Santé

Christophe Castro - 20/02/2012

Mon génome et moi

Photo de foule © Getty

Aux Etats-Unis et en Europe, des inconnus entrent en relation sur une base nouvelle : une portion d’ADN en commun. Le principe est simple : ils font analyser leur ADN puis autorisent leur laboratoire à le comparer avec celui d’autres clients. Attention, pour l’heure, faire analyser ainsi son ADN est illégal en France ! Les labos français ne sont donc pas autorisés à le proposer mais dans le monde les prestataires sur Internet se multiplient.

Pour quelques dizaines de dollars ou d’euros, il suffit d’envoyer un coton-tige frotté contre l’intérieur de sa joue et l’on reçoit son analyse quelques jours plus tard. Des acteurs économiques aussi influents que Google (investisseur dans le labo 23andMe) ou IBM et National Geographic (associés au projet Genographic et au labo FamilyTreeDNA) sont sur les rangs. Family Tree DNA et 23andMe auraient déjà 440 000 et 125 000 personnes dans leurs bases de données.

Dans le cadre du Genographic Project, on a ainsi récemment découvert que les Basques de France et d’Espagne présentent des singularités génétiques par rapport aux populations environnantes. L’apparition de cette singularité serait antérieure d’environ 7000 ans à l’arrivée de l’agriculture dans la péninsule ibérique.

Côté technologique, les évolutions des séquenceurs d’ADN sont très rapides et laissent entrevoir un fort développement des analyses pour motif médical ou personnel. Ainsi, le Ion Proton, pourrait permettre courant 2012 un séquençage complet du génome en 2 heures et le prix de l’appareil passerait sous la barre des 1000$. Autre annonce prometteuse et autre technologie, l’Oxford Nanopore qui pourrait séquencer un génome humain en une quinzaine de minutes !

Analyses ADN : pour que la recherche s’accélère

Représentation graphique d'un réseau de gènes

Un minuscule brin d’ADN c’est une montagne de données ! Pour en accélérer le décodage informatique,  l’équipe de recherche GenScale à Rennes développe des logiciels spécifiques. Ils servent en particulier à comparer les chaînes ATCG de plusieurs génomes. L’un de ces logiciels, appelé GASSST, est 5 à 10 fois plus rapide que ses concurrents : une performance rendue possible par l’expertise que l’équipe a développé dans le domaine des processeurs et des mémoires informatiques.

Pour aller plus vite, l’analyse est faite sur des tronçons de données, lesquels sont ensuite traités en parallèle. Une programmation particulièrement complexe, puisqu’elle suppose de tirer parti du parallélisme du processeur central (CPU multicœur) et surtout de celui des processeurs graphiques (GPU).

Comme le souligne Dominique Lavenier, chercheur à l’origine de ces travaux : « cette rapidité est extrêmement importante au regard du volume à traiter. La quantité de données double tous les six mois. A ce rythme, un traitement qui dure aujourd'hui une heure demandera une journée entière dans trois ans. Il y a donc un vrai enjeu économique ».

Mots-clés : Réseau-sociaux 23andme Family tree DNA Genographic Ion Proton Plateforme Genouest GenScale Séquençage Mapping génétique Bio-informatique Le saviez-vous Facebook Dominique Lavenier GASSST GenomeQuest INRIA Rennes - Bretagne Atlantique Symbiose ADN Logiciel

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