapes

Auteurs

William Andrew Lorenz; Peter Clote; Yann Ponty

Détail

Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (1), pp. 31-63

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Titre

Efficient sampling of RNA secondary structures from the Boltzmann ensemble of low-energy: The boustrophedon method

Auteurs

Yann Ponty

Détail

Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2008, 56 (1-2), pp. 107-127

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Titre

LocalMove: computing on-lattice fits for biopolymers

Auteurs

Yann Ponty; R. Istrate; E. Porcelli; Peter Clote

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36 (2), pp. W216-W222

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Communications avec actes

Titre

Non-redundant random generation from weighted context-free languages

Auteurs

Yann Ponty

Détail

GASCOM'08, 2008, Bibbiena, Italy. 12pp

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2007

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

DIAL: A web server for the pairwise alignment of two RNA 3-dimensional structures using nucleotide, dihedral angle and base pairing similarities

Auteurs

Ferrè Fabrizzio; Yann Ponty; William Lorenz; Peter Clote

Détail

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2007, 35 (Web server issue), pp. W659-668

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2006

Articles dans des revues avec comité de lecture

Titre

GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures

Auteurs

Yann Ponty; Michel Termier; Alain Denise

Détail

Bioinformatics, Oxford University Press, 2006, 22 (12), pp. 1534-1535

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2000

Communications avec actes

Titre

Periods and quasiperiods characterization

Auteurs

Mireille Regnier; L. Mouchard

Détail

11th Conference on Combinatorial Pattern Matching, 2000, France. pp. 388-396

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