Mireille Régnier : "Participer à la connaissance du génome humain grâce à l’informatique me fascinait"

Pour la première Semaine des mathématiques, du 12 au 18 mars, la thématique choisie est « Femmes et maths ». L’occasion pour nous de mettre en avant trois chercheuses responsables d’une équipe dans le centre de Saclay, trois profils et parcours différents mais où chacune vient nous parler de son choix de travailler dans les sciences et dans la recherche. Cette semaine, rencontre avec Mireille Régnier, responsable de l’équipe-projet Amib.

Les maths ont toujours été un jeu pour moi. Je me souviens qu’en CP j’ai remporté le concours de calcul mental, j’aimais beaucoup ce genre d’exercices. En 4^e , j’occupais mes cours de maths à tenter de démontrer le théorème de Fermat, c’est-à-dire trouver les valeurs entières de xⁿ + yⁿ = zⁿ . Je ne me souviens même plus où j’avais découvert ça, dans une de mes nombreuses lectures sans doute, mais ça m’avait semblé intéressant parce que ça faisait appel aux entiers, et que j’aimais beaucoup travailler avec les entiers. J’aimais bien compter, jouer avec les chiffres, contourner les contraintes pour arriver à une solution… Ça m’amusait ce côté ludique, tu essaies quelque chose, tu vois ce qui se passe, et tu réajustes pour arriver à ton but.

Au collège, je n’étais pas intéressée que par les maths ; au contraire, j’avais une vraie passion pour l’histoire par exemple, mais je ne m’imaginais pas en faire un métier. Au moment de l’orientation en 3^e , mon professeur de maths avait même dit à mes parents que j’étais une littéraire ! J’ai tout de même choisi les mathématiques pour le lycée, et comme j’étais dans une école de filles où les enseignants ne poussaient pas particulièrement vers les sciences, c’était un choix original de nous orienter dans cette voie-là avec mes quatre sœurs.

Au niveau de mon orientation, je pense que j’ai eu de la chance d’être dans un environnement familial exceptionnel. Ma mère avait passé son bac et fait des études supérieures, ce qui était rare à sa génération. Lors de l’introduction des maths modernes dans les programmes, qui provoquait des débats passionnés, elle a, au sein du conseil d'administration, organisé des cours de mise à jour des parents pour aider les enfants le soir sur ces nouveaux programmes. Mon père tenait à ce que ses filles fassent les meilleures études possibles. Même s’ils étaient tous deux de formation littéraire classique, mes parents étaient convaincus que l'avenir était dans les sciences.

En bref, j’aimais les maths, j’ai fait des maths, il faut faire ce qu’on aime dans la vie ! J’ai suivi un parcours assez classique, une prépa, puis l’École normale supérieure (ENS), où j’ai fait une licence de physique avant de revenir aux mathématiques. Ce qui était intéressant à l’ENS, c’était la mixité disciplinaire, avec des étudiants de russe, d’histoire, de lettres ; on se croisait à la cafète, ça permettait d’échanger, je me suis fait d’excellentes amies dans d’autres domaines.

Ensuite, j’ai passé l’agrégation de maths, et j’ai fait un stage de russe du ministère des affaires étrangères en URSS, parce que j’aimais cette langue que j’étudiais depuis la 4e et que c’était très dur d’avoir un visa sans une invitation administrative. J’y ai rencontré deux personnes importantes : tout d’abord mon mari qui était dans le même stage, et Bernard Lang, Iria (ndlr : avant que l’institut ne devienne national), depuis spécialiste des logiciels libres, qui m’a convaincue sans difficulté dans l’avion du retour de faire un DEA (ancien master) en informatique. Il a ensuite passé beaucoup de temps pour m’aider à choisir le bon DEA, à la faculté d’Orsay, et à débuguer mes programmes par téléphone. J’étais alors l’unique utilisatrice de la machine à cartes de l’ENS, et j’aimais bien aussi venir à Polytechnique pour utiliser l’éditeur de texte, qui à l’époque (!) était d’une grande nouveauté ! Je suis passée naturellement des mathématiques à l’informatique. En effet j’ai un grand plaisir à résoudre des problèmes, et à voir une belle solution. Mais en informatique, si tu as un problème, tu veux une solution effective ; c’est-à-dire que tu ne te contentes pas de dire qu’il y a une solution, tu la construis aussi, et j’aime beaucoup voir la construction d’une solution.

Nous avons énormément de problématiques à explorer
où l’informatique est essentielle à l’avancée de la biologie.

Dans mon DEA, j’ai eu deux professeurs qui ont déterminé la suite de ma carrière. Ayant trouvé merveilleux le cours d’algorithmique de Jean Vuillemin, j’ai cherché une thèse en algorithmique. Et comme j’avais eu la chance de rencontrer Philippe Flajolet, grand maître de l’informatique et de la combinatoire, j’ai fait ma thèse chez lui. C’était important de le rencontrer à ce moment-là où beaucoup de choses se mettaient en place. J’ai été recrutée à l’Iria par la suite, avant même d’avoir soutenu ma thèse. Au niveau thématique, la détermination de ma spécialité a été une suite de rencontres et de circonstances particulières. J’ai participé à une conférence où on m’a interpellée sur un problème de combinatoire et d’algorithmique des mots, et je me suis donc plongée dans le sujet. Puis en 1987, François Mitterrand a demandé au président de l’Iria, Alain Bensoussan, un rapport entre l’informatique et la biologie, et j’ai été nommée parmi les rédacteurs de ce rapport. Le lien (ténu) avec mon domaine était que les mots sont une séquence de lettres tout comme le génome (en simplifiant...). C’était une rude tâche de comprendre si vite ces problématiques, même si nous avons été très bien reçus dans les labos de bio. Ce rapport a été l’occasion de découvrir tout un pan d’applications de ma recherche, de problèmes à résoudre alors que le séquençage du génome humain était à son début. J’ai donc continué dans cette voie.

De mon point de vue, ce qui était dominant, ce n’était pas de parler de santé, de médecine, c’était la connaissance du génome humain qui fascinait. On en parlait dans les journaux, c’était vraiment enthousiasmant d’être dans un projet comme celui-ci. Côté informatique, il y avait de très jolis problèmes de combinatoire, sur les séquences tout d’abord, et maintenant sur les structures. Et puis en 2001 le séquençage s’est achevé plus vite que prévu initialement, mais ça avait ouvert la porte à plein d’autres domaines fascinants, les biotechnologies, les puces à ADN… Le développement à la fois des technologies et des applications potentielles a amené à une explosion de nouveaux problèmes, comme la régulation des gènes, la prédiction de structures, leurs interactions, la biologie des systèmes, les contraintes sur l’annotation avec l’afflux des données... Nous avons donc encore énormément de problématiques à explorer où l’informatique est essentielle à l’avancée de la biologie.

Thématique : Biologie et informatique

L'équipe Amib étudie la biologie structurale, plus précisément les molécules d'ARN, les protéines et leurs interactions. Les processus cellulaires, fonction de ces interactions, sont étudiés en biologie des systèmes. L'algorithmique se base sur des méthodes formelles, des propriétés stochastiques et de la combinatoire. L'annotation, l'organisation des données expérimentales et l'extraction de connaissances pertinentes de grandes bases de données forment le troisième axe de recherche, et de développement logiciel.

Mots-clés : Mireille Régnier Équipe Amib Saclay - Île-de-France Témoignage Bio-informatique